121 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Nham_3965 on replicon NC_007964
Organism: Nitrobacter hamburgensis X14



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007964  Nham_3965  hypothetical protein  100 
 
 
520 aa  1055    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2782  hypothetical protein  68.97 
 
 
503 aa  593  1e-168  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.519133  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2818  hypothetical protein  66.86 
 
 
536 aa  578  1.0000000000000001e-163  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.746954 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2723  hypothetical protein  66.02 
 
 
455 aa  545  1e-154  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.94456 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4300  hypothetical protein  66.4 
 
 
519 aa  541  9.999999999999999e-153  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3408  hypothetical protein  68.97 
 
 
496 aa  503  1e-141  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0116345  normal  0.112401 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2106  hypothetical protein  33.26 
 
 
503 aa  202  9.999999999999999e-51  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1584  hypothetical protein  31.37 
 
 
493 aa  196  9e-49  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.871855  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3881  hypothetical protein  34.46 
 
 
568 aa  194  3e-48  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.285346 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2344  hypothetical protein  33.84 
 
 
520 aa  192  9e-48  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.576103  normal  0.151104 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3448  hypothetical protein  33.18 
 
 
537 aa  192  2e-47  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2942  hypothetical protein  30.28 
 
 
575 aa  184  4.0000000000000006e-45  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2501  hypothetical protein  50.79 
 
 
588 aa  153  7e-36  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.732185 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0922  hypothetical protein  28.4 
 
 
408 aa  140  7e-32  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3470  hypothetical protein  43.42 
 
 
330 aa  131  3e-29  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000424807  hitchhiker  0.00000991217 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0980  hypothetical protein  47.69 
 
 
361 aa  130  5.0000000000000004e-29  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.278264  normal  0.0591263 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3099  hypothetical protein  45.03 
 
 
349 aa  125  2e-27  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.482447  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_54810  hypothetical protein  47.37 
 
 
347 aa  124  4e-27  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0000274874  hitchhiker  6.2392400000000004e-18 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4791  hypothetical protein  47.37 
 
 
354 aa  124  4e-27  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.884307  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1779  hypothetical protein  47.58 
 
 
344 aa  124  4e-27  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1284  hypothetical protein  46.21 
 
 
418 aa  120  4.9999999999999996e-26  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.257674  normal  0.0656619 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1744  hypothetical protein  46.88 
 
 
411 aa  119  1.9999999999999998e-25  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1376  hypothetical protein  42.65 
 
 
419 aa  113  8.000000000000001e-24  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3070  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG  38.02 
 
 
230 aa  84  0.000000000000006  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.428129  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0385  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  31.11 
 
 
292 aa  75.5  0.000000000002  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.0310092  normal 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_2111  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  32.59 
 
 
215 aa  71.2  0.00000000004  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  normal  0.405702 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0947  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  37.82 
 
 
247 aa  67  0.0000000008  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6152  hypothetical protein  47.56 
 
 
264 aa  65.9  0.000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.2197  normal  0.0289624 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0832  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  35.83 
 
 
257 aa  65.5  0.000000002  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.524335  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0820  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  33.33 
 
 
243 aa  65.5  0.000000003  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  normal  0.0420468 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0905  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  40 
 
 
187 aa  63.5  0.000000009  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2016  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG  44.44 
 
 
253 aa  61.2  0.00000004  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.382992 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1503  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  36.19 
 
 
250 aa  60.8  0.00000005  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1263  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  38.68 
 
 
235 aa  60.5  0.00000007  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3286  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG  44.44 
 
 
251 aa  59.7  0.0000001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0799688  normal  0.416162 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3373  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG  41.98 
 
 
270 aa  60.1  0.0000001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.5042  hitchhiker  0.00517308 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4027  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  43.21 
 
 
260 aa  59.3  0.0000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1842  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  38.24 
 
 
183 aa  59.3  0.0000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  hitchhiker  0.0087761  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1022  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  34.51 
 
 
411 aa  57.4  0.0000006  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal  0.575167 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0515  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  30.08 
 
 
209 aa  56.6  0.0000009  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.343  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2743  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG  36.27 
 
 
269 aa  56.2  0.000001  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.695498  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1083  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  38.61 
 
 
212 aa  56.6  0.000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3630  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  43.21 
 
 
211 aa  56.2  0.000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.839069  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5983  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  30.99 
 
 
396 aa  55.5  0.000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.538368  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5913  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  44.16 
 
 
209 aa  56.2  0.000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2364  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG  43.59 
 
 
270 aa  55.1  0.000003  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0212469  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1993  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  29.01 
 
 
268 aa  54.7  0.000004  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_5175  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  30.91 
 
 
475 aa  54.3  0.000005  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1220  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  30.72 
 
 
413 aa  54.3  0.000005  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.68044  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0082  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  41.25 
 
 
368 aa  54.3  0.000005  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.526711  normal 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0633  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  29.23 
 
 
253 aa  53.5  0.000008  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.00165646  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0164  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  41.25 
 
 
219 aa  53.1  0.00001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2863  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  33.66 
 
 
339 aa  52.8  0.00001  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.772314  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2919  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  41.56 
 
 
210 aa  53.1  0.00001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.265535  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1366  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  27.5 
 
 
281 aa  52.8  0.00001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1237  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  39.25 
 
 
184 aa  53.1  0.00001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2124  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG  28.89 
 
 
216 aa  52  0.00002  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.402934  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0722  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  35.45 
 
 
144 aa  51.6  0.00003  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.728522  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0604  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  34.21 
 
 
326 aa  51.6  0.00003  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.66709  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2455  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG  28.57 
 
 
171 aa  52  0.00003  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.550997  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2795  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  37.38 
 
 
214 aa  51.6  0.00003  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3023  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  41.56 
 
 
214 aa  52  0.00003  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  decreased coverage  0.00777053  normal  0.339815 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2153  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  32.58 
 
 
398 aa  51.2  0.00004  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3515  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  35 
 
 
291 aa  51.2  0.00005  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.000029403  normal 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4524  hypothetical protein  29.6 
 
 
253 aa  50.4  0.00007  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal  0.0816159 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1021  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  31.09 
 
 
417 aa  50.1  0.00009  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.451264  normal  0.540486 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_21900  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  33.58 
 
 
263 aa  50.1  0.00009  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0819  hypothetical protein  29.6 
 
 
253 aa  49.7  0.0001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0664  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  29.6 
 
 
253 aa  49.7  0.0001  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0656  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  29.6 
 
 
253 aa  49.7  0.0001  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3565  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  27.2 
 
 
294 aa  49.7  0.0001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.229432  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1319  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  31.4 
 
 
142 aa  49.7  0.0001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.504822  normal  0.132839 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0825  hypothetical protein  29.6 
 
 
253 aa  49.7  0.0001  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  2.2602e-53 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2878  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  31.11 
 
 
376 aa  49.7  0.0001  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.362697  normal  0.415622 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1580  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  34.02 
 
 
309 aa  48.9  0.0002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1290  hypothetical protein  40.22 
 
 
248 aa  48.9  0.0002  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2219  hypothetical protein  28.26 
 
 
298 aa  48.9  0.0002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.0511486  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2917  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  26.67 
 
 
281 aa  48.9  0.0002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.444945 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0913  hypothetical protein  29.6 
 
 
253 aa  48.9  0.0002  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_4184  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  31.45 
 
 
273 aa  48.9  0.0002  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.912644  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1289  hypothetical protein  40.22 
 
 
248 aa  48.5  0.0003  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1729  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG  26.51 
 
 
205 aa  48.1  0.0003  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.698671 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1128  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  29.27 
 
 
425 aa  48.5  0.0003  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.514766  normal  0.810512 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0546  hypothetical protein  29.2 
 
 
266 aa  48.5  0.0003  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0668  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  28.8 
 
 
253 aa  48.1  0.0003  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.988638  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0846  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  30.95 
 
 
559 aa  48.1  0.0003  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  normal  0.203875 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1550  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  30.43 
 
 
278 aa  47.8  0.0004  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000794871 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2028  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  29.73 
 
 
278 aa  47  0.0007  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000908265  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_21380  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  29.73 
 
 
181 aa  47  0.0008  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_3025  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  30.71 
 
 
492 aa  47  0.0009  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.379639  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0095  hypothetical protein  30 
 
 
143 aa  46.6  0.001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4221  hypothetical protein  32.58 
 
 
186 aa  46.2  0.001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.00480298  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_3006  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG  28 
 
 
289 aa  46.6  0.001  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.265134  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4121  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  33.33 
 
 
396 aa  46.6  0.001  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0855  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  30.61 
 
 
541 aa  46.6  0.001  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.914763  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1663  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG  34.09 
 
 
283 aa  45.8  0.002  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0318  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG  29.13 
 
 
230 aa  45.8  0.002  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.0000150825  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2100  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  34.21 
 
 
427 aa  46.2  0.002  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.0449665  normal  0.352624 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1745  hypothetical protein  28.18 
 
 
187 aa  45.4  0.002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal  0.0385777 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_10350  hypothetical protein  29.03 
 
 
507 aa  46.2  0.002  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.228348  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>