153 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_3373 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007958  RPD_3373  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG  100 
 
 
270 aa  555  1e-157  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.5042  hitchhiker  0.00517308 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2016  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG  83.27 
 
 
253 aa  409  1e-113  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.382992 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4027  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  73.91 
 
 
260 aa  360  2e-98  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3286  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG  70.93 
 
 
251 aa  354  1e-96  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0799688  normal  0.416162 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2743  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG  61.48 
 
 
269 aa  308  5e-83  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.695498  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6152  hypothetical protein  61.3 
 
 
264 aa  301  1e-80  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.2197  normal  0.0289624 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2364  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG  59.04 
 
 
270 aa  298  7e-80  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0212469  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2919  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  53.37 
 
 
210 aa  167  1e-40  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.265535  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3023  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  50.81 
 
 
214 aa  167  2e-40  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  decreased coverage  0.00777053  normal  0.339815 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2795  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  50.81 
 
 
214 aa  167  2e-40  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3630  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  55 
 
 
211 aa  164  2.0000000000000002e-39  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.839069  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1083  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  51.2 
 
 
212 aa  157  1e-37  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1237  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  49.33 
 
 
184 aa  153  2.9999999999999998e-36  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5913  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  58.33 
 
 
209 aa  152  7e-36  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1842  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  52.76 
 
 
183 aa  146  3e-34  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  hitchhiker  0.0087761  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0164  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  54.03 
 
 
219 aa  144  1e-33  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0082  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  54.24 
 
 
368 aa  142  5e-33  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.526711  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1788  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  43.54 
 
 
190 aa  120  3e-26  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1444  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  48.21 
 
 
168 aa  113  4.0000000000000004e-24  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2361  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  42.06 
 
 
142 aa  105  7e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.0110232 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2119  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  42.06 
 
 
142 aa  104  2e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00240508 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1314  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG  43.44 
 
 
139 aa  98.2  1e-19  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3470  hypothetical protein  36.43 
 
 
330 aa  70.5  0.00000000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000424807  hitchhiker  0.00000991217 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1779  hypothetical protein  34.48 
 
 
344 aa  69.3  0.00000000007  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0980  hypothetical protein  33.02 
 
 
361 aa  68.2  0.0000000002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.278264  normal  0.0591263 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_54810  hypothetical protein  35.48 
 
 
347 aa  66.6  0.0000000004  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0000274874  hitchhiker  6.2392400000000004e-18 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4791  hypothetical protein  35.48 
 
 
354 aa  66.2  0.0000000005  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.884307  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4300  hypothetical protein  44.44 
 
 
519 aa  65.1  0.000000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1284  hypothetical protein  34.68 
 
 
418 aa  63.9  0.000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.257674  normal  0.0656619 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3099  hypothetical protein  40.22 
 
 
349 aa  63.2  0.000000005  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.482447  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2782  hypothetical protein  41.18 
 
 
503 aa  62.8  0.000000007  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.519133  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3408  hypothetical protein  43.21 
 
 
496 aa  61.6  0.00000001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0116345  normal  0.112401 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2942  hypothetical protein  35.96 
 
 
575 aa  60.8  0.00000002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2723  hypothetical protein  41.98 
 
 
455 aa  60.1  0.00000004  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.94456 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1376  hypothetical protein  35.71 
 
 
419 aa  60.1  0.00000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3881  hypothetical protein  36.7 
 
 
568 aa  59.7  0.00000005  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.285346 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3965  hypothetical protein  41.98 
 
 
520 aa  58.9  0.00000008  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0922  hypothetical protein  33.08 
 
 
408 aa  58.9  0.00000009  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2818  hypothetical protein  39.22 
 
 
536 aa  58.2  0.0000001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.746954 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1584  hypothetical protein  42.31 
 
 
493 aa  57.8  0.0000002  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.871855  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3448  hypothetical protein  35.78 
 
 
537 aa  56.2  0.0000005  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2344  hypothetical protein  41.03 
 
 
520 aa  56.2  0.0000006  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.576103  normal  0.151104 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0722  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  33.33 
 
 
144 aa  55.8  0.0000007  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.728522  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0685  hypothetical protein  38.46 
 
 
293 aa  55.8  0.0000008  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.645291  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2501  hypothetical protein  33.33 
 
 
588 aa  55.5  0.0000009  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.732185 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2455  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG  36.19 
 
 
171 aa  55.5  0.000001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.550997  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2106  hypothetical protein  41.03 
 
 
503 aa  55.1  0.000001  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3627  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  30.4 
 
 
309 aa  55.5  0.000001  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.000535955  normal  0.374081 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1978  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  28.15 
 
 
223 aa  54.7  0.000001  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0832  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  32.17 
 
 
257 aa  54.7  0.000002  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.524335  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1744  hypothetical protein  33.33 
 
 
411 aa  53.9  0.000003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2694  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  30.25 
 
 
315 aa  52.8  0.000006  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0905  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  31.03 
 
 
187 aa  52.4  0.000007  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_3006  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG  25.42 
 
 
289 aa  52.4  0.000008  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.265134  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_21900  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  23.88 
 
 
263 aa  51.6  0.00001  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0524  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  31.68 
 
 
177 aa  51.2  0.00002  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.139747  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0479  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  31.62 
 
 
323 aa  50.8  0.00002  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.035674 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0304  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  29.17 
 
 
168 aa  50.8  0.00002  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0647  hypothetical protein  26.02 
 
 
180 aa  50.1  0.00003  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1986  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  35.37 
 
 
257 aa  50.1  0.00004  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2449  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG  30.77 
 
 
170 aa  50.1  0.00004  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.475831  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1729  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG  32.63 
 
 
205 aa  49.7  0.00005  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.698671 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0525  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  29.7 
 
 
155 aa  49.7  0.00005  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.138389  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4121  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  37.27 
 
 
396 aa  49.7  0.00006  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2124  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG  29.79 
 
 
216 aa  48.9  0.00009  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.402934  normal 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1503  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  34.31 
 
 
250 aa  48.9  0.00009  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1510  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  23.42 
 
 
307 aa  48.9  0.00009  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.360333  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1888  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG  25.45 
 
 
332 aa  48.1  0.0001  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0116  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  41.3 
 
 
349 aa  48.1  0.0001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.259654  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2100  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  33.86 
 
 
427 aa  48.5  0.0001  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.0449665  normal  0.352624 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1319  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  30.63 
 
 
142 aa  48.5  0.0001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.504822  normal  0.132839 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0820  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  29.13 
 
 
243 aa  48.1  0.0001  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  normal  0.0420468 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1682  hypothetical protein  29.55 
 
 
163 aa  48.1  0.0002  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.412549  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0947  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  34.52 
 
 
247 aa  48.1  0.0002  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_21380  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  28.16 
 
 
181 aa  47.4  0.0002  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3988  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  29 
 
 
409 aa  48.1  0.0002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2287  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  27.21 
 
 
167 aa  47.8  0.0002  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.000000631193  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0994  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  33.62 
 
 
374 aa  47.8  0.0002  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_4081  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  29 
 
 
409 aa  47.4  0.0002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0095  hypothetical protein  28.57 
 
 
143 aa  47  0.0003  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0004  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  37.18 
 
 
171 aa  47.4  0.0003  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1454  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  27.97 
 
 
156 aa  47.4  0.0003  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0480002  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0518  peptidoglycan binding domain-containing protein  30.77 
 
 
309 aa  47  0.0003  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1220  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  34.75 
 
 
413 aa  47.4  0.0003  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.68044  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3070  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG  28.06 
 
 
230 aa  46.6  0.0004  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.428129  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2980  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG  33.33 
 
 
300 aa  46.2  0.0005  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1263  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  33.71 
 
 
235 aa  46.6  0.0005  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4260  hypothetical protein  27.45 
 
 
186 aa  46.6  0.0005  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.0203289  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_5175  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  32.5 
 
 
475 aa  46.2  0.0006  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0318  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG  30.1 
 
 
230 aa  46.2  0.0006  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.0000150825  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1258  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  29.51 
 
 
294 aa  46.2  0.0006  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.818065  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0633  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  24.24 
 
 
253 aa  46.2  0.0006  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.00165646  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4618  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  29.91 
 
 
370 aa  45.8  0.0007  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.00401863  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4931  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG  30.58 
 
 
272 aa  45.8  0.0008  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.143561 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0177  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  29.91 
 
 
341 aa  45.8  0.0008  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2028  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  28.93 
 
 
278 aa  45.8  0.0008  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000908265  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4221  hypothetical protein  26.8 
 
 
186 aa  44.7  0.001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.00480298  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0975  hypothetical protein  27.45 
 
 
186 aa  45.1  0.001  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0886923  normal 
 
 
-
 
NC_009339  Mflv_5330  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  31.86 
 
 
318 aa  45.4  0.001  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.104787  normal 
 
 
-
 
NC_009339  Mflv_5369  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  31.86 
 
 
318 aa  45.4  0.001  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.846692  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>