187 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_0922 on replicon NC_009636
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009636  Smed_0922  hypothetical protein  100 
 
 		 408 aa  829    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1376  hypothetical protein  49.63 
 
 		 419 aa  370  1e-101  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1284  hypothetical protein  50.37 
 
 		 418 aa  371  1e-101  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.257674  normal  0.0656619 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1744  hypothetical protein  45.74 
 
 		 411 aa  310  2e-83  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1584  hypothetical protein  33.75 
 
 		 493 aa  188  2e-46  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.871855  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2106  hypothetical protein  30.79 
 
 		 503 aa  182  1e-44  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2942  hypothetical protein  48.95 
 
 		 575 aa  150  3e-35  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3881  hypothetical protein  44.57 
 
 		 568 aa  147  3e-34  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.285346 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2501  hypothetical protein  47.02 
 
 		 588 aa  146  8.000000000000001e-34  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.732185 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3448  hypothetical protein  44.69 
 
 		 537 aa  146  8.000000000000001e-34  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2344  hypothetical protein  48.06 
 
 		 520 aa  143  6e-33  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.576103  normal  0.151104 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0980  hypothetical protein  49.61 
 
 		 361 aa  141  1.9999999999999998e-32  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.278264  normal  0.0591263 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1779  hypothetical protein  51.91 
 
 		 344 aa  139  1e-31  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3470  hypothetical protein  55.26 
 
 		 330 aa  137  5e-31  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000424807  hitchhiker  0.00000991217 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2818  hypothetical protein  49.24 
 
 		 536 aa  135  1.9999999999999998e-30  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.746954 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4791  hypothetical protein  40 
 
 		 354 aa  134  3e-30  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.884307  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4300  hypothetical protein  46.62 
 
 		 519 aa  133  5e-30  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_54810  hypothetical protein  39.47 
 
 		 347 aa  133  6.999999999999999e-30  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0000274874  hitchhiker  6.2392400000000004e-18 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2782  hypothetical protein  48.12 
 
 		 503 aa  132  1.0000000000000001e-29  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.519133  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3408  hypothetical protein  45.95 
 
 		 496 aa  132  2.0000000000000002e-29  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0116345  normal  0.112401 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2723  hypothetical protein  42.94 
 
 		 455 aa  131  3e-29  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.94456 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3965  hypothetical protein  44.44 
 
 		 520 aa  120  3.9999999999999996e-26  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3099  hypothetical protein  47.5 
 
 		 349 aa  119  9.999999999999999e-26  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.482447  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3070  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG  40.68 
 
 		 230 aa  89.7  8e-17  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.428129  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_2111  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  30.34 
 
 		 215 aa  74.3  0.000000000004  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  0.405702 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0905  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  43.27 
 
 		 187 aa  72.8  0.00000000001  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2919  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  35.44 
 
 		 210 aa  70.5  0.00000000006  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.265535  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1237  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  38.17 
 
 		 184 aa  70.1  0.00000000006  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1842  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  42.06 
 
 		 183 aa  69.7  0.00000000008  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  hitchhiker  0.0087761  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1083  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  46.43 
 
 		 212 aa  69.3  0.0000000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3630  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  37.38 
 
 		 211 aa  68.9  0.0000000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.839069  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0947  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  42.22 
 
 		 247 aa  67.8  0.0000000003  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2795  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  37.98 
 
 		 214 aa  67.4  0.0000000005  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0385  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  27.74 
 
 		 292 aa  65.1  0.000000002  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.0310092  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3023  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  37.21 
 
 		 214 aa  65.1  0.000000002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  decreased coverage  0.00777053  normal  0.339815 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0164  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  36.75 
 
 		 219 aa  64.7  0.000000002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0546  hypothetical protein  34.21 
 
 		 266 aa  64.3  0.000000003  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2361  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  37.27 
 
 		 142 aa  64.3  0.000000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0110232 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0082  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  40 
 
 		 368 aa  63.9  0.000000004  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.526711  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1788  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  33.56 
 
 		 190 aa  63.9  0.000000005  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5913  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  36.45 
 
 		 209 aa  63.9  0.000000005  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0820  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  29.87 
 
 		 243 aa  63.5  0.000000006  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  0.0420468 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1503  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  34.86 
 
 		 250 aa  62.8  0.000000009  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2455  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG  34.78 
 
 		 171 aa  61.6  0.00000002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.550997  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3020  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  38.14 
 
 		 243 aa  62.4  0.00000002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.0000912863  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0832  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  34.29 
 
 		 257 aa  62  0.00000002  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.524335  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2119  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  36.7 
 
 		 142 aa  61.2  0.00000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00240508 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2016  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG  34.59 
 
 		 253 aa  60.8  0.00000004  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.382992 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4027  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  37.39 
 
 		 260 aa  60.8  0.00000004  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2743  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG  35.4 
 
 		 269 aa  59.7  0.00000009  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.695498  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4019  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  28.68 
 
 		 415 aa  59.7  0.00000009  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.382226  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3373  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG  33.08 
 
 		 270 aa  59.3  0.0000001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.5042  hitchhiker  0.00517308 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0066  peptidoglycan binding domain-containing protein  44.44 
 
 		 346 aa  58.9  0.0000001  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0971  peptidoglycan binding domain-containing protein  44.44 
 
 		 356 aa  58.5  0.0000002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3286  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG  37.61 
 
 		 251 aa  58.2  0.0000003  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0799688  normal  0.416162 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0524  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  35.51 
 
 		 177 aa  57.8  0.0000004  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.139747  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1263  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  34.38 
 
 		 235 aa  57.4  0.0000005  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1444  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  41.03 
 
 		 168 aa  57  0.0000005  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1402  hypothetical protein  28.95 
 
 		 276 aa  57  0.0000006  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0212  lytic murein transglycosylase  43.1 
 
 		 395 aa  55.8  0.000001  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.740075  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2868  lytic murein transglycosylase  51.85 
 
 		 425 aa  55.5  0.000002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.387874  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2522  lytic murein transglycosylase  43.1 
 
 		 406 aa  55.1  0.000002  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0033  peptidoglycan binding domain-containing protein  42.86 
 
 		 346 aa  55.5  0.000002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.259592  normal  0.110455 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0052  Peptidoglycan-binding domain 1 protein  42.86 
 
 		 346 aa  55.1  0.000002  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.246037  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1366  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  29.82 
 
 		 281 aa  55.1  0.000002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3565  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  27.69 
 
 		 294 aa  54.7  0.000003  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.229432  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0238  Peptidoglycan-binding domain 1 protein  42.86 
 
 		 1263 aa  54.7  0.000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1986  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  32.14 
 
 		 257 aa  54.3  0.000003  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3490  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  32.28 
 
 		 397 aa  54.7  0.000003  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0722  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  36.27 
 
 		 144 aa  54.3  0.000004  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.728522  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1577  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG  32.99 
 
 		 303 aa  54.3  0.000004  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000893286  normal  0.294184 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1580  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  30.63 
 
 		 309 aa  53.9  0.000005  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1314  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG  36.36 
 
 		 139 aa  53.9  0.000005  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_5175  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  35.63 
 
 		 475 aa  53.5  0.000007  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3515  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  24.79 
 
 		 291 aa  53.5  0.000007  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.000029403  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_6096  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  34.23 
 
 		 254 aa  53.5  0.000007  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2364  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG  32.74 
 
 		 270 aa  53.1  0.000008  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0212469  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0475  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  30.33 
 
 		 292 aa  52.4  0.00001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.216205  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1348  peptidoglycan-binding domain 1 protein  32.12 
 
 		 270 aa  52.8  0.00001  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00397978 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6152  hypothetical protein  33.33 
 
 		 264 aa  52.4  0.00001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.2197  normal  0.0289624 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_6095  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  34.75 
 
 		 303 aa  52.8  0.00001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0209  Peptidoglycan-binding domain 1 protein  42.86 
 
 		 1260 aa  52.4  0.00002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1993  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  30.58 
 
 		 268 aa  52  0.00002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2153  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  31.67 
 
 		 398 aa  51.6  0.00002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8817  hypothetical protein  32.79 
 
 		 276 aa  52  0.00002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.432511  normal  0.0471725 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1706  lytic murein transglycosylase  36.84 
 
 		 454 aa  51.6  0.00003  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1319  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  31.25 
 
 		 142 aa  51.2  0.00003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.504822  normal  0.132839 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0601  hypothetical protein  40.98 
 
 		 1275 aa  51.2  0.00004  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1290  hypothetical protein  33.65 
 
 		 248 aa  50.8  0.00004  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1289  hypothetical protein  33.65 
 
 		 248 aa  50.8  0.00004  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1837  lytic murein transglycosylase  46.3 
 
 		 474 aa  50.8  0.00004  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.436573 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1688  lytic murein transglycosylase  46.3 
 
 		 466 aa  50.8  0.00005  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4392  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  30.95 
 
 		 194 aa  50.4  0.00005  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4455  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  30.95 
 
 		 194 aa  50.4  0.00005  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.395262  normal  0.946705 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2269  lytic murein transglycosylase  40.68 
 
 		 424 aa  50.4  0.00006  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00964574  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2459  lytic murein transglycosylase  40.68 
 
 		 430 aa  50.4  0.00006  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000623044  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2917  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  27.19 
 
 		 281 aa  50.1  0.00007  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.444945 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1255  peptidoglycan binding domain-containing protein  48 
 
 		 498 aa  50.1  0.00007  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.581168 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1848  lytic murein transglycosylase  31.93 
 
 		 409 aa  50.1  0.00007  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_3006  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG  28.17 
 
 		 289 aa  49.7  0.0001  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.265134  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>