188 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpal_3464 on replicon NC_011004
Organism: Rhodopseudomonas palustris TIE-1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011004  Rpal_3464  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  100 
 
 		 257 aa  522  1e-147  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0401211  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2486  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  74.07 
 
 		 266 aa  405  1.0000000000000001e-112  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.215074  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2958  cyclic nucleotide-binding  71.77 
 
 		 248 aa  368  1e-101  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.369311  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0788  cyclic nucleotide-binding  38.43 
 
 		 236 aa  162  5.0000000000000005e-39  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.417677  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5720  Crp/FNR family transcriptional regulator  39.19 
 
 		 267 aa  159  3e-38  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.336903  hitchhiker  0.00164993 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3376  cyclic nucleotide-binding protein  36.68 
 
 		 236 aa  157  1e-37  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3818  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  37.27 
 
 		 265 aa  156  2e-37  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.827272  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4335  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  34.68 
 
 		 246 aa  152  5e-36  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.157616 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4275  cyclic nucleotide-binding protein  34.68 
 
 		 246 aa  152  5e-36  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0397  CRP/FNR family transcriptional regulator  37.78 
 
 		 244 aa  149  4e-35  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.934312  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0789  cyclic nucleotide-binding  37.5 
 
 		 240 aa  149  6e-35  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.424436  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1115  Crp/FNR family transcriptional regulator  38.29 
 
 		 250 aa  147  1.0000000000000001e-34  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.804671  normal  0.524469 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1714  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  36.04 
 
 		 244 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1834  cyclic nucleotide-binding protein  38.4 
 
 		 241 aa  147  2.0000000000000003e-34  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2530  Crp/FNR family transcriptional regulator  36.04 
 
 		 244 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.201087 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1669  Crp/FNR family transcriptional regulator  36.77 
 
 		 244 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.0359086 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1519  Crp/FNR family transcriptional regulator  37.84 
 
 		 239 aa  146  3e-34  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0177  Crp/FNR family transcriptional regulator  36.32 
 
 		 238 aa  145  6e-34  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2723  CRP/FNR family transcriptional regulator  36.44 
 
 		 232 aa  145  7.0000000000000006e-34  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2533  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  37.05 
 
 		 245 aa  144  1e-33  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.23322 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0413  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  35.5 
 
 		 240 aa  142  4e-33  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.37826  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2740  CRP/FNR family transcriptional regulator  36 
 
 		 232 aa  142  5e-33  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00150781  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1637  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  35.56 
 
 		 232 aa  141  9e-33  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0811489  hitchhiker  0.00000101787 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5274  Crp/FNR family transcriptional regulator  35.4 
 
 		 239 aa  141  9.999999999999999e-33  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1684  Crp/FNR family transcriptional regulator  35.53 
 
 		 239 aa  141  9.999999999999999e-33  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5585  Crp/FNR family transcriptional regulator  35.4 
 
 		 239 aa  141  9.999999999999999e-33  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.808754 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1693  Crp/FNR family transcriptional regulator  35.53 
 
 		 239 aa  141  9.999999999999999e-33  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.3052  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2043  cyclic nucleotide-binding  36.32 
 
 		 439 aa  140  1.9999999999999998e-32  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5841  Crp/Fnr family transcriptional regulator  36.49 
 
 		 242 aa  140  1.9999999999999998e-32  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2702  cyclic nucleotide-binding protein  34.53 
 
 		 230 aa  140  1.9999999999999998e-32  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5290  Crp/FNR family transcriptional regulator  35.06 
 
 		 239 aa  140  1.9999999999999998e-32  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.420985  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5568  Crp/FNR family transcriptional regulator  35.06 
 
 		 239 aa  140  1.9999999999999998e-32  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1315  CRP/FNR family transcriptional regulator  34.65 
 
 		 238 aa  140  1.9999999999999998e-32  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.63413  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5358  Crp/FNR family transcriptional regulator  36.94 
 
 		 240 aa  139  3e-32  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6495  Crp/FNR family transcriptional regulator  35.14 
 
 		 267 aa  140  3e-32  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.956501  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1130  Crp/FNR family transcriptional regulator  35.14 
 
 		 267 aa  140  3e-32  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.440884 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6918  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  36 
 
 		 255 aa  139  3.9999999999999997e-32  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3898  Crp/FNR family transcriptional regulator  35.06 
 
 		 239 aa  139  6e-32  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.472058  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0542  Crp/FNR family transcriptional regulator  33.63 
 
 		 239 aa  137  1e-31  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.936935  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5104  Crp/FNR family transcriptional regulator  35.27 
 
 		 243 aa  138  1e-31  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5755  Crp/FNR family transcriptional regulator  35.27 
 
 		 243 aa  138  1e-31  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.132685 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3627  CRP/FNR family transcriptional regulator  35.59 
 
 		 245 aa  138  1e-31  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.460124 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0905  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  36.04 
 
 		 243 aa  137  1e-31  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1448  Crp/FNR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 269 aa  137  1e-31  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.957897  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4421  Crp/FNR family transcriptional regulator  35.27 
 
 		 243 aa  138  1e-31  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5993  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  34.53 
 
 		 246 aa  137  2e-31  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2260  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  34.47 
 
 		 254 aa  137  2e-31  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3820  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  35.59 
 
 		 239 aa  137  2e-31  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.051999  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0520  Crp/FNR family transcriptional regulator  36.04 
 
 		 239 aa  137  2e-31  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1444  Crp/FNR family transcriptional regulator  36 
 
 		 231 aa  135  5e-31  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.382452 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1182  Crp/FNR family transcriptional regulator  34.51 
 
 		 240 aa  134  9.999999999999999e-31  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.939173  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1880  regulatory protein Crp  40.09 
 
 		 263 aa  134  1.9999999999999998e-30  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1963  CRP/FNR family transcriptional regulator  34.31 
 
 		 246 aa  134  1.9999999999999998e-30  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.555453  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5838  cyclic nucleotide-binding  36.57 
 
 		 242 aa  132  3.9999999999999996e-30  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.358125  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0784  hypothetical protein  35.22 
 
 		 237 aa  131  1.0000000000000001e-29  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.195176  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1316  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  34.38 
 
 		 247 aa  130  1.0000000000000001e-29  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.327041  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0173  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  37.84 
 
 		 263 aa  130  2.0000000000000002e-29  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2132  Crp/FNR family transcriptional regulator  33.62 
 
 		 247 aa  130  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0511998 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1631  CRP/FNR family transcriptional regulator  32.58 
 
 		 248 aa  130  2.0000000000000002e-29  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1390  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  33.33 
 
 		 236 aa  129  3e-29  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0741  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  34.67 
 
 		 241 aa  129  4.0000000000000003e-29  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3012  cyclic nucleotide-binding protein  32.46 
 
 		 242 aa  129  4.0000000000000003e-29  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.791421  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4113  CRP/FNR family transcriptional regulator  34.98 
 
 		 260 aa  129  4.0000000000000003e-29  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5598  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  34.67 
 
 		 239 aa  129  4.0000000000000003e-29  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00118165 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6128  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  34.22 
 
 		 236 aa  129  5.0000000000000004e-29  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3639  CRP/FNR family transcriptional regulator  34.98 
 
 		 260 aa  129  5.0000000000000004e-29  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3626  CRP/FNR family transcriptional regulator  32.88 
 
 		 239 aa  129  5.0000000000000004e-29  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.468145 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5233  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  34.67 
 
 		 384 aa  129  7.000000000000001e-29  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.222219 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1786  cyclic nucleotide-binding protein  32.61 
 
 		 255 aa  128  8.000000000000001e-29  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.150342  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2551  transcriptional regulator-related protein  33.04 
 
 		 255 aa  128  9.000000000000001e-29  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2386  Crp/FNR family transcriptional regulator  32.43 
 
 		 268 aa  128  1.0000000000000001e-28  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.799782  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0534  hypothetical protein  34.82 
 
 		 344 aa  128  1.0000000000000001e-28  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6894  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  33.33 
 
 		 241 aa  128  1.0000000000000001e-28  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.744269 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1833  Crp/FNR family transcriptional regulator  38.14 
 
 		 237 aa  128  1.0000000000000001e-28  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1787  CRP/FNR family transcriptional regulator  30.18 
 
 		 232 aa  128  1.0000000000000001e-28  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.22283  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3374  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  33.77 
 
 		 256 aa  127  2.0000000000000002e-28  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5879  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  35.68 
 
 		 255 aa  127  2.0000000000000002e-28  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.450162  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0075  hypothetical protein  34.35 
 
 		 237 aa  127  2.0000000000000002e-28  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4389  CRP/FNR family transcriptional regulator  35.34 
 
 		 260 aa  127  2.0000000000000002e-28  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5764  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  32.61 
 
 		 237 aa  126  3e-28  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1356  hypothetical protein  31.84 
 
 		 236 aa  126  4.0000000000000003e-28  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.073199  normal  0.394003 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5837  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  35.21 
 
 		 255 aa  126  4.0000000000000003e-28  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.561164  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0061  cyclic nucleotide-binding protein  32.61 
 
 		 237 aa  125  5e-28  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3386  cyclic nucleotide-binding protein  32.61 
 
 		 237 aa  125  5e-28  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1647  CRP/FNR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 263 aa  125  6e-28  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.362036  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4412  cyclic nucleotide-binding protein  32.74 
 
 		 234 aa  125  6e-28  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.758145 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5538  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  32.72 
 
 		 338 aa  125  6e-28  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.13336 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0045  hypothetical protein  34.38 
 
 		 269 aa  125  7e-28  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2194  hypothetical protein  34.38 
 
 		 269 aa  125  7e-28  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.396995  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0645  hypothetical protein  34.38 
 
 		 269 aa  125  7e-28  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0659  hypothetical protein  34.38 
 
 		 269 aa  125  7e-28  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2513  hypothetical protein  34.38 
 
 		 269 aa  125  7e-28  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.225416  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0821  hypothetical protein  34.38 
 
 		 312 aa  125  8.000000000000001e-28  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4765  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  33.48 
 
 		 244 aa  125  8.000000000000001e-28  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.156733  normal  0.417355 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3729  Crp/FNR family transcriptional regulator  33.78 
 
 		 244 aa  125  9e-28  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2891  hypothetical protein  34.38 
 
 		 269 aa  125  9e-28  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0876  transcriptional regulator-related protein  31.17 
 
 		 258 aa  124  1e-27  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5594  hypothetical protein  35.06 
 
 		 238 aa  124  1e-27  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3301  CRP/FNR family transcriptional regulator  34.53 
 
 		 260 aa  124  2e-27  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.228531  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5269  Crp/FNR family transcriptional regulator  34.91 
 
 		 340 aa  123  2e-27  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>