175 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_5594 on replicon NC_011988
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011988  Avi_5594  hypothetical protein  100 
 
 		 238 aa  480  1e-135  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4307  cyclic nucleotide-binding protein  44.44 
 
 		 243 aa  201  6e-51  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2421  Crp/FNR family transcriptional regulator  47.01 
 
 		 239 aa  200  1.9999999999999998e-50  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.269594  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2074  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  45.45 
 
 		 246 aa  194  1e-48  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.83722  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2397  cyclic nucleotide-binding protein  44.4 
 
 		 243 aa  190  1e-47  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3012  cyclic nucleotide-binding protein  43.59 
 
 		 242 aa  191  1e-47  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.791421  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2120  cyclic nucleotide-binding  43.97 
 
 		 243 aa  187  1e-46  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.0341739 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4306  CRP/FNR family transcriptional regulator  41.67 
 
 		 236 aa  185  4e-46  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7015  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  43.61 
 
 		 241 aa  180  1e-44  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0954558  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3374  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  44.93 
 
 		 256 aa  179  4.999999999999999e-44  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5764  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  41.48 
 
 		 237 aa  178  5.999999999999999e-44  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0784  hypothetical protein  45.85 
 
 		 237 aa  178  7e-44  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.195176  normal  1 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5762  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  44.05 
 
 		 241 aa  177  2e-43  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6918  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  42.49 
 
 		 255 aa  176  4e-43  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0075  hypothetical protein  44.98 
 
 		 237 aa  175  5e-43  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5598  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  42.24 
 
 		 239 aa  174  9.999999999999999e-43  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00118165 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6128  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  45.58 
 
 		 236 aa  171  6.999999999999999e-42  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1834  cyclic nucleotide-binding protein  43.35 
 
 		 241 aa  170  1e-41  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6894  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  41.67 
 
 		 241 aa  171  1e-41  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.744269 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5568  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  41.92 
 
 		 239 aa  171  1e-41  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.192457  normal  0.0307688 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3386  cyclic nucleotide-binding protein  45.41 
 
 		 237 aa  169  3e-41  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0061  cyclic nucleotide-binding protein  45.41 
 
 		 237 aa  169  3e-41  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4765  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  39.65 
 
 		 244 aa  167  2e-40  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.156733  normal  0.417355 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0741  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  40.79 
 
 		 241 aa  166  2e-40  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5233  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  40.89 
 
 		 384 aa  166  4e-40  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.222219 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5843  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  42.92 
 
 		 254 aa  164  1.0000000000000001e-39  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.918646  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0788  cyclic nucleotide-binding  41.3 
 
 		 236 aa  164  1.0000000000000001e-39  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.417677  normal  1 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5879  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  42.59 
 
 		 255 aa  163  2.0000000000000002e-39  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.450162  normal  1 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5837  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  41.67 
 
 		 255 aa  159  3e-38  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.561164  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3376  cyclic nucleotide-binding protein  40.27 
 
 		 236 aa  159  4e-38  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1833  Crp/FNR family transcriptional regulator  46.61 
 
 		 237 aa  158  7e-38  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5885  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  44.33 
 
 		 219 aa  156  2e-37  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0789  cyclic nucleotide-binding  40.27 
 
 		 240 aa  154  1e-36  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.424436  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5274  Crp/FNR family transcriptional regulator  37.95 
 
 		 239 aa  145  4.0000000000000006e-34  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5585  Crp/FNR family transcriptional regulator  37.95 
 
 		 239 aa  145  4.0000000000000006e-34  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.808754 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3860  cyclic nucleotide-binding protein  43.42 
 
 		 237 aa  145  5e-34  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.123136 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4421  Crp/FNR family transcriptional regulator  37.61 
 
 		 243 aa  144  2e-33  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5104  Crp/FNR family transcriptional regulator  37.61 
 
 		 243 aa  144  2e-33  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5755  Crp/FNR family transcriptional regulator  37.61 
 
 		 243 aa  144  2e-33  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.132685 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2533  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  36.96 
 
 		 245 aa  142  4e-33  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.23322 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1115  Crp/FNR family transcriptional regulator  38.67 
 
 		 250 aa  142  4e-33  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.804671  normal  0.524469 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1684  Crp/FNR family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 239 aa  142  5e-33  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1693  Crp/FNR family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 239 aa  142  5e-33  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.3052  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5290  Crp/FNR family transcriptional regulator  37.05 
 
 		 239 aa  141  9e-33  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.420985  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5568  Crp/FNR family transcriptional regulator  37.05 
 
 		 239 aa  141  9e-33  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0542  Crp/FNR family transcriptional regulator  36.12 
 
 		 239 aa  140  9.999999999999999e-33  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.936935  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3744  cyclic nucleotide-binding protein  36.75 
 
 		 247 aa  141  9.999999999999999e-33  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3898  Crp/FNR family transcriptional regulator  37.05 
 
 		 239 aa  141  9.999999999999999e-33  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.472058  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0177  Crp/FNR family transcriptional regulator  35.68 
 
 		 238 aa  140  1.9999999999999998e-32  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1519  Crp/FNR family transcriptional regulator  37.72 
 
 		 239 aa  137  1e-31  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1315  CRP/FNR family transcriptional regulator  35.24 
 
 		 238 aa  137  1e-31  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.63413  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2132  Crp/FNR family transcriptional regulator  36.12 
 
 		 247 aa  137  1e-31  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0511998 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0876  transcriptional regulator-related protein  35.68 
 
 		 258 aa  137  2e-31  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1669  Crp/FNR family transcriptional regulator  36.61 
 
 		 244 aa  137  2e-31  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.0359086 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3742  cyclic nucleotide-binding protein  37.33 
 
 		 236 aa  136  3.0000000000000003e-31  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3820  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  35.71 
 
 		 239 aa  136  3.0000000000000003e-31  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.051999  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5993  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  36 
 
 		 246 aa  135  4e-31  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0397  CRP/FNR family transcriptional regulator  34.8 
 
 		 244 aa  134  8e-31  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.934312  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6495  Crp/FNR family transcriptional regulator  38.39 
 
 		 267 aa  134  9e-31  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.956501  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1647  CRP/FNR family transcriptional regulator  34.6 
 
 		 263 aa  134  9.999999999999999e-31  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.362036  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2530  Crp/FNR family transcriptional regulator  35.27 
 
 		 244 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.201087 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1714  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  35.27 
 
 		 244 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1130  Crp/FNR family transcriptional regulator  37.95 
 
 		 267 aa  133  1.9999999999999998e-30  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.440884 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1316  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  37.17 
 
 		 247 aa  132  6e-30  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.327041  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0905  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  34.82 
 
 		 243 aa  131  7.999999999999999e-30  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1390  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  33.62 
 
 		 236 aa  130  1.0000000000000001e-29  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4411  cyclic nucleotide-binding protein  35.56 
 
 		 238 aa  130  1.0000000000000001e-29  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.76047 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0678  transcriptional regulator-related protein  33.19 
 
 		 259 aa  130  2.0000000000000002e-29  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3549  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  35.96 
 
 		 239 aa  130  2.0000000000000002e-29  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4335  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  35.27 
 
 		 246 aa  129  3e-29  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.157616 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4275  cyclic nucleotide-binding protein  35.27 
 
 		 246 aa  129  3e-29  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0520  Crp/FNR family transcriptional regulator  36 
 
 		 239 aa  129  4.0000000000000003e-29  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5606  cyclic nucleotide-binding protein  37.34 
 
 		 241 aa  129  5.0000000000000004e-29  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4412  cyclic nucleotide-binding protein  34.07 
 
 		 234 aa  128  8.000000000000001e-29  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.758145 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1182  Crp/FNR family transcriptional regulator  32.89 
 
 		 240 aa  127  2.0000000000000002e-28  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.939173  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0413  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  34.36 
 
 		 240 aa  126  3e-28  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.37826  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1637  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  32.74 
 
 		 232 aa  126  3e-28  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0811489  hitchhiker  0.00000101787 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2043  cyclic nucleotide-binding  31.03 
 
 		 439 aa  125  4.0000000000000003e-28  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3818  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  36.16 
 
 		 265 aa  125  4.0000000000000003e-28  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.827272  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2740  CRP/FNR family transcriptional regulator  32.29 
 
 		 232 aa  125  4.0000000000000003e-28  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00150781  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2260  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  33.92 
 
 		 254 aa  125  6e-28  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3627  CRP/FNR family transcriptional regulator  33.78 
 
 		 245 aa  125  6e-28  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.460124 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1356  hypothetical protein  32.89 
 
 		 236 aa  125  8.000000000000001e-28  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.073199  normal  0.394003 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4415  CRP/FNR family transcriptional regulator  35.68 
 
 		 251 aa  125  8.000000000000001e-28  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2723  CRP/FNR family transcriptional regulator  32.14 
 
 		 232 aa  125  8.000000000000001e-28  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4113  CRP/FNR family transcriptional regulator  34.67 
 
 		 260 aa  124  1e-27  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5994  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  34.36 
 
 		 235 aa  124  1e-27  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3639  CRP/FNR family transcriptional regulator  34.22 
 
 		 260 aa  124  1e-27  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3464  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  35.06 
 
 		 257 aa  124  1e-27  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0401211  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2958  cyclic nucleotide-binding  35.53 
 
 		 248 aa  124  2e-27  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.369311  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2702  cyclic nucleotide-binding protein  31.88 
 
 		 230 aa  123  2e-27  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4966  cyclic nucleotide-binding protein  34.18 
 
 		 255 aa  122  3e-27  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.916319  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1537  hypothetical protein  32.89 
 
 		 236 aa  123  3e-27  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2486  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  34.65 
 
 		 266 aa  122  4e-27  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.215074  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1631  CRP/FNR family transcriptional regulator  33.63 
 
 		 248 aa  122  7e-27  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5720  Crp/FNR family transcriptional regulator  34.53 
 
 		 267 aa  121  9.999999999999999e-27  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.336903  hitchhiker  0.00164993 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1444  Crp/FNR family transcriptional regulator  33.19 
 
 		 231 aa  121  9.999999999999999e-27  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.382452 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1787  CRP/FNR family transcriptional regulator  34.42 
 
 		 232 aa  120  9.999999999999999e-27  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.22283  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4389  CRP/FNR family transcriptional regulator  33.19 
 
 		 260 aa  121  9.999999999999999e-27  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2551  transcriptional regulator-related protein  34.21 
 
 		 255 aa  119  3e-26  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>