52 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rfer_0470 on replicon NC_007908
Organism: Rhodoferax ferrireducens T118



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008825  Mpe_A2970  CheW protein  59.44 
 
 		 841 aa  966    Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0470  CheW protein  100 
 
 		 848 aa  1751    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3594  CheW protein  36.33 
 
 		 946 aa  536  1e-151  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0170517  normal  0.147677 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1760  CheW protein  37.35 
 
 		 875 aa  472  1.0000000000000001e-131  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1709  hypothetical protein  38.13 
 
 		 668 aa  417  9.999999999999999e-116  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1071  CheW protein  32.67 
 
 		 891 aa  386  1e-106  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2145  hypothetical protein  34.21 
 
 		 692 aa  342  2e-92  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0931  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  30.94 
 
 		 368 aa  95.5  4e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.219476  normal  0.828358 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0080  chemotaxis sensory transducer  32.91 
 
 		 362 aa  93.2  2e-17  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1080  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  30.57 
 
 		 368 aa  93.6  2e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1377  methyl-accepting chemotaxis protein  28.87 
 
 		 370 aa  87.4  0.000000000000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3313  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  32.97 
 
 		 361 aa  83.6  0.00000000000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0081  chemotaxis sensory transducer  32.45 
 
 		 362 aa  83.2  0.00000000000002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3960  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  29.41 
 
 		 367 aa  79.7  0.0000000000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.273719  normal  0.409706 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4260  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  30.21 
 
 		 352 aa  79.3  0.0000000000003  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0771  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  31.8 
 
 		 409 aa  78.6  0.0000000000004  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0082  chemotaxis sensory transducer  27.81 
 
 		 359 aa  77  0.000000000001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3999  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  30.61 
 
 		 362 aa  77  0.000000000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.80171  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2724  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  27.85 
 
 		 341 aa  77.4  0.000000000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.894036  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3892  putative methyl-accepting chemotaxis protein  28.94 
 
 		 352 aa  72.4  0.00000000003  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.344749 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0006  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  28.36 
 
 		 359 aa  69.3  0.0000000002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.906877  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4363  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  28.51 
 
 		 345 aa  70.1  0.0000000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.139679  normal  0.610806 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1930  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  29.47 
 
 		 366 aa  68.2  0.0000000006  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.702252  normal  0.0243578 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1126  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  26.61 
 
 		 351 aa  66.2  0.000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4930  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  31 
 
 		 362 aa  65.5  0.000000004  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.226636 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5068  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  30.91 
 
 		 371 aa  60.5  0.0000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0531667 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2343  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  28.79 
 
 		 377 aa  58.9  0.0000003  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2252  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  27.89 
 
 		 364 aa  57.4  0.000001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1975  chemotaxis sensory transducer  27.89 
 
 		 364 aa  57.4  0.000001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.129929  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2272  purine-binding chemotaxis protein CheW  25.87 
 
 		 164 aa  51.6  0.00005  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.124095  normal  0.11667 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_5006  CheW protein  32.37 
 
 		 147 aa  48.5  0.0005  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.0376173  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3202  purine-binding chemotaxis protein CheW  25.17 
 
 		 164 aa  48.1  0.0006  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1374  CheW protein  25.17 
 
 		 164 aa  48.1  0.0006  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.158762 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1367  CheW protein  25.17 
 
 		 164 aa  48.1  0.0006  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00367325 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1307  CheW protein  25.17 
 
 		 164 aa  48.1  0.0006  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.897711 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2551  putative CheW protein  25.17 
 
 		 164 aa  48.1  0.0007  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2911  putative CheW protein  25.17 
 
 		 164 aa  47  0.002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.810949  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2901  putative CheW protein  25.17 
 
 		 164 aa  47  0.002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.3057  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1462  CheW protein  25.17 
 
 		 164 aa  47  0.002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1347  CheW protein  24.65 
 
 		 159 aa  46.6  0.002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.161172  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3043  putative CheW protein  25.17 
 
 		 164 aa  47  0.002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.605856 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1351  CheW-like protein  23.78 
 
 		 164 aa  45.4  0.005  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1064  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer with Cache sensor  23.75 
 
 		 334 aa  45.1  0.005  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1643  CheW protein  25.17 
 
 		 161 aa  45.1  0.006  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3862  putative purine-binding chemotaxis protein  24.81 
 
 		 159 aa  45.1  0.006  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.71104  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3041  CheW protein  25.17 
 
 		 163 aa  44.7  0.007  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.0219579 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0470  putative CheW protein  24.11 
 
 		 165 aa  44.7  0.008  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.126414  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_45500  putative purine-binding chemotaxis protein  24.06 
 
 		 159 aa  44.3  0.009  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4332  purine-binding chemotaxis protein CheW  24.06 
 
 		 159 aa  44.3  0.01  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.300318  normal  0.430196 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1535  putative CheW protein  24.06 
 
 		 159 aa  44.3  0.01  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.107211  normal  0.640168 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3658  CheW protein  24.06 
 
 		 159 aa  44.3  0.01  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3901  CheW protein  24.06 
 
 		 159 aa  44.3  0.01  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>