129 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_2061 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007958  RPD_2061  PilT protein-like  100 
 
 		 137 aa  277  3e-74  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.464796 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2204  PilT protein domain protein  81.02 
 
 		 136 aa  214  2.9999999999999998e-55  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0058  PilT protein domain protein  63.7 
 
 		 148 aa  182  1.0000000000000001e-45  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0151  PilT protein domain protein  64.18 
 
 		 137 aa  173  6e-43  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.85559  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1433  NtrR protein  63.08 
 
 		 140 aa  173  9e-43  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1509  PilT domain-containing protein  54.86 
 
 		 147 aa  153  9e-37  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.203613  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2366  PilT protein domain protein  46.92 
 
 		 137 aa  115  1.9999999999999998e-25  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1769  hypothetical protein  42.75 
 
 		 131 aa  98.6  3e-20  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3558  PilT domain-containing protein  41.98 
 
 		 128 aa  95.9  2e-19  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3905  PilT domain-containing protein  36.84 
 
 		 134 aa  95.1  3e-19  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.646522  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1868  PilT domain-containing protein  35.11 
 
 		 133 aa  91.7  3e-18  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00000212984  n/a   
 
 
-
 
NC_010070  Bmul_6255  PilT domain-containing protein  40.3 
 
 		 135 aa  87  7e-17  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0358672  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2472  virulence associated protein C  35.11 
 
 		 133 aa  87  8e-17  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  decreased coverage  0.00148493  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2826  PilT protein-like  38.35 
 
 		 135 aa  86.7  1e-16  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.640016  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0602  PilT protein domain protein  33.58 
 
 		 135 aa  86.7  1e-16  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.191075  n/a   
 
 
-
 
NC_008545  Bcen2424_6878  PilT domain-containing protein  39.55 
 
 		 136 aa  84  7e-16  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.425666  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3757  PilT domain-containing protein  40.46 
 
 		 135 aa  82  0.000000000000003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  hitchhiker  0.00272094  normal  0.0228653 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1876  PilT protein domain protein  39.23 
 
 		 129 aa  81.6  0.000000000000003  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3729  PilT protein-like  36.57 
 
 		 133 aa  79.3  0.00000000000001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.294534  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0091  PilT domain-containing protein  35.34 
 
 		 132 aa  79.3  0.00000000000001  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4147  PilT domain-containing protein  36.76 
 
 		 134 aa  79.7  0.00000000000001  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.448502  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4624  PilT domain-containing protein  35.82 
 
 		 136 aa  79.7  0.00000000000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.723585  normal  0.112001 
 
 
-
 
NC_002967  TDE2127  vapC protein, putative  32.33 
 
 		 133 aa  79.3  0.00000000000002  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2719  PilT protein-like  37.23 
 
 		 151 aa  79.3  0.00000000000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.116591 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2552  PilT domain-containing protein  39.26 
 
 		 152 aa  79  0.00000000000002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.748536  normal  0.0339823 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1484  hypothetical protein  33.83 
 
 		 141 aa  79  0.00000000000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.174904  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0728  PilT protein domain protein  37.41 
 
 		 132 aa  79.3  0.00000000000002  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.741529  hitchhiker  0.0000801582 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1319  PilT protein domain protein  37.4 
 
 		 140 aa  78.2  0.00000000000004  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0442  nitrogen regulatory protein NtrR  37.31 
 
 		 134 aa  76.3  0.0000000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.315733  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3267  plasmid maintenance protein  35.82 
 
 		 132 aa  75.1  0.0000000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3368  plasmid maintenance protein  35.82 
 
 		 133 aa  75.5  0.0000000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.911  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1623  virulence associated protein VagD, putative  36.76 
 
 		 134 aa  73.6  0.0000000000009  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1045  virulence-associated protein, putative  33.58 
 
 		 134 aa  73.6  0.0000000000009  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.491192  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0894  PilT protein, N-terminal  34.33 
 
 		 134 aa  72.8  0.000000000001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.282292 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3680  PilT protein domain protein  30.6 
 
 		 134 aa  72.8  0.000000000001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1627  PilT protein domain protein  34.33 
 
 		 136 aa  72.8  0.000000000001  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.733144  normal  0.420461 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2669  PilT protein-like  32.09 
 
 		 132 aa  72.8  0.000000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0691561  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_36180  PilT domain-containing protein  32.85 
 
 		 136 aa  72  0.000000000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1325  nucleic acid binding protein  35.29 
 
 		 133 aa  71.2  0.000000000004  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  unclonable  0.000000000000354508  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3732  nucleic acid-binding protein  31.82 
 
 		 132 aa  70.9  0.000000000005  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0688  PilT domain-containing protein  33.58 
 
 		 132 aa  70.5  0.000000000007  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.442109  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1461  PilT protein domain protein  31.34 
 
 		 134 aa  70.5  0.000000000007  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0286  PilT protein domain protein  31.11 
 
 		 135 aa  70.5  0.000000000008  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.024358  decreased coverage  0.0024847 
 
 
-
 
NC_009973  Haur_5055  PilT domain-containing protein  32.06 
 
 		 133 aa  69.7  0.00000000001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2129  virulence-associated protein, putative  33.58 
 
 		 136 aa  68.6  0.00000000003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.0156283  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1788  PilT protein domain protein  33.58 
 
 		 136 aa  68.6  0.00000000003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.813085  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2655  PIN domain protein  34.88 
 
 		 128 aa  68.2  0.00000000004  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009430  Rsph17025_4187  DNA replication protein-like protein  32.61 
 
 		 135 aa  67.8  0.00000000005  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.49294 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2391  PIN (PilT N terminus) domain  40.43 
 
 		 95 aa  67.4  0.00000000006  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1533  PilT protein domain protein  35.11 
 
 		 132 aa  67.4  0.00000000006  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.0497484  hitchhiker  0.000597174 
 
 
-
 
NC_007489  RSP_4076  plamid maintenance protein  31.88 
 
 		 135 aa  67  0.00000000007  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1067  PilT protein domain protein  32.84 
 
 		 134 aa  66.6  0.0000000001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0138  PilT domain-containing protein  30.6 
 
 		 133 aa  66.2  0.0000000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0156  PilT protein domain protein  33.58 
 
 		 134 aa  66.6  0.0000000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_8106  PilT protein domain protein  34.56 
 
 		 138 aa  65.5  0.0000000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0483  PilT domain-containing protein  38.06 
 
 		 133 aa  65.9  0.0000000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0478  virulence-associated protein, putative  34.81 
 
 		 134 aa  66.2  0.0000000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0638  PilT protein domain protein  34.81 
 
 		 136 aa  65.9  0.0000000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3939  PilT protein domain protein  34.35 
 
 		 133 aa  65.9  0.0000000002  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1127  PilT domain-containing protein  31.34 
 
 		 133 aa  65.1  0.0000000003  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.539233 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2936  PilT domain-containing protein  35.46 
 
 		 130 aa  64.7  0.0000000004  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.203821 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3320  PilT protein-like  30.6 
 
 		 133 aa  63.9  0.0000000008  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2777  PilT protein domain protein  32.12 
 
 		 134 aa  63.2  0.000000001  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0440  PilT protein-like  32.35 
 
 		 134 aa  62  0.000000002  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.000179252  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0154  PilT domain-containing protein  30.6 
 
 		 133 aa  62.4  0.000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4731  VagD  33.58 
 
 		 138 aa  62.8  0.000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.761951  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1213  virulence associated protein C  28.89 
 
 		 138 aa  61.2  0.000000004  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1063  PilT protein domain protein  32.35 
 
 		 139 aa  61.2  0.000000004  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.471234  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3988  PilT protein domain protein  32.06 
 
 		 133 aa  61.2  0.000000005  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.0532731 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2951  PilT domain-containing protein  32.84 
 
 		 136 aa  60.5  0.000000007  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0152  PilT protein domain protein  28.57 
 
 		 134 aa  60.5  0.000000008  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2281  PilT protein domain protein  37.86 
 
 		 113 aa  60.5  0.000000008  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.913458  hitchhiker  0.0000308693 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03915  predicted nucleic acid-binding protein,contains PIN domain  32.67 
 
 		 101 aa  58.9  0.00000002  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.968864  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2597  PilT protein-like protein  33.59 
 
 		 133 aa  58.5  0.00000003  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1045  PilT domain-containing protein  32 
 
 		 139 aa  58.2  0.00000003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0543043  normal  0.324928 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0898  PilT protein domain protein  34.06 
 
 		 131 aa  58.2  0.00000004  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.185586  normal  0.0272728 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4437  PilT protein-like  32.82 
 
 		 134 aa  57.8  0.00000005  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1771  hypothetical protein  30.15 
 
 		 133 aa  57.4  0.00000006  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3968  PilT domain-containing protein  32.84 
 
 		 135 aa  57.4  0.00000006  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.10464  normal  0.34904 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3269  PilT protein-like  29.77 
 
 		 133 aa  56.6  0.0000001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.159462  hitchhiker  0.00995267 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3682  PilT domain-containing protein  34.81 
 
 		 134 aa  56.6  0.0000001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.362926  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3942  PilT protein domain protein  30.66 
 
 		 152 aa  56.2  0.0000001  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6178  PilT protein, N-terminal  30.53 
 
 		 133 aa  56.2  0.0000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.382745  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1337  PilT protein domain protein  30.53 
 
 		 129 aa  55.8  0.0000002  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.1325  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4794  PilT protein-like  36.76 
 
 		 138 aa  55.1  0.0000003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0270873  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1138  PilT domain-containing protein  26.72 
 
 		 133 aa  55.1  0.0000003  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3461  PilT domain-containing protein  31.85 
 
 		 135 aa  55.1  0.0000004  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.999718 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1566  PilT domain-containing protein  36.96 
 
 		 140 aa  54.3  0.0000006  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.123163  normal  0.225999 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1545  PilT domain-containing protein  35.77 
 
 		 140 aa  53.9  0.0000008  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.230093  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3991  PilT protein domain protein  29.93 
 
 		 152 aa  53.9  0.0000008  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.10183 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4014  PilT protein domain protein  31.43 
 
 		 137 aa  53.5  0.0000009  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  hitchhiker  0.00102621  hitchhiker  0.000259631 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2468  PilT protein domain protein  27.59 
 
 		 135 aa  53.5  0.000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0500169  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0701  PilT protein domain protein  28.24 
 
 		 136 aa  53.1  0.000001  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.528227 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0420  PilT protein domain protein  29.93 
 
 		 137 aa  52.4  0.000002  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0414  PilT protein domain protein  27.08 
 
 		 135 aa  51.2  0.000004  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0795  PilT protein-like protein  37.23 
 
 		 95 aa  50.1  0.00001  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010488  EcSMS35_A0141  plasmid maintenance protein VagD  33.09 
 
 		 138 aa  48.9  0.00002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0657  PilT protein domain protein  28.91 
 
 		 129 aa  48.5  0.00003  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009788  EcE24377A_D0017  PilT domain-containing protein  33.09 
 
 		 138 aa  48.5  0.00003  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.461831  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2505  PilT protein-like  26.53 
 
 		 147 aa  48.1  0.00004  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.00228638  normal  0.384652 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>