181 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_0483 on replicon NC_008686
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008686  Pden_0483  PilT domain-containing protein  100 
 
 		 133 aa  267  4e-71  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0442  nitrogen regulatory protein NtrR  68.94 
 
 		 134 aa  194  3e-49  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.315733  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4147  PilT domain-containing protein  68.94 
 
 		 134 aa  186  1e-46  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.448502  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0156  PilT protein domain protein  64.39 
 
 		 134 aa  179  1e-44  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3729  PilT protein-like  64.39 
 
 		 133 aa  177  4.999999999999999e-44  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.294534  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1319  PilT protein domain protein  60.47 
 
 		 140 aa  162  1.0000000000000001e-39  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1876  PilT protein domain protein  64.84 
 
 		 129 aa  162  1.0000000000000001e-39  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010070  Bmul_6255  PilT domain-containing protein  55.64 
 
 		 135 aa  155  2e-37  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0358672  normal  1 
 
 
-
 
NC_008545  Bcen2424_6878  PilT domain-containing protein  56.39 
 
 		 136 aa  154  3e-37  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.425666  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2597  PilT protein-like protein  58.02 
 
 		 133 aa  145  2.0000000000000003e-34  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3732  nucleic acid-binding protein  49.23 
 
 		 132 aa  140  8e-33  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2655  PIN domain protein  51.56 
 
 		 128 aa  136  1e-31  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1484  hypothetical protein  49.61 
 
 		 141 aa  127  7.000000000000001e-29  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.174904  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2719  PilT protein-like  43.28 
 
 		 151 aa  123  1e-27  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.116591 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2281  PilT protein domain protein  50.45 
 
 		 113 aa  112  2.0000000000000002e-24  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.913458  hitchhiker  0.0000308693 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3757  PilT domain-containing protein  49.62 
 
 		 135 aa  112  2.0000000000000002e-24  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  hitchhiker  0.00272094  normal  0.0228653 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0638  PilT protein domain protein  45.52 
 
 		 136 aa  110  6e-24  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0478  virulence-associated protein, putative  44.62 
 
 		 134 aa  109  1.0000000000000001e-23  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009430  Rsph17025_4187  DNA replication protein-like protein  44.44 
 
 		 135 aa  106  1e-22  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.49294 
 
 
-
 
NC_007489  RSP_4076  plamid maintenance protein  45.19 
 
 		 135 aa  105  3e-22  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2391  PIN (PilT N terminus) domain  53.68 
 
 		 95 aa  104  4e-22  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2552  PilT domain-containing protein  43.28 
 
 		 152 aa  102  2e-21  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.748536  normal  0.0339823 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0152  PilT protein domain protein  44.7 
 
 		 134 aa  101  3e-21  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3558  PilT domain-containing protein  46.15 
 
 		 128 aa  100  9e-21  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0688  PilT domain-containing protein  42.11 
 
 		 132 aa  98.2  3e-20  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.442109  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0602  PilT protein domain protein  42.31 
 
 		 135 aa  97.1  8e-20  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.191075  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2366  PilT protein domain protein  43.41 
 
 		 137 aa  96.7  9e-20  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2669  PilT protein-like  43.07 
 
 		 132 aa  96.3  1e-19  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0691561  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1045  virulence-associated protein, putative  42.11 
 
 		 134 aa  95.5  2e-19  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.491192  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4731  VagD  45.52 
 
 		 138 aa  95.9  2e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.761951  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0728  PilT protein domain protein  39.84 
 
 		 132 aa  95.9  2e-19  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.741529  hitchhiker  0.0000801582 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3905  PilT domain-containing protein  42.64 
 
 		 134 aa  94.7  3e-19  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.646522  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0091  PilT domain-containing protein  40.62 
 
 		 132 aa  94.7  4e-19  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0440  PilT protein-like  39.55 
 
 		 134 aa  93.2  1e-18  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.000179252  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2951  PilT domain-containing protein  43.61 
 
 		 136 aa  93.2  1e-18  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0894  PilT protein, N-terminal  42.11 
 
 		 134 aa  92  2e-18  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.282292 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1433  NtrR protein  42.64 
 
 		 140 aa  92.4  2e-18  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0795  PilT protein-like protein  50.55 
 
 		 95 aa  92  3e-18  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2777  PilT protein domain protein  39.1 
 
 		 134 aa  91.3  4e-18  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_8106  PilT protein domain protein  43.18 
 
 		 138 aa  90.1  9e-18  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0898  PilT protein domain protein  42.75 
 
 		 131 aa  89.4  1e-17  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.185586  normal  0.0272728 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1138  PilT domain-containing protein  38.46 
 
 		 133 aa  90.1  1e-17  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3267  plasmid maintenance protein  37.12 
 
 		 132 aa  88.6  2e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0151  PilT protein domain protein  41.35 
 
 		 137 aa  88.6  2e-17  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.85559  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2826  PilT protein-like  42.31 
 
 		 135 aa  88.6  3e-17  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.640016  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1868  PilT domain-containing protein  40.46 
 
 		 133 aa  87.8  4e-17  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00000212984  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3368  plasmid maintenance protein  37.12 
 
 		 133 aa  87.8  4e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.911  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1325  nucleic acid binding protein  39.85 
 
 		 133 aa  87.4  5e-17  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  unclonable  0.000000000000354508  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4624  PilT domain-containing protein  40.6 
 
 		 136 aa  87.8  5e-17  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.723585  normal  0.112001 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1063  PilT protein domain protein  40.44 
 
 		 139 aa  87.4  6e-17  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.471234  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1769  hypothetical protein  38.58 
 
 		 131 aa  85.5  2e-16  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2472  virulence associated protein C  40.77 
 
 		 133 aa  85.1  3e-16  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  decreased coverage  0.00148493  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1213  virulence associated protein C  41.67 
 
 		 138 aa  85.1  3e-16  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3680  PilT protein domain protein  38.35 
 
 		 134 aa  84.7  3e-16  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1627  PilT protein domain protein  38.81 
 
 		 136 aa  84.3  5e-16  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.733144  normal  0.420461 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1771  hypothetical protein  38.06 
 
 		 133 aa  83.6  9e-16  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE2127  vapC protein, putative  35.11 
 
 		 133 aa  83.2  0.000000000000001  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1545  PilT domain-containing protein  46.27 
 
 		 140 aa  82.4  0.000000000000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.230093  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03915  predicted nucleic acid-binding protein,contains PIN domain  45 
 
 		 101 aa  82  0.000000000000002  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.968864  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0058  PilT protein domain protein  40.15 
 
 		 148 aa  81.3  0.000000000000004  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1461  PilT protein domain protein  41.79 
 
 		 134 aa  81.3  0.000000000000004  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1788  PilT protein domain protein  37.12 
 
 		 136 aa  81.3  0.000000000000004  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.813085  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2129  virulence-associated protein, putative  37.12 
 
 		 136 aa  81.3  0.000000000000004  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.0156283  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1566  PilT domain-containing protein  45.52 
 
 		 140 aa  81.3  0.000000000000004  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.123163  normal  0.225999 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3269  PilT protein-like  40.77 
 
 		 133 aa  80.9  0.000000000000005  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.159462  hitchhiker  0.00995267 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1509  PilT domain-containing protein  36.36 
 
 		 147 aa  80.1  0.000000000000008  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.203613  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0286  PilT protein domain protein  35.66 
 
 		 135 aa  78.2  0.00000000000004  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.024358  decreased coverage  0.0024847 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1067  PilT protein domain protein  38.64 
 
 		 134 aa  78.2  0.00000000000004  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3968  PilT domain-containing protein  41.22 
 
 		 135 aa  77.4  0.00000000000006  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.10464  normal  0.34904 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2936  PilT domain-containing protein  39.23 
 
 		 130 aa  77  0.00000000000007  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.203821 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3320  PilT protein-like  36.09 
 
 		 133 aa  75.9  0.0000000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0154  PilT domain-containing protein  35.34 
 
 		 133 aa  75.1  0.0000000000003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4794  PilT protein-like  46.27 
 
 		 138 aa  74.7  0.0000000000004  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0270873  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0234  PilT domain-containing protein  38.24 
 
 		 136 aa  74.3  0.0000000000005  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.749646 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4437  PilT protein-like  42.11 
 
 		 134 aa  73.9  0.0000000000006  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009973  Haur_5055  PilT domain-containing protein  40.6 
 
 		 133 aa  74.3  0.0000000000006  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1127  PilT domain-containing protein  35.29 
 
 		 133 aa  73.6  0.0000000000008  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.539233 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1337  PilT protein domain protein  36.43 
 
 		 129 aa  73.6  0.0000000000009  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.1325  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_36180  PilT domain-containing protein  34.59 
 
 		 136 aa  73.6  0.000000000001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1623  virulence associated protein VagD, putative  37.78 
 
 		 134 aa  72  0.000000000003  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3461  PilT domain-containing protein  39.69 
 
 		 135 aa  71.6  0.000000000003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.999718 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1533  PilT protein domain protein  36.15 
 
 		 132 aa  70.9  0.000000000005  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.0497484  hitchhiker  0.000597174 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3988  PilT protein domain protein  36.15 
 
 		 133 aa  70.5  0.000000000008  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.0532731 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0138  PilT domain-containing protein  35.56 
 
 		 133 aa  70.5  0.000000000008  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6178  PilT protein, N-terminal  38.76 
 
 		 133 aa  69.7  0.00000000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.382745  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0701  PilT protein domain protein  31.78 
 
 		 136 aa  68.6  0.00000000003  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.528227 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1681  PilT protein-like  38.69 
 
 		 136 aa  68.2  0.00000000004  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.116331  normal  0.664267 
 
 
-
 
NC_010488  EcSMS35_A0141  plasmid maintenance protein VagD  41.04 
 
 		 138 aa  67  0.00000000008  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3939  PilT protein domain protein  36.15 
 
 		 133 aa  66.6  0.0000000001  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009788  EcE24377A_D0017  PilT domain-containing protein  40.3 
 
 		 138 aa  66.2  0.0000000001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.461831  n/a   
 
 
-
 
NC_013163  Cyan8802_4589  PilT protein domain protein  31.16 
 
 		 139 aa  65.5  0.0000000002  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  hitchhiker  0.000022459  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2061  PilT protein-like  38.06 
 
 		 137 aa  65.9  0.0000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.464796 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2204  PilT protein domain protein  38.35 
 
 		 136 aa  65.9  0.0000000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2721  PilT protein-like protein  34.62 
 
 		 125 aa  64.3  0.0000000005  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.865953  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0630  PilT protein domain protein  32.61 
 
 		 137 aa  63.9  0.0000000007  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.317071 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_23550  predicted nucleic acid-binding protein, contains PIN domain protein  38.1 
 
 		 142 aa  63.5  0.0000000008  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.46968  normal  0.640927 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2795  PilT domain-containing protein  33.33 
 
 		 140 aa  62.8  0.000000001  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.517688  normal  0.128803 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3682  PilT domain-containing protein  35.56 
 
 		 134 aa  61.6  0.000000004  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.362926  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4600  putative nitrogen regulatory protein (NtrR-like), putative virulence associated protein (vap)  39.86 
 
 		 135 aa  60.1  0.000000009  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.660475  normal  1 
 
 
-
 
NC_011885  Cyan7425_0155  PilT protein domain protein  32.61 
 
 		 139 aa  60.1  0.000000009  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  n/a    normal  0.538447 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>