More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ppha_1426 on replicon NC_011060
Organism: Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011060  Ppha_1426  histone family protein DNA-binding protein  100 
 
 		 102 aa  204  3e-52  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0461  histone family protein DNA-binding protein  91.18 
 
 		 102 aa  186  7e-47  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.376006  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1724  histone-like DNA-binding protein  91.92 
 
 		 102 aa  186  1e-46  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.142965  normal  0.165722 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0424  histone family protein DNA-binding protein  89.22 
 
 		 102 aa  184  3e-46  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.0149855  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0356  histone family protein DNA-binding protein  86.87 
 
 		 102 aa  177  4.999999999999999e-44  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0564  histone-like DNA-binding protein  82.18 
 
 		 102 aa  169  9e-42  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1992  histone family protein DNA-binding protein  82.65 
 
 		 99 aa  164  4e-40  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  decreased coverage  0.0074793  normal  0.250036 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0848  histone-like DNA-binding protein  79.21 
 
 		 102 aa  164  5e-40  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1786  histone family protein DNA-binding protein  79.21 
 
 		 103 aa  163  1.0000000000000001e-39  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  0.0401434 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4105  nucleoid protein Hbs  46.67 
 
 		 110 aa  90.1  1e-17  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.340401  normal  1 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0579  histone-like DNA-binding protein  50 
 
 		 91 aa  89.4  2e-17  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.410031  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2092  nucleoid protein Hbs  50 
 
 		 91 aa  89.4  2e-17  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3890  histone family protein DNA-binding protein  44.66 
 
 		 106 aa  88.6  2e-17  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  hitchhiker  0.00577946  normal  0.782973 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0892  histone-like DNA-binding protein  50 
 
 		 91 aa  88.2  4e-17  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.879625  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_17471  histone-like DNA-binding protein  50 
 
 		 91 aa  88.2  4e-17  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.631409  normal  1 
 
 
-
 
NC_013206  Aaci_3021  histone family protein DNA-binding protein  45.45 
 
 		 91 aa  87  7e-17  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_13741  histone-like DNA-binding protein  48.81 
 
 		 92 aa  87  8e-17  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_05711  histone-like DNA-binding protein  48.81 
 
 		 91 aa  86.7  9e-17  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.761988 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_1419  histone-like DNA-binding protein  48.81 
 
 		 91 aa  87  9e-17  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_14821  histone-like DNA-binding protein  48.81 
 
 		 91 aa  87  9e-17  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2602  DNA-binding protein HU  46.51 
 
 		 96 aa  85.5  2e-16  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0717937  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_15071  histone-like DNA-binding protein  47.62 
 
 		 91 aa  85.9  2e-16  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_15201  histone-like DNA-binding protein  47.62 
 
 		 91 aa  85.9  2e-16  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.581406  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1041  DNA-binding protein HU  43.68 
 
 		 90 aa  85.1  3e-16  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.436255  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1560  histone family protein DNA-binding protein  43.68 
 
 		 90 aa  85.1  3e-16  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.768925  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1870  histone family protein DNA-binding protein  47.62 
 
 		 91 aa  85.1  3e-16  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00502599 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1530  histone family protein DNA-binding protein  43.68 
 
 		 90 aa  85.1  3e-16  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.277737  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0868  histone-like DNA-binding protein  46.51 
 
 		 95 aa  84.3  4e-16  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0392256  normal  0.0328691 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2154  histone family protein DNA-binding protein  41.38 
 
 		 90 aa  84  7e-16  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.000000552537  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3585  integration host factor subunit beta  52.94 
 
 		 95 aa  83.6  8e-16  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0516176  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1673  DNA-binding protein HU  40.23 
 
 		 90 aa  83.6  0.000000000000001  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.0000325838  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1637  DNA-binding protein HU  40.23 
 
 		 90 aa  83.6  0.000000000000001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  decreased coverage  0.00420342  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3779  DNA-binding protein HU  40.23 
 
 		 90 aa  83.6  0.000000000000001  Bacillus cereus G9842  Bacteria  decreased coverage  0.000354145  normal  0.961445 
 
 
-
 
NC_005945  BAS1420  DNA-binding protein HU  40.23 
 
 		 90 aa  83.6  0.000000000000001  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.190218  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1434  histone family protein DNA-binding protein  40.23 
 
 		 90 aa  83.6  0.000000000000001  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.087278  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1392  DNA-binding protein HU  40.23 
 
 		 90 aa  83.6  0.000000000000001  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.011833  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1392  DNA-binding protein HU  40.23 
 
 		 90 aa  83.6  0.000000000000001  Bacillus cereus E33L  Bacteria  decreased coverage  0.00000512711  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0069  integration host factor subunit beta  44.71 
 
 		 104 aa  82.8  0.000000000000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0203936  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1308  integration host factor, alpha subunit  47.62 
 
 		 96 aa  83.6  0.000000000000001  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.110729  normal  0.113899 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1371  integration host factor subunit beta  47.06 
 
 		 92 aa  82.8  0.000000000000001  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1199  integration host factor, beta subunit  44.57 
 
 		 108 aa  83.2  0.000000000000001  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1531  DNA-binding protein HU  40.23 
 
 		 90 aa  83.6  0.000000000000001  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.259543  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0638  integration host factor subunit beta  44.71 
 
 		 101 aa  82.8  0.000000000000001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.0567003 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1233  histone family protein DNA-binding protein  40.23 
 
 		 90 aa  83.6  0.000000000000001  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.0133564  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2837  integration host factor, alpha subunit  47.62 
 
 		 96 aa  83.6  0.000000000000001  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.560391 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1604  DNA-binding protein HU  40.23 
 
 		 90 aa  83.6  0.000000000000001  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000159132 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1566  DNA-binding protein HU  40.23 
 
 		 90 aa  83.6  0.000000000000001  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.236067  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0097  integration host factor, beta subunit  46.99 
 
 		 101 aa  83.2  0.000000000000001  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2127  histone family protein DNA-binding protein  43.53 
 
 		 91 aa  82  0.000000000000002  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.053559  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2156  histone family protein DNA-binding protein  44.32 
 
 		 91 aa  82.4  0.000000000000002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3125  histone family protein DNA-binding protein  45.05 
 
 		 112 aa  82.4  0.000000000000002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0598577  decreased coverage  0.00823154 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0194  integration host factor subunit beta  44.71 
 
 		 101 aa  82.8  0.000000000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.165433  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0066  integration host factor subunit beta  44.71 
 
 		 101 aa  82  0.000000000000002  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1027  integration host factor subunit beta  45 
 
 		 95 aa  82.4  0.000000000000002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.692132  normal  0.669303 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3207  histone family protein DNA-binding protein  41.67 
 
 		 91 aa  82  0.000000000000003  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0058  integration host factor subunit beta  44.71 
 
 		 101 aa  82  0.000000000000003  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0950435  normal  0.185512 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3240  histone family protein DNA-binding protein  40.22 
 
 		 168 aa  81.6  0.000000000000003  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0908312  normal  0.935864 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0021  integration host factor subunit beta  40.62 
 
 		 103 aa  81.6  0.000000000000003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00013194 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4725  integration host factor, beta subunit  44.94 
 
 		 113 aa  81.3  0.000000000000004  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.929388  normal  1 
 
 
-
 
NC_008532  STER_1175  histone-like DNA-binding protein  42.53 
 
 		 91 aa  81.3  0.000000000000004  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  hitchhiker  0.000000211181  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3787  integration host factor subunit beta  50 
 
 		 95 aa  80.9  0.000000000000005  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0868324  hitchhiker  0.00129518 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1647  integration host factor subunit beta  44.79 
 
 		 101 aa  80.9  0.000000000000005  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0979657  normal  0.0681876 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0204  integration host factor, beta subunit  39.18 
 
 		 102 aa  80.9  0.000000000000005  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.137338  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1468  histone family protein DNA-binding protein  43.02 
 
 		 93 aa  81.3  0.000000000000005  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000686473  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1028  integration host factor subunit beta  45.74 
 
 		 98 aa  81.3  0.000000000000005  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.100562  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0894  nucleoid DNA-binding protein  41.38 
 
 		 91 aa  80.9  0.000000000000005  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  hitchhiker  8.08972e-16  hitchhiker  0.000000000000265027 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0179  integration host factor, beta subunit  39.18 
 
 		 102 aa  80.9  0.000000000000006  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.958396  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0219  histone family protein DNA-binding protein  39.08 
 
 		 96 aa  80.9  0.000000000000006  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.132966  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2142  histone family protein DNA-binding protein  42.05 
 
 		 91 aa  80.9  0.000000000000006  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0158969  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0121  integration host factor, beta subunit  39.18 
 
 		 102 aa  80.9  0.000000000000006  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.879931  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0465  histone family protein DNA-binding protein  39.08 
 
 		 90 aa  80.5  0.000000000000007  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0085  nucleoid protein Hbs  40.91 
 
 		 91 aa  80.5  0.000000000000007  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.0539634  normal  1 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1290  nucleoid protein Hbs  42.53 
 
 		 91 aa  80.5  0.000000000000007  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  hitchhiker  0.00000854913  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0092  integration host factor, alpha subunit  45.24 
 
 		 96 aa  80.1  0.000000000000009  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3213  histone-like DNA-binding protein  44.05 
 
 		 91 aa  80.1  0.000000000000009  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0292  integration host factor, beta subunit  41.41 
 
 		 100 aa  80.1  0.000000000000009  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.167242  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0765  nucleoid protein Hbs  42.53 
 
 		 91 aa  80.1  0.000000000000009  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.00000296782  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2066  histone family protein DNA-binding protein  45.24 
 
 		 96 aa  79.3  0.00000000000001  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0151573  normal  0.0307136 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2511  histone family protein DNA-binding protein  39.77 
 
 		 92 aa  79.7  0.00000000000001  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.0000000006954  n/a   
 
 
-
 
NC_010727  Mpop_5428  integration host factor, beta subunit  37.21 
 
 		 94 aa  80.1  0.00000000000001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0101  integration host factor subunit beta  43.53 
 
 		 103 aa  80.1  0.00000000000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.92315 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1686  DNA-binding protein HU-beta, NS1(HU-1)  40.91 
 
 		 90 aa  79.7  0.00000000000001  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  6.460310000000001e-19  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0059  integration host factor subunit beta  44.71 
 
 		 99 aa  79.7  0.00000000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0043  integration host factor subunit beta  44.71 
 
 		 99 aa  79.7  0.00000000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.621323  normal  0.262305 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0395  integration host factor subunit beta  43.53 
 
 		 101 aa  80.1  0.00000000000001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2403  histone family protein DNA-binding protein  40.23 
 
 		 90 aa  79.7  0.00000000000001  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  unclonable  0.00000000237544  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0740  histone family protein DNA-binding protein  40.48 
 
 		 126 aa  79.7  0.00000000000001  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3672  integration host factor, beta subunit  43.75 
 
 		 94 aa  79.7  0.00000000000001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1351  histone family protein DNA-binding protein  45.35 
 
 		 92 aa  79  0.00000000000002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0471037  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0075  histone family protein DNA-binding protein  37.93 
 
 		 91 aa  79.3  0.00000000000002  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0733  histone family protein DNA-binding protein  39.29 
 
 		 115 aa  79  0.00000000000002  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.721245  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1455  BHL, histone-like protein  40 
 
 		 92 aa  79.3  0.00000000000002  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000108393  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2060  histone family protein DNA-binding protein  43.18 
 
 		 91 aa  79.3  0.00000000000002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0698  histone-like DNA-binding protein  39.29 
 
 		 116 aa  79  0.00000000000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.151806  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2501  integration host factor, beta subunit  43.02 
 
 		 106 aa  79  0.00000000000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.201217  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0734  histone family protein DNA-binding protein  39.29 
 
 		 115 aa  79  0.00000000000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.15046  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0083  DNA-binding protein HU (DNA-binding protein II)  40.23 
 
 		 90 aa  79.3  0.00000000000002  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1504  integration host factor subunit beta  45.35 
 
 		 92 aa  79  0.00000000000002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000278051  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0153  integration host factor subunit beta  44.71 
 
 		 94 aa  78.6  0.00000000000003  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3286  histone family protein DNA-binding protein  43.82 
 
 		 109 aa  78.6  0.00000000000003  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  hitchhiker  0.00577956  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>