123 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pmen_4538 on replicon NC_009439
Organism: Pseudomonas mendocina ymp



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009439  Pmen_4538  putative GTP cyclohydrolase  100 
 
 		 296 aa  593  1e-168  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5658  putative GTP cyclohydrolase  63.14 
 
 		 298 aa  358  6e-98  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.207381 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_73050  putative GTP cyclohydrolase  65.65 
 
 		 298 aa  345  4e-94  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.131305  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6341  putative GTP cyclohydrolase  64.97 
 
 		 298 aa  338  4e-92  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5412  putative GTP cyclohydrolase  60.34 
 
 		 301 aa  334  1e-90  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.320234  normal  0.0811777 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5141  putative GTP cyclohydrolase  58.64 
 
 		 295 aa  332  5e-90  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.780092 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0191  putative GTP cyclohydrolase  57.29 
 
 		 304 aa  325  5e-88  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2439  protein of unknown function DUF198  55.99 
 
 		 314 aa  295  5e-79  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4498  putative GTP cyclohydrolase  50 
 
 		 308 aa  271  8.000000000000001e-72  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0923  putative GTP cyclohydrolase  48.97 
 
 		 306 aa  259  3e-68  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.134709  normal  0.123091 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1875  putative GTP cyclohydrolase  48.11 
 
 		 315 aa  250  2e-65  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2628  putative GTP cyclohydrolase  54.24 
 
 		 309 aa  246  4e-64  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.10548  normal  0.526872 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2269  putative GTP cyclohydrolase  47.73 
 
 		 301 aa  229  4e-59  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.660602  normal  0.10158 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2578  hypothetical protein  46.1 
 
 		 301 aa  226  3e-58  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.176733  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0301  putative GTP cyclohydrolase  44.71 
 
 		 306 aa  225  7e-58  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.624443  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1099  putative GTP cyclohydrolase  48 
 
 		 324 aa  224  1e-57  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0121166 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_29210  putative GTP cyclohydrolase  48.14 
 
 		 298 aa  223  2e-57  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3650  putative GTP cyclohydrolase  50.17 
 
 		 296 aa  222  4.9999999999999996e-57  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0777432  normal  0.310808 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2420  putative GTP cyclohydrolase  47.52 
 
 		 315 aa  221  9.999999999999999e-57  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3324  putative GTP cyclohydrolase  47.52 
 
 		 324 aa  218  7e-56  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.109803 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3035  putative GTP cyclohydrolase  48.12 
 
 		 316 aa  216  2.9999999999999998e-55  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.072271  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5331  putative GTP cyclohydrolase  48.12 
 
 		 316 aa  216  2.9999999999999998e-55  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.631653  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4937  putative GTP cyclohydrolase  48.12 
 
 		 306 aa  216  4e-55  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.233652  normal  0.418134 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0317  putative GTP cyclohydrolase  47.78 
 
 		 316 aa  208  7e-53  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0825  putative GTP cyclohydrolase  44.88 
 
 		 299 aa  204  1e-51  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.600623  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00695  putative GTP cyclohydrolase  48.03 
 
 		 297 aa  204  1e-51  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.24848  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0929  putative GTP cyclohydrolase  44.88 
 
 		 299 aa  202  5e-51  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1937  putative GTP cyclohydrolase  34.91 
 
 		 367 aa  132  1.0000000000000001e-29  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.166186 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4297  putative GTP cyclohydrolase  34.66 
 
 		 321 aa  130  4.0000000000000003e-29  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.872356 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1852  putative GTP cyclohydrolase  33.58 
 
 		 359 aa  126  6e-28  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.593154  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0501  putative GTP cyclohydrolase  33.58 
 
 		 359 aa  126  6e-28  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.291801  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0639  putative GTP cyclohydrolase  33.33 
 
 		 359 aa  125  8.000000000000001e-28  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.473028  normal  0.71626 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2411  putative GTP cyclohydrolase  33.45 
 
 		 367 aa  124  2e-27  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.556277  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2312  GTP cyclohydrolase I  34.53 
 
 		 359 aa  119  4.9999999999999996e-26  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.595965 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1857  putative GTP cyclohydrolase  33.09 
 
 		 362 aa  119  7.999999999999999e-26  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00229026 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1567  putative GTP cyclohydrolase  30.94 
 
 		 327 aa  113  4.0000000000000004e-24  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0199115  normal  0.180744 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0531  hypothetical protein  22.49 
 
 		 259 aa  81.3  0.00000000000002  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0781  protein of unknown function DUF198  23.41 
 
 		 290 aa  78.2  0.0000000000001  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  0.783967  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0615  putative GTP cyclohydrolase  23.99 
 
 		 257 aa  78.2  0.0000000000002  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0473  putative GTP cyclohydrolase  27.34 
 
 		 266 aa  76.3  0.0000000000006  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.0148017 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1321  putative GTP cyclohydrolase  26.62 
 
 		 259 aa  72.4  0.000000000009  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0144328 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2957  putative GTP cyclohydrolase  27.93 
 
 		 256 aa  70.9  0.00000000003  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.133521  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0457  putative GTP cyclohydrolase  25.17 
 
 		 266 aa  68.9  0.00000000009  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2210  putative GTP cyclohydrolase  23.53 
 
 		 269 aa  67.8  0.0000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3777  putative GTP cyclohydrolase  23.53 
 
 		 269 aa  67  0.0000000004  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.730227  normal  0.0392269 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3251  putative GTP cyclohydrolase  23.53 
 
 		 269 aa  66.2  0.0000000005  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.018819 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0883  putative GTP cyclohydrolase  23.96 
 
 		 270 aa  66.2  0.0000000006  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4485  putative GTP cyclohydrolase  23.53 
 
 		 269 aa  66.2  0.0000000006  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.791994  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3880  putative GTP cyclohydrolase  23.53 
 
 		 269 aa  66.2  0.0000000006  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.141532 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2032  putative GTP cyclohydrolase  25.86 
 
 		 268 aa  66.2  0.0000000006  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.527904  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3647  putative GTP cyclohydrolase  23.53 
 
 		 269 aa  66.2  0.0000000006  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0018  GTP cyclohydrolase  22.73 
 
 		 311 aa  65.5  0.0000000009  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2614  putative GTP cyclohydrolase  24.05 
 
 		 267 aa  65.1  0.000000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.307548  normal  0.812477 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2425  putative GTP cyclohydrolase  25.86 
 
 		 268 aa  65.1  0.000000001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1766  putative GTP cyclohydrolase  26.42 
 
 		 260 aa  64.7  0.000000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2220  putative GTP cyclohydrolase  25.17 
 
 		 268 aa  63.9  0.000000003  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2224  hypothetical protein  23.73 
 
 		 260 aa  63.5  0.000000004  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0906  putative GTP cyclohydrolase  22.79 
 
 		 259 aa  63.5  0.000000004  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.131356  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4819  putative GTP cyclohydrolase  22.84 
 
 		 269 aa  63.2  0.000000005  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.765957  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0489  GTP cyclohydrolase  25.94 
 
 		 266 aa  62.4  0.000000008  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.427836  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5367  protein of unknown function DUF198  25.41 
 
 		 333 aa  62.4  0.000000009  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0884  putative GTP cyclohydrolase  22.79 
 
 		 259 aa  62.4  0.000000009  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.310056  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1183  GTP cyclohydrolase  20.92 
 
 		 319 aa  62  0.00000001  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3275  putative GTP cyclohydrolase  24.74 
 
 		 276 aa  62  0.00000001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0615  putative GTP cyclohydrolase  25.34 
 
 		 277 aa  60.1  0.00000004  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_4100  hypothetical protein  24.14 
 
 		 257 aa  60.5  0.00000004  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.435749 
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_1148  GTP cyclohydrolase  22.59 
 
 		 309 aa  60.1  0.00000004  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.713445  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1766  GTP cyclohydrolase  24 
 
 		 269 aa  59.7  0.00000006  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00716669 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1681  protein of unknown function DUF198  24.83 
 
 		 263 aa  59.3  0.00000007  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.429419  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2630  GTP cyclohydrolase  25.51 
 
 		 300 aa  59.3  0.00000008  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0272371  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6780  putative GTP cyclohydrolase  22.49 
 
 		 268 aa  59.3  0.00000008  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.849591  hitchhiker  0.000971537 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0331  putative GTP cyclohydrolase  25.25 
 
 		 266 aa  58.9  0.00000009  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0841  putative GTP cyclohydrolase  25.25 
 
 		 266 aa  58.9  0.00000009  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2981  putative GTP cyclohydrolase  23.53 
 
 		 269 aa  58.9  0.00000009  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1514  putative GTP cyclohydrolase  25.25 
 
 		 277 aa  58.9  0.00000009  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1707  putative GTP cyclohydrolase  25.25 
 
 		 269 aa  58.9  0.0000001  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2533  putative GTP cyclohydrolase  25.25 
 
 		 269 aa  58.9  0.0000001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2391  putative GTP cyclohydrolase  25.25 
 
 		 269 aa  58.9  0.0000001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.075557  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0366  putative GTP cyclohydrolase  25.25 
 
 		 281 aa  58.5  0.0000001  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0480  GTP cyclohydrolase  22.22 
 
 		 326 aa  58.5  0.0000001  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3074  putative GTP cyclohydrolase  23.53 
 
 		 261 aa  57.8  0.0000002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0544454  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2826  putative GTP cyclohydrolase  22.15 
 
 		 268 aa  57.8  0.0000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0209  putative GTP cyclohydrolase  26.69 
 
 		 264 aa  58.2  0.0000002  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2260  GTP cyclohydrolase  24.17 
 
 		 340 aa  57.8  0.0000002  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0083  GTP cyclohydrolase  21.2 
 
 		 317 aa  57.4  0.0000003  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.0946746  normal  0.213046 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1583  GTP cyclohydrolase  25.32 
 
 		 309 aa  57.4  0.0000003  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.635232  normal  1 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0093  protein of unknown function DUF198  24.67 
 
 		 264 aa  57  0.0000004  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2039  hypothetical protein  21.89 
 
 		 267 aa  56.6  0.0000005  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.868554  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3692  putative GTP cyclohydrolase  23.71 
 
 		 267 aa  56.2  0.0000006  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0441  putative GTP cyclohydrolase  22.15 
 
 		 256 aa  56.2  0.0000007  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1052  protein of unknown function DUF198  26.12 
 
 		 268 aa  55.8  0.0000007  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2318  hypothetical protein  23.18 
 
 		 268 aa  55.8  0.0000008  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3787  putative GTP cyclohydrolase  23.71 
 
 		 267 aa  55.5  0.000001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3947  putative GTP cyclohydrolase  22.49 
 
 		 268 aa  55.5  0.000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0484  putative GTP cyclohydrolase  23.88 
 
 		 258 aa  55.1  0.000002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3230  putative GTP cyclohydrolase  25.44 
 
 		 274 aa  55.1  0.000002  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0212  putative GTP cyclohydrolase  21.36 
 
 		 292 aa  53.9  0.000003  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0589  putative GTP cyclohydrolase  20.07 
 
 		 292 aa  53.5  0.000004  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0603  putative GTP cyclohydrolase  20.07 
 
 		 292 aa  53.5  0.000004  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.534027  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1269  protein of unknown function DUF198  25.42 
 
 		 256 aa  53.1  0.000005  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  hitchhiker  0.0000812404  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>