158 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pmen_4153 on replicon NC_009439
Organism: Pseudomonas mendocina ymp



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009439  Pmen_4153  hypothetical protein  100 
 
 		 98 aa  200  5e-51  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.711245 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_03050  hypothetical protein  83.87 
 
 		 99 aa  161  3e-39  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.600451  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5322  hypothetical protein  76.04 
 
 		 96 aa  156  8e-38  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.219682 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002453  hypothetical protein  61.11 
 
 		 96 aa  116  9.999999999999999e-26  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03581  hypothetical protein  61.11 
 
 		 96 aa  114  3.9999999999999997e-25  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2480  hypothetical protein  59.09 
 
 		 95 aa  108  3e-23  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3043  hypothetical protein  56.47 
 
 		 98 aa  106  9.000000000000001e-23  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_3000  hypothetical protein  55.21 
 
 		 102 aa  105  2e-22  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0827  hypothetical protein  53.41 
 
 		 96 aa  105  2e-22  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.383726  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0828  hypothetical protein  53.41 
 
 		 96 aa  105  2e-22  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3359  hypothetical protein  53.93 
 
 		 96 aa  105  3e-22  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00160708 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0772  protein of unknown function DUF167  54.65 
 
 		 99 aa  104  4e-22  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.274479  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3453  hypothetical protein  54.55 
 
 		 96 aa  104  4e-22  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.129483  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3610  hypothetical protein  54.55 
 
 		 96 aa  103  5e-22  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3113  hypothetical protein  51.14 
 
 		 100 aa  104  5e-22  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3297  hypothetical protein  51.14 
 
 		 100 aa  104  5e-22  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02783  hypothetical protein  51.14 
 
 		 96 aa  103  6e-22  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0792239  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4256  hypothetical protein  51.14 
 
 		 96 aa  103  6e-22  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.863374 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0761  hypothetical protein  51.14 
 
 		 96 aa  103  6e-22  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.928779  hitchhiker  0.000411428 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3095  hypothetical protein  51.14 
 
 		 96 aa  103  6e-22  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000101375 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02746  hypothetical protein  51.14 
 
 		 96 aa  103  6e-22  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.0692262  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4033  hypothetical protein  56.1 
 
 		 96 aa  103  9e-22  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00799038 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0742  protein of unknown function DUF167  50 
 
 		 96 aa  102  1e-21  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3356  hypothetical protein  52.81 
 
 		 96 aa  103  1e-21  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0757  protein of unknown function DUF167  55.17 
 
 		 100 aa  103  1e-21  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0540  hypothetical protein  56 
 
 		 83 aa  102  1e-21  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.375057  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3385  hypothetical protein  50 
 
 		 100 aa  103  1e-21  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1190  hypothetical protein  53.41 
 
 		 96 aa  102  2e-21  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0932576  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0141  hypothetical protein  56.41 
 
 		 100 aa  102  2e-21  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00059827 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0010  hypothetical protein  52.81 
 
 		 96 aa  101  3e-21  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1261  hypothetical protein  53.41 
 
 		 96 aa  101  4e-21  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0266774  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2690  hypothetical protein  52.27 
 
 		 96 aa  100  5e-21  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.84388  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1191  hypothetical protein  52.27 
 
 		 96 aa  100  6e-21  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.245876  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1134  hypothetical protein  44.79 
 
 		 96 aa  100  6e-21  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.000408798  normal  0.51106 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3341  hypothetical protein  50 
 
 		 96 aa  99.8  1e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.380629 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1335  hypothetical protein  47.78 
 
 		 99 aa  99.4  1e-20  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000104044  hitchhiker  0.0000645688 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3028  hypothetical protein  47.78 
 
 		 99 aa  99.8  1e-20  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.00000974093  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3043  hypothetical protein  47.78 
 
 		 99 aa  99.8  1e-20  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000000539843  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3349  hypothetical protein  50 
 
 		 96 aa  99.8  1e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.113013 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3265  hypothetical protein  50 
 
 		 96 aa  99.8  1e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1229  hypothetical protein  51.22 
 
 		 95 aa  99.4  1e-20  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.000000279733  normal  0.270499 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3186  hypothetical protein  47.78 
 
 		 99 aa  99.8  1e-20  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.0000838616  normal  0.159887 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1124  hypothetical protein  54.43 
 
 		 90 aa  99.4  2e-20  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  decreased coverage  0.000000681191  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3445  hypothetical protein  50 
 
 		 96 aa  98.6  3e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.17166 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3276  hypothetical protein  50 
 
 		 96 aa  98.6  3e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.0223832 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1329  hypothetical protein  51.25 
 
 		 95 aa  97.8  4e-20  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00734042 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1657  hypothetical protein  56.79 
 
 		 99 aa  96.3  1e-19  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  decreased coverage  0.00000000278417  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2863  hypothetical protein  51.69 
 
 		 104 aa  95.1  2e-19  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.0097792  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0407  hypothetical protein  55.26 
 
 		 90 aa  92  2e-18  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0617  hypothetical protein  59.72 
 
 		 95 aa  89  2e-17  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000015411  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3887  hypothetical protein  51.09 
 
 		 97 aa  84.3  5e-16  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.117931  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0749  hypothetical protein  40.45 
 
 		 114 aa  82.4  0.000000000000002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  hitchhiker  0.00000231934  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0379  hypothetical protein  42.7 
 
 		 107 aa  81.3  0.000000000000004  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.650719  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2664  hypothetical protein  42.7 
 
 		 103 aa  80.9  0.000000000000005  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0569679  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_4080  hypothetical protein  49.38 
 
 		 105 aa  80.1  0.00000000000001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.012749  normal  0.0309367 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0579  hypothetical protein  51.85 
 
 		 105 aa  78.6  0.00000000000003  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.281087  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0413  protein of unknown function DUF167  50.67 
 
 		 101 aa  78.6  0.00000000000003  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00525213  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0864  hypothetical protein  47.89 
 
 		 107 aa  78.2  0.00000000000004  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2620  hypothetical protein  39.77 
 
 		 106 aa  77.8  0.00000000000004  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.896037 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3654  hypothetical protein  46.99 
 
 		 98 aa  77.8  0.00000000000004  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1088  protein of unknown function DUF167  52.11 
 
 		 98 aa  77.8  0.00000000000004  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  decreased coverage  0.0000000122907  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1167  hypothetical protein  42.17 
 
 		 102 aa  77.4  0.00000000000006  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000000704589  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0145  hypothetical protein  38.89 
 
 		 100 aa  77.4  0.00000000000007  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_05120  hypothetical protein  74.51 
 
 		 56 aa  75.1  0.0000000000003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0491  hypothetical protein  74.51 
 
 		 56 aa  75.1  0.0000000000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0022  hypothetical protein  45 
 
 		 103 aa  74.7  0.0000000000004  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1215  protein of unknown function DUF167  46.91 
 
 		 95 aa  74.3  0.0000000000005  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1087  hypothetical protein  46.91 
 
 		 95 aa  74.3  0.0000000000005  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1146  protein of unknown function DUF167  46.91 
 
 		 95 aa  74.3  0.0000000000005  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1715  protein of unknown function DUF167  38.89 
 
 		 101 aa  74.3  0.0000000000005  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.625283  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2104  hypothetical protein  36.67 
 
 		 99 aa  73.9  0.0000000000006  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3071  hypothetical protein  38.2 
 
 		 111 aa  73.9  0.0000000000007  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.0227257 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2508  protein of unknown function DUF167  37.78 
 
 		 101 aa  73.6  0.0000000000008  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0569  protein of unknown function DUF167  41.56 
 
 		 122 aa  73.2  0.000000000001  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0948  hypothetical protein  44 
 
 		 101 aa  73.2  0.000000000001  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.366521  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1126  hypothetical protein  46.91 
 
 		 95 aa  73.2  0.000000000001  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.179609  hitchhiker  0.00222352 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0912  hypothetical protein  36.78 
 
 		 101 aa  72  0.000000000002  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.671997  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0253  protein of unknown function DUF167  37.21 
 
 		 113 aa  71.6  0.000000000003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2130  hypothetical protein  44.57 
 
 		 105 aa  71.2  0.000000000005  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.343066 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1494  protein of unknown function DUF167  43.24 
 
 		 99 aa  71.2  0.000000000005  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.000000024184  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2722  protein of unknown function DUF167  43.24 
 
 		 99 aa  70.9  0.000000000006  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0384  hypothetical protein  46.05 
 
 		 125 aa  70.5  0.000000000006  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0121428 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2407  protein of unknown function DUF167  44.57 
 
 		 105 aa  70.5  0.000000000007  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.332829  normal  0.287495 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1164  hypothetical protein  40 
 
 		 102 aa  70.5  0.000000000007  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000107614  hitchhiker  0.00933281 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0717  hypothetical protein  39.02 
 
 		 94 aa  64.3  0.0000000005  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.00126091  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1117  hypothetical cytosolic protein  40 
 
 		 92 aa  63.9  0.0000000007  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.156258  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0328  hypothetical protein  40.96 
 
 		 107 aa  63.9  0.0000000008  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2087  protein of unknown function DUF167  44.71 
 
 		 110 aa  63.5  0.0000000009  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.969558  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1104  hypothetical protein  41.89 
 
 		 113 aa  62.8  0.000000001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.00701421  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0406  protein of unknown function DUF167  47.76 
 
 		 106 aa  63.2  0.000000001  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0260  conserved hypothetical protein TIGR00251, putative  48.15 
 
 		 116 aa  62.8  0.000000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5214  protein of unknown function DUF167  43.84 
 
 		 88 aa  62  0.000000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0437  protein of unknown function DUF167  48.15 
 
 		 116 aa  62.8  0.000000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000262204 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1694  hypothetical protein  42.86 
 
 		 108 aa  60.8  0.000000006  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.752455  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4719  protein of unknown function DUF167  34.07 
 
 		 101 aa  60.1  0.000000009  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.728799  normal  0.483345 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0959  hypothetical protein  38.96 
 
 		 102 aa  60.1  0.000000009  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.0262129  n/a   
 
 
-
 
NC_006365  plpp0102  hypothetical protein  35.44 
 
 		 98 aa  58.9  0.00000002  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  normal  0.100423  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_02050  hypothetical protein  39.19 
 
 		 106 aa  58.9  0.00000002  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.2581  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0289  hypothetical protein  36.51 
 
 		 103 aa  57.4  0.00000006  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_2029  hypothetical protein  36.71 
 
 		 98 aa  57  0.00000008  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.0278009  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>