29 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pfl01_2821 on replicon NC_007492
Organism: Pseudomonas fluorescens Pf0-1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007492  Pfl01_2821  O-antigen polymerase  100 
 
 
437 aa  874    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1378  O-antigen polymerase  35.77 
 
 
416 aa  249  6e-65  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.486003  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1091  exopolysaccharide production protein  29.51 
 
 
429 aa  160  4e-38  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.802391  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4842  O-antigen polymerase  26.58 
 
 
433 aa  103  9e-21  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.000342709  normal  0.0564871 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1176  O-antigen polymerase  29.97 
 
 
433 aa  94.4  4e-18  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0892  O-antigen polymerase  26.85 
 
 
428 aa  90.5  6e-17  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.0864328  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1688  O-antigen polymerase  27.42 
 
 
421 aa  85.9  0.000000000000001  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0910283  normal  0.076767 
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6232  O-antigen polymerase  26.25 
 
 
441 aa  85.5  0.000000000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.394036  normal  0.503415 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3696  O-antigen polymerase  26.74 
 
 
417 aa  79.3  0.0000000000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0487808  normal  0.621123 
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6427  O-antigen polymerase  29.47 
 
 
439 aa  77.4  0.0000000000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.445902  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1130  O-antigen polymerase  23.77 
 
 
438 aa  72.8  0.00000000001  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0274  O-antigen polymerase  27.11 
 
 
444 aa  71.6  0.00000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0304  O-antigen polymerase  30.45 
 
 
451 aa  69.7  0.0000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1531  O-antigen polymerase  24.54 
 
 
419 aa  67.8  0.0000000003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.543111  normal  0.517094 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1595  O-antigen polymerase  25.53 
 
 
467 aa  65.1  0.000000003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4530  O-antigen polymerase  26.74 
 
 
444 aa  57  0.0000007  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0963  O-antigen polymerase  24.94 
 
 
460 aa  56.2  0.000001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.18005  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2587  O-antigen polymerase  26.16 
 
 
409 aa  53.1  0.00001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3184  O-antigen polymerase  26.17 
 
 
442 aa  52  0.00002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0651  O-antigen polymerase  29.89 
 
 
428 aa  50.1  0.00008  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1179  O-antigen polymerase  25.17 
 
 
446 aa  49.7  0.0001  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1380  O-antigen polymerase  21.66 
 
 
313 aa  48.5  0.0002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.563149  normal  0.0271558 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0388  O-antigen polymerase  32.47 
 
 
358 aa  48.1  0.0003  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1208  O-antigen polymerase  26.37 
 
 
429 aa  47.4  0.0005  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.0923682 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4801  O-antigen polymerase  22.36 
 
 
440 aa  46.6  0.001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.141517 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0665  O-antigen polymerase  24.6 
 
 
436 aa  46.2  0.001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.658587 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1973  O-antigen polymerase  28.66 
 
 
433 aa  45.4  0.002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.15228 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2549  putative polysaccharide polymerase  26.1 
 
 
429 aa  45.4  0.002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1077  O-antigen polymerase  24.25 
 
 
440 aa  44.3  0.004  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.7973  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>