86 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_4024 on replicon NC_008687
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008687  Pden_4024  hypothetical protein  100 
 
 		 156 aa  314  3e-85  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.610835 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0167  hypothetical protein  48.95 
 
 		 143 aa  125  2.0000000000000002e-28  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1505  hypothetical protein  47.14 
 
 		 142 aa  125  3e-28  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1801  hypothetical protein  48.95 
 
 		 143 aa  124  5e-28  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.303405 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1410  protein of unknown function DUF442  45.77 
 
 		 170 aa  118  3.9999999999999996e-26  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0423745  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1476  hypothetical protein  48.94 
 
 		 143 aa  110  1.0000000000000001e-23  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5044  hypothetical protein  49.23 
 
 		 555 aa  108  3e-23  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2373  hypothetical protein  42.96 
 
 		 556 aa  107  8.000000000000001e-23  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.0000294292  hitchhiker  0.0000289236 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3588  hypothetical protein  46.21 
 
 		 558 aa  106  1e-22  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1746  hypothetical protein  46.92 
 
 		 556 aa  104  5e-22  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.529191  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1670  hypothetical protein  46.72 
 
 		 559 aa  104  5e-22  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6333  hypothetical protein  46.92 
 
 		 556 aa  104  5e-22  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2642  hypothetical protein  40.85 
 
 		 147 aa  103  8e-22  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.448254  normal  0.0118098 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2281  pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase  44.03 
 
 		 556 aa  102  2e-21  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.547695  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0674  hypothetical protein  45.27 
 
 		 551 aa  102  3e-21  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1762  hypothetical protein  45.38 
 
 		 556 aa  101  3e-21  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2173  pyridine nucleotide-disulfide family oxidoreductase  44.03 
 
 		 556 aa  100  6e-21  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2117  pyridine nucleotide-disulfide family oxidoreductase  44.03 
 
 		 556 aa  100  6e-21  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.584922  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1495  hypothetical protein  41.48 
 
 		 142 aa  99.8  1e-20  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2303  hypothetical protein  44.03 
 
 		 1496 aa  100  1e-20  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1915  hypothetical protein  42.96 
 
 		 138 aa  98.6  3e-20  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6238  hypothetical protein  43.51 
 
 		 556 aa  98.6  3e-20  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2334  hypothetical protein  45.39 
 
 		 144 aa  97.8  5e-20  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.424462 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1514  hypothetical protein  46.28 
 
 		 555 aa  97.8  5e-20  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.18624  normal  0.413087 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1667  hypothetical protein  46.72 
 
 		 559 aa  97.8  5e-20  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.358711  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4148  protein of unknown function DUF442  47.89 
 
 		 557 aa  97.4  7e-20  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.895196 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0947  hypothetical protein  41.98 
 
 		 554 aa  97.1  8e-20  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3839  hypothetical protein  42.14 
 
 		 567 aa  96.3  2e-19  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.359472  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0889  hypothetical protein  40.46 
 
 		 554 aa  95.5  2e-19  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1813  hypothetical protein  36.64 
 
 		 554 aa  89.4  2e-17  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3820  hypothetical protein  41.28 
 
 		 114 aa  88.2  4e-17  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.629789  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0652  hypothetical protein  41.28 
 
 		 114 aa  87.4  7e-17  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0445  hypothetical protein  43.52 
 
 		 111 aa  87  8e-17  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0697  hypothetical protein  41.28 
 
 		 114 aa  86.7  1e-16  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.289026  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00088  uncharacterized NAD(FAD)-dependent dehydrogenase  36.64 
 
 		 557 aa  85.5  2e-16  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1025  protein of unknown function DUF442  46.32 
 
 		 114 aa  82.8  0.000000000000001  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.469221  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0814  hypothetical protein  47.37 
 
 		 127 aa  81.6  0.000000000000003  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.889382  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3143  hypothetical protein  42.86 
 
 		 144 aa  81.3  0.000000000000005  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0459461  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2602  hypothetical protein  35.16 
 
 		 142 aa  80.9  0.000000000000007  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.580071  hitchhiker  0.0000000616636 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0380  hypothetical protein  37.41 
 
 		 150 aa  77.4  0.00000000000008  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.296891  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1318  hypothetical protein  41.54 
 
 		 136 aa  73.6  0.0000000000009  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.181701  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1200  protein of unknown function DUF442  41.84 
 
 		 142 aa  73.6  0.000000000001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.311245  normal  0.724787 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2627  protein of unknown function DUF442  36.54 
 
 		 112 aa  73.6  0.000000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.360965  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1695  aminotransferase class V  44.44 
 
 		 492 aa  73.6  0.000000000001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.453095  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5230  cysteine desulfurase  36.04 
 
 		 501 aa  72  0.000000000003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.500122  normal  0.247226 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2002  aminotransferase class V  43.16 
 
 		 492 aa  70.9  0.000000000007  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.611456  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1414  protein of unknown function DUF442  40.43 
 
 		 142 aa  69.3  0.00000000002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.302662 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1784  hypothetical protein  47.27 
 
 		 116 aa  69.3  0.00000000002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000771749 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1253  hypothetical protein  40.43 
 
 		 142 aa  69.3  0.00000000002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.255704  normal  0.496843 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1162  hypothetical protein  35.19 
 
 		 109 aa  68.9  0.00000000003  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1728  hypothetical protein  43 
 
 		 117 aa  68.6  0.00000000003  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000170358 
 
 
-
 
NC_009671  Oant_4658  hypothetical protein  31.21 
 
 		 432 aa  68.9  0.00000000003  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0868  hypothetical protein  36.54 
 
 		 539 aa  67.8  0.00000000006  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.210326 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2123  hypothetical protein  34.62 
 
 		 112 aa  66.6  0.0000000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.233135 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2887  protein of unknown function DUF442  33.65 
 
 		 112 aa  66.2  0.0000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1235  hypothetical protein  47.37 
 
 		 117 aa  65.9  0.0000000002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2744  hypothetical protein  44.44 
 
 		 492 aa  65.1  0.0000000004  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2938  hypothetical protein  35.58 
 
 		 111 aa  63.5  0.000000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1995  hypothetical protein  32.17 
 
 		 431 aa  63.5  0.000000001  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.220897  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3365  aminotransferase class V  42.22 
 
 		 494 aa  63.2  0.000000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3426  aminotransferase, class V  42.22 
 
 		 492 aa  62.8  0.000000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.119476  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4091  aminotransferase class V  42.22 
 
 		 492 aa  62.8  0.000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5190  aminotransferase class V  42.22 
 
 		 492 aa  62.8  0.000000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4740  aminotransferase, class V  42.22 
 
 		 492 aa  62.8  0.000000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.299118  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5203  aminotransferase, class V  41.11 
 
 		 494 aa  61.6  0.000000003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.00405553  normal  0.806612 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4702  hypothetical protein  42.42 
 
 		 124 aa  61.6  0.000000004  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.982196  normal  0.310947 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1568  metallo-beta-lactamase superfamily protein  32.84 
 
 		 439 aa  60.8  0.000000006  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2233  hypothetical protein  32.32 
 
 		 108 aa  56.2  0.0000002  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  decreased coverage  0.0000334371  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1184  hypothetical protein  34.96 
 
 		 165 aa  55.5  0.0000003  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.166476  normal  0.631601 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2070  hypothetical protein  31.07 
 
 		 108 aa  53.9  0.0000008  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.102768 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2071  hypothetical protein  33.98 
 
 		 110 aa  53.1  0.000002  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.0992889 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4158  hypothetical protein  28.57 
 
 		 157 aa  52.4  0.000003  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.542699 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2234  hypothetical protein  33.01 
 
 		 110 aa  51.2  0.000005  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  decreased coverage  0.00000227928  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0813  hypothetical protein  32.5 
 
 		 165 aa  50.8  0.000007  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1793  hypothetical protein  30.1 
 
 		 108 aa  50.4  0.000009  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.485796  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1794  hypothetical protein  33.01 
 
 		 110 aa  50.1  0.00001  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.146187  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2144  hypothetical protein  36.92 
 
 		 161 aa  48.9  0.00003  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.666751  normal  0.423368 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3047  hypothetical protein  30.3 
 
 		 127 aa  47.8  0.00006  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0322  protein of unknown function DUF442  36.22 
 
 		 166 aa  47  0.00009  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.185858 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2604  protein of unknown function DUF442  37.5 
 
 		 426 aa  45.8  0.0002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.148627  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2856  protein of unknown function DUF442  29.86 
 
 		 140 aa  44.3  0.0006  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.778829 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2276  protein of unknown function DUF442  37.5 
 
 		 426 aa  44.3  0.0007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1148  protein of unknown function DUF442  31.2 
 
 		 164 aa  43.9  0.001  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.0000013727  hitchhiker  0.0000203259 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1071  hypothetical protein  37.62 
 
 		 189 aa  43.1  0.001  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  hitchhiker  0.00010932  normal  0.551694 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1387  hypothetical protein  34.65 
 
 		 176 aa  42.7  0.002  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  decreased coverage  0.00000320247  unclonable  0.0000000003628 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3049  hypothetical protein  27.08 
 
 		 141 aa  40.4  0.009  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>