129 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_3379 on replicon NC_008687
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008687  Pden_3379  PilT domain-containing protein  100 
 
 		 144 aa  283  4e-76  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0721689  normal  0.597775 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0141  PilT protein-like  88.89 
 
 		 118 aa  191  3e-48  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0091  PilT protein-like  56.55 
 
 		 144 aa  141  3e-33  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3079  PilT protein-like  51.03 
 
 		 146 aa  138  1.9999999999999998e-32  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.046913  normal  0.55485 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3346  PilT protein-like  52.41 
 
 		 146 aa  137  4.999999999999999e-32  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.732175  normal  1 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5884  PilT domain-containing protein  51.37 
 
 		 148 aa  137  7e-32  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.669409 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1709  PilT protein-like  41.43 
 
 		 164 aa  103  5e-22  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0576  PilT protein-like  44.44 
 
 		 121 aa  99.4  1e-20  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.198273  normal  0.33721 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2084  PilT protein-like protein  42.86 
 
 		 135 aa  89.4  1e-17  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.236876  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1602  PilT protein-like  43.57 
 
 		 135 aa  87  7e-17  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3526  PilT domain-containing protein  36.17 
 
 		 151 aa  85.9  2e-16  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.318163  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4543  PilT protein domain protein  43.66 
 
 		 136 aa  84.3  4e-16  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3418  PilT protein, N-terminal  41.13 
 
 		 150 aa  79.3  0.00000000000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.317439  normal  0.0554428 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1999  PIN domain protein  40.43 
 
 		 150 aa  77.8  0.00000000000005  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0463072  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2534  PilT protein, N-terminal  36.88 
 
 		 137 aa  76.3  0.0000000000001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.641844  normal  0.62652 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1526  PilT protein domain protein  43.36 
 
 		 138 aa  76.6  0.0000000000001  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2873  PilT protein domain protein  40 
 
 		 135 aa  75.5  0.0000000000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1823  PilT domain-containing protein  36.88 
 
 		 142 aa  72.8  0.000000000001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.402154  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3962  PilT domain-containing protein  40.43 
 
 		 137 aa  70.5  0.000000000007  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.1997 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4833  PilT protein-like  35.66 
 
 		 139 aa  70.1  0.000000000009  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3333  PilT domain-containing protein  35.66 
 
 		 139 aa  70.1  0.000000000009  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4182  PilT domain-containing protein  35.66 
 
 		 139 aa  70.1  0.000000000009  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3903  PilT protein-like  35.97 
 
 		 136 aa  69.7  0.00000000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4465  PilT domain-containing protein  35.97 
 
 		 136 aa  69.7  0.00000000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1213  PilT domain-containing protein  37.14 
 
 		 143 aa  69.7  0.00000000001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.401096 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5837  PilT domain-containing protein  35.97 
 
 		 136 aa  69.7  0.00000000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.380144  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5170  PilT protein domain protein  34.9 
 
 		 147 aa  69.3  0.00000000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3902  PilT domain-containing protein  35.97 
 
 		 136 aa  67.8  0.00000000005  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2039  PilT domain-containing protein  36.36 
 
 		 140 aa  67.4  0.00000000006  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.837298  normal  0.704455 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0013  PilT protein-like  32.14 
 
 		 140 aa  67.4  0.00000000007  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.96964 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4364  PilT domain-containing protein  36.43 
 
 		 136 aa  67.4  0.00000000007  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1362  plasmid stability protein, putative  38.24 
 
 		 142 aa  67  0.00000000008  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  decreased coverage  0.00298137  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3163  PilT protein domain protein  36.36 
 
 		 139 aa  67  0.00000000009  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.732092  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0857  PilT protein  39.31 
 
 		 140 aa  66.6  0.0000000001  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.159356 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2919  PilT protein domain protein  33.81 
 
 		 140 aa  66.6  0.0000000001  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0871  putative plasmid stability-like protein  33.09 
 
 		 137 aa  65.5  0.0000000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.852163  normal  0.0312935 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5262  PilT protein domain protein  36.11 
 
 		 142 aa  64.3  0.0000000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0679342  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1780  plasmid stability protein, putative  34.03 
 
 		 139 aa  64.3  0.0000000005  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1456  PilT protein domain protein  34.03 
 
 		 139 aa  64.3  0.0000000005  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.208651  normal  1 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2733  PilT protein-like  35.71 
 
 		 145 aa  63.9  0.0000000007  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.489446  n/a   
 
 
-
 
NC_004632  PSPTO_B0018  plasmid stability protein StbB  35.92 
 
 		 139 aa  63.9  0.0000000008  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0242004  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3474  PilT domain-containing protein  32.88 
 
 		 141 aa  63.5  0.0000000008  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.26779 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2505  PilT protein domain protein  35.62 
 
 		 142 aa  63.5  0.0000000008  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2539  PilT domain-containing protein  38.03 
 
 		 136 aa  63.5  0.0000000009  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.948556 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4565  PilT protein domain protein  39.19 
 
 		 140 aa  63.5  0.000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2018  PilT domain-containing protein  35.37 
 
 		 145 aa  63.5  0.000000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0657956  normal  1 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_2302  plasmid stabilization protein  32.87 
 
 		 142 aa  63.5  0.000000001  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.171886  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4538  PilT protein domain protein  34.53 
 
 		 140 aa  62.8  0.000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.104439 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2934  PilT protein-like  38.3 
 
 		 144 aa  62.4  0.000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.119744  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3767  PilT domain-containing protein  33.11 
 
 		 140 aa  62.4  0.000000002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.546918  normal  0.369065 
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5181  PilT domain-containing protein  36.88 
 
 		 136 aa  62.8  0.000000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0895046  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4574  PilT domain-containing protein  35.57 
 
 		 147 aa  62  0.000000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0680986  normal  0.0209411 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0679  putative plasmid stability protein  36.36 
 
 		 145 aa  62  0.000000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.536522  normal  0.93191 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1390  PilT domain-containing protein  32.88 
 
 		 141 aa  61.6  0.000000003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3192  PilT domain-containing protein  35.42 
 
 		 141 aa  61.2  0.000000004  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2339  PilT protein domain protein  30.07 
 
 		 141 aa  61.2  0.000000005  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1430  hypothetical protein  39.25 
 
 		 117 aa  60.8  0.000000007  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.87225  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2839  nucleic acid-binding protein contains PIN domain  36.55 
 
 		 140 aa  59.7  0.00000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.454124  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4008  putative PilT-like protein  31.08 
 
 		 163 aa  60.1  0.00000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1400  PilT protein domain protein  30.77 
 
 		 140 aa  60.1  0.00000001  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.310156 
 
 
-
 
NC_008761  Pnap_4764  PilT domain-containing protein  34.51 
 
 		 138 aa  58.9  0.00000002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.310304 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0505  putative plasmid stability protein  33.56 
 
 		 145 aa  58.9  0.00000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.294814 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0896  PilT protein-like  34.46 
 
 		 139 aa  58.5  0.00000003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007959  Nham_4284  prevent-host-death protein  35.86 
 
 		 145 aa  57.8  0.00000005  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.600657  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0713  PilT domain-containing protein  32.41 
 
 		 141 aa  57.8  0.00000005  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000185206  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_4028  PilT protein domain protein  36.49 
 
 		 141 aa  57.8  0.00000005  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0630  PilT protein domain protein  31.43 
 
 		 137 aa  57  0.00000007  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.317071 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4336  PilT protein-like  38.73 
 
 		 141 aa  57  0.00000008  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.586249 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3420  PilT protein domain protein  31.91 
 
 		 137 aa  57  0.00000008  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.753141 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1214  PilT domain-containing protein  36.11 
 
 		 140 aa  57  0.00000009  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3521  PilT domain-containing protein  36.11 
 
 		 140 aa  57  0.00000009  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.764562 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3889  PilT domain-containing protein  32.17 
 
 		 142 aa  56.2  0.0000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5841  PilT domain-containing protein  32.69 
 
 		 141 aa  56.2  0.0000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0624  PilT protein-like  30.94 
 
 		 141 aa  55.5  0.0000002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.810517  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0057  PilT protein domain protein  31.33 
 
 		 140 aa  55.5  0.0000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.033229 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4710  PilT domain-containing protein  35.14 
 
 		 139 aa  55.8  0.0000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.552962 
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6277  PilT protein domain protein  35.97 
 
 		 135 aa  55.8  0.0000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.466445  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4188  PilT domain-containing protein  35.14 
 
 		 139 aa  54.7  0.0000004  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.990127  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1397  PilT protein-like  37.24 
 
 		 137 aa  53.5  0.0000009  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  hitchhiker  0.00639192  normal  0.0193425 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1045  PilT domain-containing protein  33.33 
 
 		 139 aa  53.5  0.0000009  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0543043  normal  0.324928 
 
 
-
 
NC_011367  Gdia_3569  PilT protein domain protein  31.03 
 
 		 140 aa  53.5  0.0000009  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3138  PilT protein-like  37.59 
 
 		 140 aa  53.1  0.000001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.464533  normal  0.496916 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0469  PilT domain-containing protein  32.87 
 
 		 141 aa  53.5  0.000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3697  PilT protein domain protein  32.87 
 
 		 138 aa  53.1  0.000001  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6402  PilT protein domain protein  32.89 
 
 		 141 aa  52.8  0.000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3455  PilT protein, N-terminal  34.75 
 
 		 144 aa  52.8  0.000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0688  PilT domain-containing protein  31.54 
 
 		 132 aa  52.4  0.000002  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.442109  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3797  PilT domain-containing protein  35.81 
 
 		 151 aa  51.6  0.000003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00238578 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2332  PilT protein-like  33.1 
 
 		 140 aa  51.6  0.000004  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.221502 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4334  PilT domain-containing protein  37 
 
 		 139 aa  51.6  0.000004  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4014  PilT protein domain protein  31.85 
 
 		 137 aa  51.6  0.000004  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  hitchhiker  0.00102621  hitchhiker  0.000259631 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0074  PilT protein domain protein  29.17 
 
 		 139 aa  51.2  0.000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008244  Meso_4581  PilT protein-like  32.37 
 
 		 140 aa  50.4  0.000008  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.766949  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1325  nucleic acid binding protein  29.77 
 
 		 133 aa  50.1  0.00001  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  unclonable  0.000000000000354508  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1545  plasmid stabilization protein StbB-like  30.82 
 
 		 151 aa  50.1  0.00001  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00762824 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7721  plasmid stability protein  33.56 
 
 		 140 aa  49.7  0.00001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.859418 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4619  PilT domain-containing protein  29.17 
 
 		 159 aa  50.1  0.00001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009467  Acry_3180  PilT domain-containing protein  33.11 
 
 		 141 aa  49.3  0.00002  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007961  Nham_4575  PilT protein-like  32.14 
 
 		 137 aa  48.5  0.00003  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2951  PilT domain-containing protein  31.3 
 
 		 136 aa  48.9  0.00003  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>