146 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPB_2332 on replicon NC_007778
Organism: Rhodopseudomonas palustris HaA2



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007778  RPB_2332  PilT protein-like  100 
 
 
140 aa  279  8.000000000000001e-75  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.221502 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3889  PilT domain-containing protein  73.19 
 
 
142 aa  207  5e-53  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3138  PilT protein-like  78.57 
 
 
140 aa  205  2e-52  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.464533  normal  0.496916 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7721  plasmid stability protein  75.91 
 
 
140 aa  198  1.9999999999999998e-50  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.859418 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1214  PilT domain-containing protein  73.19 
 
 
140 aa  193  8.000000000000001e-49  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3521  PilT domain-containing protein  73.19 
 
 
140 aa  193  8.000000000000001e-49  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.764562 
 
 
-
 
NC_008761  Pnap_4764  PilT domain-containing protein  66.67 
 
 
138 aa  185  1e-46  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.310304 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_2302  plasmid stabilization protein  61.87 
 
 
142 aa  181  3e-45  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.171886  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1780  plasmid stability protein, putative  65.44 
 
 
139 aa  176  8e-44  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1456  PilT protein domain protein  65.44 
 
 
139 aa  176  8e-44  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.208651  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3455  PilT protein, N-terminal  66.91 
 
 
144 aa  164  2.9999999999999998e-40  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011367  Gdia_3569  PilT protein domain protein  56.2 
 
 
140 aa  158  3e-38  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3027  PilT protein domain protein  55 
 
 
140 aa  155  2e-37  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.0189555 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3474  PilT domain-containing protein  55.4 
 
 
141 aa  153  8e-37  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.26779 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5841  PilT domain-containing protein  50.71 
 
 
141 aa  143  8.000000000000001e-34  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004632  PSPTO_B0018  plasmid stability protein StbB  53.24 
 
 
139 aa  142  2e-33  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0242004  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0469  PilT domain-containing protein  50.71 
 
 
141 aa  141  4e-33  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3192  PilT domain-containing protein  54.01 
 
 
141 aa  138  1.9999999999999998e-32  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4710  PilT domain-containing protein  50.36 
 
 
139 aa  137  3.9999999999999997e-32  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.552962 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4188  PilT domain-containing protein  50.36 
 
 
139 aa  137  4.999999999999999e-32  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.990127  normal 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4674  PilT protein domain protein  55.4 
 
 
141 aa  136  7e-32  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3767  PilT domain-containing protein  51.82 
 
 
140 aa  133  6.0000000000000005e-31  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.546918  normal  0.369065 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3797  PilT domain-containing protein  47.86 
 
 
151 aa  130  6.999999999999999e-30  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00238578 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0896  PilT protein-like  44.6 
 
 
139 aa  124  4.0000000000000003e-28  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4334  PilT domain-containing protein  52.05 
 
 
139 aa  122  1e-27  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0728  PilT protein domain protein  51.8 
 
 
141 aa  122  1e-27  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.5519  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0630  PilT protein domain protein  45.26 
 
 
137 aa  116  9.999999999999999e-26  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.317071 
 
 
-
 
NC_011367  Gdia_3575  PilT protein domain protein  39.42 
 
 
140 aa  113  8.999999999999998e-25  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  hitchhiker  0.00704853  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2075  PilT domain-containing protein  47.45 
 
 
144 aa  113  8.999999999999998e-25  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.0526989 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4619  PilT domain-containing protein  41.43 
 
 
159 aa  110  6e-24  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1045  PilT domain-containing protein  42.75 
 
 
139 aa  110  7.000000000000001e-24  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0543043  normal  0.324928 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4538  PilT protein domain protein  39.86 
 
 
140 aa  107  5e-23  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.104439 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1362  plasmid stability protein, putative  42.75 
 
 
142 aa  107  7.000000000000001e-23  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  decreased coverage  0.00298137  n/a   
 
 
-
 
NC_008244  Meso_4581  PilT protein-like  38.69 
 
 
140 aa  105  2e-22  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.766949  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3697  PilT protein domain protein  41.3 
 
 
138 aa  105  2e-22  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_23550  predicted nucleic acid-binding protein, contains PIN domain protein  40.29 
 
 
142 aa  104  3e-22  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.46968  normal  0.640927 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1880  PilT-type plasmid stability protein  40 
 
 
140 aa  104  4e-22  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.0815679 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2640  PilT domain-containing protein  41.61 
 
 
139 aa  103  1e-21  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009467  Acry_3180  PilT domain-containing protein  42.86 
 
 
141 aa  100  6e-21  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1823  PilT domain-containing protein  37.31 
 
 
142 aa  100  8e-21  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.402154  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_4028  PilT protein domain protein  41.43 
 
 
141 aa  99  2e-20  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5262  PilT protein domain protein  36.5 
 
 
142 aa  98.6  3e-20  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0679342  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0074  PilT protein domain protein  38.24 
 
 
139 aa  98.6  3e-20  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2795  PilT domain-containing protein  38.69 
 
 
140 aa  97.1  7e-20  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.517688  normal  0.128803 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1876  plasmid stabilization protein StbB-like  39.42 
 
 
139 aa  96.7  9e-20  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.417395  normal 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1545  plasmid stabilization protein StbB-like  41.55 
 
 
151 aa  95.5  2e-19  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00762824 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0792  nucleic acid binding protein  38.66 
 
 
155 aa  95.1  2e-19  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.705991  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1777  PilT domain-containing protein  35.71 
 
 
143 aa  94.7  3e-19  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.406004  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1070  PilT protein-like protein  37.96 
 
 
145 aa  94.4  4e-19  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1045  putative nucleic acid-binding protein  38.24 
 
 
139 aa  94  6e-19  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.883513  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1400  PilT protein domain protein  37.04 
 
 
140 aa  93.2  1e-18  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.310156 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1964  PilT protein domain protein  37.23 
 
 
141 aa  90.1  9e-18  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal  0.313407 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5671  putative plasmid stability protein  65.22 
 
 
69 aa  88.6  2e-17  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0624  PilT protein-like  40.15 
 
 
141 aa  88.2  4e-17  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.810517  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5170  PilT protein domain protein  38.24 
 
 
147 aa  87.4  6e-17  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0805  PilT protein-like  42.34 
 
 
139 aa  86.7  9e-17  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.402403 
 
 
-
 
NC_007961  Nham_4575  PilT protein-like  38.85 
 
 
137 aa  86.7  9e-17  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009959  Dshi_4210  PilT domain-containing protein  43.57 
 
 
146 aa  86.7  1e-16  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.242184  normal  0.98897 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1710  PilT domain-containing protein  38.13 
 
 
140 aa  85.5  2e-16  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.164761  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0713  PilT domain-containing protein  34.81 
 
 
141 aa  85.5  2e-16  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000185206  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4019  PilT protein-like  35.29 
 
 
144 aa  84.7  4e-16  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.506281 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0013  PilT protein-like  35.51 
 
 
140 aa  84.3  5e-16  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.96964 
 
 
-
 
NC_007959  Nham_4284  prevent-host-death protein  35.04 
 
 
145 aa  84.3  5e-16  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.600657  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0505  putative plasmid stability protein  33.57 
 
 
145 aa  82.4  0.000000000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.294814 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4574  PilT domain-containing protein  37.5 
 
 
147 aa  82  0.000000000000003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0680986  normal  0.0209411 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2339  PilT protein domain protein  31.16 
 
 
141 aa  80.9  0.000000000000005  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4151  PilT protein-like  34.29 
 
 
140 aa  79.7  0.00000000000001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3418  PilT protein, N-terminal  36.99 
 
 
150 aa  78.2  0.00000000000003  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.317439  normal  0.0554428 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0076  PilT protein domain protein  35.71 
 
 
140 aa  76.6  0.0000000000001  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.379626  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2505  PilT protein domain protein  36.76 
 
 
142 aa  75.5  0.0000000000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0091  PilT protein-like  37.32 
 
 
144 aa  73.6  0.0000000000008  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1999  PIN domain protein  35.66 
 
 
150 aa  72.8  0.000000000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0463072  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1602  PilT protein-like  34.51 
 
 
135 aa  72  0.000000000003  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2534  PilT protein, N-terminal  35.04 
 
 
137 aa  71.2  0.000000000004  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.641844  normal  0.62652 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0857  PilT protein  37.32 
 
 
140 aa  71.6  0.000000000004  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.159356 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0057  PilT protein domain protein  29.93 
 
 
140 aa  70.9  0.000000000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.033229 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4543  PilT protein domain protein  33.33 
 
 
136 aa  70.9  0.000000000006  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0871  putative plasmid stability-like protein  31.39 
 
 
137 aa  70.5  0.000000000007  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.852163  normal  0.0312935 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1213  PilT domain-containing protein  34.46 
 
 
143 aa  70.5  0.000000000008  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.401096 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4565  PilT protein domain protein  35.92 
 
 
140 aa  69.7  0.00000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3346  PilT protein-like  35.71 
 
 
146 aa  69.3  0.00000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.732175  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3079  PilT protein-like  35 
 
 
146 aa  69.3  0.00000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.046913  normal  0.55485 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3163  PilT protein domain protein  35.21 
 
 
139 aa  69.3  0.00000000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.732092  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2839  nucleic acid-binding protein contains PIN domain  35.21 
 
 
140 aa  68.6  0.00000000003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.454124  n/a   
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2733  PilT protein-like  34.78 
 
 
145 aa  67  0.00000000008  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.489446  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4833  PilT protein-like  35.92 
 
 
139 aa  66.2  0.0000000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3333  PilT domain-containing protein  35.92 
 
 
139 aa  66.2  0.0000000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4182  PilT domain-containing protein  35.92 
 
 
139 aa  66.2  0.0000000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2873  PilT protein domain protein  31.65 
 
 
135 aa  63.2  0.000000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2039  PilT domain-containing protein  34.97 
 
 
140 aa  61.2  0.000000004  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.837298  normal  0.704455 
 
 
-
 
NC_013163  Cyan8802_4589  PilT protein domain protein  27.21 
 
 
139 aa  58.5  0.00000003  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  hitchhiker  0.000022459  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1709  PilT protein-like  32.64 
 
 
164 aa  57.8  0.00000005  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2084  PilT protein-like protein  28.78 
 
 
135 aa  57.8  0.00000005  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.236876  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1397  PilT protein-like  35.42 
 
 
137 aa  57  0.00000009  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  hitchhiker  0.00639192  normal  0.0193425 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3420  PilT protein domain protein  29.29 
 
 
137 aa  57  0.00000009  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.753141 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0679  putative plasmid stability protein  34.51 
 
 
145 aa  56.6  0.0000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.536522  normal  0.93191 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3962  PilT domain-containing protein  29.79 
 
 
137 aa  56.6  0.0000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.1997 
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5181  PilT domain-containing protein  30.5 
 
 
136 aa  56.2  0.0000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0895046  normal 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2919  PilT protein domain protein  30.94 
 
 
140 aa  55.8  0.0000002  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3558  PilT domain-containing protein  32.61 
 
 
128 aa  55.1  0.0000003  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>