More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_2509 on replicon NC_008686
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008686  Pden_2509  dinucleoside polyphosphate hydrolase  100 
 
 
163 aa  329  1e-89  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.815631  normal  0.83484 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2984  dinucleoside polyphosphate hydrolase  62.89 
 
 
162 aa  213  7e-55  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.848091  normal  0.14985 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2590  dinucleoside polyphosphate hydrolase  62.66 
 
 
162 aa  207  5e-53  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0931  dinucleoside polyphosphate hydrolase  62.66 
 
 
162 aa  207  7e-53  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.906348  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0092  NUDIX hydrolase  59.09 
 
 
160 aa  195  3e-49  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0201302  normal  0.41925 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2457  NUDIX hydrolase  57.14 
 
 
168 aa  188  2e-47  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.815124  normal  0.223342 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3917  NUDIX hydrolase  55.92 
 
 
158 aa  176  2e-43  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1755  NUDIX hydrolase  55.13 
 
 
161 aa  171  3.9999999999999995e-42  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0638574  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1550  NUDIX hydrolase  51.95 
 
 
158 aa  170  9e-42  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.979768  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0382  NUDIX hydrolase  53.38 
 
 
153 aa  167  7e-41  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4735  NUDIX hydrolase  54.37 
 
 
182 aa  165  2e-40  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  decreased coverage  0.000037989  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1836  dinucleoside polyphosphate hydrolase  50.59 
 
 
182 aa  164  5.9999999999999996e-40  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.466201  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1769  dinucleoside polyphosphate hydrolase  50.59 
 
 
178 aa  163  8e-40  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.492248  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4302  dinucleoside polyphosphate hydrolase  48.84 
 
 
175 aa  163  1.0000000000000001e-39  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1230  NUDIX hydrolase  52.94 
 
 
165 aa  162  2.0000000000000002e-39  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.310052  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1470  NUDIX hydrolase  53.16 
 
 
175 aa  161  4.0000000000000004e-39  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4225  NUDIX hydrolase  53.5 
 
 
186 aa  160  5.0000000000000005e-39  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.827405  normal  0.0214287 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1064  dinucleoside polyphosphate hydrolase  50.3 
 
 
174 aa  160  5.0000000000000005e-39  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.772748  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2930  NUDIX hydrolase  50.31 
 
 
167 aa  157  5e-38  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.36611  normal  0.994412 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0642  NUDIX hydrolase  51.23 
 
 
179 aa  157  7e-38  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0138031 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2559  NUDIX hydrolase  52.47 
 
 
195 aa  157  8e-38  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.599331  normal  0.115662 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2284  NUDIX hydrolase  52.47 
 
 
195 aa  155  2e-37  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.151549  normal  0.0451993 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0096  NUDIX hydrolase  49.38 
 
 
184 aa  155  3e-37  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2241  NUDIX hydrolase  51.23 
 
 
202 aa  152  2e-36  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0585336  normal  0.241237 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3449  dinucleoside polyphosphate hydrolase  50.62 
 
 
171 aa  152  2e-36  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.96666  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3887  dinucleoside polyphosphate hydrolase  47.67 
 
 
177 aa  152  2.9999999999999998e-36  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.144161  normal  0.0314277 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0451  dinucleoside polyphosphate hydrolase  50 
 
 
170 aa  148  3e-35  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.446656  normal  0.65944 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0260  dinucleoside polyphosphate hydrolase  50 
 
 
167 aa  148  3e-35  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0166  dinucleoside polyphosphate hydrolase  50.3 
 
 
168 aa  148  4e-35  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4211  dinucleoside polyphosphate hydrolase  46.55 
 
 
177 aa  146  1.0000000000000001e-34  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.165705 
 
 
-
 
NC_002978  WD1119  dinucleoside polyphosphate hydrolase  44.08 
 
 
162 aa  145  2.0000000000000003e-34  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2145  dinucleoside polyphosphate hydrolase  48.43 
 
 
172 aa  146  2.0000000000000003e-34  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.69652 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0564  dinucleoside polyphosphate hydrolase  49.38 
 
 
167 aa  145  2.0000000000000003e-34  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.985512 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3018  dinucleoside polyphosphate hydrolase  45.4 
 
 
175 aa  142  1e-33  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0412  dinucleoside polyphosphate hydrolase  48.73 
 
 
168 aa  141  4e-33  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.309928 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0168  dinucleoside polyphosphate hydrolase  47.77 
 
 
175 aa  140  6e-33  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3020  dinucleoside polyphosphate hydrolase  46.79 
 
 
167 aa  137  6e-32  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.614658  normal  0.0272519 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2123  dinucleoside polyphosphate hydrolase  44.9 
 
 
172 aa  136  1e-31  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0183314  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0645  dinucleoside polyphosphate hydrolase  44.37 
 
 
182 aa  134  4e-31  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.0000308205  normal  0.147139 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0527  dinucleoside polyphosphate hydrolase  47.47 
 
 
179 aa  133  9.999999999999999e-31  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.741334  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0325  dinucleoside polyphosphate hydrolase  42.33 
 
 
170 aa  132  1.9999999999999998e-30  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0901  dinucleoside polyphosphate hydrolase  43.04 
 
 
164 aa  132  1.9999999999999998e-30  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0199  dinucleoside polyphosphate hydrolase  42.68 
 
 
199 aa  129  1.0000000000000001e-29  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1228  dinucleoside polyphosphate hydrolase  42.38 
 
 
197 aa  130  1.0000000000000001e-29  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  hitchhiker  0.00110033  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0217  dinucleoside polyphosphate hydrolase  42.68 
 
 
197 aa  128  3e-29  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal  0.269428 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2797  dinucleoside polyphosphate hydrolase  41.06 
 
 
215 aa  128  4.0000000000000003e-29  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2817  dinucleoside polyphosphate hydrolase  42.18 
 
 
238 aa  127  5.0000000000000004e-29  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0131722  normal  0.240142 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3671  dinucleoside polyphosphate hydrolase  40.4 
 
 
215 aa  127  6e-29  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.046247  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0556  dinucleoside polyphosphate hydrolase  40.4 
 
 
214 aa  127  6e-29  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.000501582  hitchhiker  0.00163437 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0104  dinucleoside polyphosphate hydrolase  40.4 
 
 
214 aa  127  6e-29  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.640787  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0514  dinucleoside polyphosphate hydrolase  40.4 
 
 
216 aa  127  6e-29  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.385188  normal  0.561307 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0489  dinucleoside polyphosphate hydrolase  40.4 
 
 
216 aa  127  6e-29  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.244879  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0586  dinucleoside polyphosphate hydrolase  40.4 
 
 
214 aa  127  6e-29  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0927743  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3264  dinucleoside polyphosphate hydrolase  40.4 
 
 
216 aa  127  7.000000000000001e-29  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3521  dinucleoside polyphosphate hydrolase  40.4 
 
 
216 aa  127  7.000000000000001e-29  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2518  dinucleoside polyphosphate hydrolase  40.4 
 
 
216 aa  127  7.000000000000001e-29  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.156524  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0440  dinucleoside polyphosphate hydrolase  40.4 
 
 
216 aa  127  7.000000000000001e-29  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3519  dinucleoside polyphosphate hydrolase  40.4 
 
 
216 aa  127  7.000000000000001e-29  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.220968  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2393  dinucleoside polyphosphate hydrolase  43.05 
 
 
221 aa  127  7.000000000000001e-29  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.783924  normal 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1299  dinucleoside polyphosphate hydrolase  40.4 
 
 
216 aa  127  7.000000000000001e-29  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0910715  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2647  NUDIX hydrolase  41.06 
 
 
231 aa  127  8.000000000000001e-29  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.455513  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1145  dinucleoside polyphosphate hydrolase  40.4 
 
 
216 aa  127  8.000000000000001e-29  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3483  dinucleoside polyphosphate hydrolase  40.4 
 
 
216 aa  127  8.000000000000001e-29  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.176954  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0573  dinucleoside polyphosphate hydrolase  41.5 
 
 
203 aa  126  1.0000000000000001e-28  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.454249 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0449  dinucleoside polyphosphate hydrolase  41.72 
 
 
187 aa  126  1.0000000000000001e-28  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.0852291  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3062  dinucleoside polyphosphate hydrolase  41.5 
 
 
235 aa  126  1.0000000000000001e-28  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.294815  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3101  dinucleoside polyphosphate hydrolase  40.4 
 
 
241 aa  126  1.0000000000000001e-28  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3444  NUDIX hydrolase  40.4 
 
 
246 aa  125  2.0000000000000002e-28  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00155901  hitchhiker  0.00236834 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4213  dinucleoside polyphosphate hydrolase  41.72 
 
 
223 aa  125  2.0000000000000002e-28  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2953  dinucleoside polyphosphate hydrolase  41.72 
 
 
231 aa  125  2.0000000000000002e-28  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0746  dinucleoside polyphosphate hydrolase  42.38 
 
 
235 aa  125  2.0000000000000002e-28  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00235884 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0512  putative (di)nucleoside polyphosphate hydrolase  40.4 
 
 
249 aa  125  2.0000000000000002e-28  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.335851  normal  0.782631 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2652  dinucleoside polyphosphate hydrolase  41.5 
 
 
235 aa  126  2.0000000000000002e-28  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.070466  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5482  dinucleoside polyphosphate hydrolase  41.72 
 
 
229 aa  125  3e-28  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.540126  normal  0.57899 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0774  dinucleoside polyphosphate hydrolase  42.38 
 
 
229 aa  125  3e-28  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0845  dinucleoside polyphosphate hydrolase  42.38 
 
 
229 aa  124  4.0000000000000003e-28  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.206164  normal  0.713637 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0834  dinucleoside polyphosphate hydrolase  43.54 
 
 
239 aa  124  4.0000000000000003e-28  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.496439  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2110  dinucleoside polyphosphate hydrolase  42.38 
 
 
183 aa  124  7e-28  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.326827  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2798  dinucleoside polyphosphate hydrolase  44.67 
 
 
167 aa  124  7e-28  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.779042  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3671  dinucleoside polyphosphate hydrolase  42.38 
 
 
226 aa  123  9e-28  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.017529  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0516  dinucleoside polyphosphate hydrolase  40.4 
 
 
199 aa  122  2e-27  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.108203 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1273  dinucleoside polyphosphate hydrolase  41.06 
 
 
213 aa  121  3e-27  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0393048  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4727  dinucleoside polyphosphate hydrolase  46.06 
 
 
170 aa  121  4e-27  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.78787  normal  0.0128864 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1770  dinucleoside polyphosphate hydrolase  42.58 
 
 
190 aa  120  7e-27  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0170  dinucleoside polyphosphate hydrolase  45.22 
 
 
178 aa  119  1.9999999999999998e-26  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0561  dinucleoside polyphosphate hydrolase  44.38 
 
 
169 aa  119  1.9999999999999998e-26  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.655956 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1331  dinucleoside polyphosphate hydrolase  40.82 
 
 
174 aa  118  3e-26  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_48240  dinucleoside polyphosphate hydrolase  43.23 
 
 
159 aa  118  3e-26  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3043  dinucleoside polyphosphate hydrolase  40.14 
 
 
174 aa  118  3.9999999999999996e-26  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.00000000556575  normal  0.544281 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1142  dinucleoside polyphosphate hydrolase  40.14 
 
 
174 aa  118  3.9999999999999996e-26  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  unclonable  0.000000000333704  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3709  dinucleoside polyphosphate hydrolase  42.58 
 
 
206 aa  118  3.9999999999999996e-26  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.24468  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1132  dinucleoside polyphosphate hydrolase  40.14 
 
 
172 aa  117  7e-26  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.0000000912913  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1261  dinucleoside polyphosphate hydrolase  39.46 
 
 
174 aa  117  7.999999999999999e-26  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.0000000399476  normal  0.124645 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1228  dinucleoside polyphosphate hydrolase  39.46 
 
 
174 aa  117  7.999999999999999e-26  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00000000133704  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2865  dinucleoside polyphosphate hydrolase  39.46 
 
 
174 aa  117  7.999999999999999e-26  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.00000000404837  normal  0.876176 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2947  dinucleoside polyphosphate hydrolase  39.46 
 
 
174 aa  117  7.999999999999999e-26  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.000000622219  normal  0.254979 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3129  dinucleoside polyphosphate hydrolase  39.46 
 
 
174 aa  117  7.999999999999999e-26  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  0.00000000022986  normal  0.998128 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1184  dinucleoside polyphosphate hydrolase  39.46 
 
 
174 aa  117  7.999999999999999e-26  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00000000515571  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1038  dinucleoside polyphosphate hydrolase  40.14 
 
 
174 aa  116  9.999999999999999e-26  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.0000000156815  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2945  dinucleoside polyphosphate hydrolase  39.46 
 
 
172 aa  117  9.999999999999999e-26  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.019417  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>