268 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_0561 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007958  RPD_0561  dinucleoside polyphosphate hydrolase  100 
 
 
169 aa  339  1e-92  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.655956 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0169  dinucleoside polyphosphate hydrolase  88.17 
 
 
173 aa  301  3.0000000000000004e-81  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.459872  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0263  dinucleoside polyphosphate hydrolase  88.75 
 
 
164 aa  290  6e-78  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0510399  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0170  dinucleoside polyphosphate hydrolase  82.28 
 
 
178 aa  269  2e-71  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0411  dinucleoside polyphosphate hydrolase  73.08 
 
 
173 aa  234  4e-61  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.229765 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2930  NUDIX hydrolase  53.55 
 
 
167 aa  153  9e-37  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.36611  normal  0.994412 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3020  dinucleoside polyphosphate hydrolase  52.15 
 
 
167 aa  151  2.9999999999999998e-36  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.614658  normal  0.0272519 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2559  NUDIX hydrolase  50.89 
 
 
195 aa  149  2e-35  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.599331  normal  0.115662 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2241  NUDIX hydrolase  50.29 
 
 
202 aa  147  1.0000000000000001e-34  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0585336  normal  0.241237 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3449  dinucleoside polyphosphate hydrolase  46.39 
 
 
171 aa  146  1.0000000000000001e-34  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.96666  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2284  NUDIX hydrolase  50.6 
 
 
195 aa  146  1.0000000000000001e-34  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.151549  normal  0.0451993 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2145  dinucleoside polyphosphate hydrolase  50.93 
 
 
172 aa  145  2.0000000000000003e-34  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.69652 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0168  dinucleoside polyphosphate hydrolase  50 
 
 
175 aa  144  7.0000000000000006e-34  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2798  dinucleoside polyphosphate hydrolase  49.38 
 
 
167 aa  144  8.000000000000001e-34  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.779042  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0901  dinucleoside polyphosphate hydrolase  48.81 
 
 
164 aa  143  1e-33  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0642  NUDIX hydrolase  49.69 
 
 
179 aa  142  2e-33  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0138031 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1230  NUDIX hydrolase  50 
 
 
165 aa  140  6e-33  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.310052  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1064  dinucleoside polyphosphate hydrolase  45.68 
 
 
174 aa  137  4.999999999999999e-32  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.772748  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3887  dinucleoside polyphosphate hydrolase  44.31 
 
 
177 aa  135  3.0000000000000003e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.144161  normal  0.0314277 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4727  dinucleoside polyphosphate hydrolase  47.17 
 
 
170 aa  134  5e-31  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.78787  normal  0.0128864 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0564  dinucleoside polyphosphate hydrolase  47.5 
 
 
167 aa  134  5e-31  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.985512 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0325  dinucleoside polyphosphate hydrolase  43.9 
 
 
170 aa  134  5e-31  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4211  dinucleoside polyphosphate hydrolase  44.31 
 
 
177 aa  133  9e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.165705 
 
 
-
 
NC_004310  BR1836  dinucleoside polyphosphate hydrolase  44.94 
 
 
182 aa  133  9.999999999999999e-31  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.466201  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1769  dinucleoside polyphosphate hydrolase  44.94 
 
 
178 aa  133  9.999999999999999e-31  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.492248  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0412  dinucleoside polyphosphate hydrolase  49.69 
 
 
168 aa  133  9.999999999999999e-31  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.309928 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4302  dinucleoside polyphosphate hydrolase  43.79 
 
 
175 aa  133  1.9999999999999998e-30  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3018  dinucleoside polyphosphate hydrolase  42.07 
 
 
175 aa  132  1.9999999999999998e-30  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4225  NUDIX hydrolase  48.72 
 
 
186 aa  132  3e-30  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.827405  normal  0.0214287 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1470  NUDIX hydrolase  46.95 
 
 
175 aa  132  3e-30  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0451  dinucleoside polyphosphate hydrolase  45 
 
 
170 aa  129  1.0000000000000001e-29  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.446656  normal  0.65944 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0096  NUDIX hydrolase  45.29 
 
 
184 aa  130  1.0000000000000001e-29  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0260  dinucleoside polyphosphate hydrolase  46.34 
 
 
167 aa  129  2.0000000000000002e-29  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0166  dinucleoside polyphosphate hydrolase  45 
 
 
168 aa  129  2.0000000000000002e-29  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4735  NUDIX hydrolase  47.31 
 
 
182 aa  129  2.0000000000000002e-29  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  decreased coverage  0.000037989  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0527  dinucleoside polyphosphate hydrolase  46.25 
 
 
179 aa  128  5.0000000000000004e-29  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.741334  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0092  NUDIX hydrolase  42.07 
 
 
160 aa  122  3e-27  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0201302  normal  0.41925 
 
 
-
 
NC_002978  WD1119  dinucleoside polyphosphate hydrolase  36.25 
 
 
162 aa  119  1.9999999999999998e-26  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0931  dinucleoside polyphosphate hydrolase  42.86 
 
 
162 aa  119  1.9999999999999998e-26  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.906348  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2590  dinucleoside polyphosphate hydrolase  42.86 
 
 
162 aa  118  3e-26  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2509  dinucleoside polyphosphate hydrolase  44.38 
 
 
163 aa  119  3e-26  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.815631  normal  0.83484 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2457  NUDIX hydrolase  45.34 
 
 
168 aa  117  9e-26  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.815124  normal  0.223342 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0449  dinucleoside polyphosphate hydrolase  40.99 
 
 
187 aa  112  3e-24  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.0852291  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1755  NUDIX hydrolase  42.68 
 
 
161 aa  112  3e-24  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0638574  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2984  dinucleoside polyphosphate hydrolase  43.12 
 
 
162 aa  111  4.0000000000000004e-24  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.848091  normal  0.14985 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2123  dinucleoside polyphosphate hydrolase  41.77 
 
 
172 aa  111  6e-24  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0183314  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2110  dinucleoside polyphosphate hydrolase  40.99 
 
 
183 aa  110  1.0000000000000001e-23  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.326827  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0556  dinucleoside polyphosphate hydrolase  40.37 
 
 
214 aa  107  1e-22  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.000501582  hitchhiker  0.00163437 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3671  dinucleoside polyphosphate hydrolase  40.37 
 
 
215 aa  107  1e-22  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.046247  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1145  dinucleoside polyphosphate hydrolase  40.37 
 
 
216 aa  106  1e-22  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0382  NUDIX hydrolase  39.38 
 
 
153 aa  106  1e-22  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0104  dinucleoside polyphosphate hydrolase  40.37 
 
 
214 aa  107  1e-22  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.640787  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0489  dinucleoside polyphosphate hydrolase  40.37 
 
 
216 aa  107  1e-22  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.244879  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0586  dinucleoside polyphosphate hydrolase  40.37 
 
 
214 aa  107  1e-22  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0927743  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0514  dinucleoside polyphosphate hydrolase  40.37 
 
 
216 aa  107  1e-22  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.385188  normal  0.561307 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2647  NUDIX hydrolase  39.75 
 
 
231 aa  106  2e-22  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.455513  normal 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0440  dinucleoside polyphosphate hydrolase  40.37 
 
 
216 aa  106  2e-22  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2518  dinucleoside polyphosphate hydrolase  40.37 
 
 
216 aa  106  2e-22  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.156524  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3519  dinucleoside polyphosphate hydrolase  40.37 
 
 
216 aa  106  2e-22  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.220968  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3483  dinucleoside polyphosphate hydrolase  40.37 
 
 
216 aa  106  2e-22  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.176954  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3264  dinucleoside polyphosphate hydrolase  40.37 
 
 
216 aa  106  2e-22  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1299  dinucleoside polyphosphate hydrolase  40.37 
 
 
216 aa  106  2e-22  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0910715  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3521  dinucleoside polyphosphate hydrolase  40.37 
 
 
216 aa  106  2e-22  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2797  dinucleoside polyphosphate hydrolase  40.37 
 
 
215 aa  106  2e-22  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3625  dinucleoside polyphosphate hydrolase  39.02 
 
 
171 aa  105  3e-22  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.635767  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3709  dinucleoside polyphosphate hydrolase  41.77 
 
 
206 aa  105  3e-22  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.24468  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3444  NUDIX hydrolase  39.75 
 
 
246 aa  105  3e-22  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00155901  hitchhiker  0.00236834 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3917  NUDIX hydrolase  41.36 
 
 
158 aa  105  3e-22  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0512  putative (di)nucleoside polyphosphate hydrolase  39.75 
 
 
249 aa  105  3e-22  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.335851  normal  0.782631 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1132  dinucleoside polyphosphate hydrolase  41.14 
 
 
172 aa  105  3e-22  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.0000000912913  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2415  NUDIX hydrolase  43.04 
 
 
173 aa  105  4e-22  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0396  NUDIX hydrolase  44.37 
 
 
188 aa  103  1e-21  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.666378  normal  0.770982 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0645  dinucleoside polyphosphate hydrolase  38.51 
 
 
182 aa  103  1e-21  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.0000308205  normal  0.147139 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1735  dinucleoside polyphosphate hydrolase  41.36 
 
 
169 aa  103  1e-21  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3272  dinucleoside polyphosphate hydrolase  38.79 
 
 
176 aa  103  1e-21  Enterobacter sp. 638  Bacteria  unclonable  0.0000000105899  normal 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3241  dinucleoside polyphosphate hydrolase  40 
 
 
175 aa  102  2e-21  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.000000341046  normal  0.0858473 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1033  dinucleoside polyphosphate hydrolase  40 
 
 
175 aa  102  2e-21  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.0000000236129  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0981  dinucleoside polyphosphate hydrolase  40 
 
 
175 aa  102  2e-21  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  3.12815e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1550  NUDIX hydrolase  39.63 
 
 
158 aa  102  2e-21  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.979768  normal 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1622  dinucleoside polyphosphate hydrolase  37.58 
 
 
192 aa  102  2e-21  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0863  dinucleoside polyphosphate hydrolase  40.51 
 
 
178 aa  103  2e-21  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  0.00000000145105  normal  0.0591325 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02678  dinucleoside polyphosphate hydrolase  39.39 
 
 
176 aa  102  3e-21  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.0000336855  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0861  NUDIX hydrolase  39.39 
 
 
176 aa  102  3e-21  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000117938  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2976  dinucleoside polyphosphate hydrolase  39.39 
 
 
176 aa  102  3e-21  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  2.85852e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02639  hypothetical protein  39.39 
 
 
176 aa  102  3e-21  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.0000320087  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1227  dinucleoside polyphosphate hydrolase  40.51 
 
 
173 aa  102  3e-21  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00000249848  hitchhiker  0.00278569 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3032  dinucleoside polyphosphate hydrolase  39.39 
 
 
176 aa  102  3e-21  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  unclonable  9.33004e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3150  dinucleoside polyphosphate hydrolase  39.39 
 
 
176 aa  102  3e-21  Escherichia coli E24377A  Bacteria  unclonable  0.000000000000288941  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0885  dinucleoside polyphosphate hydrolase  39.39 
 
 
176 aa  102  3e-21  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.00000193658  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2977  dinucleoside polyphosphate hydrolase  39.39 
 
 
176 aa  102  3e-21  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00000000801466  hitchhiker  0.0062852 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4096  dinucleoside polyphosphate hydrolase  39.39 
 
 
176 aa  102  3e-21  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.0000000580084  hitchhiker  0.00923204 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3232  dinucleoside polyphosphate hydrolase  39.39 
 
 
176 aa  101  4e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  unclonable  0.0000155637  hitchhiker  0.0000853193 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0516  dinucleoside polyphosphate hydrolase  38.51 
 
 
199 aa  101  4e-21  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.108203 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3331  dinucleoside polyphosphate hydrolase  39.39 
 
 
176 aa  101  4e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  unclonable  0.0000146788  hitchhiker  0.005493 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3399  dinucleoside polyphosphate hydrolase  38.51 
 
 
178 aa  101  4e-21  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  unclonable  0.00000267349  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3217  dinucleoside polyphosphate hydrolase  39.39 
 
 
176 aa  101  4e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  unclonable  0.0000360016  hitchhiker  0.00252549 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3168  dinucleoside polyphosphate hydrolase  39.39 
 
 
176 aa  101  4e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.000367916  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3151  dinucleoside polyphosphate hydrolase  39.39 
 
 
176 aa  101  4e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  unclonable  0.00000000000021359  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1770  dinucleoside polyphosphate hydrolase  39.38 
 
 
190 aa  102  4e-21  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2945  dinucleoside polyphosphate hydrolase  39.24 
 
 
172 aa  100  6e-21  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.019417  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>