229 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPB_0260 on replicon NC_007778
Organism: Rhodopseudomonas palustris HaA2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007778  RPB_0260  dinucleoside polyphosphate hydrolase  100 
 
 
167 aa  344  3e-94  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0564  dinucleoside polyphosphate hydrolase  93.41 
 
 
167 aa  323  6e-88  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.985512 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0166  dinucleoside polyphosphate hydrolase  89.88 
 
 
168 aa  312  9.999999999999999e-85  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0168  dinucleoside polyphosphate hydrolase  83.03 
 
 
175 aa  292  1e-78  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0527  dinucleoside polyphosphate hydrolase  83.64 
 
 
179 aa  290  9e-78  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.741334  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0412  dinucleoside polyphosphate hydrolase  83.73 
 
 
168 aa  289  1e-77  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.309928 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0451  dinucleoside polyphosphate hydrolase  78.44 
 
 
170 aa  275  3e-73  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.446656  normal  0.65944 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2145  dinucleoside polyphosphate hydrolase  62.5 
 
 
172 aa  211  3.9999999999999995e-54  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.69652 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0096  NUDIX hydrolase  62.58 
 
 
184 aa  204  4e-52  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4735  NUDIX hydrolase  60.61 
 
 
182 aa  200  8e-51  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  decreased coverage  0.000037989  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4225  NUDIX hydrolase  62.03 
 
 
186 aa  197  7.999999999999999e-50  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.827405  normal  0.0214287 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3449  dinucleoside polyphosphate hydrolase  58.18 
 
 
171 aa  194  3e-49  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.96666  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3018  dinucleoside polyphosphate hydrolase  57.32 
 
 
175 aa  192  1e-48  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2930  NUDIX hydrolase  59.49 
 
 
167 aa  190  8e-48  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.36611  normal  0.994412 
 
 
-
 
NC_004310  BR1836  dinucleoside polyphosphate hydrolase  57.49 
 
 
182 aa  190  1e-47  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.466201  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1769  dinucleoside polyphosphate hydrolase  57.49 
 
 
178 aa  189  1e-47  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.492248  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3887  dinucleoside polyphosphate hydrolase  55.76 
 
 
177 aa  189  1e-47  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.144161  normal  0.0314277 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0642  NUDIX hydrolase  57.41 
 
 
179 aa  188  2.9999999999999997e-47  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0138031 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1064  dinucleoside polyphosphate hydrolase  58.02 
 
 
174 aa  188  2.9999999999999997e-47  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.772748  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2559  NUDIX hydrolase  61.35 
 
 
195 aa  187  7e-47  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.599331  normal  0.115662 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2284  NUDIX hydrolase  60.74 
 
 
195 aa  186  2e-46  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.151549  normal  0.0451993 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4211  dinucleoside polyphosphate hydrolase  55.15 
 
 
177 aa  185  2e-46  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.165705 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2241  NUDIX hydrolase  60.12 
 
 
202 aa  186  2e-46  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0585336  normal  0.241237 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4302  dinucleoside polyphosphate hydrolase  53.89 
 
 
175 aa  184  4e-46  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1470  NUDIX hydrolase  55.83 
 
 
175 aa  164  5e-40  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0325  dinucleoside polyphosphate hydrolase  47.59 
 
 
170 aa  159  2e-38  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1230  NUDIX hydrolase  50.94 
 
 
165 aa  157  5e-38  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.310052  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0411  dinucleoside polyphosphate hydrolase  50.31 
 
 
173 aa  152  2.9999999999999998e-36  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.229765 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1755  NUDIX hydrolase  50.61 
 
 
161 aa  150  8e-36  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0638574  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0931  dinucleoside polyphosphate hydrolase  50.64 
 
 
162 aa  149  2e-35  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.906348  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2984  dinucleoside polyphosphate hydrolase  49.38 
 
 
162 aa  149  2e-35  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.848091  normal  0.14985 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2590  dinucleoside polyphosphate hydrolase  50.64 
 
 
162 aa  149  3e-35  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2509  dinucleoside polyphosphate hydrolase  50 
 
 
163 aa  148  4e-35  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.815631  normal  0.83484 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2457  NUDIX hydrolase  50.94 
 
 
168 aa  145  2.0000000000000003e-34  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.815124  normal  0.223342 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1550  NUDIX hydrolase  46.06 
 
 
158 aa  145  2.0000000000000003e-34  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.979768  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0092  NUDIX hydrolase  48.41 
 
 
160 aa  141  4e-33  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0201302  normal  0.41925 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0901  dinucleoside polyphosphate hydrolase  45.91 
 
 
164 aa  140  7e-33  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3020  dinucleoside polyphosphate hydrolase  47.02 
 
 
167 aa  140  8e-33  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.614658  normal  0.0272519 
 
 
-
 
NC_002978  WD1119  dinucleoside polyphosphate hydrolase  44.3 
 
 
162 aa  139  9.999999999999999e-33  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4727  dinucleoside polyphosphate hydrolase  46.79 
 
 
170 aa  136  1e-31  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.78787  normal  0.0128864 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0382  NUDIX hydrolase  46.54 
 
 
153 aa  134  8e-31  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0263  dinucleoside polyphosphate hydrolase  46.39 
 
 
164 aa  133  9.999999999999999e-31  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0510399  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3917  NUDIX hydrolase  44.87 
 
 
158 aa  132  3e-30  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0561  dinucleoside polyphosphate hydrolase  46.34 
 
 
169 aa  129  2.0000000000000002e-29  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.655956 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0170  dinucleoside polyphosphate hydrolase  46.54 
 
 
178 aa  128  3e-29  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0169  dinucleoside polyphosphate hydrolase  45.56 
 
 
173 aa  128  4.0000000000000003e-29  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.459872  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2798  dinucleoside polyphosphate hydrolase  41.88 
 
 
167 aa  120  9.999999999999999e-27  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.779042  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2123  dinucleoside polyphosphate hydrolase  40 
 
 
172 aa  109  2.0000000000000002e-23  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0183314  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0199  dinucleoside polyphosphate hydrolase  39.75 
 
 
199 aa  107  5e-23  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1142  dinucleoside polyphosphate hydrolase  40 
 
 
174 aa  106  1e-22  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  unclonable  0.000000000333704  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1331  dinucleoside polyphosphate hydrolase  40 
 
 
174 aa  105  2e-22  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1038  dinucleoside polyphosphate hydrolase  40.25 
 
 
174 aa  105  3e-22  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.0000000156815  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3129  dinucleoside polyphosphate hydrolase  40 
 
 
174 aa  105  3e-22  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  0.00000000022986  normal  0.998128 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0645  dinucleoside polyphosphate hydrolase  38.22 
 
 
182 aa  105  3e-22  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.0000308205  normal  0.147139 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1228  dinucleoside polyphosphate hydrolase  40 
 
 
174 aa  105  3e-22  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00000000133704  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0449  dinucleoside polyphosphate hydrolase  36.94 
 
 
187 aa  105  3e-22  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.0852291  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1261  dinucleoside polyphosphate hydrolase  40 
 
 
174 aa  105  3e-22  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.0000000399476  normal  0.124645 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2865  dinucleoside polyphosphate hydrolase  40 
 
 
174 aa  105  3e-22  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.00000000404837  normal  0.876176 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2947  dinucleoside polyphosphate hydrolase  40 
 
 
174 aa  105  3e-22  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.000000622219  normal  0.254979 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3043  dinucleoside polyphosphate hydrolase  40 
 
 
174 aa  105  3e-22  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.00000000556575  normal  0.544281 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0746  dinucleoside polyphosphate hydrolase  37.58 
 
 
235 aa  105  3e-22  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00235884 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3272  dinucleoside polyphosphate hydrolase  38.41 
 
 
176 aa  105  3e-22  Enterobacter sp. 638  Bacteria  unclonable  0.0000000105899  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1184  dinucleoside polyphosphate hydrolase  40 
 
 
174 aa  105  3e-22  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00000000515571  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0217  dinucleoside polyphosphate hydrolase  38.51 
 
 
197 aa  104  5e-22  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal  0.269428 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2945  dinucleoside polyphosphate hydrolase  37.89 
 
 
172 aa  104  6e-22  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.019417  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3331  dinucleoside polyphosphate hydrolase  36.97 
 
 
176 aa  103  1e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  unclonable  0.0000146788  hitchhiker  0.005493 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3625  dinucleoside polyphosphate hydrolase  37.74 
 
 
171 aa  103  1e-21  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.635767  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3168  dinucleoside polyphosphate hydrolase  36.97 
 
 
176 aa  103  1e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.000367916  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3217  dinucleoside polyphosphate hydrolase  36.97 
 
 
176 aa  103  1e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  unclonable  0.0000360016  hitchhiker  0.00252549 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3151  dinucleoside polyphosphate hydrolase  36.97 
 
 
176 aa  103  1e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  unclonable  0.00000000000021359  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3232  dinucleoside polyphosphate hydrolase  36.97 
 
 
176 aa  103  1e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  unclonable  0.0000155637  hitchhiker  0.0000853193 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02678  dinucleoside polyphosphate hydrolase  36.36 
 
 
176 aa  102  2e-21  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.0000336855  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0861  NUDIX hydrolase  36.36 
 
 
176 aa  102  2e-21  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000117938  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2977  dinucleoside polyphosphate hydrolase  36.36 
 
 
176 aa  102  2e-21  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00000000801466  hitchhiker  0.0062852 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4096  dinucleoside polyphosphate hydrolase  36.36 
 
 
176 aa  102  2e-21  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.0000000580084  hitchhiker  0.00923204 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3032  dinucleoside polyphosphate hydrolase  36.36 
 
 
176 aa  102  2e-21  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  unclonable  9.33004e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3846  dinucleoside polyphosphate hydrolase  36.65 
 
 
174 aa  102  2e-21  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2976  dinucleoside polyphosphate hydrolase  36.36 
 
 
176 aa  102  2e-21  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  2.85852e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3150  dinucleoside polyphosphate hydrolase  36.36 
 
 
176 aa  102  2e-21  Escherichia coli E24377A  Bacteria  unclonable  0.000000000000288941  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0885  dinucleoside polyphosphate hydrolase  36.36 
 
 
176 aa  102  2e-21  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.00000193658  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3671  dinucleoside polyphosphate hydrolase  36.94 
 
 
226 aa  102  2e-21  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.017529  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02639  hypothetical protein  36.36 
 
 
176 aa  102  2e-21  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.0000320087  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2817  dinucleoside polyphosphate hydrolase  37.58 
 
 
238 aa  102  3e-21  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0131722  normal  0.240142 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0834  dinucleoside polyphosphate hydrolase  36.65 
 
 
239 aa  102  3e-21  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.496439  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0573  dinucleoside polyphosphate hydrolase  36.54 
 
 
203 aa  102  3e-21  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.454249 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2647  NUDIX hydrolase  37.58 
 
 
231 aa  101  4e-21  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.455513  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0556  dinucleoside polyphosphate hydrolase  37.58 
 
 
214 aa  101  4e-21  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.000501582  hitchhiker  0.00163437 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3671  dinucleoside polyphosphate hydrolase  37.58 
 
 
215 aa  101  4e-21  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.046247  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0104  dinucleoside polyphosphate hydrolase  37.58 
 
 
214 aa  101  4e-21  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.640787  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0586  dinucleoside polyphosphate hydrolase  37.58 
 
 
214 aa  101  4e-21  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0927743  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2518  dinucleoside polyphosphate hydrolase  37.58 
 
 
216 aa  101  5e-21  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.156524  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3519  dinucleoside polyphosphate hydrolase  37.58 
 
 
216 aa  101  5e-21  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.220968  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3521  dinucleoside polyphosphate hydrolase  37.58 
 
 
216 aa  101  5e-21  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0512  putative (di)nucleoside polyphosphate hydrolase  37.58 
 
 
249 aa  101  5e-21  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.335851  normal  0.782631 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0440  dinucleoside polyphosphate hydrolase  37.58 
 
 
216 aa  101  5e-21  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0516  dinucleoside polyphosphate hydrolase  35.67 
 
 
199 aa  101  5e-21  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.108203 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1132  dinucleoside polyphosphate hydrolase  40.25 
 
 
172 aa  101  5e-21  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.0000000912913  normal 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1299  dinucleoside polyphosphate hydrolase  37.58 
 
 
216 aa  101  5e-21  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0910715  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3264  dinucleoside polyphosphate hydrolase  37.58 
 
 
216 aa  101  5e-21  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3483  dinucleoside polyphosphate hydrolase  37.58 
 
 
216 aa  101  5e-21  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.176954  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>