29 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_2489 on replicon NC_008686
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008686  Pden_2489  cytochrome c (c55X)  100 
 
 		 103 aa  202  1e-51  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.607101 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_06730  putative c-type cytochrome precursor  57.32 
 
 		 119 aa  93.6  8e-19  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0618  putative c-type cytochrome precursor  57.32 
 
 		 119 aa  93.2  1e-18  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3178  putative cytochrome c  53.61 
 
 		 103 aa  92.8  1e-18  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.733909  normal  0.809001 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2079  hypothetical protein  56.76 
 
 		 129 aa  92  2e-18  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.236411  normal  0.167695 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1443  hypothetical protein  55.7 
 
 		 109 aa  92.4  2e-18  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0076  hypothetical protein  47.83 
 
 		 98 aa  91.7  3e-18  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.518394 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5012  c-type cytochrome precursor  51.85 
 
 		 109 aa  91.7  3e-18  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.375656  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3271  hypothetical protein  43.81 
 
 		 110 aa  91.7  3e-18  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4222  c-type cytochrome c55x  51.95 
 
 		 123 aa  90.5  8e-18  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1716  hypothetical protein  53.75 
 
 		 114 aa  86.7  9e-17  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1911  hypothetical protein  52.5 
 
 		 114 aa  86.3  1e-16  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.859056  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2614  hypothetical protein  51.25 
 
 		 139 aa  85.9  2e-16  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.537147  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3124  cytochrome c, mono- and diheme variants  45.74 
 
 		 121 aa  79  0.00000000000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.412627  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1985  nitrite reductase NirS  34.69 
 
 		 546 aa  59.7  0.00000001  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  decreased coverage  0.0000493691  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1903  hypothetical protein  39.06 
 
 		 110 aa  48.5  0.00003  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.172183  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3132  hydroxylamine reductase  26.6 
 
 		 504 aa  47.4  0.00007  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4229  heme-binding protein NirN  32 
 
 		 542 aa  44.7  0.0004  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3029  cytochrome d1 heme subunit  30.49 
 
 		 527 aa  43.1  0.001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.612791  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3323  cytochrome c, class I:cytochrome d1, heme region  31.17 
 
 		 576 aa  43.1  0.001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000018049 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2545  putative cytochrome c  34.83 
 
 		 350 aa  42.4  0.002  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0814  glucose sorbosone dehydrogenase  31.33 
 
 		 462 aa  42  0.003  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  decreased coverage  0.00498666  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3043  cytochrome c class I  31.82 
 
 		 163 aa  42  0.003  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_06750  nitrite reductase precursor  29.89 
 
 		 568 aa  40.8  0.006  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1897  secretion protein HlyD  31.82 
 
 		 485 aa  40.8  0.006  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.00218638  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0610  putative c-type cytochrome  32.88 
 
 		 493 aa  40.4  0.008  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.221994  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1140  cytochrome c, mono- and diheme variant  27.5 
 
 		 269 aa  40.4  0.008  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  decreased coverage  0.000421025  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1583  cytochrome c class I  32.47 
 
 		 152 aa  40.4  0.009  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.889837  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1234  cytochrome c class I  28.43 
 
 		 163 aa  40  0.01  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.5253  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>