23 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_2079 on replicon NC_007973
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007973  Rmet_2079  hypothetical protein  100 
 
 		 129 aa  254  3e-67  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.236411  normal  0.167695 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5012  c-type cytochrome precursor  88.89 
 
 		 109 aa  161  3e-39  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.375656  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0076  hypothetical protein  55.91 
 
 		 98 aa  112  1.0000000000000001e-24  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.518394 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3271  hypothetical protein  53.19 
 
 		 110 aa  107  6e-23  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1443  hypothetical protein  56.79 
 
 		 109 aa  100  6e-21  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2614  hypothetical protein  55.56 
 
 		 139 aa  99.8  1e-20  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.537147  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2489  cytochrome c (c55X)  55.56 
 
 		 103 aa  96.3  1e-19  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.607101 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_06730  putative c-type cytochrome precursor  48.11 
 
 		 119 aa  96.7  1e-19  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0618  putative c-type cytochrome precursor  48.11 
 
 		 119 aa  95.1  3e-19  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4222  c-type cytochrome c55x  39.02 
 
 		 123 aa  91.3  4e-18  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1716  hypothetical protein  50.62 
 
 		 114 aa  84.7  4e-16  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1911  hypothetical protein  50.62 
 
 		 114 aa  84.3  5e-16  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.859056  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3178  putative cytochrome c  51.16 
 
 		 103 aa  82.4  0.000000000000002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.733909  normal  0.809001 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3124  cytochrome c, mono- and diheme variants  38.38 
 
 		 121 aa  77.4  0.00000000000006  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.412627  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1985  nitrite reductase NirS  38.24 
 
 		 546 aa  57.4  0.00000007  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  decreased coverage  0.0000493691  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4229  heme-binding protein NirN  29.29 
 
 		 542 aa  47.4  0.00006  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1897  secretion protein HlyD  30 
 
 		 485 aa  47  0.00009  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.00218638  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1583  cytochrome c class I  31.08 
 
 		 152 aa  44.3  0.0006  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.889837  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3029  cytochrome d1 heme subunit  29.7 
 
 		 527 aa  43.5  0.001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.612791  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1903  hypothetical protein  33.33 
 
 		 110 aa  42.4  0.002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.172183  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2545  putative cytochrome c  42.86 
 
 		 350 aa  42.7  0.002  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1777  cytochrome c oxidase, subunit II  32.26 
 
 		 377 aa  40.4  0.008  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.302976  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0183  cytochrome c oxidase, subunit II  32.26 
 
 		 377 aa  40  0.009  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  decreased coverage  0.000324421  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>