239 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_0422 on replicon NC_008686
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008686  Pden_0422  pyridoxine 5'-phosphate synthase  100 
 
 
244 aa  483  1e-135  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.644654  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2563  pyridoxine 5'-phosphate synthase  75.31 
 
 
252 aa  356  1.9999999999999998e-97  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.117328  hitchhiker  0.00154499 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0196  pyridoxine 5'-phosphate synthase  73.66 
 
 
254 aa  343  1e-93  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1672  pyridoxine 5'-phosphate synthase  73.97 
 
 
252 aa  340  1e-92  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0305  pyridoxine 5'-phosphate synthase  73.97 
 
 
252 aa  340  1e-92  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.689366  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2574  pyridoxine 5'-phosphate synthase  74.79 
 
 
249 aa  337  7e-92  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.0294223 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0516  pyridoxine 5'-phosphate synthase  71.07 
 
 
248 aa  335  5e-91  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1573  pyridoxine 5'-phosphate synthase  67.08 
 
 
247 aa  305  6e-82  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.313613  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2871  pyridoxine 5'-phosphate synthase  65.7 
 
 
265 aa  285  7e-76  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.0175747 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3458  pyridoxine 5'-phosphate synthase  63.64 
 
 
249 aa  284  9e-76  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.479661  normal  0.67158 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3873  pyridoxine 5'-phosphate synthase  64.88 
 
 
241 aa  280  1e-74  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.532548  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1854  pyridoxine 5'-phosphate synthase  66.53 
 
 
249 aa  280  1e-74  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0911  pyridoxine 5'-phosphate synthase  62.4 
 
 
247 aa  278  8e-74  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0316197  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2444  pyridoxine 5'-phosphate synthase  62.96 
 
 
260 aa  273  1.0000000000000001e-72  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2629  pyridoxine 5'-phosphate synthase  64.46 
 
 
241 aa  270  1e-71  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1407  pyridoxine 5'-phosphate synthase  63.22 
 
 
248 aa  269  2.9999999999999997e-71  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.670509  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2609  pyridoxine 5'-phosphate synthase  58.44 
 
 
254 aa  264  8.999999999999999e-70  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0258596  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4686  pyridoxine 5'-phosphate synthase  59.26 
 
 
257 aa  263  1e-69  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.157176  normal  0.721299 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2546  pyridoxine 5'-phosphate synthase  61.98 
 
 
249 aa  260  1e-68  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.953941  normal  0.0399553 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2271  pyridoxine 5'-phosphate synthase  61.98 
 
 
249 aa  260  1e-68  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.10527 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1921  pyridoxine 5'-phosphate synthase  59.67 
 
 
270 aa  258  7e-68  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.477373 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1733  pyridoxine 5'-phosphate synthase  63.56 
 
 
251 aa  257  1e-67  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.373723 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2717  pyridoxine 5'-phosphate synthase  56.61 
 
 
243 aa  256  2e-67  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2929  pyridoxine 5'-phosphate synthase  56.2 
 
 
243 aa  255  5e-67  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.513928  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02458  pyridoxal phosphate biosynthetic protein  56.2 
 
 
243 aa  255  6e-67  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1104  pyridoxal phosphate biosynthetic protein PdxJ  56.2 
 
 
243 aa  255  6e-67  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.548705  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2781  pyridoxine 5'-phosphate synthase  56.61 
 
 
243 aa  255  6e-67  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2850  pyridoxine 5'-phosphate synthase  56.2 
 
 
243 aa  255  6e-67  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.445885  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02422  hypothetical protein  56.2 
 
 
243 aa  255  6e-67  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3800  pyridoxine 5'-phosphate synthase  56.2 
 
 
243 aa  255  6e-67  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2719  pyridoxine 5'-phosphate synthase  56.2 
 
 
243 aa  255  6e-67  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2956  pyridoxine 5'-phosphate synthase  56.61 
 
 
243 aa  255  6e-67  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.586125  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2844  pyridoxine 5'-phosphate synthase  56.61 
 
 
243 aa  255  6e-67  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.776191 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1113  pyridoxine 5'-phosphate synthase  56.2 
 
 
243 aa  255  6e-67  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2821  pyridoxine 5'-phosphate synthase  56.61 
 
 
243 aa  255  6e-67  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002500  pyridoxine 5'-phosphate synthase  55.79 
 
 
243 aa  253  1.0000000000000001e-66  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1944  pyridoxal phosphate biosynthetic protein PdxJ  56.79 
 
 
255 aa  254  1.0000000000000001e-66  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.35633  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1095  pyridoxine 5'-phosphate synthase  59.5 
 
 
246 aa  252  3e-66  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.533412  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2229  pyridoxine 5'-phosphate synthase  61.57 
 
 
249 aa  252  3e-66  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.604387  normal  0.0864427 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2254  pyridoxine 5'-phosphate synthase  58.02 
 
 
256 aa  252  4.0000000000000004e-66  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.339029  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3878  pyridoxine 5'-phosphate synthase  65.2 
 
 
257 aa  252  4.0000000000000004e-66  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.225948 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2740  pyridoxine 5'-phosphate synthase  56.2 
 
 
243 aa  252  4.0000000000000004e-66  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.278443  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0737  pyridoxine 5'-phosphate synthase  56.25 
 
 
248 aa  250  1e-65  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.548789  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3051  pyridoxine 5'-phosphate synthase  55.79 
 
 
243 aa  250  1e-65  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.397726  normal  0.0244727 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2969  pyridoxine 5'-phosphate synthase  57.2 
 
 
254 aa  250  2e-65  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.920046  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2782  pyridoxal phosphate biosynthetic protein PdxJ  55.79 
 
 
243 aa  249  2e-65  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03533  pyridoxine 5'-phosphate synthase  55.37 
 
 
243 aa  248  6e-65  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0994  pyridoxine 5'-phosphate synthase  57.44 
 
 
259 aa  248  8e-65  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0276918 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1071  pyridoxal phosphate biosynthetic protein PdxJ  53.72 
 
 
243 aa  247  1e-64  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.989266  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7366  pyridoxine 5'-phosphate synthase  59.31 
 
 
252 aa  247  1e-64  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  hitchhiker  0.00681415  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1860  pyridoxine 5'-phosphate synthase  56.61 
 
 
243 aa  246  3e-64  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.220115  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2637  pyridoxine 5'-phosphate synthase  56.61 
 
 
255 aa  245  4.9999999999999997e-64  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.928924 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1667  pyridoxine 5'-phosphate synthase  57.44 
 
 
247 aa  244  6e-64  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0409  pyridoxine 5'-phosphate synthase  55.37 
 
 
248 aa  244  8e-64  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2041  pyridoxine 5'-phosphate synthase  62.76 
 
 
242 aa  244  9e-64  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3068  pyridoxine 5'-phosphate synthase  54.73 
 
 
243 aa  244  9e-64  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.867372  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1207  pyridoxine 5'-phosphate synthase  54.13 
 
 
243 aa  243  1.9999999999999999e-63  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.52107  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2036  pyridoxine 5'-phosphate synthase  55.37 
 
 
243 aa  243  3e-63  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3666  pyridoxine 5'-phosphate synthase  54.55 
 
 
243 aa  243  3e-63  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0377  pyridoxine 5'-phosphate synthase  55.56 
 
 
255 aa  242  3.9999999999999997e-63  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.0844615  hitchhiker  0.000251864 
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0279  pyridoxine 5'-phosphate synthase  53.09 
 
 
243 aa  241  6e-63  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2648  pyridoxine 5'-phosphate synthase  58.44 
 
 
254 aa  241  7e-63  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0453351  normal  0.0112314 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3709  pyridoxine 5'-phosphate synthase  54.77 
 
 
245 aa  241  7.999999999999999e-63  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4119  pyridoxine 5'-phosphate synthase  54.55 
 
 
246 aa  241  1e-62  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.019832  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1675  pyridoxine 5'-phosphate synthase  51.84 
 
 
243 aa  240  1e-62  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1657  pyridoxine 5'-phosphate synthase  55.51 
 
 
249 aa  239  2.9999999999999997e-62  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1139  pyridoxine 5'-phosphate synthase  53.31 
 
 
243 aa  238  5e-62  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1192  pyridoxine 5'-phosphate synthase  53.31 
 
 
243 aa  238  5.999999999999999e-62  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2522  pyridoxine 5'-phosphate synthase  55 
 
 
243 aa  238  5.999999999999999e-62  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.13808  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3614  pyridoxine 5'-phosphate synthase  53.31 
 
 
243 aa  238  5.999999999999999e-62  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4015  pyridoxine 5'-phosphate synthase  55.56 
 
 
235 aa  238  8e-62  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4053  pyridoxine 5'-phosphate synthase  55.56 
 
 
235 aa  238  8e-62  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.539524  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0643  pyridoxine 5'-phosphate synthase  52.54 
 
 
244 aa  238  9e-62  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6617  pyridoxine 5'-phosphate synthase  61.9 
 
 
252 aa  237  1e-61  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.229293  normal  0.343486 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_14741  pyridoxine 5'-phosphate synthase  52.97 
 
 
245 aa  235  6e-61  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.44969  normal  0.931321 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0336  pyridoxine 5'-phosphate synthase  52.52 
 
 
264 aa  234  7e-61  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.305659  normal 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0642  pyridoxine 5'-phosphate synthase  53.39 
 
 
245 aa  234  7e-61  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.869515  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0488  pyridoxine 5'-phosphate synthase  52.97 
 
 
251 aa  234  7e-61  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1678  pyridoxine 5'-phosphate synthase  52.97 
 
 
240 aa  234  9e-61  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0795  pyridoxine 5'-phosphate synthase  53.11 
 
 
246 aa  233  2.0000000000000002e-60  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1265  pyridoxine 5'-phosphate synthase  53.56 
 
 
240 aa  233  2.0000000000000002e-60  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0370  pyridoxine 5'-phosphate synthase  52.52 
 
 
264 aa  233  2.0000000000000002e-60  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.225374  normal  0.0276101 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0667  pyridoxine 5'-phosphate synthase  52.97 
 
 
236 aa  233  2.0000000000000002e-60  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.357932  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0867  pyridoxine 5'-phosphate synthase  54.04 
 
 
240 aa  232  3e-60  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.0203459 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1011  pyridoxine 5'-phosphate synthase  54.04 
 
 
240 aa  232  3e-60  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.0291061 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0844  pyridoxine 5'-phosphate synthase  54.32 
 
 
254 aa  233  3e-60  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.147174  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4547  pyridoxine 5'-phosphate synthase  54.43 
 
 
240 aa  232  4.0000000000000004e-60  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.336001  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_54290  pyridoxine 5'-phosphate synthase  54.39 
 
 
248 aa  232  5e-60  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1634  pyridoxine 5'-phosphate synthase  57.26 
 
 
270 aa  231  6e-60  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0172383  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03404  pyridoxine 5'-phosphate synthase  55.19 
 
 
250 aa  231  7.000000000000001e-60  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.405613  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4746  pyridoxine 5'-phosphate synthase  54.98 
 
 
248 aa  231  9e-60  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.314773  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2333  pyridoxine 5'-phosphate synthase  53.31 
 
 
242 aa  230  1e-59  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_13830  pyridoxine 5'-phosphate synthase  55.23 
 
 
248 aa  229  2e-59  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0064  pyridoxine 5'-phosphate synthase  46.67 
 
 
235 aa  229  2e-59  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.757519  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4214  pyridoxal phosphate biosynthetic protein PdxJ  54.08 
 
 
246 aa  229  2e-59  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.256384  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1350  pyridoxine 5'-phosphate synthase  56.2 
 
 
261 aa  230  2e-59  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0751637  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2896  pyridoxine 5'-phosphate synthase  53.09 
 
 
254 aa  229  4e-59  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.849823  normal  0.107907 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0805  pyridoxine 5'-phosphate synthase  48.54 
 
 
239 aa  228  5e-59  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.916602  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1002  pyridoxine 5'-phosphate synthase  55.08 
 
 
239 aa  228  6e-59  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.0148363  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1733  pyridoxine 5'-phosphate synthase  51.28 
 
 
264 aa  228  8e-59  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>