239 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_2563 on replicon NC_008044
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008044  TM1040_2563  pyridoxine 5'-phosphate synthase  100 
 
 
252 aa  501  1e-141  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.117328  hitchhiker  0.00154499 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0196  pyridoxine 5'-phosphate synthase  83.95 
 
 
254 aa  400  9.999999999999999e-111  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0422  pyridoxine 5'-phosphate synthase  75.31 
 
 
244 aa  356  1.9999999999999998e-97  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.644654  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0516  pyridoxine 5'-phosphate synthase  74.39 
 
 
248 aa  355  2.9999999999999997e-97  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1573  pyridoxine 5'-phosphate synthase  67.89 
 
 
247 aa  325  3e-88  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.313613  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1672  pyridoxine 5'-phosphate synthase  72.65 
 
 
252 aa  324  6e-88  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0305  pyridoxine 5'-phosphate synthase  72.65 
 
 
252 aa  324  6e-88  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.689366  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2574  pyridoxine 5'-phosphate synthase  74.38 
 
 
249 aa  322  2e-87  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.0294223 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0911  pyridoxine 5'-phosphate synthase  63.56 
 
 
247 aa  302  3.0000000000000004e-81  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0316197  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3458  pyridoxine 5'-phosphate synthase  62.35 
 
 
249 aa  290  1e-77  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.479661  normal  0.67158 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2871  pyridoxine 5'-phosphate synthase  63.97 
 
 
265 aa  290  2e-77  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.0175747 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1854  pyridoxine 5'-phosphate synthase  65.59 
 
 
249 aa  286  2e-76  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3873  pyridoxine 5'-phosphate synthase  62.81 
 
 
241 aa  286  2.9999999999999996e-76  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.532548  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4686  pyridoxine 5'-phosphate synthase  62.75 
 
 
257 aa  281  9e-75  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.157176  normal  0.721299 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1407  pyridoxine 5'-phosphate synthase  61.79 
 
 
248 aa  281  1e-74  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.670509  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2271  pyridoxine 5'-phosphate synthase  61.69 
 
 
249 aa  278  9e-74  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.10527 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2609  pyridoxine 5'-phosphate synthase  59.51 
 
 
254 aa  277  1e-73  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0258596  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2546  pyridoxine 5'-phosphate synthase  61.69 
 
 
249 aa  275  4e-73  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.953941  normal  0.0399553 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2629  pyridoxine 5'-phosphate synthase  64.75 
 
 
241 aa  275  7e-73  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2444  pyridoxine 5'-phosphate synthase  61.22 
 
 
260 aa  273  1.0000000000000001e-72  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002500  pyridoxine 5'-phosphate synthase  56.73 
 
 
243 aa  273  1.0000000000000001e-72  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1733  pyridoxine 5'-phosphate synthase  65.04 
 
 
251 aa  272  5.000000000000001e-72  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.373723 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1071  pyridoxal phosphate biosynthetic protein PdxJ  59.09 
 
 
243 aa  270  2e-71  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.989266  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03533  pyridoxine 5'-phosphate synthase  56.73 
 
 
243 aa  269  2e-71  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2229  pyridoxine 5'-phosphate synthase  61.69 
 
 
249 aa  269  4e-71  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.604387  normal  0.0864427 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2717  pyridoxine 5'-phosphate synthase  57.44 
 
 
243 aa  266  2e-70  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2969  pyridoxine 5'-phosphate synthase  59.18 
 
 
254 aa  265  5e-70  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.920046  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02458  pyridoxal phosphate biosynthetic protein  57.02 
 
 
243 aa  265  7e-70  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1104  pyridoxal phosphate biosynthetic protein PdxJ  57.02 
 
 
243 aa  265  7e-70  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.548705  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1113  pyridoxine 5'-phosphate synthase  57.02 
 
 
243 aa  265  7e-70  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1921  pyridoxine 5'-phosphate synthase  60.49 
 
 
270 aa  265  7e-70  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.477373 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3800  pyridoxine 5'-phosphate synthase  57.02 
 
 
243 aa  265  7e-70  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02422  hypothetical protein  57.02 
 
 
243 aa  265  7e-70  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2850  pyridoxine 5'-phosphate synthase  57.02 
 
 
243 aa  265  7e-70  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.445885  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2719  pyridoxine 5'-phosphate synthase  57.02 
 
 
243 aa  265  7e-70  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2929  pyridoxine 5'-phosphate synthase  56.61 
 
 
243 aa  263  1e-69  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.513928  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3051  pyridoxine 5'-phosphate synthase  57.2 
 
 
243 aa  263  3e-69  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.397726  normal  0.0244727 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3068  pyridoxine 5'-phosphate synthase  57.02 
 
 
243 aa  262  4.999999999999999e-69  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.867372  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2782  pyridoxal phosphate biosynthetic protein PdxJ  57.02 
 
 
243 aa  261  6.999999999999999e-69  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3666  pyridoxine 5'-phosphate synthase  56.61 
 
 
243 aa  261  8e-69  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2637  pyridoxine 5'-phosphate synthase  58.7 
 
 
255 aa  261  8.999999999999999e-69  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.928924 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1944  pyridoxal phosphate biosynthetic protein PdxJ  56.15 
 
 
255 aa  259  2e-68  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.35633  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2254  pyridoxine 5'-phosphate synthase  58.06 
 
 
256 aa  259  2e-68  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.339029  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2041  pyridoxine 5'-phosphate synthase  64.05 
 
 
242 aa  259  3e-68  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2036  pyridoxine 5'-phosphate synthase  56.56 
 
 
243 aa  259  3e-68  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1207  pyridoxine 5'-phosphate synthase  56.2 
 
 
243 aa  259  4e-68  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.52107  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0994  pyridoxine 5'-phosphate synthase  56.4 
 
 
259 aa  257  2e-67  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0276918 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2648  pyridoxine 5'-phosphate synthase  59.51 
 
 
254 aa  256  3e-67  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0453351  normal  0.0112314 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2956  pyridoxine 5'-phosphate synthase  57.02 
 
 
243 aa  255  5e-67  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.586125  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2844  pyridoxine 5'-phosphate synthase  57.02 
 
 
243 aa  255  5e-67  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.776191 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2821  pyridoxine 5'-phosphate synthase  57.02 
 
 
243 aa  255  5e-67  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2781  pyridoxine 5'-phosphate synthase  57.02 
 
 
243 aa  255  5e-67  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3878  pyridoxine 5'-phosphate synthase  64.91 
 
 
257 aa  254  7e-67  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.225948 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2740  pyridoxine 5'-phosphate synthase  56.61 
 
 
243 aa  253  1.0000000000000001e-66  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.278443  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2522  pyridoxine 5'-phosphate synthase  55.92 
 
 
243 aa  253  1.0000000000000001e-66  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.13808  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1139  pyridoxine 5'-phosphate synthase  54.96 
 
 
243 aa  253  2.0000000000000002e-66  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1192  pyridoxine 5'-phosphate synthase  54.96 
 
 
243 aa  253  2.0000000000000002e-66  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3614  pyridoxine 5'-phosphate synthase  54.96 
 
 
243 aa  253  2.0000000000000002e-66  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0844  pyridoxine 5'-phosphate synthase  56.18 
 
 
254 aa  252  3e-66  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.147174  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7366  pyridoxine 5'-phosphate synthase  56.78 
 
 
252 aa  250  1e-65  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  hitchhiker  0.00681415  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0643  pyridoxine 5'-phosphate synthase  52.85 
 
 
244 aa  250  2e-65  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3709  pyridoxine 5'-phosphate synthase  55.37 
 
 
245 aa  248  6e-65  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0737  pyridoxine 5'-phosphate synthase  55.47 
 
 
248 aa  248  1e-64  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.548789  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2896  pyridoxine 5'-phosphate synthase  54.62 
 
 
254 aa  246  2e-64  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.849823  normal  0.107907 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1088  pyridoxine 5'-phosphate synthase  55.02 
 
 
254 aa  247  2e-64  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1095  pyridoxine 5'-phosphate synthase  56.45 
 
 
246 aa  247  2e-64  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.533412  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0409  pyridoxine 5'-phosphate synthase  52.82 
 
 
248 aa  246  3e-64  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1246  pyridoxine 5'-phosphate synthase  56.61 
 
 
245 aa  244  8e-64  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00000778837  unclonable  0.0000000131093 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03404  pyridoxine 5'-phosphate synthase  54.88 
 
 
250 aa  243  3e-63  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.405613  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1040  pyridoxine 5'-phosphate synthase  56.61 
 
 
245 aa  243  3e-63  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.526796  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6617  pyridoxine 5'-phosphate synthase  58.9 
 
 
252 aa  242  5e-63  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.229293  normal  0.343486 
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0279  pyridoxine 5'-phosphate synthase  52.26 
 
 
243 aa  241  7e-63  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0795  pyridoxine 5'-phosphate synthase  51.42 
 
 
246 aa  239  2.9999999999999997e-62  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0883  pyridoxine 5'-phosphate synthase  54.96 
 
 
245 aa  239  4e-62  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.346326 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2333  pyridoxine 5'-phosphate synthase  52.28 
 
 
242 aa  239  4e-62  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002978  WD0064  pyridoxine 5'-phosphate synthase  47.92 
 
 
235 aa  238  5e-62  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.757519  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1057  pyridoxine 5'-phosphate synthase  56.56 
 
 
245 aa  236  3e-61  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1385  pyridoxal phosphate biosynthetic protein PdxJ  54.13 
 
 
250 aa  235  4e-61  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.899114  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0488  pyridoxine 5'-phosphate synthase  51.65 
 
 
251 aa  235  4e-61  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1403  pyridoxine 5'-phosphate synthase  52.5 
 
 
241 aa  235  5.0000000000000005e-61  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0484  pyridoxine 5'-phosphate synthase  52.52 
 
 
235 aa  235  5.0000000000000005e-61  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  hitchhiker  0.00217083  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1124  pyridoxine 5'-phosphate synthase  52.5 
 
 
241 aa  235  5.0000000000000005e-61  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.595561  normal 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1678  pyridoxine 5'-phosphate synthase  51.65 
 
 
240 aa  235  6e-61  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4119  pyridoxine 5'-phosphate synthase  53.91 
 
 
246 aa  234  8e-61  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.019832  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3109  pyridoxine 5'-phosphate synthase  54.96 
 
 
245 aa  234  1.0000000000000001e-60  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00124308  normal  0.0210238 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1248  pyridoxine 5'-phosphate synthase  54.96 
 
 
245 aa  234  1.0000000000000001e-60  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0135283  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1204  pyridoxine 5'-phosphate synthase  54.96 
 
 
245 aa  233  1.0000000000000001e-60  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0207409  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1162  pyridoxine 5'-phosphate synthase  54.96 
 
 
245 aa  233  2.0000000000000002e-60  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.331804  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1281  pyridoxine 5'-phosphate synthase  54.55 
 
 
245 aa  233  2.0000000000000002e-60  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.661895  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0997  pyridoxine 5'-phosphate synthase  51.23 
 
 
247 aa  233  3e-60  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.0598838 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1151  pyridoxine 5'-phosphate synthase  54.96 
 
 
245 aa  232  4.0000000000000004e-60  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1076  pyridoxine 5'-phosphate synthase  50.82 
 
 
246 aa  232  4.0000000000000004e-60  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2367  pyridoxine 5'-phosphate synthase  51.87 
 
 
242 aa  232  4.0000000000000004e-60  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.300493  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2845  pyridoxine 5'-phosphate synthase  54.55 
 
 
245 aa  232  4.0000000000000004e-60  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.992291  normal 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0667  pyridoxine 5'-phosphate synthase  50.84 
 
 
236 aa  232  4.0000000000000004e-60  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.357932  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2455  pyridoxine 5'-phosphate synthase  51.87 
 
 
242 aa  232  4.0000000000000004e-60  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1500  pyridoxine 5'-phosphate synthase  51.87 
 
 
242 aa  231  6e-60  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.498379  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4371  pyridoxine 5'-phosphate synthase  50.82 
 
 
246 aa  231  7.000000000000001e-60  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.194442 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1436  pyridoxine 5'-phosphate synthase  51.23 
 
 
246 aa  231  8.000000000000001e-60  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.532201  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2415  pyridoxine 5'-phosphate synthase  54.84 
 
 
260 aa  231  1e-59  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.240881 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>