239 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Nham_2254 on replicon NC_007964
Organism: Nitrobacter hamburgensis X14



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007964  Nham_2254  pyridoxine 5'-phosphate synthase  100 
 
 
256 aa  510  1e-144  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.339029  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1921  pyridoxine 5'-phosphate synthase  90 
 
 
270 aa  422  1e-117  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.477373 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4686  pyridoxine 5'-phosphate synthase  80.57 
 
 
257 aa  402  1e-111  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.157176  normal  0.721299 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2609  pyridoxine 5'-phosphate synthase  77.11 
 
 
254 aa  389  1e-107  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0258596  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2969  pyridoxine 5'-phosphate synthase  75.9 
 
 
254 aa  372  1e-102  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.920046  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2637  pyridoxine 5'-phosphate synthase  73.81 
 
 
255 aa  364  1e-100  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.928924 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2648  pyridoxine 5'-phosphate synthase  77.51 
 
 
254 aa  360  2e-98  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0453351  normal  0.0112314 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2444  pyridoxine 5'-phosphate synthase  63.86 
 
 
260 aa  310  2e-83  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2871  pyridoxine 5'-phosphate synthase  62.15 
 
 
265 aa  298  4e-80  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.0175747 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0911  pyridoxine 5'-phosphate synthase  60.73 
 
 
247 aa  292  4e-78  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0316197  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0516  pyridoxine 5'-phosphate synthase  61.73 
 
 
248 aa  291  5e-78  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1573  pyridoxine 5'-phosphate synthase  60.25 
 
 
247 aa  290  1e-77  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.313613  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0994  pyridoxine 5'-phosphate synthase  63.22 
 
 
259 aa  289  3e-77  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0276918 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1407  pyridoxine 5'-phosphate synthase  61.57 
 
 
248 aa  288  7e-77  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.670509  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0196  pyridoxine 5'-phosphate synthase  61.07 
 
 
254 aa  282  4.0000000000000003e-75  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3873  pyridoxine 5'-phosphate synthase  61.98 
 
 
241 aa  278  6e-74  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.532548  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1854  pyridoxine 5'-phosphate synthase  61.57 
 
 
249 aa  277  1e-73  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3458  pyridoxine 5'-phosphate synthase  58.3 
 
 
249 aa  275  6e-73  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.479661  normal  0.67158 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2563  pyridoxine 5'-phosphate synthase  58.06 
 
 
252 aa  274  8e-73  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.117328  hitchhiker  0.00154499 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2271  pyridoxine 5'-phosphate synthase  60.49 
 
 
249 aa  273  2.0000000000000002e-72  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.10527 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2546  pyridoxine 5'-phosphate synthase  60.08 
 
 
249 aa  270  1e-71  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.953941  normal  0.0399553 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3878  pyridoxine 5'-phosphate synthase  67.4 
 
 
257 aa  270  2e-71  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.225948 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0305  pyridoxine 5'-phosphate synthase  59.09 
 
 
252 aa  268  8e-71  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.689366  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1672  pyridoxine 5'-phosphate synthase  59.09 
 
 
252 aa  268  8e-71  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2229  pyridoxine 5'-phosphate synthase  61.32 
 
 
249 aa  267  2e-70  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.604387  normal  0.0864427 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0422  pyridoxine 5'-phosphate synthase  58.02 
 
 
244 aa  266  2e-70  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.644654  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2574  pyridoxine 5'-phosphate synthase  59.09 
 
 
249 aa  263  2e-69  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.0294223 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2041  pyridoxine 5'-phosphate synthase  59.43 
 
 
242 aa  261  6.999999999999999e-69  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1733  pyridoxine 5'-phosphate synthase  58.37 
 
 
251 aa  258  5.0000000000000005e-68  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.373723 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2629  pyridoxine 5'-phosphate synthase  57.61 
 
 
241 aa  253  2.0000000000000002e-66  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7366  pyridoxine 5'-phosphate synthase  55.93 
 
 
252 aa  250  2e-65  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  hitchhiker  0.00681415  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002500  pyridoxine 5'-phosphate synthase  54.73 
 
 
243 aa  244  9e-64  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2782  pyridoxal phosphate biosynthetic protein PdxJ  53.75 
 
 
243 aa  239  2e-62  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03533  pyridoxine 5'-phosphate synthase  54.81 
 
 
243 aa  239  2e-62  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0273  pyridoxine 5'-phosphate synthase  48.54 
 
 
238 aa  239  2.9999999999999997e-62  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0488  pyridoxine 5'-phosphate synthase  51.48 
 
 
251 aa  239  4e-62  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0795  pyridoxine 5'-phosphate synthase  52.02 
 
 
246 aa  237  1e-61  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02458  pyridoxal phosphate biosynthetic protein  52.08 
 
 
243 aa  236  3e-61  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1104  pyridoxal phosphate biosynthetic protein PdxJ  52.08 
 
 
243 aa  236  3e-61  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.548705  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2719  pyridoxine 5'-phosphate synthase  52.08 
 
 
243 aa  236  3e-61  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3800  pyridoxine 5'-phosphate synthase  52.08 
 
 
243 aa  236  3e-61  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2850  pyridoxine 5'-phosphate synthase  52.08 
 
 
243 aa  236  3e-61  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.445885  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1678  pyridoxine 5'-phosphate synthase  51.49 
 
 
240 aa  236  3e-61  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02422  hypothetical protein  52.08 
 
 
243 aa  236  3e-61  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1113  pyridoxine 5'-phosphate synthase  52.08 
 
 
243 aa  236  3e-61  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2740  pyridoxine 5'-phosphate synthase  52.92 
 
 
243 aa  236  3e-61  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.278443  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2956  pyridoxine 5'-phosphate synthase  52.92 
 
 
243 aa  236  3e-61  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.586125  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2821  pyridoxine 5'-phosphate synthase  52.92 
 
 
243 aa  236  3e-61  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2781  pyridoxine 5'-phosphate synthase  52.92 
 
 
243 aa  236  3e-61  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2929  pyridoxine 5'-phosphate synthase  52.08 
 
 
243 aa  236  3e-61  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.513928  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2844  pyridoxine 5'-phosphate synthase  52.92 
 
 
243 aa  236  3e-61  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.776191 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0805  pyridoxine 5'-phosphate synthase  47.9 
 
 
239 aa  235  5.0000000000000005e-61  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.916602  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3068  pyridoxine 5'-phosphate synthase  52.08 
 
 
243 aa  234  7e-61  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.867372  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2717  pyridoxine 5'-phosphate synthase  51.67 
 
 
243 aa  234  1.0000000000000001e-60  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3614  pyridoxine 5'-phosphate synthase  52.5 
 
 
243 aa  234  1.0000000000000001e-60  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1192  pyridoxine 5'-phosphate synthase  52.5 
 
 
243 aa  234  1.0000000000000001e-60  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1139  pyridoxine 5'-phosphate synthase  52.5 
 
 
243 aa  234  1.0000000000000001e-60  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1207  pyridoxine 5'-phosphate synthase  51.67 
 
 
243 aa  233  2.0000000000000002e-60  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.52107  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1095  pyridoxine 5'-phosphate synthase  53.23 
 
 
246 aa  233  3e-60  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.533412  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2415  pyridoxine 5'-phosphate synthase  52.89 
 
 
260 aa  232  5e-60  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.240881 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1944  pyridoxal phosphate biosynthetic protein PdxJ  50 
 
 
255 aa  232  5e-60  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.35633  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0844  pyridoxine 5'-phosphate synthase  51.43 
 
 
254 aa  231  6e-60  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.147174  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1071  pyridoxal phosphate biosynthetic protein PdxJ  51.67 
 
 
243 aa  231  8.000000000000001e-60  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.989266  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2036  pyridoxine 5'-phosphate synthase  53.97 
 
 
243 aa  231  8.000000000000001e-60  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3709  pyridoxine 5'-phosphate synthase  52.67 
 
 
245 aa  231  9e-60  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2522  pyridoxine 5'-phosphate synthase  53.56 
 
 
243 aa  230  1e-59  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.13808  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3666  pyridoxine 5'-phosphate synthase  52.5 
 
 
243 aa  231  1e-59  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3051  pyridoxine 5'-phosphate synthase  52.08 
 
 
243 aa  229  2e-59  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.397726  normal  0.0244727 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4119  pyridoxine 5'-phosphate synthase  52.08 
 
 
246 aa  228  1e-58  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.019832  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0336  pyridoxine 5'-phosphate synthase  51.67 
 
 
264 aa  227  1e-58  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.305659  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6617  pyridoxine 5'-phosphate synthase  56.17 
 
 
252 aa  227  2e-58  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.229293  normal  0.343486 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0643  pyridoxine 5'-phosphate synthase  50.21 
 
 
244 aa  226  2e-58  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0370  pyridoxine 5'-phosphate synthase  50.42 
 
 
264 aa  226  3e-58  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.225374  normal  0.0276101 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_54290  pyridoxine 5'-phosphate synthase  52.46 
 
 
248 aa  226  3e-58  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002978  WD0064  pyridoxine 5'-phosphate synthase  45.83 
 
 
235 aa  225  5.0000000000000005e-58  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.757519  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1040  pyridoxine 5'-phosphate synthase  52.89 
 
 
245 aa  225  5.0000000000000005e-58  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.526796  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2333  pyridoxine 5'-phosphate synthase  51.04 
 
 
242 aa  225  7e-58  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4746  pyridoxine 5'-phosphate synthase  52.32 
 
 
248 aa  224  1e-57  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.314773  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0409  pyridoxine 5'-phosphate synthase  48.79 
 
 
248 aa  224  1e-57  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1076  pyridoxine 5'-phosphate synthase  51.24 
 
 
246 aa  223  2e-57  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1385  pyridoxal phosphate biosynthetic protein PdxJ  49.17 
 
 
250 aa  223  2e-57  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.899114  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1675  pyridoxine 5'-phosphate synthase  48.57 
 
 
243 aa  223  2e-57  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2896  pyridoxine 5'-phosphate synthase  49.8 
 
 
254 aa  223  2e-57  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.849823  normal  0.107907 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1436  pyridoxine 5'-phosphate synthase  51.65 
 
 
246 aa  223  3e-57  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.532201  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1246  pyridoxine 5'-phosphate synthase  52.07 
 
 
245 aa  223  3e-57  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00000778837  unclonable  0.0000000131093 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4371  pyridoxine 5'-phosphate synthase  51.24 
 
 
246 aa  221  7e-57  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.194442 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0184  pyridoxine 5'-phosphate synthase  49 
 
 
248 aa  221  7e-57  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1088  pyridoxine 5'-phosphate synthase  49.39 
 
 
254 aa  221  8e-57  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0737  pyridoxine 5'-phosphate synthase  52.52 
 
 
248 aa  221  9e-57  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.548789  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03404  pyridoxine 5'-phosphate synthase  51.64 
 
 
250 aa  221  9.999999999999999e-57  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.405613  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1759  pyridoxine 5'-phosphate synthase  49.18 
 
 
265 aa  221  9.999999999999999e-57  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1634  pyridoxine 5'-phosphate synthase  50 
 
 
270 aa  220  1.9999999999999999e-56  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0172383  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1478  pyridoxine 5'-phosphate synthase  52.07 
 
 
248 aa  220  1.9999999999999999e-56  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.323845  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4285  pyridoxine 5'-phosphate synthase  52.56 
 
 
240 aa  219  3e-56  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2926  pyridoxine 5'-phosphate synthase  51.82 
 
 
265 aa  219  5e-56  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1667  pyridoxine 5'-phosphate synthase  50.85 
 
 
247 aa  218  6e-56  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0546  pyridoxine 5'-phosphate synthase  52.65 
 
 
257 aa  218  7e-56  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.795821  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1786  pyridoxine 5'-phosphate synthase  52.65 
 
 
257 aa  218  7e-56  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.530858  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2818  pyridoxine 5'-phosphate synthase  52.65 
 
 
257 aa  218  7e-56  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2463  pyridoxine 5'-phosphate synthase  52.65 
 
 
257 aa  218  7e-56  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>