42 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PSPTO_4072 on replicon NC_004578
Organism: Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_004578  PSPTO_4072  regulatory protein, putative  100 
 
 		 115 aa  238  2e-62  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.443416  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1258  putative formamidase regulatory protein FmdB  50.42 
 
 		 114 aa  106  9.000000000000001e-23  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.973903  normal  0.160938 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3593  regulatory protein, putative  47.86 
 
 		 116 aa  105  1e-22  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0570  regulatory protein, putative  50.43 
 
 		 113 aa  105  2e-22  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0660  putative formamidase regulatory protein FmdB  48.7 
 
 		 113 aa  105  3e-22  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.5535  normal  0.31375 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1449  regulatory protein, FmdB family  49.58 
 
 		 114 aa  101  4e-21  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0500007  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0180  FmdB family regulatory protein  44.92 
 
 		 117 aa  100  1e-20  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0599  FmdB family regulatory protein  49.57 
 
 		 106 aa  99  2e-20  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.425603  hitchhiker  0.00815339 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3858  putative formamidase regulatory protein FmdB  47.06 
 
 		 114 aa  98.2  3e-20  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3139  regulatory protein, FmdB family  46.55 
 
 		 115 aa  96.7  1e-19  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0226  FmdB family regulatory protein  44.54 
 
 		 119 aa  91.7  3e-18  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3374  FmdB family regulatory protein  46.09 
 
 		 105 aa  91.3  5e-18  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3683  regulatory protein, FmdB family  46.09 
 
 		 105 aa  91.3  5e-18  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0982  FmdB family regulatory protein  42.37 
 
 		 116 aa  88.6  2e-17  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.247235  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5674  FmdB family regulatory protein  45.69 
 
 		 111 aa  86.3  1e-16  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4630  FmdB family regulatory protein  45.69 
 
 		 111 aa  86.3  1e-16  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.198265  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3738  FmdB transcriptional regulator  45.69 
 
 		 111 aa  86.3  1e-16  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1705  hypothetical protein  46.09 
 
 		 132 aa  84  7e-16  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00591472  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5505  FmdB family regulatory protein  46.96 
 
 		 105 aa  83.2  0.000000000000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1599  regulatory protein, FmdB family  40.52 
 
 		 110 aa  82.4  0.000000000000002  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.284744  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2969  putative formamidase regulatory protein FmdB  40.34 
 
 		 116 aa  80.5  0.000000000000007  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.294396 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1776  glutamine amidotransferase, class-II  38.35 
 
 		 124 aa  78.6  0.00000000000003  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0212304  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3109  glutamine amidotransferase, class-II  37.3 
 
 		 117 aa  76.3  0.0000000000001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3859  putative formamidase regulatory protein FmdB  36.75 
 
 		 117 aa  72.4  0.000000000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3565  regulatory protein, FmdB family  47.06 
 
 		 105 aa  65.5  0.0000000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_5200  regulatory protein, FmdB family  37.5 
 
 		 94 aa  54.3  0.0000005  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0665  FmdB family regulatory protein  29.09 
 
 		 128 aa  45.8  0.0002  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  unclonable  0.000000000563996  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0734  hypothetical protein  34.67 
 
 		 128 aa  44.7  0.0005  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  unclonable  0.000000750313  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6217  FmdB family regulatory protein  45.65 
 
 		 74 aa  43.9  0.0007  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_640  hypothetical protein  43.9 
 
 		 128 aa  43.9  0.0008  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000170615  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3107  FmdB family regulatory protein  43.48 
 
 		 72 aa  43.5  0.0009  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.04976  normal  0.162831 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0208  regulatory protein, FmdB family  48.98 
 
 		 91 aa  43.5  0.0009  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0219  regulatory protein, FmdB family  48.98 
 
 		 91 aa  43.5  0.0009  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.530805  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0685  putative formamidase regulatory protein FmdB  34.88 
 
 		 81 aa  43.1  0.001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.0000276666  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0196  hypothetical protein  37.78 
 
 		 91 aa  43.1  0.001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.0838449  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6619  FmdB family regulatory protein  45.65 
 
 		 74 aa  42.7  0.002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.399772 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6386  FmdB transcriptional regulator  45.65 
 
 		 74 aa  42.7  0.002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2156  regulatory protein, FmdB family  32.95 
 
 		 90 aa  41.6  0.003  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.19829  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1843  hypothetical protein  37.74 
 
 		 85 aa  41.2  0.005  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.00987876  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4412  hypothetical protein  40.43 
 
 		 73 aa  41.2  0.005  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0167731  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_36740  regulatory protein, FmdB family  35.85 
 
 		 88 aa  40.4  0.007  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3290  hypothetical protein  38.46 
 
 		 66 aa  40.4  0.007  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0493619  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>