36 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene DhcVS_640 on replicon NC_013552
Organism: Dehalococcoides sp. VS



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013552  DhcVS_640  hypothetical protein  100 
 
 		 128 aa  264  2.9999999999999995e-70  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000170615  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0734  hypothetical protein  90.62 
 
 		 128 aa  248  2e-65  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  unclonable  0.000000750313  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0665  FmdB family regulatory protein  92.19 
 
 		 128 aa  248  3e-65  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  unclonable  0.000000000563996  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3109  glutamine amidotransferase, class-II  50 
 
 		 117 aa  50.1  0.00001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3858  putative formamidase regulatory protein FmdB  34.62 
 
 		 114 aa  47.8  0.00005  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0982  FmdB family regulatory protein  35 
 
 		 116 aa  47.4  0.00007  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.247235  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0880  FmdB family regulatory protein  43.59 
 
 		 78 aa  47.4  0.00007  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0842902 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2441  FmdB transcriptional regulator  43.1 
 
 		 77 aa  46.6  0.0001  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1599  regulatory protein, FmdB family  48.78 
 
 		 110 aa  46.6  0.0001  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.284744  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3139  regulatory protein, FmdB family  45.24 
 
 		 115 aa  45.8  0.0002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0990  FmdB family regulatory protein  31.71 
 
 		 100 aa  45.1  0.0003  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0570  regulatory protein, putative  39.53 
 
 		 113 aa  45.4  0.0003  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1245  hypothetical protein  52.27 
 
 		 82 aa  45.4  0.0003  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.265358  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0427  FmdB family regulatory protein  47.83 
 
 		 99 aa  45.1  0.0004  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.953461  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3010  hypothetical protein  44.19 
 
 		 97 aa  44.3  0.0005  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.794189  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1544  regulatory protein, FmdB family  44 
 
 		 72 aa  43.9  0.0007  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.00857595  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4645  regulatory protein, FmdB family  36.92 
 
 		 119 aa  43.9  0.0007  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1449  regulatory protein, FmdB family  30.77 
 
 		 114 aa  43.9  0.0007  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0500007  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4072  regulatory protein, putative  43.9 
 
 		 115 aa  43.9  0.0008  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.443416  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1169  hypothetical protein  30.49 
 
 		 114 aa  43.1  0.001  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.0404799  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6110  regulatory protein, FmdB family  35.71 
 
 		 69 aa  43.5  0.001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.263517  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1358  hypothetical protein  30.49 
 
 		 100 aa  42.7  0.001  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0094  regulatory protein, FmdB family  50 
 
 		 113 aa  43.1  0.001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1258  putative formamidase regulatory protein FmdB  30.77 
 
 		 114 aa  43.1  0.001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.973903  normal  0.160938 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1467  regulatory protein, FmdB family  47.73 
 
 		 138 aa  42.4  0.002  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0660  putative formamidase regulatory protein FmdB  35.8 
 
 		 113 aa  42.4  0.002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.5535  normal  0.31375 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1269  FmdB family regulatory protein  50 
 
 		 71 aa  42.7  0.002  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1468  hypothetical protein  50 
 
 		 71 aa  42.7  0.002  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.337511  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0648  regulatory protein, FmdB family  42.86 
 
 		 75 aa  42  0.003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.725666 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3239  regulatory protein, FmdB family  31.06 
 
 		 129 aa  41.2  0.004  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.688496  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0322  regulatory protein, FmdB family  36.36 
 
 		 78 aa  41.6  0.004  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.71311  normal  0.241427 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2075  hypothetical protein  33.85 
 
 		 115 aa  41.6  0.004  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0405722  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2210  hypothetical protein  38.6 
 
 		 81 aa  41.6  0.004  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3419  regulatory protein, FmdB family  34.55 
 
 		 77 aa  40.8  0.006  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_29350  putative regulatory protein, FmdB family  58.06 
 
 		 67 aa  40.8  0.007  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2540  FmdB family regulatory protein  40.48 
 
 		 70 aa  40.8  0.007  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>