34 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mext_3374 on replicon NC_010172
Organism: Methylobacterium extorquens PA1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010172  Mext_3374  FmdB family regulatory protein  100 
 
 		 105 aa  217  5e-56  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3683  regulatory protein, FmdB family  100 
 
 		 105 aa  217  5e-56  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0599  FmdB family regulatory protein  77.78 
 
 		 106 aa  170  6.999999999999999e-42  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.425603  hitchhiker  0.00815339 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5505  FmdB family regulatory protein  83.81 
 
 		 105 aa  170  7.999999999999999e-42  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3565  regulatory protein, FmdB family  97.14 
 
 		 105 aa  167  4e-41  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0660  putative formamidase regulatory protein FmdB  53.1 
 
 		 113 aa  118  3e-26  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.5535  normal  0.31375 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1258  putative formamidase regulatory protein FmdB  51.75 
 
 		 114 aa  111  3e-24  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.973903  normal  0.160938 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0982  FmdB family regulatory protein  50 
 
 		 116 aa  111  3e-24  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.247235  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1449  regulatory protein, FmdB family  51.75 
 
 		 114 aa  108  3e-23  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0500007  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3858  putative formamidase regulatory protein FmdB  50 
 
 		 114 aa  105  1e-22  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3139  regulatory protein, FmdB family  52.17 
 
 		 115 aa  105  3e-22  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0570  regulatory protein, putative  49.56 
 
 		 113 aa  102  1e-21  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0226  FmdB family regulatory protein  46.22 
 
 		 119 aa  101  3e-21  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3593  regulatory protein, putative  44.83 
 
 		 116 aa  98.6  3e-20  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5674  FmdB family regulatory protein  47.32 
 
 		 111 aa  97.4  6e-20  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4630  FmdB family regulatory protein  47.32 
 
 		 111 aa  97.4  6e-20  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.198265  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3738  FmdB transcriptional regulator  47.32 
 
 		 111 aa  97.4  6e-20  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0180  FmdB family regulatory protein  47.86 
 
 		 117 aa  95.1  3e-19  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4072  regulatory protein, putative  46.09 
 
 		 115 aa  91.3  5e-18  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.443416  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1599  regulatory protein, FmdB family  40 
 
 		 110 aa  84.3  5e-16  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.284744  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3109  glutamine amidotransferase, class-II  40.68 
 
 		 117 aa  81.3  0.000000000000004  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1705  hypothetical protein  40.91 
 
 		 132 aa  80.9  0.000000000000005  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00591472  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2969  putative formamidase regulatory protein FmdB  40.52 
 
 		 116 aa  79.3  0.00000000000001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.294396 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1776  glutamine amidotransferase, class-II  33.6 
 
 		 124 aa  72  0.000000000002  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0212304  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3859  putative formamidase regulatory protein FmdB  36.67 
 
 		 117 aa  70.5  0.000000000007  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0685  putative formamidase regulatory protein FmdB  42.5 
 
 		 81 aa  55.1  0.0000003  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.0000276666  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2659  FmdB transcriptional regulator  33.33 
 
 		 95 aa  46.2  0.0001  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3107  FmdB family regulatory protein  45.65 
 
 		 72 aa  46.6  0.0001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.04976  normal  0.162831 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_19690  putative regulatory protein, FmdB family  38.81 
 
 		 92 aa  46.6  0.0001  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00850408 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2117  hypothetical protein  45 
 
 		 101 aa  42.7  0.002  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.145688  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1722  regulatory protein, FmdB family  38.46 
 
 		 91 aa  41.2  0.005  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.85404  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2156  regulatory protein, FmdB family  31.46 
 
 		 90 aa  40.8  0.006  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.19829  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3290  hypothetical protein  38.89 
 
 		 66 aa  40.8  0.007  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0493619  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6217  FmdB family regulatory protein  37.88 
 
 		 74 aa  40.4  0.008  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>