43 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_3139 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012791  Vapar_3139  regulatory protein, FmdB family  100 
 
 		 115 aa  231  2.0000000000000002e-60  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0180  FmdB family regulatory protein  80.67 
 
 		 117 aa  182  1.0000000000000001e-45  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3593  regulatory protein, putative  69.83 
 
 		 116 aa  165  2e-40  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0570  regulatory protein, putative  70.43 
 
 		 113 aa  164  4e-40  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0226  FmdB family regulatory protein  65.83 
 
 		 119 aa  154  5.0000000000000005e-37  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0982  FmdB family regulatory protein  49.57 
 
 		 116 aa  112  2.0000000000000002e-24  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.247235  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3683  regulatory protein, FmdB family  52.17 
 
 		 105 aa  105  3e-22  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3374  FmdB family regulatory protein  52.17 
 
 		 105 aa  105  3e-22  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1258  putative formamidase regulatory protein FmdB  48.28 
 
 		 114 aa  102  1e-21  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.973903  normal  0.160938 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1449  regulatory protein, FmdB family  47.41 
 
 		 114 aa  102  2e-21  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0500007  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3858  putative formamidase regulatory protein FmdB  47.41 
 
 		 114 aa  102  2e-21  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0660  putative formamidase regulatory protein FmdB  46.96 
 
 		 113 aa  101  3e-21  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.5535  normal  0.31375 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5674  FmdB family regulatory protein  50.43 
 
 		 111 aa  100  7e-21  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3738  FmdB transcriptional regulator  50.43 
 
 		 111 aa  100  7e-21  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4630  FmdB family regulatory protein  50.43 
 
 		 111 aa  100  7e-21  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.198265  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0599  FmdB family regulatory protein  51.28 
 
 		 106 aa  99.4  2e-20  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.425603  hitchhiker  0.00815339 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4072  regulatory protein, putative  46.55 
 
 		 115 aa  96.7  1e-19  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.443416  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5505  FmdB family regulatory protein  50.43 
 
 		 105 aa  95.1  3e-19  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2969  putative formamidase regulatory protein FmdB  39.83 
 
 		 116 aa  86.7  1e-16  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.294396 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1705  hypothetical protein  48.7 
 
 		 132 aa  84.7  4e-16  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00591472  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3859  putative formamidase regulatory protein FmdB  41.53 
 
 		 117 aa  82  0.000000000000003  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3565  regulatory protein, FmdB family  44.35 
 
 		 105 aa  80.5  0.000000000000006  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3109  glutamine amidotransferase, class-II  36 
 
 		 117 aa  77.8  0.00000000000005  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1599  regulatory protein, FmdB family  40.52 
 
 		 110 aa  77.4  0.00000000000005  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.284744  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1776  glutamine amidotransferase, class-II  35.61 
 
 		 124 aa  75.9  0.0000000000002  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0212304  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3107  FmdB family regulatory protein  49.23 
 
 		 72 aa  57.8  0.00000005  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.04976  normal  0.162831 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0685  putative formamidase regulatory protein FmdB  42.35 
 
 		 81 aa  57.4  0.00000006  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.0000276666  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6217  FmdB family regulatory protein  38.82 
 
 		 74 aa  51.6  0.000003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6386  FmdB transcriptional regulator  38.82 
 
 		 74 aa  51.2  0.000004  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6619  FmdB family regulatory protein  38.82 
 
 		 74 aa  51.2  0.000004  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.399772 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_19690  putative regulatory protein, FmdB family  40.3 
 
 		 92 aa  46.6  0.0001  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00850408 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_640  hypothetical protein  45.24 
 
 		 128 aa  45.8  0.0002  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000170615  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0734  hypothetical protein  42.86 
 
 		 128 aa  43.9  0.0008  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  unclonable  0.000000750313  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0665  FmdB family regulatory protein  42.86 
 
 		 128 aa  43.1  0.001  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  unclonable  0.000000000563996  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_12110  putative regulatory protein, FmdB family  35.29 
 
 		 95 aa  42.7  0.002  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.562196  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2117  hypothetical protein  36.54 
 
 		 101 aa  42.7  0.002  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.145688  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1722  regulatory protein, FmdB family  38.81 
 
 		 91 aa  41.6  0.003  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.85404  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0322  regulatory protein, FmdB family  32.26 
 
 		 78 aa  41.2  0.004  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.71311  normal  0.241427 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2659  FmdB transcriptional regulator  30 
 
 		 95 aa  41.2  0.005  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0773  regulatory protein, FmdB family  38.3 
 
 		 84 aa  40.8  0.006  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_03040  putative regulatory protein, FmdB family  35.21 
 
 		 71 aa  40.4  0.008  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2441  FmdB transcriptional regulator  45.45 
 
 		 77 aa  40  0.01  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_5200  regulatory protein, FmdB family  43.1 
 
 		 94 aa  40  0.01  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>