34 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_3858 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007958  RPD_3858  putative formamidase regulatory protein FmdB  100 
 
 		 114 aa  238  2.9999999999999997e-62  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1449  regulatory protein, FmdB family  86.84 
 
 		 114 aa  215  2e-55  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0500007  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1258  putative formamidase regulatory protein FmdB  85.96 
 
 		 114 aa  209  1e-53  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.973903  normal  0.160938 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0660  putative formamidase regulatory protein FmdB  74.56 
 
 		 113 aa  181  3e-45  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.5535  normal  0.31375 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0982  FmdB family regulatory protein  62.93 
 
 		 116 aa  139  9.999999999999999e-33  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.247235  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3683  regulatory protein, FmdB family  50 
 
 		 105 aa  105  1e-22  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3374  FmdB family regulatory protein  50 
 
 		 105 aa  105  1e-22  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0226  FmdB family regulatory protein  45.83 
 
 		 119 aa  106  1e-22  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5505  FmdB family regulatory protein  53.51 
 
 		 105 aa  105  2e-22  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0599  FmdB family regulatory protein  49.12 
 
 		 106 aa  104  4e-22  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.425603  hitchhiker  0.00815339 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3593  regulatory protein, putative  46.55 
 
 		 116 aa  103  6e-22  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3139  regulatory protein, FmdB family  47.41 
 
 		 115 aa  102  2e-21  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0570  regulatory protein, putative  43.48 
 
 		 113 aa  100  9e-21  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4072  regulatory protein, putative  47.06 
 
 		 115 aa  98.2  3e-20  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.443416  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0180  FmdB family regulatory protein  41.18 
 
 		 117 aa  92.4  2e-18  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4630  FmdB family regulatory protein  41.74 
 
 		 111 aa  89.7  1e-17  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.198265  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3738  FmdB transcriptional regulator  41.74 
 
 		 111 aa  89.7  1e-17  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1705  hypothetical protein  48.25 
 
 		 132 aa  89.7  1e-17  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00591472  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5674  FmdB family regulatory protein  41.74 
 
 		 111 aa  89.7  1e-17  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2969  putative formamidase regulatory protein FmdB  38.14 
 
 		 116 aa  86.3  1e-16  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.294396 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3565  regulatory protein, FmdB family  43.86 
 
 		 105 aa  80.9  0.000000000000005  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3859  putative formamidase regulatory protein FmdB  38.14 
 
 		 117 aa  78.2  0.00000000000003  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1599  regulatory protein, FmdB family  39.13 
 
 		 110 aa  73.2  0.000000000001  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.284744  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3109  glutamine amidotransferase, class-II  36.13 
 
 		 117 aa  71.2  0.000000000004  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1776  glutamine amidotransferase, class-II  33.58 
 
 		 124 aa  69.7  0.00000000001  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0212304  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6217  FmdB family regulatory protein  50 
 
 		 74 aa  48.9  0.00002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_640  hypothetical protein  34.62 
 
 		 128 aa  47.8  0.00005  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000170615  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6386  FmdB transcriptional regulator  50 
 
 		 74 aa  47.8  0.00005  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6619  FmdB family regulatory protein  50 
 
 		 74 aa  47.8  0.00005  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.399772 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0685  putative formamidase regulatory protein FmdB  30.95 
 
 		 81 aa  47  0.00008  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.0000276666  normal  1 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0665  FmdB family regulatory protein  36.84 
 
 		 128 aa  45.1  0.0003  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  unclonable  0.000000000563996  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0734  hypothetical protein  35.8 
 
 		 128 aa  43.9  0.0007  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  unclonable  0.000000750313  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3107  FmdB family regulatory protein  43.48 
 
 		 72 aa  43.1  0.001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.04976  normal  0.162831 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2659  FmdB transcriptional regulator  32.79 
 
 		 95 aa  41.6  0.003  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>