37 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bphy_3107 on replicon NC_010623
Organism: Burkholderia phymatum STM815



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010623  Bphy_3107  FmdB family regulatory protein  100 
 
 
72 aa  143  8.000000000000001e-34  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.04976  normal  0.162831 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6619  FmdB family regulatory protein  46.58 
 
 
74 aa  64.7  0.0000000004  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.399772 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6386  FmdB transcriptional regulator  46.58 
 
 
74 aa  64.7  0.0000000004  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6217  FmdB family regulatory protein  46.58 
 
 
74 aa  63.9  0.0000000006  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4630  FmdB family regulatory protein  44.71 
 
 
111 aa  61.2  0.000000005  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.198265  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5674  FmdB family regulatory protein  44.71 
 
 
111 aa  61.2  0.000000005  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3738  FmdB transcriptional regulator  44.71 
 
 
111 aa  61.2  0.000000005  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3139  regulatory protein, FmdB family  49.23 
 
 
115 aa  60.8  0.000000006  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0180  FmdB family regulatory protein  47.83 
 
 
117 aa  60.5  0.000000008  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1705  hypothetical protein  50 
 
 
132 aa  60.1  0.00000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00591472  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0226  FmdB family regulatory protein  50 
 
 
119 aa  55.1  0.0000003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3593  regulatory protein, putative  43.08 
 
 
116 aa  55.1  0.0000003  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5505  FmdB family regulatory protein  40 
 
 
105 aa  54.7  0.0000004  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1449  regulatory protein, FmdB family  38.1 
 
 
114 aa  53.1  0.000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0500007  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0982  FmdB family regulatory protein  52.27 
 
 
116 aa  52.4  0.000002  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.247235  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0570  regulatory protein, putative  52.17 
 
 
113 aa  52.8  0.000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2969  putative formamidase regulatory protein FmdB  38.46 
 
 
116 aa  51.6  0.000004  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal  0.294396 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0599  FmdB family regulatory protein  37.18 
 
 
106 aa  51.2  0.000005  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.425603  hitchhiker  0.00815339 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3683  regulatory protein, FmdB family  36.25 
 
 
105 aa  50.8  0.000006  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3374  FmdB family regulatory protein  36.25 
 
 
105 aa  50.8  0.000006  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0660  putative formamidase regulatory protein FmdB  47.83 
 
 
113 aa  50.8  0.000006  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.5535  normal  0.31375 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0685  putative formamidase regulatory protein FmdB  42.5 
 
 
81 aa  50.4  0.000008  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.0000276666  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3565  regulatory protein, FmdB family  38.46 
 
 
105 aa  49.7  0.00001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1776  glutamine amidotransferase, class-II  41.07 
 
 
124 aa  49.7  0.00002  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0212304  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1258  putative formamidase regulatory protein FmdB  35.71 
 
 
114 aa  49.7  0.00002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.973903  normal  0.160938 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2117  hypothetical protein  44.23 
 
 
101 aa  47.4  0.00007  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.145688  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3858  putative formamidase regulatory protein FmdB  34.52 
 
 
114 aa  47  0.00009  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3859  putative formamidase regulatory protein FmdB  43.75 
 
 
117 aa  45.8  0.0002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3109  glutamine amidotransferase, class-II  38.46 
 
 
117 aa  45.1  0.0003  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4072  regulatory protein, putative  43.48 
 
 
115 aa  44.7  0.0004  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.443416  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_03040  putative regulatory protein, FmdB family  40.38 
 
 
71 aa  43.5  0.001  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2659  FmdB transcriptional regulator  51.28 
 
 
95 aa  42.4  0.002  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2615  hypothetical protein  35.29 
 
 
91 aa  42.4  0.002  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.0153607  normal  0.218753 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1599  regulatory protein, FmdB family  42.55 
 
 
110 aa  41.6  0.003  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.284744  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_12110  putative regulatory protein, FmdB family  43.48 
 
 
95 aa  41.2  0.005  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.562196  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1323  FmdB family regulatory protein  34.78 
 
 
80 aa  40.8  0.006  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.334472  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2441  FmdB transcriptional regulator  41.82 
 
 
77 aa  40.8  0.007  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>