34 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPB_1258 on replicon NC_007778
Organism: Rhodopseudomonas palustris HaA2



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007778  RPB_1258  putative formamidase regulatory protein FmdB  100 
 
 		 114 aa  237  4e-62  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.973903  normal  0.160938 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1449  regulatory protein, FmdB family  90.35 
 
 		 114 aa  218  1.9999999999999999e-56  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0500007  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3858  putative formamidase regulatory protein FmdB  85.96 
 
 		 114 aa  209  1e-53  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0660  putative formamidase regulatory protein FmdB  71.93 
 
 		 113 aa  175  1e-43  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.5535  normal  0.31375 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0982  FmdB family regulatory protein  63.79 
 
 		 116 aa  146  8e-35  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.247235  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0226  FmdB family regulatory protein  48.33 
 
 		 119 aa  115  3e-25  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3683  regulatory protein, FmdB family  51.75 
 
 		 105 aa  111  3e-24  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0599  FmdB family regulatory protein  52.63 
 
 		 106 aa  111  3e-24  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.425603  hitchhiker  0.00815339 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5505  FmdB family regulatory protein  53.51 
 
 		 105 aa  111  3e-24  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3374  FmdB family regulatory protein  51.75 
 
 		 105 aa  111  3e-24  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4072  regulatory protein, putative  50.42 
 
 		 115 aa  106  9.000000000000001e-23  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.443416  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0570  regulatory protein, putative  46.96 
 
 		 113 aa  105  2e-22  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3593  regulatory protein, putative  44.83 
 
 		 116 aa  103  9e-22  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3139  regulatory protein, FmdB family  48.28 
 
 		 115 aa  102  1e-21  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0180  FmdB family regulatory protein  42.86 
 
 		 117 aa  95.9  2e-19  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4630  FmdB family regulatory protein  43.48 
 
 		 111 aa  92.8  1e-18  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.198265  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3738  FmdB transcriptional regulator  43.48 
 
 		 111 aa  92.8  1e-18  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5674  FmdB family regulatory protein  43.48 
 
 		 111 aa  92.8  1e-18  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1705  hypothetical protein  49.12 
 
 		 132 aa  91.7  3e-18  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00591472  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3565  regulatory protein, FmdB family  45.61 
 
 		 105 aa  87  8e-17  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3859  putative formamidase regulatory protein FmdB  40.68 
 
 		 117 aa  85.1  3e-16  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2969  putative formamidase regulatory protein FmdB  36.44 
 
 		 116 aa  84.3  5e-16  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.294396 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1599  regulatory protein, FmdB family  39.13 
 
 		 110 aa  72.8  0.000000000001  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.284744  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3109  glutamine amidotransferase, class-II  36.13 
 
 		 117 aa  72.8  0.000000000002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1776  glutamine amidotransferase, class-II  35.04 
 
 		 124 aa  71.6  0.000000000003  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0212304  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0685  putative formamidase regulatory protein FmdB  35.29 
 
 		 81 aa  53.1  0.000001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.0000276666  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3107  FmdB family regulatory protein  45.65 
 
 		 72 aa  45.8  0.0002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.04976  normal  0.162831 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6217  FmdB family regulatory protein  45.65 
 
 		 74 aa  45.1  0.0003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6386  FmdB transcriptional regulator  34.52 
 
 		 74 aa  43.9  0.0007  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6619  FmdB family regulatory protein  34.52 
 
 		 74 aa  43.9  0.0007  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.399772 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_640  hypothetical protein  30.77 
 
 		 128 aa  43.1  0.001  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000170615  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0734  hypothetical protein  34.57 
 
 		 128 aa  42  0.003  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  unclonable  0.000000750313  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0665  FmdB family regulatory protein  31.58 
 
 		 128 aa  41.6  0.004  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  unclonable  0.000000000563996  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0301  hypothetical protein  31.58 
 
 		 108 aa  40.8  0.007  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.298186  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>