More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_4998 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010501  PputW619_0466  aspartate carbamoyltransferase catalytic subunit  99.1 
 
 
334 aa  677    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4998  aspartate carbamoyltransferase catalytic subunit  100 
 
 
334 aa  682    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4872  aspartate carbamoyltransferase catalytic subunit  100 
 
 
334 aa  682    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.216485  normal  0.0344479 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5040  aspartate carbamoyltransferase  94.61 
 
 
334 aa  656    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0482  aspartate carbamoyltransferase catalytic subunit  94.31 
 
 
334 aa  653    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5314  aspartate carbamoyltransferase catalytic subunit  93.11 
 
 
334 aa  643    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.165994  normal  0.237409 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5048  aspartate carbamoyltransferase catalytic subunit  99.4 
 
 
334 aa  678    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.173326  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_03120  aspartate carbamoyltransferase catalytic subunit  89.82 
 
 
336 aa  622  1e-177  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0295366  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0397  aspartate carbamoyltransferase catalytic subunit  90.15 
 
 
335 aa  620  1e-176  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0502  aspartate carbamoyltransferase catalytic subunit  89.49 
 
 
334 aa  611  9.999999999999999e-175  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_05260  aspartate carbamoyltransferase catalytic subunit  89.79 
 
 
334 aa  612  9.999999999999999e-175  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.873262  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0542  aspartate carbamoyltransferase catalytic subunit  76.19 
 
 
334 aa  502  1e-141  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.686364  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3761  aspartate carbamoyltransferase catalytic subunit  72 
 
 
336 aa  476  1e-133  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2102  aspartate carbamoyltransferase catalytic subunit  70.68 
 
 
317 aa  456  1e-127  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2913  aspartate carbamoyltransferase catalytic subunit  70.51 
 
 
336 aa  456  1e-127  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.460819  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2582  aspartate carbamoyltransferase catalytic subunit  69.45 
 
 
317 aa  452  1.0000000000000001e-126  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.0906615 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0365  aspartate carbamoyltransferase catalytic subunit  71.29 
 
 
324 aa  452  1.0000000000000001e-126  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2333  aspartate carbamoyltransferase catalytic subunit  68.35 
 
 
328 aa  450  1e-125  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.993872  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2409  aspartate carbamoyltransferase  68.25 
 
 
340 aa  444  1.0000000000000001e-124  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.891458  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0678  aspartate carbamoyltransferase catalytic subunit  68.25 
 
 
323 aa  442  1e-123  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0622  aspartate carbamoyltransferase catalytic subunit  68.25 
 
 
323 aa  442  1e-123  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2324  aspartate carbamoyltransferase catalytic subunit  68.69 
 
 
346 aa  444  1e-123  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.0736648 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1380  aspartate carbamoyltransferase catalytic subunit  67.85 
 
 
320 aa  441  1e-123  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.591528  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0708  aspartate carbamoyltransferase catalytic subunit  68.27 
 
 
323 aa  438  9.999999999999999e-123  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1145  aspartate carbamoyltransferase catalytic subunit  67.52 
 
 
320 aa  438  9.999999999999999e-123  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2740  aspartate carbamoyltransferase catalytic subunit  67.61 
 
 
323 aa  441  9.999999999999999e-123  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3959  aspartate carbamoyltransferase catalytic subunit  66.77 
 
 
320 aa  438  9.999999999999999e-123  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000352812 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0570  aspartate carbamoyltransferase catalytic subunit  67.94 
 
 
323 aa  438  9.999999999999999e-123  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.880032  normal 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3109  aspartate carbamoyltransferase catalytic subunit  68.08 
 
 
361 aa  436  1e-121  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0708  aspartate carbamoyltransferase catalytic subunit  65.72 
 
 
320 aa  436  1e-121  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.162015  normal 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2749  aspartate carbamoyltransferase catalytic subunit  68.08 
 
 
361 aa  436  1e-121  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.636253  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3145  aspartate carbamoyltransferase catalytic subunit  68.08 
 
 
361 aa  436  1e-121  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1994  aspartate carbamoyltransferase catalytic subunit  68.08 
 
 
343 aa  436  1e-121  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.165088  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3167  aspartate carbamoyltransferase catalytic subunit  68.08 
 
 
343 aa  436  1e-121  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1465  aspartate carbamoyltransferase catalytic subunit  67.73 
 
 
343 aa  437  1e-121  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.981882  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0871  aspartate carbamoyltransferase catalytic subunit  68.08 
 
 
341 aa  436  1e-121  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.341449 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1353  aspartate carbamoyltransferase  64.92 
 
 
333 aa  434  1e-121  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3808  aspartate carbamoyltransferase catalytic subunit  67.75 
 
 
341 aa  435  1e-121  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2521  aspartate carbamoyltransferase catalytic subunit  67.41 
 
 
343 aa  434  1e-121  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.191298 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0346  aspartate carbamoyltransferase catalytic subunit  68.61 
 
 
321 aa  434  1e-121  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.419246  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0740  aspartate carbamoyltransferase catalytic subunit  68.08 
 
 
343 aa  434  1e-121  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0919  aspartate carbamoyltransferase catalytic subunit  68.08 
 
 
361 aa  436  1e-121  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1856  aspartate carbamoyltransferase catalytic subunit  68.08 
 
 
361 aa  436  1e-121  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0757  aspartate carbamoyltransferase catalytic subunit  68.08 
 
 
343 aa  434  1e-121  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.305012 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3965  aspartate carbamoyltransferase catalytic subunit  68.08 
 
 
381 aa  432  1e-120  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.603902 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0838  aspartate carbamoyltransferase catalytic subunit  68.08 
 
 
343 aa  433  1e-120  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.677096  hitchhiker  0.0028837 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0910  aspartate carbamoyltransferase catalytic subunit  66.67 
 
 
320 aa  433  1e-120  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.297016 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0385  aspartate carbamoyltransferase catalytic subunit  68.08 
 
 
343 aa  433  1e-120  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0867  aspartate carbamoyltransferase catalytic subunit  68.08 
 
 
343 aa  433  1e-120  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4614  aspartate carbamoyltransferase catalytic subunit  66.56 
 
 
320 aa  430  1e-119  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3570  aspartate carbamoyltransferase catalytic subunit  65.92 
 
 
320 aa  429  1e-119  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.503342 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3345  aspartate carbamoyltransferase catalytic subunit  66.56 
 
 
320 aa  429  1e-119  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.164434  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2893  aspartate carbamoyltransferase catalytic subunit  65.92 
 
 
320 aa  429  1e-119  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0941  aspartate carbamoyltransferase catalytic subunit  67.09 
 
 
328 aa  427  1e-118  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.253806  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3890  aspartate carbamoyltransferase catalytic subunit  66.88 
 
 
319 aa  425  1e-118  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2481  aspartate carbamoyltransferase catalytic subunit  67.43 
 
 
316 aa  426  1e-118  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1581  aspartate carbamoyltransferase catalytic subunit  65.27 
 
 
320 aa  424  1e-117  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.917792 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3698  aspartate carbamoyltransferase catalytic subunit  65.61 
 
 
319 aa  423  1e-117  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1829  aspartate carbamoyltransferase  63.69 
 
 
339 aa  421  1e-117  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1514  aspartate carbamoyltransferase catalytic subunit  64.95 
 
 
323 aa  418  1e-116  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.816603  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0246  aspartate carbamoyltransferase catalytic subunit  64.08 
 
 
326 aa  397  1e-109  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.906475  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0267  aspartate carbamoyltransferase catalytic subunit  63.11 
 
 
322 aa  393  1e-108  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_3059  aspartate carbamoyltransferase catalytic subunit  61.04 
 
 
327 aa  381  1e-105  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2666  aspartate carbamoyltransferase catalytic subunit  61.04 
 
 
327 aa  381  1e-105  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1856  aspartate carbamoyltransferase catalytic subunit  59.56 
 
 
362 aa  382  1e-105  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000315008  hitchhiker  0.000272869 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0542  aspartate carbamoyltransferase catalytic subunit  59.38 
 
 
357 aa  380  1e-104  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0531  aspartate carbamoyltransferase catalytic subunit  59.69 
 
 
357 aa  381  1e-104  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal  0.0103229 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1615  aspartate carbamoyltransferase  55.37 
 
 
313 aa  340  2e-92  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.0602203  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3418  aspartate carbamoyltransferase catalytic subunit  56.49 
 
 
317 aa  337  1.9999999999999998e-91  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.10369  normal  0.633713 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3310  aspartate carbamoyltransferase catalytic subunit  56.03 
 
 
316 aa  333  2e-90  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3512  aspartate carbamoyltransferase catalytic subunit  55.89 
 
 
315 aa  333  3e-90  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0733  aspartate carbamoyltransferase catalytic subunit  57.19 
 
 
311 aa  332  5e-90  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.6361  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3848  aspartate carbamoyltransferase catalytic subunit  55.56 
 
 
316 aa  332  6e-90  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0236185 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3635  aspartate carbamoyltransferase catalytic subunit  55.56 
 
 
315 aa  329  3e-89  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.177369 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3312  aspartate carbamoyltransferase catalytic subunit  55.56 
 
 
315 aa  329  3e-89  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.847198 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1010  aspartate carbamoyltransferase catalytic subunit  54.88 
 
 
334 aa  328  1.0000000000000001e-88  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.174033  normal  0.205744 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0103  aspartate carbamoyltransferase  55.81 
 
 
329 aa  327  1.0000000000000001e-88  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0936  aspartate carbamoyltransferase catalytic subunit  53.44 
 
 
313 aa  323  2e-87  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0143291  normal  0.350081 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4349  aspartate carbamoyltransferase catalytic subunit  55.56 
 
 
316 aa  324  2e-87  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.881591 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1271  aspartate carbamoyltransferase catalytic subunit  54.72 
 
 
311 aa  322  4e-87  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.102849  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2282  aspartate carbamoyltransferase catalytic subunit  54.55 
 
 
317 aa  319  3e-86  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.47523  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1284  aspartate carbamoyltransferase  53.47 
 
 
312 aa  317  2e-85  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.0189809  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5324  aspartate carbamoyltransferase  54.81 
 
 
326 aa  316  3e-85  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2007  aspartate carbamoyltransferase catalytic subunit  53.87 
 
 
362 aa  316  4e-85  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.442194 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3919  aspartate carbamoyltransferase catalytic subunit  54.21 
 
 
315 aa  316  5e-85  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_09370  aspartate carbamoyltransferase  53.5 
 
 
313 aa  315  5e-85  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.370258  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2836  aspartate carbamoyltransferase  55.7 
 
 
354 aa  315  7e-85  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.917959  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1641  aspartate carbamoyltransferase catalytic subunit  55.67 
 
 
321 aa  315  8e-85  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.452041 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4725  aspartate carbamoyltransferase catalytic subunit  54.88 
 
 
317 aa  315  9.999999999999999e-85  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3190  aspartate carbamoyltransferase  54.52 
 
 
319 aa  314  9.999999999999999e-85  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.482997  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2355  aspartate carbamoyltransferase catalytic subunit  52.63 
 
 
313 aa  313  1.9999999999999998e-84  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0449699  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0514  aspartate carbamoyltransferase catalytic subunit  50.99 
 
 
311 aa  313  1.9999999999999998e-84  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.457435  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2512  aspartate carbamoyltransferase  51.64 
 
 
314 aa  313  2.9999999999999996e-84  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.287204  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0723  aspartate carbamoyltransferase  54.1 
 
 
320 aa  312  4.999999999999999e-84  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.515501  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0879  aspartate carbamoyltransferase catalytic subunit  52.12 
 
 
307 aa  311  1e-83  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3666  aspartate carbamoyltransferase catalytic subunit  55.85 
 
 
322 aa  311  1e-83  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1896  aspartate carbamoyltransferase catalytic subunit  53.57 
 
 
310 aa  310  2e-83  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1359  aspartate carbamoyltransferase catalytic subunit  56.08 
 
 
319 aa  310  2e-83  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.118486  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2401  aspartate carbamoyltransferase catalytic subunit  50.32 
 
 
328 aa  310  2.9999999999999997e-83  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0442258  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2424  aspartate carbamoyltransferase catalytic subunit  55.22 
 
 
317 aa  309  2.9999999999999997e-83  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.0394509 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>