More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lcho_3959 on replicon NC_010524
Organism: Leptothrix cholodnii SP-6



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010524  Lcho_3959  aspartate carbamoyltransferase catalytic subunit  100 
 
 
320 aa  651    Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000352812 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0708  aspartate carbamoyltransferase catalytic subunit  88.12 
 
 
320 aa  583  1.0000000000000001e-165  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.162015  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1380  aspartate carbamoyltransferase catalytic subunit  82.81 
 
 
320 aa  557  1e-158  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.591528  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0910  aspartate carbamoyltransferase catalytic subunit  82.81 
 
 
320 aa  558  1e-158  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.297016 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1145  aspartate carbamoyltransferase catalytic subunit  82.5 
 
 
320 aa  553  1e-156  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4614  aspartate carbamoyltransferase catalytic subunit  82.19 
 
 
320 aa  547  1e-154  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1581  aspartate carbamoyltransferase catalytic subunit  82.19 
 
 
320 aa  544  1e-154  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.917792 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3345  aspartate carbamoyltransferase catalytic subunit  81.88 
 
 
320 aa  545  1e-154  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.164434  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1465  aspartate carbamoyltransferase catalytic subunit  81.85 
 
 
343 aa  537  9.999999999999999e-153  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.981882  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2324  aspartate carbamoyltransferase catalytic subunit  81.85 
 
 
346 aa  537  9.999999999999999e-153  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.0736648 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1856  aspartate carbamoyltransferase catalytic subunit  82.05 
 
 
361 aa  535  1e-151  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1994  aspartate carbamoyltransferase catalytic subunit  82.05 
 
 
343 aa  536  1e-151  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.165088  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3167  aspartate carbamoyltransferase catalytic subunit  82.05 
 
 
343 aa  536  1e-151  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3145  aspartate carbamoyltransferase catalytic subunit  82.05 
 
 
361 aa  535  1e-151  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3109  aspartate carbamoyltransferase catalytic subunit  82.05 
 
 
361 aa  535  1e-151  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0919  aspartate carbamoyltransferase catalytic subunit  82.05 
 
 
361 aa  535  1e-151  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2749  aspartate carbamoyltransferase catalytic subunit  82.05 
 
 
361 aa  535  1e-151  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.636253  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0871  aspartate carbamoyltransferase catalytic subunit  81.47 
 
 
341 aa  533  1e-150  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.341449 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1514  aspartate carbamoyltransferase catalytic subunit  80.31 
 
 
323 aa  533  1e-150  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.816603  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3808  aspartate carbamoyltransferase catalytic subunit  81.15 
 
 
341 aa  532  1e-150  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3570  aspartate carbamoyltransferase catalytic subunit  79.38 
 
 
320 aa  532  1e-150  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.503342 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2893  aspartate carbamoyltransferase catalytic subunit  79.38 
 
 
320 aa  532  1e-150  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2521  aspartate carbamoyltransferase catalytic subunit  79.94 
 
 
343 aa  527  1e-149  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.191298 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0708  aspartate carbamoyltransferase catalytic subunit  80.38 
 
 
323 aa  524  1e-148  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0757  aspartate carbamoyltransferase catalytic subunit  79.87 
 
 
343 aa  525  1e-148  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.305012 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3965  aspartate carbamoyltransferase catalytic subunit  80.19 
 
 
381 aa  525  1e-148  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.603902 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0385  aspartate carbamoyltransferase catalytic subunit  80.19 
 
 
343 aa  526  1e-148  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0838  aspartate carbamoyltransferase catalytic subunit  80.19 
 
 
343 aa  526  1e-148  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.677096  hitchhiker  0.0028837 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0740  aspartate carbamoyltransferase catalytic subunit  79.87 
 
 
343 aa  525  1e-148  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0867  aspartate carbamoyltransferase catalytic subunit  80.19 
 
 
343 aa  526  1e-148  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3890  aspartate carbamoyltransferase catalytic subunit  79.5 
 
 
319 aa  519  1e-146  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2740  aspartate carbamoyltransferase catalytic subunit  78.86 
 
 
323 aa  516  1.0000000000000001e-145  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0622  aspartate carbamoyltransferase catalytic subunit  79.11 
 
 
323 aa  514  1.0000000000000001e-145  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0570  aspartate carbamoyltransferase catalytic subunit  78.8 
 
 
323 aa  513  1e-144  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.880032  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0678  aspartate carbamoyltransferase catalytic subunit  78.48 
 
 
323 aa  510  1e-143  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2102  aspartate carbamoyltransferase catalytic subunit  73.16 
 
 
317 aa  488  1e-137  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3698  aspartate carbamoyltransferase catalytic subunit  74.29 
 
 
319 aa  488  1e-137  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2481  aspartate carbamoyltransferase catalytic subunit  73.8 
 
 
316 aa  481  1e-135  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2582  aspartate carbamoyltransferase catalytic subunit  72.76 
 
 
317 aa  474  1e-133  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.0906615 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0246  aspartate carbamoyltransferase catalytic subunit  70.93 
 
 
326 aa  451  1.0000000000000001e-126  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.906475  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0542  aspartate carbamoyltransferase catalytic subunit  68.06 
 
 
334 aa  451  1e-125  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.686364  normal 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0267  aspartate carbamoyltransferase catalytic subunit  70.29 
 
 
322 aa  450  1e-125  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4998  aspartate carbamoyltransferase catalytic subunit  66.77 
 
 
334 aa  438  9.999999999999999e-123  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4872  aspartate carbamoyltransferase catalytic subunit  66.77 
 
 
334 aa  438  9.999999999999999e-123  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.216485  normal  0.0344479 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5314  aspartate carbamoyltransferase catalytic subunit  66.99 
 
 
334 aa  435  1e-121  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.165994  normal  0.237409 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5048  aspartate carbamoyltransferase catalytic subunit  66.77 
 
 
334 aa  437  1e-121  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.173326  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0466  aspartate carbamoyltransferase catalytic subunit  67.31 
 
 
334 aa  435  1e-121  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2913  aspartate carbamoyltransferase catalytic subunit  67.1 
 
 
336 aa  434  1e-121  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.460819  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5040  aspartate carbamoyltransferase  65.52 
 
 
334 aa  431  1e-120  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_05260  aspartate carbamoyltransferase catalytic subunit  67.09 
 
 
334 aa  431  1e-120  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.873262  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0482  aspartate carbamoyltransferase catalytic subunit  65.52 
 
 
334 aa  431  1e-119  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0502  aspartate carbamoyltransferase catalytic subunit  66.77 
 
 
334 aa  430  1e-119  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_03120  aspartate carbamoyltransferase catalytic subunit  66.67 
 
 
336 aa  431  1e-119  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0295366  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0397  aspartate carbamoyltransferase catalytic subunit  64.69 
 
 
335 aa  427  1e-118  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0346  aspartate carbamoyltransferase catalytic subunit  66.03 
 
 
321 aa  425  1e-118  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.419246  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3761  aspartate carbamoyltransferase catalytic subunit  64.84 
 
 
336 aa  421  1e-117  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1353  aspartate carbamoyltransferase  64.5 
 
 
333 aa  420  1e-116  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2333  aspartate carbamoyltransferase catalytic subunit  65.8 
 
 
328 aa  417  9.999999999999999e-116  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.993872  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0365  aspartate carbamoyltransferase catalytic subunit  64.72 
 
 
324 aa  415  9.999999999999999e-116  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2409  aspartate carbamoyltransferase  64.84 
 
 
340 aa  413  1e-114  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.891458  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0941  aspartate carbamoyltransferase catalytic subunit  63.67 
 
 
328 aa  403  1e-111  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.253806  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1829  aspartate carbamoyltransferase  62.46 
 
 
339 aa  398  9.999999999999999e-111  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_3059  aspartate carbamoyltransferase catalytic subunit  59.35 
 
 
327 aa  371  1e-101  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2666  aspartate carbamoyltransferase catalytic subunit  59.35 
 
 
327 aa  371  1e-101  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0542  aspartate carbamoyltransferase catalytic subunit  57.32 
 
 
357 aa  351  1e-95  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0531  aspartate carbamoyltransferase catalytic subunit  57.01 
 
 
357 aa  349  3e-95  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal  0.0103229 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1856  aspartate carbamoyltransferase catalytic subunit  55.27 
 
 
362 aa  342  5e-93  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000315008  hitchhiker  0.000272869 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3190  aspartate carbamoyltransferase  54.43 
 
 
319 aa  326  3e-88  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.482997  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1615  aspartate carbamoyltransferase  53.47 
 
 
313 aa  323  2e-87  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.0602203  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0733  aspartate carbamoyltransferase catalytic subunit  54.49 
 
 
311 aa  321  8e-87  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.6361  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0103  aspartate carbamoyltransferase  57.1 
 
 
329 aa  321  9.999999999999999e-87  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1641  aspartate carbamoyltransferase catalytic subunit  54.82 
 
 
321 aa  313  3.9999999999999997e-84  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.452041 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2282  aspartate carbamoyltransferase catalytic subunit  53.64 
 
 
317 aa  312  3.9999999999999997e-84  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.47523  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0936  aspartate carbamoyltransferase catalytic subunit  53.18 
 
 
313 aa  312  3.9999999999999997e-84  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0143291  normal  0.350081 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3512  aspartate carbamoyltransferase catalytic subunit  53.64 
 
 
315 aa  312  4.999999999999999e-84  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3418  aspartate carbamoyltransferase catalytic subunit  54.33 
 
 
317 aa  312  4.999999999999999e-84  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.10369  normal  0.633713 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4349  aspartate carbamoyltransferase catalytic subunit  53.97 
 
 
316 aa  312  4.999999999999999e-84  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.881591 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3310  aspartate carbamoyltransferase catalytic subunit  53.31 
 
 
316 aa  312  5.999999999999999e-84  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0725  aspartate carbamoyltransferase  52.51 
 
 
312 aa  312  5.999999999999999e-84  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  hitchhiker  0.00253963  hitchhiker  0.0000000314766 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3312  aspartate carbamoyltransferase catalytic subunit  52.98 
 
 
315 aa  308  5e-83  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.847198 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3635  aspartate carbamoyltransferase catalytic subunit  52.98 
 
 
315 aa  308  5e-83  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.177369 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1769  aspartate carbamoyltransferase catalytic subunit  51.5 
 
 
311 aa  308  5.9999999999999995e-83  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0422268  normal  0.117103 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2555  aspartate carbamoyltransferase catalytic subunit  54.1 
 
 
319 aa  308  6.999999999999999e-83  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.50285 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4725  aspartate carbamoyltransferase catalytic subunit  52.98 
 
 
317 aa  308  8e-83  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2512  aspartate carbamoyltransferase  52.49 
 
 
314 aa  308  9e-83  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.287204  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3919  aspartate carbamoyltransferase catalytic subunit  54.15 
 
 
315 aa  307  1.0000000000000001e-82  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2007  aspartate carbamoyltransferase catalytic subunit  53.31 
 
 
362 aa  307  2.0000000000000002e-82  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.442194 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2424  aspartate carbamoyltransferase catalytic subunit  54.64 
 
 
317 aa  306  4.0000000000000004e-82  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.0394509 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2090  aspartate carbamoyltransferase  54.86 
 
 
305 aa  305  5.0000000000000004e-82  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.219596 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3848  aspartate carbamoyltransferase catalytic subunit  51.66 
 
 
316 aa  305  6e-82  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0236185 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1010  aspartate carbamoyltransferase catalytic subunit  51.99 
 
 
334 aa  305  8.000000000000001e-82  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.174033  normal  0.205744 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2193  aspartate carbamoyltransferase catalytic subunit  50.66 
 
 
316 aa  305  8.000000000000001e-82  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.345265 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3028  aspartate carbamoyltransferase catalytic subunit  54.3 
 
 
317 aa  303  2.0000000000000002e-81  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.285295  normal  0.682803 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1271  aspartate carbamoyltransferase catalytic subunit  51.61 
 
 
311 aa  303  3.0000000000000004e-81  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.102849  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3527  aspartate carbamoyltransferase catalytic subunit  53.64 
 
 
317 aa  303  3.0000000000000004e-81  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.356132  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1896  aspartate carbamoyltransferase catalytic subunit  51.82 
 
 
310 aa  303  4.0000000000000003e-81  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2529  aspartate carbamoyltransferase catalytic subunit  51.01 
 
 
310 aa  302  5.000000000000001e-81  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2312  aspartate carbamoyltransferase catalytic subunit  51.82 
 
 
310 aa  302  6.000000000000001e-81  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1762  aspartate carbamoyltransferase catalytic subunit  53.2 
 
 
318 aa  300  2e-80  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2247  aspartate carbamoyltransferase catalytic subunit  53.31 
 
 
317 aa  300  2e-80  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.414785 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>