More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_3947 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_002947  PP_3947  (2Fe-2S)-binding domain protein  100 
 
 
157 aa  319  9.000000000000001e-87  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0468181  normal  0.360415 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1890  2Fe-2S iron-sulfur cluster binding domain-containing protein  98.09 
 
 
157 aa  313  6e-85  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3582  2Fe-2S iron-sulfur cluster binding domain-containing protein  94.87 
 
 
157 aa  306  1.0000000000000001e-82  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2136  2Fe-2S iron-sulfur cluster binding domain-containing protein  90.73 
 
 
155 aa  278  3e-74  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.0799227 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_43780  putative oxidoreductase  69.87 
 
 
163 aa  236  5.999999999999999e-62  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3672  putative oxidoreductase  71.71 
 
 
163 aa  235  2e-61  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.157087  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2314  2Fe-2S iron-sulfur cluster binding domain-containing protein  72.6 
 
 
180 aa  226  6e-59  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4546  2Fe-2S iron-sulfur cluster binding domain-containing protein  69.28 
 
 
167 aa  222  2e-57  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.945817  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4331  (2Fe-2S)-binding domain protein  74.66 
 
 
172 aa  220  6e-57  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2424  putative isoquinoline 1-oxidoreductase  72.97 
 
 
160 aa  218  1.9999999999999999e-56  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0662  putative oxidoreductase alpha subunit  71.62 
 
 
172 aa  219  1.9999999999999999e-56  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.704314  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3482  2Fe-2S iron-sulfur cluster binding domain-containing protein  67.76 
 
 
167 aa  215  1e-55  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00109016 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4323  (2Fe-2S)-binding  67.76 
 
 
167 aa  216  1e-55  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4043  2Fe-2S iron-sulfur cluster binding domain-containing protein  67.76 
 
 
167 aa  216  1e-55  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0281878  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1854  2Fe-2S iron-sulfur cluster binding domain-containing protein  69.08 
 
 
185 aa  215  2e-55  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.771185  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4059  (2Fe-2S)-binding  68.46 
 
 
165 aa  210  4.9999999999999996e-54  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.232767 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2492  2Fe-2S iron-sulfur cluster binding domain-containing protein  66.67 
 
 
157 aa  209  2e-53  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3926  2Fe-2S iron-sulfur cluster binding domain-containing protein  71.94 
 
 
180 aa  207  3e-53  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.623715  normal  0.0448845 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2516  ferredoxin:(2Fe-2S)-binding  65.79 
 
 
176 aa  206  9e-53  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.619921  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4210  2Fe-2S iron-sulfur cluster binding domain-containing protein  66.45 
 
 
157 aa  206  9e-53  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.538315 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3375  (2Fe-2S)-binding domain protein  62.99 
 
 
155 aa  199  8e-51  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0189  (2Fe-2S)-binding domain protein  66.22 
 
 
167 aa  199  9.999999999999999e-51  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6040  (2Fe-2S)-binding domain protein  62.16 
 
 
174 aa  192  2e-48  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0163802  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_3006  2Fe-2S iron-sulfur cluster binding domain-containing protein  61.07 
 
 
178 aa  191  5e-48  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1182  (2Fe-2S)-binding  60.14 
 
 
150 aa  191  5e-48  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.646828  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1906  (2Fe-2S)-binding  60.81 
 
 
164 aa  188  2e-47  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0622007  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0236  (2Fe-2S)-binding domain protein  58.71 
 
 
156 aa  182  1.0000000000000001e-45  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.472572 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3138  2Fe-2S iron-sulfur cluster binding domain-containing protein  58.06 
 
 
156 aa  181  5.0000000000000004e-45  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.02252 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1668  (2Fe-2S)-binding protein  65.33 
 
 
196 aa  179  1e-44  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0567984  normal 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8450  (2Fe-2S)-binding domain protein  57.42 
 
 
156 aa  175  2e-43  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3931  2Fe-2S iron-sulfur cluster binding domain-containing protein  48.11 
 
 
195 aa  175  2e-43  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0278463  normal  0.0911563 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_7023  2Fe-2S iron-sulfur cluster binding domain-containing protein  55.1 
 
 
166 aa  174  6e-43  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.033911  normal  0.21253 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6357  2Fe-2S iron-sulfur cluster binding domain-containing protein  55.1 
 
 
166 aa  174  6e-43  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.198783  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1471  (2Fe-2S)-binding  55.1 
 
 
166 aa  174  6e-43  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0398834  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2447  ferredoxin  54.36 
 
 
157 aa  171  2.9999999999999996e-42  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.322447  normal  0.98827 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5505  (2Fe-2S)-binding domain protein  54.05 
 
 
170 aa  171  2.9999999999999996e-42  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00465731  normal  0.349561 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5704  2Fe-2S iron-sulfur cluster binding domain-containing protein  54.73 
 
 
164 aa  171  2.9999999999999996e-42  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.0653543 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5602  2Fe-2S iron-sulfur cluster binding domain-containing protein  55.78 
 
 
166 aa  171  2.9999999999999996e-42  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5819  2Fe-2S iron-sulfur cluster binding domain-containing protein  55.78 
 
 
166 aa  171  2.9999999999999996e-42  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.968797 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4957  ferredoxin/(2Fe-2S)-binding protein  54.42 
 
 
166 aa  170  6.999999999999999e-42  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.926998  normal  0.121589 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2803  2Fe-2S iron-sulfur cluster binding domain-containing protein  55.1 
 
 
163 aa  166  1e-40  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.020197 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0731  (2Fe-2S)-binding domain protein  50.34 
 
 
151 aa  162  1.0000000000000001e-39  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1890  isoquinoline 1-oxidoreductase alpha subunit  52.94 
 
 
155 aa  162  1.0000000000000001e-39  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  hitchhiker  0.0051746  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02378  Ferredoxin/oxidoreductase  48.99 
 
 
168 aa  161  2.0000000000000002e-39  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.458538  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5636  (2Fe-2S)-binding domain protein  51.3 
 
 
171 aa  161  3e-39  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3147  (2Fe-2S)-binding  52.7 
 
 
152 aa  160  5.0000000000000005e-39  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  hitchhiker  0.00215108  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0049  2Fe-2S iron-sulfur cluster binding domain-containing protein  50.68 
 
 
188 aa  159  1e-38  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0706173  normal  0.653074 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02524  putative aldehyde dehydrogenase subunit III  45.75 
 
 
166 aa  158  2e-38  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.269034  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1931  (2Fe-2S)-binding protein  51.02 
 
 
154 aa  159  2e-38  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_4167  (2Fe-2S)-binding  54.42 
 
 
152 aa  158  3e-38  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5951  2Fe-2S iron-sulfur cluster binding domain-containing protein  50.68 
 
 
151 aa  157  4e-38  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.588853  normal  0.695303 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1603  (2Fe-2S)-binding protein  50.68 
 
 
151 aa  157  4e-38  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.356413  normal  0.202464 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3961  (2Fe-2S)-binding  50.68 
 
 
151 aa  157  4e-38  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4406  2Fe-2S iron-sulfur cluster binding domain-containing protein  50.68 
 
 
151 aa  157  4e-38  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.322434 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3103  (2Fe-2S)-binding ferredoxin  50.99 
 
 
155 aa  157  6e-38  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.57306  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5082  2Fe-2S iron-sulfur cluster binding domain-containing protein  50 
 
 
151 aa  156  1e-37  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5195  2Fe-2S iron-sulfur cluster binding domain-containing protein  50 
 
 
151 aa  156  1e-37  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00758562 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3173  (2Fe-2S)-binding  50 
 
 
151 aa  156  1e-37  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1074  2Fe-2S iron-sulfur cluster binding domain-containing protein  51.7 
 
 
146 aa  156  1e-37  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.847005  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5426  (2Fe-2S)-binding domain protein  48.98 
 
 
187 aa  155  2e-37  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2511  (2Fe-2S)-binding  47.68 
 
 
166 aa  155  2e-37  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4228  (2Fe-2S)-binding  49.01 
 
 
163 aa  154  3e-37  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2354  (2Fe-2S)-binding domain protein  50.66 
 
 
158 aa  155  3e-37  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0177  2Fe-2S iron-sulfur cluster binding domain-containing protein  47.97 
 
 
152 aa  154  4e-37  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.0550651  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2767  isoquinoline 1-oxidoreductase alpha subunit  48.63 
 
 
149 aa  154  4e-37  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.647308  normal  0.913317 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0594  (2Fe-2S)-binding  48.3 
 
 
152 aa  154  5.0000000000000005e-37  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.98773  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1103  (2Fe-2S)-binding domain protein  48.98 
 
 
163 aa  153  8e-37  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  hitchhiker  0.00357841  normal  0.792999 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6243  (2Fe-2S)-binding domain protein  46.62 
 
 
151 aa  152  1e-36  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3426  ferredoxin  50.33 
 
 
154 aa  153  1e-36  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2854  putative oxidoreductase  47.62 
 
 
155 aa  152  1e-36  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3111  (2Fe-2S)-binding protein  51.06 
 
 
153 aa  153  1e-36  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.215766  normal 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5895  (2Fe-2S)-binding domain protein  46.71 
 
 
154 aa  152  1e-36  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.413057  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0433  molybdopterin dehydrogenase FAD-binding protein  48.65 
 
 
450 aa  152  2e-36  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.649108  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3446  (2Fe-2S)-binding domain protein  49.32 
 
 
153 aa  152  2e-36  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.0763161 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0864  (2Fe-2S)-binding  47.02 
 
 
158 aa  152  2e-36  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2111  2Fe-2S iron-sulfur cluster binding domain-containing protein  53.06 
 
 
146 aa  152  2e-36  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1074  2Fe-2S iron-sulfur cluster binding domain-containing protein  51.02 
 
 
146 aa  152  2e-36  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0838259  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4218  2Fe-2S iron-sulfur cluster binding domain-containing protein  48.65 
 
 
151 aa  152  2e-36  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3827  2Fe-2S iron-sulfur cluster binding domain-containing protein  48.65 
 
 
151 aa  151  2.9999999999999998e-36  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.799959  normal  0.448884 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1962  2Fe-2S iron-sulfur cluster binding domain-containing protein  50.68 
 
 
153 aa  151  4e-36  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.583833 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1256  2Fe-2S iron-sulfur cluster binding domain-containing protein  51.37 
 
 
153 aa  151  4e-36  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4295  2Fe-2S iron-sulfur cluster binding domain-containing protein  47.97 
 
 
151 aa  151  4e-36  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.969748 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1231  2Fe-2S iron-sulfur cluster binding domain-containing protein  51.37 
 
 
153 aa  151  4e-36  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1768  (2Fe-2S)-binding domain protein  53.28 
 
 
155 aa  150  5.9999999999999996e-36  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.329121 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1692  2Fe-2S iron-sulfur cluster binding domain-containing protein  53.62 
 
 
146 aa  150  5.9999999999999996e-36  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.814616 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2899  (2Fe-2S)-binding domain protein  48.68 
 
 
155 aa  150  7e-36  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal  0.0288309 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0863  (2Fe-2S)-binding protein  50 
 
 
153 aa  150  7e-36  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.134679 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2296  2Fe-2S iron-sulfur cluster binding domain-containing protein  47.97 
 
 
151 aa  150  7e-36  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5042  (2Fe-2S)-binding domain protein  50.34 
 
 
159 aa  150  8e-36  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.179496  normal  0.660647 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2091  (2Fe-2S)-binding domain protein  53.28 
 
 
155 aa  150  8e-36  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.512796 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3868  2Fe-2S iron-sulfur cluster binding domain-containing protein  53.47 
 
 
181 aa  150  8.999999999999999e-36  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.505784  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4989  (2Fe-2S)-binding domain protein  49.01 
 
 
161 aa  149  1e-35  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.824412 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4470  ferredoxin/oxidoreductase  50 
 
 
153 aa  149  1e-35  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.325176  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1691  putative oxidoreductase alpha subunit  48.3 
 
 
151 aa  149  1e-35  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.119824  normal  0.987612 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2506  putative oxidoreductase, alpha subunit  42.53 
 
 
176 aa  149  1e-35  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.674684  normal  0.179187 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3606  2Fe-2S iron-sulfur cluster binding domain-containing protein  50.36 
 
 
154 aa  149  1e-35  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.20509  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4125  (2Fe-2S)-binding domain protein  52.03 
 
 
154 aa  149  1e-35  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4529  2Fe-2S iron-sulfur cluster binding domain-containing protein  49.01 
 
 
161 aa  149  1e-35  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.0685018 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2477  isoquinoline 1-oxidoreductase, alpha subunit, putative  46.31 
 
 
153 aa  149  2e-35  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.195637  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4170  ferredoxin  47.62 
 
 
170 aa  149  2e-35  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.373967  normal  0.177637 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>