More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PC1_2801 on replicon NC_012917
Organism: Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013421  Pecwa_1464  putative semialdehyde dehydrogenase  95.54 
 
 
336 aa  650    Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2801  putative semialdehyde dehydrogenase  100 
 
 
336 aa  675    Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.778935  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1367  putative semialdehyde dehydrogenase  84.52 
 
 
336 aa  573  1.0000000000000001e-162  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1528  putative semialdehyde dehydrogenase  80.9 
 
 
336 aa  556  1e-157  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0362  putative semialdehyde dehydrogenase  80.9 
 
 
336 aa  556  1e-157  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.857997  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3335  putative semialdehyde dehydrogenase  81.19 
 
 
336 aa  556  1e-157  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.0020501  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1419  putative semialdehyde dehydrogenase  80.9 
 
 
336 aa  556  1e-157  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2577  putative semialdehyde dehydrogenase  80.95 
 
 
336 aa  547  1e-154  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2611  putative semialdehyde dehydrogenase  70.24 
 
 
337 aa  484  1e-136  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.171106  normal  0.0361352 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2557  putative semialdehyde dehydrogenase  70.24 
 
 
337 aa  483  1e-135  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2720  putative semialdehyde dehydrogenase  70.24 
 
 
337 aa  483  1e-135  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.970694  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2511  putative semialdehyde dehydrogenase  70.24 
 
 
337 aa  483  1e-135  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2599  putative semialdehyde dehydrogenase  70.24 
 
 
337 aa  483  1e-135  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.937296  normal  0.712665 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02244  hypothetical protein  68.75 
 
 
337 aa  477  1e-133  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1337  Aspartate-semialdehyde dehydrogenase  68.75 
 
 
337 aa  477  1e-133  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02204  hypothetical protein  68.75 
 
 
337 aa  477  1e-133  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2697  putative semialdehyde dehydrogenase  68.75 
 
 
337 aa  476  1e-133  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2470  putative semialdehyde dehydrogenase  68.75 
 
 
337 aa  477  1e-133  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2613  putative semialdehyde dehydrogenase  68.75 
 
 
337 aa  476  1e-133  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3459  putative semialdehyde dehydrogenase  68.45 
 
 
337 aa  476  1e-133  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1333  putative semialdehyde dehydrogenase  68.75 
 
 
337 aa  477  1e-133  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.945018 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2475  putative semialdehyde dehydrogenase  68.75 
 
 
337 aa  476  1e-133  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2868  putative semialdehyde dehydrogenase  68.75 
 
 
337 aa  440  9.999999999999999e-123  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.442353 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1073  aspartate-semialdehyde dehydrogenase  48.21 
 
 
337 aa  333  2e-90  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03103  aspartate-semialdehyde dehydrogenase  47.02 
 
 
337 aa  328  8e-89  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1691  aspartate-semialdehyde dehydrogenase  47.48 
 
 
338 aa  326  3e-88  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000277188  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002872  aspartate-semialdehyde dehydrogenase  46.73 
 
 
337 aa  326  4.0000000000000003e-88  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0797453  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1393  aspartate-semialdehyde dehydrogenase  45.99 
 
 
338 aa  325  6e-88  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.336042  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2838  aspartate-semialdehyde dehydrogenase  45.4 
 
 
338 aa  318  7.999999999999999e-86  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.000000159168  hitchhiker  0.00278212 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1615  aspartate-semialdehyde dehydrogenase  45.4 
 
 
338 aa  318  7.999999999999999e-86  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  0.00000000415846  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2744  aspartate-semialdehyde dehydrogenase  45.4 
 
 
338 aa  318  7.999999999999999e-86  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000000610142  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2761  aspartate-semialdehyde dehydrogenase  45.4 
 
 
338 aa  318  7.999999999999999e-86  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.00000000339959  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3070  aspartate semialdehyde dehydrogenese  45.99 
 
 
338 aa  317  1e-85  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2443  aspartate-semialdehyde dehydrogenase  45.99 
 
 
338 aa  318  1e-85  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.000737036  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2308  aspartate-semialdehyde dehydrogenase  45.4 
 
 
338 aa  316  3e-85  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.00000121331  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2152  aspartate-semialdehyde dehydrogenase  45.27 
 
 
338 aa  316  3e-85  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.0000198984  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1477  aspartate semialdehyde dehydrogenase  45.4 
 
 
338 aa  314  9.999999999999999e-85  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.0000000311076  normal  0.537594 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1424  aspartate semialdehyde dehydrogenase  45.1 
 
 
338 aa  314  1.9999999999999998e-84  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  decreased coverage  0.000000300384  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1489  aspartate semialdehyde dehydrogenase  45.1 
 
 
338 aa  314  1.9999999999999998e-84  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.00000183684  normal  0.923378 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3805  aspartate-semialdehyde dehydrogenase  46.45 
 
 
339 aa  313  2.9999999999999996e-84  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.54038  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1484  aspartate-semialdehyde dehydrogenase, USG-1 related  45.1 
 
 
338 aa  313  2.9999999999999996e-84  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0171916  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2062  aspartate-semialdehyde dehydrogenase  45.59 
 
 
340 aa  311  1e-83  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2986  aspartate-semialdehyde dehydrogenase  45.86 
 
 
338 aa  311  1e-83  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000971394  normal  0.367426 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1613  aspartate-semialdehyde dehydrogenase  44.51 
 
 
338 aa  311  1e-83  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  decreased coverage  0.0000186594  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3363  aspartate-semialdehyde dehydrogenase  45.27 
 
 
338 aa  310  2.9999999999999997e-83  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.81581  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1650  aspartate-semialdehyde dehydrogenase  44.97 
 
 
338 aa  310  2.9999999999999997e-83  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00338188  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01202  Aspartate-semialdehyde dehydrogenase  44.38 
 
 
338 aa  306  2.0000000000000002e-82  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1248  aspartate-semialdehyde dehydrogenase  42.94 
 
 
340 aa  299  5e-80  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.207297  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1231  aspartate semialdehyde dehydrogenase  44.71 
 
 
340 aa  298  9e-80  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.160291 
 
 
-
 
NC_006369  lpl2221  aspartate-semialdehyde dehydrogenase  44.12 
 
 
340 aa  291  1e-77  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2250  aspartate-semialdehyde dehydrogenase  43.82 
 
 
340 aa  290  2e-77  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1016  aspartate-semialdehyde dehydrogenase, USG-1 related  42.94 
 
 
340 aa  289  4e-77  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1715  aspartate-semialdehyde dehydrogenase  44.12 
 
 
340 aa  285  1.0000000000000001e-75  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0800  aspartate-semialdehyde dehydrogenase, USG-1 related  40.88 
 
 
340 aa  284  2.0000000000000002e-75  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.000180575  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1808  aspartate-semialdehyde dehydrogenase  41.76 
 
 
340 aa  276  3e-73  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.996773  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1340  aspartate-semialdehyde dehydrogenase  43.4 
 
 
341 aa  276  4e-73  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.665671 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1074  aspartate-semialdehyde dehydrogenase  44.79 
 
 
340 aa  275  7e-73  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0940  aspartate-semialdehyde dehydrogenase  44.16 
 
 
340 aa  270  2.9999999999999997e-71  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.281567  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2074  aspartate-semialdehyde dehydrogenase  42.26 
 
 
340 aa  269  4e-71  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1731  aspartate-semialdehyde dehydrogenase  42.26 
 
 
340 aa  269  4e-71  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.0683511  hitchhiker  0.00261875 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0910  aspartate-semialdehyde dehydrogenase  40.29 
 
 
339 aa  260  3e-68  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.0000070881  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3351  aspartate-semialdehyde dehydrogenase  40.29 
 
 
339 aa  259  4e-68  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.0830053 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1047  aspartate-semialdehyde dehydrogenase  40.88 
 
 
339 aa  257  2e-67  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00486598  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2220  aspartate-semialdehyde dehydrogenase  38.1 
 
 
340 aa  253  3e-66  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.763212  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1903  aspartate-semialdehyde dehydrogenase  41.47 
 
 
339 aa  251  9.000000000000001e-66  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000116797  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0604  aspartate semialdehyde dehydrogenase  40.29 
 
 
339 aa  247  2e-64  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000000271293  hitchhiker  0.00940362 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1782  aspartate semialdehyde dehydrogenase  38.76 
 
 
339 aa  245  8e-64  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.017997  hitchhiker  0.00498224 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2854  aspartate-semialdehyde dehydrogenase  42.22 
 
 
342 aa  244  1.9999999999999999e-63  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.923137  normal 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0640  aspartate-semialdehyde dehydrogenase  40.77 
 
 
344 aa  239  6.999999999999999e-62  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0724  aspartate-semialdehyde dehydrogenase  40.77 
 
 
344 aa  239  6.999999999999999e-62  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.675858  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1894  aspartate-semialdehyde dehydrogenase  42.6 
 
 
336 aa  237  2e-61  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.432548  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01262  aspartate-semialdehyde dehydrogenase  41.32 
 
 
341 aa  237  2e-61  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2664  aspartate-semialdehyde dehydrogenase  39.23 
 
 
341 aa  236  6e-61  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1106  aspartate-semialdehyde dehydrogenase  37.94 
 
 
340 aa  235  8e-61  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0598378  normal  0.0183621 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2990  aspartate-semialdehyde dehydrogenase  38.97 
 
 
339 aa  233  3e-60  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.478455  normal  0.64702 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3032  aspartate-semialdehyde dehydrogenase  38.97 
 
 
339 aa  233  3e-60  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.59861 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3819  aspartate-semialdehyde dehydrogenase  42.31 
 
 
337 aa  232  7.000000000000001e-60  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.205266  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1660  aspartate-semialdehyde dehydrogenase  41.59 
 
 
337 aa  231  2e-59  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.523017 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2214  aspartate-semialdehyde dehydrogenase  38.94 
 
 
344 aa  231  2e-59  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.244055  normal  0.319963 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2382  aspartate-semialdehyde dehydrogenase  38.62 
 
 
349 aa  228  1e-58  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2718  aspartate-semialdehyde dehydrogenase  38.64 
 
 
341 aa  228  2e-58  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.845789  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1186  aspartate-semialdehyde dehydrogenase  36.61 
 
 
344 aa  226  4e-58  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0238  aspartate-semialdehyde dehydrogenase  37.09 
 
 
344 aa  226  5.0000000000000005e-58  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1410  aspartate-semialdehyde dehydrogenase  38.42 
 
 
341 aa  226  6e-58  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.308974  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0670  aspartate semialdehyde dehydrogenase  38.99 
 
 
337 aa  225  9e-58  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3185  aspartate-semialdehyde dehydrogenase  37.09 
 
 
344 aa  224  2e-57  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00609082 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3593  aspartate-semialdehyde dehydrogenase  36.5 
 
 
344 aa  224  2e-57  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0863  aspartate semialdehyde dehydrogenase  37.24 
 
 
338 aa  224  2e-57  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0254  aspartate semialdehyde dehydrogenase  38.92 
 
 
348 aa  223  3e-57  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_845  aspartate-semialdehyde dehydrogenase  36.94 
 
 
338 aa  223  4.9999999999999996e-57  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.514485  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3514  aspartate-semialdehyde dehydrogenase  37.39 
 
 
357 aa  223  4.9999999999999996e-57  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.000101086 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1196  aspartate-semialdehyde dehydrogenase  38.24 
 
 
345 aa  222  6e-57  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0575411  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0972  aspartate-semialdehyde dehydrogenase  37.24 
 
 
338 aa  221  1.9999999999999999e-56  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0687  aspartate-semialdehyde dehydrogenase  35.44 
 
 
337 aa  220  3e-56  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2793  aspartate-semialdehyde dehydrogenase  35.91 
 
 
344 aa  219  5e-56  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.430867  normal 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_2274  aspartate-semialdehyde dehydrogenase  38.24 
 
 
348 aa  218  1e-55  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.126357  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1376  aspartate-semialdehyde dehydrogenase  38.14 
 
 
340 aa  218  1e-55  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.0300827  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0328  aspartate-semialdehyde dehydrogenase  37.27 
 
 
349 aa  218  1e-55  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.453399 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0237  aspartate-semialdehyde dehydrogenase  36.2 
 
 
344 aa  217  2e-55  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00833547 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2824  aspartate-semialdehyde dehydrogenase  37.39 
 
 
344 aa  217  2e-55  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.163926  normal  0.649951 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>