253 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene P9303_tRNAValVIMSS1309272 on replicon NC_008820
Organism: Prochlorococcus marinus str. MIT 9303



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008820  P9303_tRNAValVIMSS1309272  tRNA-Val  100 
 
 		 72 bp  143  6e-33  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_tRNAValVIMSS1309362  tRNA-Val  95.83 
 
 		 72 bp  119  9e-26  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_R0027  tRNA-Val  95.83 
 
 		 72 bp  119  9e-26  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_R0045  tRNA-Val  95.83 
 
 		 72 bp  119  9e-26  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.106461  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_tRNAValVIMSS1309068  tRNA-Val  95.83 
 
 		 72 bp  119  9e-26  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_tRNAValVIMSS1309119  tRNA-Val  95.83 
 
 		 72 bp  119  9e-26  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.255702  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_tRNAValVIMSS1309186  tRNA-Val  95.83 
 
 		 72 bp  119  9e-26  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  1  normal  0.8123 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_tRNAValVIMSS1309144  tRNA-Val  95.83 
 
 		 72 bp  119  9e-26  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  0.0213338  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_R0041  tRNA-Val  93.06 
 
 		 72 bp  103  5e-21  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.576244  normal  0.292589 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_R0015  tRNA-Val  93.06 
 
 		 72 bp  103  5e-21  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0605809  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_R0025  tRNA-Val  93.06 
 
 		 72 bp  103  5e-21  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_R0040  tRNA-Val  90.28 
 
 		 72 bp  87.7  3e-16  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.142714 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_R0022  tRNA-Val  97.78 
 
 		 72 bp  81.8  0.00000000000002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.520763  normal  0.905572 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0072  tRNA-Val  90.41 
 
 		 76 bp  81.8  0.00000000000002  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0117931  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0089  tRNA-Val  90.41 
 
 		 76 bp  81.8  0.00000000000002  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000177778  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0090  tRNA-Val  90.41 
 
 		 76 bp  81.8  0.00000000000002  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  decreased coverage  0.0000000163432  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_R0044  tRNA-Val  88.89 
 
 		 72 bp  79.8  0.00000000000008  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_R0054  tRNA-Val  88.89 
 
 		 72 bp  79.8  0.00000000000008  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.282022  normal  0.126583 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_R0017  tRNA-Val  88.89 
 
 		 75 bp  79.8  0.00000000000008  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  0.00877292  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_R0003  tRNA-Val  95.74 
 
 		 72 bp  77.8  0.0000000000003  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_R0049  tRNA-Val  90.48 
 
 		 75 bp  77.8  0.0000000000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.890961 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_R0011  tRNA-Val  95.92 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000000560887  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_R0046  tRNA-Val  95.92 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000000498396  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_R0031  tRNA-Val  95.92 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  5.03601e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_R0072  tRNA-Val  95.92 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0577987  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_R0052  tRNA-Val  95.92 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.599035  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_R0078  tRNA-Val  95.92 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_R0044  tRNA-Val  87.5 
 
 		 75 bp  71.9  0.00000000002  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2543  tRNA-Val  87.67 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00155589  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2329  tRNA-Val  87.67 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_R0033  tRNA-Val  93.75 
 
 		 73 bp  63.9  0.000000005  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.000215711  hitchhiker  0.00721353 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_R0058  tRNA-Val  93.75 
 
 		 73 bp  63.9  0.000000005  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.703111  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_R0038  tRNA-Val  87.3 
 
 		 72 bp  61.9  0.00000002  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_R0039  tRNA-Val  94.87 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.430844  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_10340  tRNA-Val  88.89 
 
 		 75 bp  60  0.00000007  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.0379292 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_R0069  tRNA-Val  92.86 
 
 		 75 bp  60  0.00000007  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.000000000156801  normal  1 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_R0045  tRNA-Val  86.36 
 
 		 75 bp  60  0.00000007  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  hitchhiker  0.00029215  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_rna012  tRNA-Val  86.3 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.0000043327  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_R0003  tRNA-Val  88.68 
 
 		 78 bp  58  0.0000003  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.401069  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06828  tRNA-Val  86.3 
 
 		 73 bp  58  0.0000003  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_R0038  tRNA-Val  92.68 
 
 		 75 bp  58  0.0000003  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.978426  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_R0044  tRNA-Ala  92.68 
 
 		 72 bp  58  0.0000003  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00469  tRNA-Val  86.3 
 
 		 73 bp  58  0.0000003  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_R0041  tRNA-Val  92.68 
 
 		 75 bp  58  0.0000003  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  unclonable  0.0000000000345856  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_R0002  tRNA-Val  88.68 
 
 		 78 bp  58  0.0000003  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.264825  normal  1 
 
 
-
 
NC_011728  BbuZS7_0709  tRNA-Val  100 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Borrelia burgdorferi ZS7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna058  tRNA-Val  86.3 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.007323  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna033  tRNA-Val  86.3 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.010484  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna025  tRNA-Val  86.3 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0656621  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_R0046  tRNA-Val  87.67 
 
 		 75 bp  58  0.0000003  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0191389  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_tVal01  tRNA-Val  88.68 
 
 		 81 bp  58  0.0000003  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.231904  normal  0.628895 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_R0031  tRNA-Ala  92.68 
 
 		 72 bp  58  0.0000003  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00375  tRNA-Val  86.3 
 
 		 73 bp  58  0.0000003  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00250  tRNA-Val  86.3 
 
 		 73 bp  58  0.0000003  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_R0051  tRNA-Val  88.14 
 
 		 74 bp  56  0.000001  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  hitchhiker  0.0000148873  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_03750  tRNA-Val  84.72 
 
 		 75 bp  56  0.000001  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  hitchhiker  0.00394114  normal  0.229582 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_R0062  tRNA-Gly  90.91 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.669958  normal  0.100128 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_R0007  tRNA-Ala  90.2 
 
 		 76 bp  54  0.000004  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_R0023  tRNA-Ala  90.2 
 
 		 76 bp  54  0.000004  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_R0026  tRNA-Val  92.31 
 
 		 75 bp  54  0.000004  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.218598  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  tRNA-Val-3  tRNA-Val  87.93 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.382302  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_R0053  tRNA-Val  87.04 
 
 		 75 bp  52  0.00002  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  hitchhiker  0.000170226  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R25  tRNA-Val  88.89 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00112378  normal  0.0215792 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R27  tRNA-Val  88.89 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000323391  normal  0.0212721 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R36  tRNA-Val  88.89 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_4328  tRNA-Val  100 
 
 		 75 bp  52  0.00002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0030  tRNA-Val  87.93 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000000541175  normal  0.0247209 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_R0022  tRNA-Val  87.93 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000510685  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0018  tRNA-Val  87.93 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.209747  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_R0039  tRNA-Val  96.67 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.0206433  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_R0013  tRNA-Val  87.93 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_R0024  tRNA-Val  100 
 
 		 75 bp  52  0.00002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.540332 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_R0014  tRNA-Val  100 
 
 		 75 bp  52  0.00002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.167112  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0059  tRNA-Val  100 
 
 		 75 bp  50.1  0.00007  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.412801  normal  0.045511 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_R0038  tRNA-Ala  90.24 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_R0041  tRNA-Ala  90.24 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.239536  normal  1 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_R0027  tRNA-Val  93.75 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_R0001  tRNA-Val  88.64 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_R0031  tRNA-Val  83.33 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  0.0117254 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_13840  tRNA-Val  83.33 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.150199  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_R0037  tRNA-Val  88.64 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.000000442416  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_R0005  tRNA-Val  88.64 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_13890  tRNA-Val  83.33 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.0287375  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_R0016  tRNA-Val  88.64 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_R0052  tRNA-Val  100 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.886993  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_R0035  tRNA-Val  83.33 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.0205002  normal  0.0343396 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2270  hypothetical protein  96.43 
 
 		 333 bp  48.1  0.0003  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_R0024  tRNA-Val  96.43 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00000776805  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_t1842  tRNA-Asn  100 
 
 		 72 bp  48.1  0.0003  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_R0045  tRNA-Gly  87.5 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.102714  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_R0027  tRNA-Val  93.75 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_tRNAValVIMSS1309132  tRNA-Val  100 
 
 		 72 bp  48.1  0.0003  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_R0058  tRNA-Val  100 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.000337816  normal  0.447594 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_R0026  tRNA-Val  83.33 
 
 		 72 bp  48.1  0.0003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0265977  hitchhiker  0.000432959 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_R0032  tRNA-Val  96.43 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00002348 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5687  tRNA-Val  92.31 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.000000478099  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  tRNA-Val-1  tRNA-Val  92.31 
 
 		 79 bp  46.1  0.001  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.0417532  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  tRNA-Val-3  tRNA-Val  92.31 
 
 		 79 bp  46.1  0.001  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000052933  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_R0038  tRNA-Ala  93.55 
 
 		 73 bp  46.1  0.001  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_R0008  tRNA-Ala  93.55 
 
 		 73 bp  46.1  0.001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0953331  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>