More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene VEA_rna012 on replicon NC_013457
Organism: Vibrio sp. Ex25



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013456  VEA_rna025  tRNA-Val  100 
 
 
76 bp  151  3e-35  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0656621  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna033  tRNA-Val  100 
 
 
76 bp  151  3e-35  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.010484  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_rna012  tRNA-Val  100 
 
 
76 bp  151  3e-35  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.0000043327  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna058  tRNA-Val  100 
 
 
76 bp  151  3e-35  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.007323  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06828  tRNA-Val  100 
 
 
73 bp  145  2e-33  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00469  tRNA-Val  100 
 
 
73 bp  145  2e-33  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00375  tRNA-Val  100 
 
 
73 bp  145  2e-33  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00250  tRNA-Val  100 
 
 
73 bp  145  2e-33  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2329  tRNA-Val  98.68 
 
 
76 bp  143  7e-33  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2543  tRNA-Val  98.68 
 
 
76 bp  143  7e-33  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00155589  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3082t  tRNA-Val  97.26 
 
 
73 bp  129  1.0000000000000001e-28  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  hitchhiker  0.0006696  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3089t  tRNA-Val  97.26 
 
 
73 bp  129  1.0000000000000001e-28  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  hitchhiker  0.00274094  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3188t  tRNA-Val  97.26 
 
 
73 bp  129  1.0000000000000001e-28  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0373931  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II1117t  tRNA-Val  97.26 
 
 
73 bp  129  1.0000000000000001e-28  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  hitchhiker  0.00968485  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_tVal01  tRNA-Val  96.05 
 
 
79 bp  127  4.0000000000000003e-28  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_tVal02  tRNA-Val  96.05 
 
 
79 bp  127  4.0000000000000003e-28  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_tVal04  tRNA-Val  96.05 
 
 
79 bp  127  4.0000000000000003e-28  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_R0016  tRNA-Val  95.71 
 
 
76 bp  115  1.0000000000000001e-24  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_R0037  tRNA-Val  95.71 
 
 
76 bp  115  1.0000000000000001e-24  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.000000442416  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_R0001  tRNA-Val  100 
 
 
76 bp  109  9.000000000000001e-23  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_R0005  tRNA-Val  100 
 
 
76 bp  109  9.000000000000001e-23  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0034  tRNA-Val  93.15 
 
 
76 bp  105  1e-21  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.00000000134518  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0121  tRNA-Val  93.15 
 
 
76 bp  105  1e-21  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.000223353  normal  0.991143 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0119  tRNA-Val  93.15 
 
 
76 bp  105  1e-21  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.000206834  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0069  tRNA-Val  93.15 
 
 
76 bp  105  1e-21  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00000229651  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0063  tRNA-Val  93.15 
 
 
76 bp  105  1e-21  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.000284788  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0118  tRNA-Val  93.15 
 
 
76 bp  105  1e-21  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00020053  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0122  tRNA-Val  93.15 
 
 
76 bp  105  1e-21  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.000703597  normal  0.991143 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0120  tRNA-Val  93.15 
 
 
76 bp  105  1e-21  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.000221581  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0117  tRNA-Val  93.15 
 
 
76 bp  105  1e-21  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.000194506  normal  0.999094 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0060  tRNA-Val  93.15 
 
 
76 bp  105  1e-21  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.000229541  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0123  tRNA-Val  93.15 
 
 
76 bp  105  1e-21  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.000761032  normal  0.999094 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0062  tRNA-Val  93.15 
 
 
76 bp  105  1e-21  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00027509  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0061  tRNA-Val  93.15 
 
 
76 bp  105  1e-21  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00024378  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0116  tRNA-Val  93.15 
 
 
76 bp  105  1e-21  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.0000516317  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0115  tRNA-Val  93.15 
 
 
76 bp  105  1e-21  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.0000107203  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0092  tRNA-Val  93.15 
 
 
76 bp  105  1e-21  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00000905029  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0026  tRNA-Val  93.15 
 
 
76 bp  105  1e-21  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00167202  normal  0.213758 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0027  tRNA-Val  93.15 
 
 
76 bp  105  1e-21  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000568482  normal  0.334713 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0028  tRNA-Val  93.15 
 
 
76 bp  105  1e-21  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000556083  normal  0.337243 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0070  tRNA-Val  93.15 
 
 
76 bp  105  1e-21  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00000218766  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0065  tRNA-Val  93.15 
 
 
76 bp  105  1e-21  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.0000940035  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0029  tRNA-Val  93.15 
 
 
76 bp  105  1e-21  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000556083  normal  0.342231 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0066  tRNA-Val  93.15 
 
 
76 bp  105  1e-21  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.000106688  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0064  tRNA-Val  93.15 
 
 
76 bp  105  1e-21  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.000300215  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0035  tRNA-Val  93.15 
 
 
76 bp  105  1e-21  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.00000000119187  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0067  tRNA-Val  93.15 
 
 
76 bp  105  1e-21  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.0000378114  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0103  tRNA-Val  93.15 
 
 
76 bp  105  1e-21  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  unclonable  0.0000000000279802  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0037  tRNA-Val  93.15 
 
 
76 bp  105  1e-21  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.00000000120415  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0083  tRNA-Val  93.15 
 
 
76 bp  105  1e-21  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00000000131084  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0038  tRNA-Val  93.15 
 
 
76 bp  105  1e-21  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.00000000124113  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0030  tRNA-Val  93.15 
 
 
76 bp  105  1e-21  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000589005  normal  0.351876 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0031  tRNA-Val  93.15 
 
 
76 bp  105  1e-21  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000509299  normal  0.347644 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0032  tRNA-Val  93.15 
 
 
76 bp  105  1e-21  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000487693  normal  0.350378 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0078  tRNA-Val  93.15 
 
 
76 bp  105  1e-21  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00000285873  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0033  tRNA-Val  93.15 
 
 
76 bp  105  1e-21  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000154108  normal  0.350378 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0068  tRNA-Val  93.15 
 
 
76 bp  105  1e-21  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.0000103531  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0034  tRNA-Val  93.15 
 
 
76 bp  105  1e-21  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00000784133  normal  0.347644 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0036  tRNA-Val  93.15 
 
 
76 bp  105  1e-21  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.00000000113346  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0039  tRNA-Val  93.15 
 
 
76 bp  105  1e-21  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.00000000106718  normal 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_R0087  tRNA-Val  95.31 
 
 
73 bp  103  6e-21  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000197296  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_t039  tRNA-Val  93.06 
 
 
76 bp  103  6e-21  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00000279431  normal  0.23935 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_R0074  tRNA-Val  95.31 
 
 
73 bp  103  6e-21  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_R0027  tRNA-Val  92.11 
 
 
76 bp  103  6e-21  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000361499  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_R0054  tRNA-Val  95.31 
 
 
73 bp  103  6e-21  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.0000000682201  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0078  tRNA-Val  92.11 
 
 
76 bp  103  6e-21  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0323517  normal  0.156199 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0080  tRNA-Val  92.11 
 
 
76 bp  103  6e-21  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.273364  normal  0.0951081 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0079  tRNA-Val  92.11 
 
 
76 bp  103  6e-21  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.101536  normal  0.15355 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0077  tRNA-Val  92.11 
 
 
76 bp  103  6e-21  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.035914  normal  0.156814 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0081  tRNA-Val  92.11 
 
 
76 bp  103  6e-21  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.277615  normal  0.0524601 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0083  tRNA-Val  92.11 
 
 
76 bp  103  6e-21  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.380534  normal  0.052943 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_R0011  tRNA-Val  92.11 
 
 
76 bp  103  6e-21  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000637042  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0082  tRNA-Val  92.11 
 
 
76 bp  103  6e-21  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.278662  normal  0.0519347 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_R0045  tRNA-Val  92.75 
 
 
76 bp  97.6  4e-19  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.0252567  normal  0.0396614 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_R0044  tRNA-Val  92.75 
 
 
76 bp  97.6  4e-19  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000266715 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_R0042  tRNA-Val  92.75 
 
 
76 bp  97.6  4e-19  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000279186  hitchhiker  0.00179895 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_R0027  tRNA-Val  93.75 
 
 
73 bp  95.6  1e-18  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_R0043  tRNA-Val  100 
 
 
76 bp  95.6  1e-18  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.00024501  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_R0014  tRNA-Val  96.36 
 
 
76 bp  93.7  5e-18  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_R0051  tRNA-Val  96.36 
 
 
76 bp  93.7  5e-18  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0096  tRNA-Val  91.43 
 
 
76 bp  91.7  2e-17  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000340582  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0081  tRNA-Val  91.43 
 
 
76 bp  91.7  2e-17  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0000114332  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0094  tRNA-Val  91.43 
 
 
76 bp  91.7  2e-17  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000297438  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0093  tRNA-Val  91.43 
 
 
76 bp  91.7  2e-17  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00000828011  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0098  tRNA-Val  91.43 
 
 
76 bp  91.7  2e-17  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000887403  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0097  tRNA-Val  91.43 
 
 
76 bp  91.7  2e-17  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000319482  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0088  tRNA-Val  91.43 
 
 
76 bp  91.7  2e-17  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0000000319875  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0089  tRNA-Val  91.43 
 
 
76 bp  91.7  2e-17  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0000000342234  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0090  tRNA-Val  91.43 
 
 
76 bp  91.7  2e-17  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0000000278646  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0091  tRNA-Val  91.43 
 
 
76 bp  91.7  2e-17  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0000000288629  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0092  tRNA-Val  91.43 
 
 
76 bp  91.7  2e-17  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0000000281148  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0093  tRNA-Val  91.43 
 
 
76 bp  91.7  2e-17  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0000000278646  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0026  tRNA-Val  91.43 
 
 
76 bp  91.7  2e-17  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  unclonable  0.000000000373011  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0080  tRNA-Val  91.43 
 
 
76 bp  91.7  2e-17  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00000267941  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0104  tRNA-Val  91.43 
 
 
76 bp  91.7  2e-17  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.00000000459096  normal  0.0566469 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0105  tRNA-Val  91.43 
 
 
76 bp  91.7  2e-17  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.0000000937132  normal  0.0566469 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0106  tRNA-Val  91.43 
 
 
76 bp  91.7  2e-17  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.0000011333  normal  0.0580705 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0107  tRNA-Val  91.43 
 
 
76 bp  91.7  2e-17  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00000125343  normal  0.0580705 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0101  tRNA-Val  91.43 
 
 
76 bp  91.7  2e-17  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  unclonable  0.0000000000312411  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0102  tRNA-Val  91.43 
 
 
76 bp  91.7  2e-17  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  unclonable  0.0000000000271468  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>