86 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gura_R0024 on replicon NC_009483
Organism: Geobacter uraniireducens Rf4



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009483  Gura_R0024  tRNA-Val  100 
 
 
75 bp  149  1.0000000000000001e-34  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00000776805  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_R0037  tRNA-Val  93.33 
 
 
75 bp  109  9.000000000000001e-23  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_R0046  tRNA-Val  93.15 
 
 
75 bp  105  1e-21  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0191389  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_14860  tRNA-Val  90.41 
 
 
75 bp  89.7  8e-17  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.303289  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_AR0030  tRNA-Val  89.33 
 
 
75 bp  85.7  0.000000000000001  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.282956  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_R0032  tRNA-Val  89.33 
 
 
75 bp  85.7  0.000000000000001  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_R0029  tRNA-Val  89.33 
 
 
75 bp  85.7  0.000000000000001  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_R0037  tRNA-Val  89.33 
 
 
75 bp  85.7  0.000000000000001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.605152  normal  0.0106326 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_R0066  tRNA-Val  96 
 
 
75 bp  83.8  0.000000000000005  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.011758  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_R0026  tRNA-Val  88 
 
 
75 bp  77.8  0.0000000000003  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.0408746  normal  0.0924489 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_14900  tRNA-Val  88 
 
 
75 bp  77.8  0.0000000000003  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_R0042  tRNA-Val  88 
 
 
75 bp  77.8  0.0000000000003  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0153066  hitchhiker  0.00834851 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_R0030  tRNA-Val  87.84 
 
 
75 bp  75.8  0.000000000001  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2270  hypothetical protein  95.56 
 
 
333 bp  73.8  0.000000000005  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_R0037  tRNA-Val  87.5 
 
 
72 bp  71.9  0.00000000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.960362  normal  0.0810888 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_R0023  tRNA-Val  87.5 
 
 
72 bp  71.9  0.00000000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.720893  normal  0.0127386 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_R0029  tRNA-Val  87.5 
 
 
72 bp  71.9  0.00000000002  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.742373  hitchhiker  0.00208243 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_R0045  tRNA-Val  90.91 
 
 
75 bp  69.9  0.00000000008  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.16589  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0060  tRNA-Val  86.67 
 
 
75 bp  69.9  0.00000000008  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.0000546078  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0031  tRNA-Val  86.67 
 
 
75 bp  69.9  0.00000000008  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000478109 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_R0049  tRNA-Val  86.67 
 
 
75 bp  69.9  0.00000000008  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0031  tRNA-Val  86.67 
 
 
75 bp  69.9  0.00000000008  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.432364  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0043  tRNA-Val  86.67 
 
 
75 bp  69.9  0.00000000008  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0172535  normal  0.864924 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0045  tRNA-Val  86.67 
 
 
75 bp  69.9  0.00000000008  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0040  tRNA-Val  87.69 
 
 
75 bp  65.9  0.000000001  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_R0063  tRNA-Val  86.84 
 
 
76 bp  63.9  0.000000005  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.741524  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_R0026  tRNA-Val  86.11 
 
 
72 bp  63.9  0.000000005  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0265977  hitchhiker  0.000432959 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0025  tRNA-Val  85.33 
 
 
75 bp  61.9  0.00000002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000000000057008  normal  0.409519 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_R0044  tRNA-Val  85.33 
 
 
75 bp  61.9  0.00000002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00403684  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_R0008  tRNA-Val  91.49 
 
 
75 bp  61.9  0.00000002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.0410887  normal  0.191124 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0031  tRNA-Val  85.33 
 
 
75 bp  61.9  0.00000002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_R0025  tRNA-Val  85.33 
 
 
75 bp  61.9  0.00000002  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000640058  normal  0.0750081 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_R0051  tRNA-Val  85.92 
 
 
75 bp  61.9  0.00000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  hitchhiker  0.0000163002  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_R0047  tRNA-Val  85.14 
 
 
75 bp  60  0.00000008  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.561657  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_R0014  tRNA-Val  84.93 
 
 
75 bp  58  0.0000003  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.591193  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_R0018  tRNA-Val  84.93 
 
 
75 bp  58  0.0000003  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_R0044  tRNA-Val  86.15 
 
 
72 bp  58  0.0000003  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_R0015  tRNA-Val  84.93 
 
 
75 bp  58  0.0000003  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.0817161  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_R0014  tRNA-Val  84.93 
 
 
75 bp  58  0.0000003  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_14034  tRNA-Val  84.93 
 
 
75 bp  58  0.0000003  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000622318  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_R0046  tRNA-Val  84.93 
 
 
75 bp  58  0.0000003  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.467185  normal  0.202309 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_R0045  tRNA-Val  85.33 
 
 
77 bp  56  0.000001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0449962  normal 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_13860  tRNA-Val  90.91 
 
 
72 bp  56  0.000001  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.0312518  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_R0044  tRNA-Val  89.36 
 
 
75 bp  54  0.000005  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.311014  normal  0.10516 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_R0025  tRNA-Val  84 
 
 
75 bp  54  0.000005  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.149964  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_R0061  tRNA-Val  84 
 
 
75 bp  54  0.000005  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.700263  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_R0061  tRNA-Val  84 
 
 
75 bp  54  0.000005  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.17954  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_R0038  tRNA-Val  84 
 
 
75 bp  54  0.000005  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.827791  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA_tRNA-Val-3  tRNA-Val  84 
 
 
75 bp  54  0.000005  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1539  tRNA-Val  84 
 
 
75 bp  54  0.000005  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.051003  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  tRNA-Val-2  tRNA-Val  84 
 
 
75 bp  54  0.000005  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.516841  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA_tRNA-Val-4  tRNA-Val  84 
 
 
75 bp  54  0.000005  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.464554  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0051  tRNA-Val  84 
 
 
75 bp  54  0.000005  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.000000000353155  normal  0.0160187 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2783  tRNA-Val  84 
 
 
75 bp  54  0.000005  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0812706  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1831  tRNA-Val  84 
 
 
75 bp  54  0.000005  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_R0089  tRNA-Val  84 
 
 
75 bp  54  0.000005  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.347614  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_R0061  tRNA-Val  84 
 
 
75 bp  54  0.000005  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_R0059  tRNA-Val  84 
 
 
75 bp  54  0.000005  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.565602  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2266  tRNA-Val  84 
 
 
75 bp  54  0.000005  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.248753  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2650  tRNA-Val  84 
 
 
75 bp  54  0.000005  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2705  tRNA-Val  84 
 
 
75 bp  54  0.000005  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3052  tRNA-Val  84 
 
 
75 bp  54  0.000005  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.728072  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_R0032  tRNA-Val  90.48 
 
 
75 bp  52  0.00002  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.463355  normal  0.0505941 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_R0028  tRNA-Val  90.48 
 
 
75 bp  52  0.00002  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00986707 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_R0035  tRNA-Val  90.48 
 
 
75 bp  52  0.00002  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.522217  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_R0033  tRNA-Val  90.48 
 
 
75 bp  52  0.00002  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.526612  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_R0038  tRNA-Val  90.48 
 
 
75 bp  52  0.00002  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_R0036  tRNA-Val  90.48 
 
 
75 bp  52  0.00002  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_R0029  tRNA-Val  90.48 
 
 
75 bp  52  0.00002  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000337509 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_tRNAValVIMSS1309272  tRNA-Val  96.43 
 
 
72 bp  48.1  0.0003  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_AR0069  tRNA-Val  83.33 
 
 
72 bp  48.1  0.0003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.00232154  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_R0039  tRNA-Val  83.33 
 
 
72 bp  48.1  0.0003  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00107403  hitchhiker  0.00887894 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_16730  tRNA-Val  89.74 
 
 
72 bp  46.1  0.001  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.251043  normal  0.0595565 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_R0026  tRNA-Val  87.23 
 
 
75 bp  46.1  0.001  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.851542  hitchhiker  0.00348632 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_16760  tRNA-Val  89.74 
 
 
72 bp  46.1  0.001  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.268589  normal  0.0588163 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_R0033  tRNA-Val  82.67 
 
 
75 bp  46.1  0.001  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_R0029  tRNA-Val  82.67 
 
 
75 bp  46.1  0.001  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.0245746  normal  0.0651884 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_R0018  tRNA-Val  82.67 
 
 
75 bp  46.1  0.001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0033  tRNA-Val  82.67 
 
 
75 bp  46.1  0.001  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.000000112986  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_R0052  tRNA-Val  96.3 
 
 
75 bp  46.1  0.001  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.886993  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_AR0054  tRNA-Val  82.67 
 
 
75 bp  46.1  0.001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.452754 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_R0031  tRNA-Val  89.74 
 
 
72 bp  46.1  0.001  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000000451767 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_R0008  tRNA-Val  87.23 
 
 
75 bp  46.1  0.001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.153849  normal 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_R0038  tRNA-Val  87.23 
 
 
72 bp  46.1  0.001  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.463505  normal  0.275868 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_R0033  tRNA-Val  89.74 
 
 
72 bp  46.1  0.001  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000000837062 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_R0032  tRNA-Val  96.3 
 
 
75 bp  46.1  0.001  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00002348 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>