299 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Hhal_R0008 on replicon NC_008789
Organism: Halorhodospira halophila SL1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
CP001509  ECD_r00005  23S ribosomal RNA  83.33 
 
 		 2906 bp  1727    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_r00009  23S ribosomal RNA  83.94 
 
 		 2908 bp  1713    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.578122  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_r00012  23S ribosomal RNA  83.33 
 
 		 2906 bp  1727    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.593882  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_r00021  23S ribosomal RNA  83.33 
 
 		 2906 bp  1727    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.274337  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_23SA  23S ribosomal RNA  88.27 
 
 		 2902 bp  1209    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.145616  hitchhiker  0.000134511 
 
 
-
 
NC_002947  PP_23SB  23S ribosomal RNA  88.27 
 
 		 2902 bp  1209    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.201882  hitchhiker  0.000114916 
 
 
-
 
NC_002947  PP_23SC  23S ribosomal RNA  88.27 
 
 		 2902 bp  1209    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.15738  normal  0.0640928 
 
 
-
 
NC_002947  PP_23SD  23S ribosomal RNA  88.27 
 
 		 2902 bp  1209    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.507419  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_23SE  23S ribosomal RNA  88.27 
 
 		 2902 bp  1209    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.564865  normal  0.184682 
 
 
-
 
NC_002947  PP_23SF  23S ribosomal RNA  88.27 
 
 		 2902 bp  1209    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.201882  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_23SG  23S ribosomal RNA  88.27 
 
 		 2902 bp  1209    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.0194263 
 
 
-
 
NC_002977  MCA_Mc23SA  23S ribosomal RNA  85.38 
 
 		 2904 bp  2313    Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.10158  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA_Mc23SB  23S ribosomal RNA  85.38 
 
 		 2904 bp  2313    Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0352152  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_r02  23S ribosomal RNA  88.37 
 
 		 2903 bp  1203    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_r05  23S ribosomal RNA  88.37 
 
 		 2903 bp  1203    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.644961  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_r08  23S ribosomal RNA  88.37 
 
 		 2903 bp  1203    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_r11  23S ribosomal RNA  88.37 
 
 		 2903 bp  1203    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_r14  23S ribosomal RNA  88.28 
 
 		 2903 bp  1195    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.701415  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lppr02  23S ribosomal RNA  87.93 
 
 		 2783 bp  1195    Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lppr05  23S ribosomal RNA  87.93 
 
 		 2783 bp  1195    Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lppr08  23S ribosomal RNA  87.93 
 
 		 2861 bp  1195    Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lplr02  23S ribosomal RNA  87.77 
 
 		 2861 bp  1176    Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lplr05  23S ribosomal RNA  87.77 
 
 		 2861 bp  1176    Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lplr08  23S ribosomal RNA  87.77 
 
 		 2861 bp  1176    Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA16  23S ribosomal RNA  88.45 
 
 		 2903 bp  1211    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.048152 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA49  23S ribosomal RNA  88.37 
 
 		 2903 bp  1203    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.832187  normal  0.473588 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA7  23S ribosomal RNA  88.37 
 
 		 2903 bp  1203    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.685402  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA71  23S ribosomal RNA  88.37 
 
 		 2903 bp  1203    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0658993  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA80  23S ribosomal RNA  88.37 
 
 		 2903 bp  1203    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0495778  normal  0.0181156 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_R0012  23S ribosomal RNA  84.07 
 
 		 2882 bp  1322    Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_R0038  23S ribosomal RNA  84.06 
 
 		 2899 bp  1320    Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  hitchhiker  0.00487126  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0013  23S ribosomal RNA  86.49 
 
 		 2913 bp  2559    Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0027  23S ribosomal RNA  86.49 
 
 		 2913 bp  2559    Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R15  23S ribosomal RNA  88.19 
 
 		 2892 bp  1193    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.28387  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R4  23S ribosomal RNA  88.19 
 
 		 2892 bp  1193    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.657154  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R44  23S ribosomal RNA  88.19 
 
 		 2892 bp  1193    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.100661  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R57  23S ribosomal RNA  88.19 
 
 		 2892 bp  1193    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.344499  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R78  23S ribosomal RNA  88.19 
 
 		 2892 bp  1193    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0420771  normal  0.0126919 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R91  23S ribosomal RNA  88.19 
 
 		 2892 bp  1193    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000653016  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0049  23S ribosomal RNA  84.75 
 
 		 2956 bp  999    Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0054  23S ribosomal RNA  84.75 
 
 		 2956 bp  999    Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.175608  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_R0035  23S ribosomal RNA  86.12 
 
 		 2861 bp  1130    Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.249297  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_R0042  23S ribosomal RNA  86.12 
 
 		 2861 bp  1130    Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_R0050  23S ribosomal RNA  86.12 
 
 		 2861 bp  1130    Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_AR0015  23S ribosomal RNA  85.51 
 
 		 2889 bp  995    Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_R0014  23S ribosomal RNA  86.3 
 
 		 2872 bp  1176    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0368239  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_R0042  23S ribosomal RNA  86.3 
 
 		 2872 bp  1176    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.121457 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_R0005  23S ribosomal RNA  85.89 
 
 		 2884 bp  1166    Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.133084  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_R0054  23S ribosomal RNA  85.89 
 
 		 2884 bp  1166    Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.879203  normal  0.943233 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0004  23S ribosomal RNA  88.09 
 
 		 2897 bp  1201    Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0014  23S ribosomal RNA  88.09 
 
 		 2897 bp  1201    Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.20297  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0058  23S ribosomal RNA  88.09 
 
 		 2897 bp  1201    Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0076  23S ribosomal RNA  88.27 
 
 		 2898 bp  1207    Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.430532  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0084  23S ribosomal RNA  88.09 
 
 		 2897 bp  1201    Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0007  23S ribosomal RNA  90.15 
 
 		 2898 bp  3402    Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.237096  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0012  23S ribosomal RNA  90.18 
 
 		 2898 bp  3410    Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.31433 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_08600  23S ribosomal RNA  88.18 
 
 		 2891 bp  1191    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000197684 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_55631  23S ribosomal RNA  87.3 
 
 		 2884 bp  1088    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.363025 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_62060  23S ribosomal RNA  88.18 
 
 		 2891 bp  1191    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.0546487 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_70880  23S ribosomal RNA  88.18 
 
 		 2891 bp  1191    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.560692 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0002  23S ribosomal RNA  83.6 
 
 		 2914 bp  1072    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0007  23S ribosomal RNA  83.6 
 
 		 2914 bp  1072    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.242783  hitchhiker  0.00573728 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0015  23S ribosomal RNA  83.6 
 
 		 2914 bp  1072    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.631469  normal  0.115726 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0020  23S ribosomal RNA  83.6 
 
 		 2914 bp  1072    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.879348  normal  0.651924 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0025  23S ribosomal RNA  83.6 
 
 		 2914 bp  1072    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.278632  unclonable  0.0000171921 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0053  23S ribosomal RNA  83.6 
 
 		 2914 bp  1072    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0111  23S ribosomal RNA  83.6 
 
 		 2914 bp  1072    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.210814  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0131  23S ribosomal RNA  83.6 
 
 		 2914 bp  1072    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.313678  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0004  23S ribosomal RNA  83.69 
 
 		 2892 bp  1683    Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.09917 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0008  23S ribosomal RNA  83.73 
 
 		 2892 bp  1691    Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0016  23S ribosomal RNA  83.69 
 
 		 2892 bp  1683    Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0033  23S ribosomal RNA  83.77 
 
 		 2892 bp  1699    Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0044  23S ribosomal RNA  83.65 
 
 		 2892 bp  1675    Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.0756824 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0060  23S ribosomal RNA  83.73 
 
 		 2892 bp  1691    Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.799594 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0090  23S ribosomal RNA  83.77 
 
 		 2892 bp  1699    Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0102  23S ribosomal RNA  83.73 
 
 		 2892 bp  1691    Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0105  23S ribosomal RNA  83.77 
 
 		 2892 bp  1699    Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.0168688 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0109  23S ribosomal RNA  83.77 
 
 		 2892 bp  1699    Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.147654 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0009  23S ribosomal RNA  85.07 
 
 		 2900 bp  1287    Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.517564  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0019  23S ribosomal RNA  85.25 
 
 		 2900 bp  1310    Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  hitchhiker  0.00407691  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0056  23S ribosomal RNA  85.25 
 
 		 2900 bp  1310    Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.239322  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0008  23S ribosomal RNA  100 
 
 		 2904 bp  5757    Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  hitchhiker  0.0096662  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0030  23S ribosomal RNA  99.86 
 
 		 2904 bp  5725    Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  hitchhiker  0.000445054  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0004  23S ribosomal RNA  85.24 
 
 		 2893 bp  1023    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.194037 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0010  23S ribosomal RNA  85.24 
 
 		 2893 bp  1023    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0636989 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0082  23S ribosomal RNA  85.24 
 
 		 2893 bp  1023    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0103  23S ribosomal RNA  85.24 
 
 		 2893 bp  1023    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0608054 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0110  23S ribosomal RNA  85.24 
 
 		 2893 bp  1023    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00834498 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0115  23S ribosomal RNA  85.24 
 
 		 2893 bp  1023    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.18423  hitchhiker  0.000445098 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0121  23S ribosomal RNA  85.24 
 
 		 2893 bp  1023    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0442747 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0124  23S ribosomal RNA  85.24 
 
 		 2893 bp  1023    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.303043 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0011  23S ribosomal RNA  88.44 
 
 		 2903 bp  1225    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.0138586 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0037  23S ribosomal RNA  88.44 
 
 		 2903 bp  1225    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.235964 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0071  23S ribosomal RNA  88.44 
 
 		 2905 bp  1225    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.200178  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0079  23S ribosomal RNA  88.44 
 
 		 2905 bp  1225    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.175282  normal  0.43862 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0245  23S ribosomal RNA  85.83 
 
 		 2889 bp  1017    Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.155375  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2072  23S ribosomal RNA  85.83 
 
 		 2887 bp  1017    Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.470715  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2326  23S ribosomal RNA  85.83 
 
 		 2889 bp  1017    Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2335  23S ribosomal RNA  85.83 
 
 		 2889 bp  1017    Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000128032  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2457  23S ribosomal RNA  85.83 
 
 		 2889 bp  1017    Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>