More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sde_R0042 on replicon NC_007912
Organism: Saccharophagus degradans 2-40



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_002947  PP_23SA  23S ribosomal RNA  88.27 
 
 
2902 bp  2946    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.145616  hitchhiker  0.000134511 
 
 
-
 
NC_002947  PP_23SB  23S ribosomal RNA  88.31 
 
 
2902 bp  2954    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.201882  hitchhiker  0.000114916 
 
 
-
 
NC_002947  PP_23SC  23S ribosomal RNA  88.24 
 
 
2902 bp  2938    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.15738  normal  0.0640928 
 
 
-
 
NC_002947  PP_23SD  23S ribosomal RNA  88.27 
 
 
2902 bp  2946    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.507419  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_23SE  23S ribosomal RNA  88.24 
 
 
2902 bp  2938    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.564865  normal  0.184682 
 
 
-
 
NC_002947  PP_23SF  23S ribosomal RNA  88.2 
 
 
2902 bp  2930    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.201882  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_23SG  23S ribosomal RNA  88.24 
 
 
2902 bp  2938    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.0194263 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0037  23S ribosomal RNA  87.78 
 
 
2894 bp  2407    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0046  23S ribosomal RNA  87.78 
 
 
2894 bp  2407    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0052  23S ribosomal RNA  87.78 
 
 
2894 bp  2407    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0342  23S ribosomal RNA  87.74 
 
 
2894 bp  2399    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0348  23S ribosomal RNA  87.74 
 
 
2894 bp  2399    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0559  23S ribosomal RNA  87.78 
 
 
2894 bp  2407    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.683091  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0565  23S ribosomal RNA  87.74 
 
 
2894 bp  2399    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1611  23S ribosomal RNA  87.78 
 
 
2894 bp  2407    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3904  23S ribosomal RNA  87.78 
 
 
2894 bp  2407    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_r002  23S ribosomal RNA  87.95 
 
 
2893 bp  1667    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_r005  23S ribosomal RNA  87.95 
 
 
2893 bp  1667    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_r008  23S ribosomal RNA  86.2 
 
 
2894 bp  2292    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_r011  23S ribosomal RNA  87.95 
 
 
2893 bp  1667    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_r014  23S ribosomal RNA  87.95 
 
 
2893 bp  1667    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_r017  23S ribosomal RNA  88.08 
 
 
2893 bp  1683    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_r020  23S ribosomal RNA  87.95 
 
 
2893 bp  1667    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_r023  23S ribosomal RNA  87.95 
 
 
2893 bp  1667    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_r026  23S ribosomal RNA  87.95 
 
 
2893 bp  1667    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_r02  23S ribosomal RNA  87.96 
 
 
2903 bp  2886    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_r05  23S ribosomal RNA  87.99 
 
 
2903 bp  2894    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.644961  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_r08  23S ribosomal RNA  87.99 
 
 
2903 bp  2894    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_r11  23S ribosomal RNA  87.96 
 
 
2903 bp  2886    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_r14  23S ribosomal RNA  87.96 
 
 
2903 bp  2886    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.701415  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA16  23S ribosomal RNA  88.06 
 
 
2903 bp  2910    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.048152 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA49  23S ribosomal RNA  88.03 
 
 
2903 bp  2902    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.832187  normal  0.473588 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA7  23S ribosomal RNA  88.03 
 
 
2903 bp  2902    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.685402  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA71  23S ribosomal RNA  88.06 
 
 
2903 bp  2910    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0658993  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA80  23S ribosomal RNA  87.96 
 
 
2903 bp  2886    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0495778  normal  0.0181156 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R15  23S ribosomal RNA  88.3 
 
 
2892 bp  2916    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.28387  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R4  23S ribosomal RNA  88.3 
 
 
2892 bp  2916    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.657154  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R44  23S ribosomal RNA  88.3 
 
 
2892 bp  2916    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.100661  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R57  23S ribosomal RNA  88.3 
 
 
2892 bp  2916    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.344499  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R78  23S ribosomal RNA  88.3 
 
 
2892 bp  2916    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0420771  normal  0.0126919 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R91  23S ribosomal RNA  88.3 
 
 
2892 bp  2916    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000653016  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_R0035  23S ribosomal RNA  86.36 
 
 
2861 bp  2244    Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.249297  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_R0042  23S ribosomal RNA  86.36 
 
 
2861 bp  2244    Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_R0050  23S ribosomal RNA  86.36 
 
 
2861 bp  2244    Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_R0014  23S ribosomal RNA  100 
 
 
2872 bp  5693    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0368239  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_R0042  23S ribosomal RNA  100 
 
 
2872 bp  5693    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal  0.121457 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_R0005  23S ribosomal RNA  84.46 
 
 
2884 bp  1798    Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.133084  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_R0054  23S ribosomal RNA  84.46 
 
 
2884 bp  1798    Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.879203  normal  0.943233 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0002  23S ribosomal RNA  85.99 
 
 
2905 bp  2296    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.905525  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0010  23S ribosomal RNA  85.96 
 
 
2905 bp  2288    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0016  23S ribosomal RNA  86.05 
 
 
2905 bp  2294    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.427778  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0047  23S ribosomal RNA  85.96 
 
 
2905 bp  2298    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0106  23S ribosomal RNA  85.96 
 
 
2905 bp  2298    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.492781  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0116  23S ribosomal RNA  85.99 
 
 
2905 bp  2296    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0121  23S ribosomal RNA  85.96 
 
 
2905 bp  2288    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0126  23S ribosomal RNA  85.99 
 
 
2905 bp  2296    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0004  23S ribosomal RNA  86.97 
 
 
2897 bp  2323    Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0014  23S ribosomal RNA  86.93 
 
 
2897 bp  2315    Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.20297  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0058  23S ribosomal RNA  86.93 
 
 
2897 bp  2315    Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0076  23S ribosomal RNA  87.01 
 
 
2898 bp  2331    Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.430532  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0084  23S ribosomal RNA  86.93 
 
 
2897 bp  2315    Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0002  23S ribosomal RNA  86.64 
 
 
2893 bp  2403    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.492003  hitchhiker  0.00473622 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0010  23S ribosomal RNA  86.64 
 
 
2893 bp  2403    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00150973  normal  0.511936 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0017  23S ribosomal RNA  86.68 
 
 
2893 bp  2397    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000000288824 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0074  23S ribosomal RNA  86.72 
 
 
2893 bp  2405    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0122  23S ribosomal RNA  86.72 
 
 
2893 bp  2405    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal  0.750631 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0131  23S ribosomal RNA  86.68 
 
 
2893 bp  2397    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal  0.595604 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0135  23S ribosomal RNA  86.64 
 
 
2893 bp  2403    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00185494  hitchhiker  0.00197416 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0139  23S ribosomal RNA  86.68 
 
 
2893 bp  2397    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal  0.746885 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0142  23S ribosomal RNA  86.64 
 
 
2893 bp  2403    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal  0.080759 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0002  23S ribosomal RNA  86.57 
 
 
2893 bp  2387    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00475711 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0010  23S ribosomal RNA  86.64 
 
 
2893 bp  2403    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal  0.0173103 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0017  23S ribosomal RNA  86.6 
 
 
2893 bp  2395    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal  0.553114 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0023  23S ribosomal RNA  86.6 
 
 
2893 bp  2395    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.00167736  normal  0.0882974 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0027  23S ribosomal RNA  86.64 
 
 
2893 bp  2403    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal  0.206108 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0074  23S ribosomal RNA  86.68 
 
 
2893 bp  2397    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal  0.186245 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0122  23S ribosomal RNA  86.57 
 
 
2893 bp  2373    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal  0.969635 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0140  23S ribosomal RNA  86.52 
 
 
2893 bp  2403    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0143  23S ribosomal RNA  86.57 
 
 
2894 bp  2381    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0007  23S ribosomal RNA  86.81 
 
 
2898 bp  2252    Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.237096  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0012  23S ribosomal RNA  86.81 
 
 
2898 bp  2252    Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.31433 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0002  23S ribosomal RNA  87.95 
 
 
2916 bp  1705    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0007  23S ribosomal RNA  87.95 
 
 
2916 bp  1705    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0014  23S ribosomal RNA  87.95 
 
 
2916 bp  1705    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0028  23S ribosomal RNA  87.95 
 
 
2915 bp  1705    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.116759  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0031  23S ribosomal RNA  87.95 
 
 
2916 bp  1705    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.153165  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0064  23S ribosomal RNA  87.95 
 
 
2916 bp  1705    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0120  23S ribosomal RNA  87.95 
 
 
2916 bp  1705    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0125  23S ribosomal RNA  87.95 
 
 
2916 bp  1705    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.362586  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0132  23S ribosomal RNA  87.95 
 
 
2916 bp  1705    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_08600  23S ribosomal RNA  88.01 
 
 
2891 bp  2888    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000197684 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_55631  23S ribosomal RNA  87.66 
 
 
2884 bp  2785    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.363025 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_62060  23S ribosomal RNA  88.04 
 
 
2891 bp  2896    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.0546487 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_70880  23S ribosomal RNA  88.01 
 
 
2891 bp  2888    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.560692 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0002  23S ribosomal RNA  86.49 
 
 
2895 bp  2389    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000281941 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0010  23S ribosomal RNA  86.52 
 
 
2895 bp  2397    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.439393  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0017  23S ribosomal RNA  86.56 
 
 
2895 bp  2405    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000000617374 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0072  23S ribosomal RNA  86.56 
 
 
2895 bp  2405    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.130821  normal  0.224079 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0119  23S ribosomal RNA  86.52 
 
 
2895 bp  2403    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0129  23S ribosomal RNA  86.57 
 
 
2895 bp  2387    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal  0.332932 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>