299 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene VC0395_A0245 on replicon NC_009457
Organism: Vibrio cholerae O395



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
CP001509  ECD_r00002  23S ribosomal RNA  89.66 
 
 		 2906 bp  2870    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0715857  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_r00005  23S ribosomal RNA  89.8 
 
 		 2906 bp  2898    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_r00009  23S ribosomal RNA  89.66 
 
 		 2908 bp  2870    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.578122  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_r00012  23S ribosomal RNA  89.8 
 
 		 2906 bp  2898    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.593882  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_r00015  23S ribosomal RNA  89.72 
 
 		 2904 bp  2884    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.373454  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_r00018  23S ribosomal RNA  89.66 
 
 		 2908 bp  2870    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.949857  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_r00021  23S ribosomal RNA  89.8 
 
 		 2906 bp  2898    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.274337  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0006  23S ribosomal RNA  89.87 
 
 		 2902 bp  2916    Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0029  23S ribosomal RNA  90.07 
 
 		 2902 bp  2956    Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0205529  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0075  23S ribosomal RNA  89.89 
 
 		 2902 bp  2914    Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.704928  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0088  23S ribosomal RNA  90.07 
 
 		 2902 bp  2956    Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0096  23S ribosomal RNA  90.15 
 
 		 2902 bp  2972    Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0100  23S ribosomal RNA  89.84 
 
 		 2903 bp  2892    Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0111  23S ribosomal RNA  89.72 
 
 		 2902 bp  2884    Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0565  23S ribosomal RNA  88.53 
 
 		 2894 bp  2662    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_R0014  23S ribosomal RNA  86.41 
 
 		 2872 bp  2155    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0368239  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_R0042  23S ribosomal RNA  86.41 
 
 		 2872 bp  2155    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.121457 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0002  23S ribosomal RNA  92.26 
 
 		 2905 bp  1794    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.905525  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0010  23S ribosomal RNA  92.26 
 
 		 2905 bp  1794    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0016  23S ribosomal RNA  92.26 
 
 		 2905 bp  1794    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.427778  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0047  23S ribosomal RNA  92.26 
 
 		 2905 bp  1794    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0106  23S ribosomal RNA  92.26 
 
 		 2905 bp  1794    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.492781  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0116  23S ribosomal RNA  92.26 
 
 		 2905 bp  1794    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0121  23S ribosomal RNA  92.36 
 
 		 2905 bp  1830    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0126  23S ribosomal RNA  92.26 
 
 		 2905 bp  1794    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0004  23S ribosomal RNA  86.64 
 
 		 2897 bp  2292    Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0076  23S ribosomal RNA  86.57 
 
 		 2898 bp  2276    Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.430532  n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0156  23S ribosomal RNA  86.77 
 
 		 2902 bp  2157    Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0507  23S ribosomal RNA  86.77 
 
 		 2902 bp  2157    Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  0.157689  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0004  23S ribosomal RNA  90.41 
 
 		 2885 bp  3021    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0961253  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0011  23S ribosomal RNA  90.41 
 
 		 2885 bp  3021    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0019  23S ribosomal RNA  90.41 
 
 		 2885 bp  3021    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0026  23S ribosomal RNA  90.41 
 
 		 2885 bp  3021    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0080  23S ribosomal RNA  90.41 
 
 		 2885 bp  3021    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.357348  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0017  23S ribosomal RNA  91.57 
 
 		 2893 bp  1778    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000288824 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0074  23S ribosomal RNA  91.57 
 
 		 2893 bp  1778    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0122  23S ribosomal RNA  91.57 
 
 		 2893 bp  1778    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.750631 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0131  23S ribosomal RNA  91.57 
 
 		 2893 bp  1778    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.595604 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0139  23S ribosomal RNA  91.57 
 
 		 2893 bp  1778    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.746885 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0002  23S ribosomal RNA  91.85 
 
 		 2916 bp  1774    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0014  23S ribosomal RNA  91.78 
 
 		 2916 bp  1780    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0031  23S ribosomal RNA  91.78 
 
 		 2916 bp  1780    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.153165  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0120  23S ribosomal RNA  91.85 
 
 		 2916 bp  1774    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0132  23S ribosomal RNA  91.85 
 
 		 2916 bp  1774    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0004  23S ribosomal RNA  88.99 
 
 		 2892 bp  2934    Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.09917 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0008  23S ribosomal RNA  88.99 
 
 		 2892 bp  2944    Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0016  23S ribosomal RNA  88.95 
 
 		 2892 bp  2936    Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0033  23S ribosomal RNA  89.04 
 
 		 2892 bp  2906    Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0044  23S ribosomal RNA  88.95 
 
 		 2892 bp  2926    Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.0756824 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0060  23S ribosomal RNA  88.99 
 
 		 2892 bp  2944    Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.799594 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0090  23S ribosomal RNA  88.95 
 
 		 2892 bp  2936    Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0102  23S ribosomal RNA  89.03 
 
 		 2892 bp  2942    Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0105  23S ribosomal RNA  89.06 
 
 		 2892 bp  2950    Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.0168688 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0109  23S ribosomal RNA  89.06 
 
 		 2892 bp  2950    Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.147654 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0009  23S ribosomal RNA  88.71 
 
 		 2900 bp  2498    Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.517564  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0019  23S ribosomal RNA  88.66 
 
 		 2900 bp  2490    Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  hitchhiker  0.00407691  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0056  23S ribosomal RNA  88.66 
 
 		 2900 bp  2490    Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.239322  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0002  23S ribosomal RNA  92.17 
 
 		 2903 bp  1828    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.198027  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0005  23S ribosomal RNA  92.17 
 
 		 2903 bp  1828    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0011  23S ribosomal RNA  92.1 
 
 		 2903 bp  1820    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.471392  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0023  23S ribosomal RNA  92.17 
 
 		 2903 bp  1828    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0070  23S ribosomal RNA  92.17 
 
 		 2903 bp  1828    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0116  23S ribosomal RNA  92.17 
 
 		 2903 bp  1828    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0120  23S ribosomal RNA  92.17 
 
 		 2903 bp  1828    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.569814  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0128  23S ribosomal RNA  92.17 
 
 		 2903 bp  1828    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0135  23S ribosomal RNA  92.1 
 
 		 2903 bp  1820    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.224247  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0141  23S ribosomal RNA  92.17 
 
 		 2903 bp  1828    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.665611  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0004  23S ribosomal RNA  89.11 
 
 		 2893 bp  3100    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.194037 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0010  23S ribosomal RNA  92.22 
 
 		 2893 bp  1822    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0636989 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0082  23S ribosomal RNA  89 
 
 		 2893 bp  3096    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0103  23S ribosomal RNA  89 
 
 		 2893 bp  3096    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0608054 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0110  23S ribosomal RNA  89.11 
 
 		 2893 bp  3100    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00834498 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0115  23S ribosomal RNA  89.11 
 
 		 2893 bp  3100    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.18423  hitchhiker  0.000445098 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0121  23S ribosomal RNA  92.22 
 
 		 2893 bp  1822    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0442747 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0124  23S ribosomal RNA  92.22 
 
 		 2893 bp  1822    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.303043 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0009  23S ribosomal RNA  89.4 
 
 		 2913 bp  2783    Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.0580735 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0022  23S ribosomal RNA  89.43 
 
 		 2912 bp  2797    Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.572813  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0066  23S ribosomal RNA  89.36 
 
 		 2912 bp  2791    Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.668568  normal  0.018596 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0086  23S ribosomal RNA  89.32 
 
 		 2912 bp  2783    Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.306837  normal  0.172652 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0090  23S ribosomal RNA  89.32 
 
 		 2912 bp  2783    Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00318413 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0101  23S ribosomal RNA  89.4 
 
 		 2913 bp  2783    Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.683549  decreased coverage  0.00714849 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0106  23S ribosomal RNA  89.36 
 
 		 2912 bp  2791    Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.643349  normal  0.253398 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0002  23S ribosomal RNA  90.18 
 
 		 2893 bp  3013    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.959463  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0006  23S ribosomal RNA  90.38 
 
 		 2893 bp  3053    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.232141  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0012  23S ribosomal RNA  90.38 
 
 		 2893 bp  3053    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0815988  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0022  23S ribosomal RNA  90.17 
 
 		 2893 bp  3001    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0065  23S ribosomal RNA  90.18 
 
 		 2893 bp  3011    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.492717  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0112  23S ribosomal RNA  90.17 
 
 		 2893 bp  3013    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0122  23S ribosomal RNA  90.13 
 
 		 2893 bp  3001    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0129  23S ribosomal RNA  90.18 
 
 		 2893 bp  3011    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0245  23S ribosomal RNA  100 
 
 		 2889 bp  5727    Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.155375  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2072  23S ribosomal RNA  100 
 
 		 2887 bp  5721    Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.470715  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2326  23S ribosomal RNA  99.93 
 
 		 2889 bp  5711    Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2335  23S ribosomal RNA  100 
 
 		 2889 bp  5727    Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000128032  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2457  23S ribosomal RNA  99.93 
 
 		 2889 bp  5711    Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2546  23S ribosomal RNA  99.93 
 
 		 2889 bp  5711    Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.484433  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2711  23S ribosomal RNA  100 
 
 		 2889 bp  5727    Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0116146  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2804  23S ribosomal RNA  99.9 
 
 		 2889 bp  5703    Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0566286  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0002  23S ribosomal RNA  92.17 
 
 		 2903 bp  1828    Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.880063  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0009  23S ribosomal RNA  92.17 
 
 		 2903 bp  1828    Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.119568  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>