299 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene EcDH1_R0111 on replicon CP001637
Organism: Escherichia coli DH1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
CP001509  ECD_r00002  23S ribosomal RNA  98.93 
 
 		 2906 bp  5489    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0715857  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_r00005  23S ribosomal RNA  99 
 
 		 2906 bp  5507    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_r00009  23S ribosomal RNA  98.83 
 
 		 2908 bp  5469    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.578122  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_r00012  23S ribosomal RNA  99 
 
 		 2906 bp  5507    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.593882  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_r00015  23S ribosomal RNA  99.41 
 
 		 2904 bp  5604    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.373454  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_r00018  23S ribosomal RNA  98.93 
 
 		 2908 bp  5493    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.949857  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_r00021  23S ribosomal RNA  99 
 
 		 2906 bp  5507    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.274337  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0006  23S ribosomal RNA  99.55 
 
 		 2902 bp  5650    Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0029  23S ribosomal RNA  99.45 
 
 		 2902 bp  5626    Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0205529  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0075  23S ribosomal RNA  99.48 
 
 		 2902 bp  5634    Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.704928  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0088  23S ribosomal RNA  99.45 
 
 		 2902 bp  5626    Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0096  23S ribosomal RNA  99.31 
 
 		 2902 bp  5594    Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0100  23S ribosomal RNA  99.45 
 
 		 2903 bp  5606    Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0111  23S ribosomal RNA  100 
 
 		 2902 bp  5753    Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_23SA  23S ribosomal RNA  87.09 
 
 		 2902 bp  2339    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.145616  hitchhiker  0.000134511 
 
 
-
 
NC_002947  PP_23SB  23S ribosomal RNA  87.09 
 
 		 2902 bp  2339    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.201882  hitchhiker  0.000114916 
 
 
-
 
NC_002947  PP_23SC  23S ribosomal RNA  87.05 
 
 		 2902 bp  2331    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.15738  normal  0.0640928 
 
 
-
 
NC_002947  PP_23SD  23S ribosomal RNA  87.05 
 
 		 2902 bp  2331    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.507419  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_23SE  23S ribosomal RNA  87.05 
 
 		 2902 bp  2331    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.564865  normal  0.184682 
 
 
-
 
NC_002947  PP_23SF  23S ribosomal RNA  87.01 
 
 		 2902 bp  2323    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.201882  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_23SG  23S ribosomal RNA  87.05 
 
 		 2902 bp  2331    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.0194263 
 
 
-
 
NC_004347  SO_r008  23S ribosomal RNA  88.05 
 
 		 2894 bp  2591    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_R0005  23S ribosomal RNA  84.03 
 
 		 2884 bp  1695    Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.133084  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_R0054  23S ribosomal RNA  84.03 
 
 		 2884 bp  1695    Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.879203  normal  0.943233 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0121  23S ribosomal RNA  86.96 
 
 		 2905 bp  2573    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0004  23S ribosomal RNA  86.39 
 
 		 2897 bp  2074    Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0014  23S ribosomal RNA  86.3 
 
 		 2897 bp  2058    Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.20297  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0058  23S ribosomal RNA  86.39 
 
 		 2897 bp  2074    Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0076  23S ribosomal RNA  86.34 
 
 		 2898 bp  2066    Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.430532  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0084  23S ribosomal RNA  86.3 
 
 		 2897 bp  2058    Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0156  23S ribosomal RNA  86.93 
 
 		 2902 bp  2688    Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0507  23S ribosomal RNA  86.93 
 
 		 2902 bp  2688    Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  0.157689  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0004  23S ribosomal RNA  88.84 
 
 		 2885 bp  1471    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0961253  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0011  23S ribosomal RNA  88.84 
 
 		 2885 bp  1471    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0019  23S ribosomal RNA  88.84 
 
 		 2885 bp  1471    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0026  23S ribosomal RNA  88.84 
 
 		 2885 bp  1471    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0080  23S ribosomal RNA  88.84 
 
 		 2885 bp  1471    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.357348  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_r23S01  23S ribosomal RNA  91.05 
 
 		 3001 bp  1483    Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_r23S02  23S ribosomal RNA  91.05 
 
 		 3001 bp  1483    Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_r23S03  23S ribosomal RNA  91.05 
 
 		 3001 bp  1483    Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_r23S04  23S ribosomal RNA  91.05 
 
 		 3001 bp  1483    Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_r23S05  23S ribosomal RNA  91.05 
 
 		 3001 bp  1483    Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0017  23S ribosomal RNA  90.58 
 
 		 2893 bp  1457    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000288824 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0122  23S ribosomal RNA  90.58 
 
 		 2893 bp  1457    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.750631 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0131  23S ribosomal RNA  90.58 
 
 		 2893 bp  1457    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.595604 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0122  23S ribosomal RNA  90.57 
 
 		 2893 bp  1471    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.969635 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0007  23S ribosomal RNA  85.46 
 
 		 2898 bp  1984    Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.237096  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0012  23S ribosomal RNA  85.35 
 
 		 2898 bp  1976    Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.31433 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0002  23S ribosomal RNA  87.11 
 
 		 2916 bp  1626    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0007  23S ribosomal RNA  87.11 
 
 		 2916 bp  1626    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0014  23S ribosomal RNA  87.11 
 
 		 2916 bp  1626    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0028  23S ribosomal RNA  87.11 
 
 		 2915 bp  1626    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.116759  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0031  23S ribosomal RNA  87.11 
 
 		 2916 bp  1626    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.153165  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0064  23S ribosomal RNA  87.11 
 
 		 2916 bp  1626    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0120  23S ribosomal RNA  87.11 
 
 		 2916 bp  1626    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0125  23S ribosomal RNA  87.11 
 
 		 2916 bp  1626    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.362586  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0132  23S ribosomal RNA  87.11 
 
 		 2916 bp  1626    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0002  23S ribosomal RNA  88.91 
 
 		 2914 bp  1461    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0007  23S ribosomal RNA  88.19 
 
 		 2914 bp  2563    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.242783  hitchhiker  0.00573728 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0015  23S ribosomal RNA  88.91 
 
 		 2914 bp  1461    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.631469  normal  0.115726 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0020  23S ribosomal RNA  88.91 
 
 		 2914 bp  1461    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.879348  normal  0.651924 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0025  23S ribosomal RNA  88.91 
 
 		 2914 bp  1461    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.278632  unclonable  0.0000171921 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0053  23S ribosomal RNA  88.91 
 
 		 2914 bp  1461    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0111  23S ribosomal RNA  88.91 
 
 		 2914 bp  1461    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.210814  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0131  23S ribosomal RNA  88.91 
 
 		 2914 bp  1461    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.313678  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0004  23S ribosomal RNA  86.27 
 
 		 2892 bp  2401    Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.09917 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0008  23S ribosomal RNA  86.27 
 
 		 2892 bp  2411    Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0016  23S ribosomal RNA  86.23 
 
 		 2892 bp  2403    Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0033  23S ribosomal RNA  86.4 
 
 		 2892 bp  2399    Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0044  23S ribosomal RNA  86.3 
 
 		 2892 bp  2409    Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.0756824 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0060  23S ribosomal RNA  86.27 
 
 		 2892 bp  2411    Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.799594 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0090  23S ribosomal RNA  86.23 
 
 		 2892 bp  2403    Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0102  23S ribosomal RNA  86.3 
 
 		 2892 bp  2409    Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0105  23S ribosomal RNA  86.34 
 
 		 2892 bp  2416    Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.0168688 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0109  23S ribosomal RNA  86.34 
 
 		 2892 bp  2416    Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.147654 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0004  23S ribosomal RNA  87.04 
 
 		 2893 bp  2527    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.194037 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0010  23S ribosomal RNA  87.08 
 
 		 2893 bp  2531    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0636989 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0082  23S ribosomal RNA  87.08 
 
 		 2893 bp  2531    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0103  23S ribosomal RNA  87.08 
 
 		 2893 bp  2531    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0608054 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0110  23S ribosomal RNA  87.04 
 
 		 2893 bp  2527    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00834498 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0115  23S ribosomal RNA  87.04 
 
 		 2893 bp  2527    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.18423  hitchhiker  0.000445098 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0121  23S ribosomal RNA  87.08 
 
 		 2893 bp  2531    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0442747 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0124  23S ribosomal RNA  87.08 
 
 		 2893 bp  2531    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.303043 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0009  23S ribosomal RNA  95.77 
 
 		 2913 bp  4762    Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.0580735 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0022  23S ribosomal RNA  95.74 
 
 		 2912 bp  4750    Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.572813  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0066  23S ribosomal RNA  95.7 
 
 		 2912 bp  4752    Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.668568  normal  0.018596 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0086  23S ribosomal RNA  95.74 
 
 		 2912 bp  4760    Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.306837  normal  0.172652 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0090  23S ribosomal RNA  95.74 
 
 		 2912 bp  4760    Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00318413 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0101  23S ribosomal RNA  95.77 
 
 		 2913 bp  4762    Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.683549  decreased coverage  0.00714849 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0106  23S ribosomal RNA  95.7 
 
 		 2912 bp  4752    Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.643349  normal  0.253398 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0006  23S ribosomal RNA  90.31 
 
 		 2893 bp  1461    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.232141  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0012  23S ribosomal RNA  90.31 
 
 		 2893 bp  1461    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0815988  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0245  23S ribosomal RNA  89.72 
 
 		 2889 bp  2884    Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.155375  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2072  23S ribosomal RNA  89.72 
 
 		 2887 bp  2884    Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.470715  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2326  23S ribosomal RNA  90.45 
 
 		 2889 bp  1633    Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2335  23S ribosomal RNA  89.72 
 
 		 2889 bp  2884    Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000128032  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2457  23S ribosomal RNA  90.45 
 
 		 2889 bp  1633    Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2546  23S ribosomal RNA  90.45 
 
 		 2889 bp  1633    Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.484433  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2711  23S ribosomal RNA  89.72 
 
 		 2889 bp  2884    Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0116146  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2804  23S ribosomal RNA  90.45 
 
 		 2889 bp  1633    Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0566286  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>