More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sama_R0111 on replicon NC_008700
Organism: Shewanella amazonensis SB2B



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
CP001509  ECD_r00015  23S ribosomal RNA  88.27 
 
 		 2904 bp  2579    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.373454  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_23SA  23S ribosomal RNA  86.94 
 
 		 2902 bp  2474    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.145616  hitchhiker  0.000134511 
 
 
-
 
NC_002947  PP_23SB  23S ribosomal RNA  86.94 
 
 		 2902 bp  2474    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.201882  hitchhiker  0.000114916 
 
 
-
 
NC_002947  PP_23SC  23S ribosomal RNA  86.97 
 
 		 2902 bp  2492    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.15738  normal  0.0640928 
 
 
-
 
NC_002947  PP_23SD  23S ribosomal RNA  86.97 
 
 		 2902 bp  2482    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.507419  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_23SE  23S ribosomal RNA  86.97 
 
 		 2902 bp  2482    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.564865  normal  0.184682 
 
 
-
 
NC_002947  PP_23SF  23S ribosomal RNA  86.94 
 
 		 2902 bp  2474    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.201882  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_23SG  23S ribosomal RNA  86.97 
 
 		 2902 bp  2482    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.0194263 
 
 
-
 
NC_004347  SO_r002  23S ribosomal RNA  95.2 
 
 		 2893 bp  4599    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_r005  23S ribosomal RNA  95.13 
 
 		 2893 bp  4583    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_r008  23S ribosomal RNA  94.78 
 
 		 2894 bp  4526    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_r011  23S ribosomal RNA  95.13 
 
 		 2893 bp  4583    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_r014  23S ribosomal RNA  95.2 
 
 		 2893 bp  4599    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_r017  23S ribosomal RNA  95.03 
 
 		 2893 bp  4559    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_r020  23S ribosomal RNA  95.13 
 
 		 2893 bp  4583    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_r023  23S ribosomal RNA  95.17 
 
 		 2893 bp  4591    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_r026  23S ribosomal RNA  95.2 
 
 		 2893 bp  4599    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_r02  23S ribosomal RNA  86.87 
 
 		 2903 bp  2462    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_r05  23S ribosomal RNA  86.87 
 
 		 2903 bp  2462    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.644961  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_r08  23S ribosomal RNA  86.87 
 
 		 2903 bp  2462    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_r11  23S ribosomal RNA  86.83 
 
 		 2903 bp  2454    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_r14  23S ribosomal RNA  86.83 
 
 		 2903 bp  2454    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.701415  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA16  23S ribosomal RNA  87.54 
 
 		 2903 bp  2405    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.048152 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA49  23S ribosomal RNA  87.58 
 
 		 2903 bp  2413    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.832187  normal  0.473588 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA7  23S ribosomal RNA  87.58 
 
 		 2903 bp  2413    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.685402  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA71  23S ribosomal RNA  87.47 
 
 		 2903 bp  2389    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0658993  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA80  23S ribosomal RNA  86.91 
 
 		 2903 bp  2470    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0495778  normal  0.0181156 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R15  23S ribosomal RNA  87.23 
 
 		 2892 bp  2512    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.28387  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R4  23S ribosomal RNA  87.23 
 
 		 2892 bp  2512    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.657154  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R44  23S ribosomal RNA  87.23 
 
 		 2892 bp  2512    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.100661  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R57  23S ribosomal RNA  87.23 
 
 		 2892 bp  2512    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.344499  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R78  23S ribosomal RNA  87.23 
 
 		 2892 bp  2512    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0420771  normal  0.0126919 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R91  23S ribosomal RNA  87.23 
 
 		 2892 bp  2512    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000653016  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_R0014  23S ribosomal RNA  86.31 
 
 		 2872 bp  2258    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0368239  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_R0042  23S ribosomal RNA  86.31 
 
 		 2872 bp  2258    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.121457 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0002  23S ribosomal RNA  94.12 
 
 		 2905 bp  4401    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.905525  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0010  23S ribosomal RNA  94.08 
 
 		 2905 bp  4393    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0016  23S ribosomal RNA  94.08 
 
 		 2905 bp  4393    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.427778  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0047  23S ribosomal RNA  94.18 
 
 		 2905 bp  4417    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0106  23S ribosomal RNA  94.22 
 
 		 2905 bp  4425    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.492781  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0116  23S ribosomal RNA  94.08 
 
 		 2905 bp  4393    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0121  23S ribosomal RNA  94.25 
 
 		 2905 bp  4433    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0126  23S ribosomal RNA  94.12 
 
 		 2905 bp  4401    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0002  23S ribosomal RNA  95.68 
 
 		 2893 bp  4710    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.492003  hitchhiker  0.00473622 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0010  23S ribosomal RNA  95.75 
 
 		 2893 bp  4726    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00150973  normal  0.511936 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0017  23S ribosomal RNA  95.61 
 
 		 2893 bp  4694    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000288824 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0074  23S ribosomal RNA  95.65 
 
 		 2893 bp  4702    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0122  23S ribosomal RNA  95.65 
 
 		 2893 bp  4702    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.750631 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0131  23S ribosomal RNA  95.61 
 
 		 2893 bp  4694    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.595604 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0135  23S ribosomal RNA  95.75 
 
 		 2893 bp  4726    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00185494  hitchhiker  0.00197416 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0139  23S ribosomal RNA  95.61 
 
 		 2893 bp  4694    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.746885 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0142  23S ribosomal RNA  95.75 
 
 		 2893 bp  4726    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.080759 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0002  23S ribosomal RNA  95.72 
 
 		 2893 bp  4718    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00475711 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0010  23S ribosomal RNA  95.68 
 
 		 2893 bp  4710    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.0173103 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0017  23S ribosomal RNA  95.75 
 
 		 2893 bp  4726    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.553114 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0023  23S ribosomal RNA  95.65 
 
 		 2893 bp  4702    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.00167736  normal  0.0882974 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0027  23S ribosomal RNA  95.75 
 
 		 2893 bp  4726    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.206108 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0074  23S ribosomal RNA  95.58 
 
 		 2893 bp  4686    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.186245 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0122  23S ribosomal RNA  95.51 
 
 		 2893 bp  4670    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.969635 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0140  23S ribosomal RNA  95.72 
 
 		 2893 bp  4718    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0143  23S ribosomal RNA  95.69 
 
 		 2894 bp  4704    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0002  23S ribosomal RNA  93.17 
 
 		 2916 bp  4175    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0007  23S ribosomal RNA  93.17 
 
 		 2916 bp  4175    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0014  23S ribosomal RNA  93.2 
 
 		 2916 bp  4183    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0028  23S ribosomal RNA  93.13 
 
 		 2915 bp  4159    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.116759  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0031  23S ribosomal RNA  93.2 
 
 		 2916 bp  4183    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.153165  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0064  23S ribosomal RNA  93.17 
 
 		 2916 bp  4175    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0120  23S ribosomal RNA  93.17 
 
 		 2916 bp  4175    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0125  23S ribosomal RNA  93.17 
 
 		 2916 bp  4175    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.362586  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0132  23S ribosomal RNA  93.17 
 
 		 2916 bp  4175    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_08600  23S ribosomal RNA  87.35 
 
 		 2891 bp  2518    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000197684 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_55631  23S ribosomal RNA  86.95 
 
 		 2884 bp  1760    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.363025 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_62060  23S ribosomal RNA  87.43 
 
 		 2891 bp  2520    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.0546487 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_70880  23S ribosomal RNA  87.35 
 
 		 2891 bp  2518    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.560692 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0002  23S ribosomal RNA  95.79 
 
 		 2895 bp  4736    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000281941 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0010  23S ribosomal RNA  95.75 
 
 		 2895 bp  4728    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.439393  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0017  23S ribosomal RNA  95.82 
 
 		 2895 bp  4744    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000617374 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0072  23S ribosomal RNA  95.79 
 
 		 2895 bp  4736    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.130821  normal  0.224079 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0119  23S ribosomal RNA  95.75 
 
 		 2895 bp  4724    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0129  23S ribosomal RNA  95.75 
 
 		 2895 bp  4738    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.332932 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0133  23S ribosomal RNA  95.61 
 
 		 2895 bp  4706    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00116115  normal  0.0335816 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0139  23S ribosomal RNA  95.79 
 
 		 2895 bp  4732    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0142  23S ribosomal RNA  95.75 
 
 		 2896 bp  4718    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0002  23S ribosomal RNA  99.97 
 
 		 2914 bp  5769    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0007  23S ribosomal RNA  99.9 
 
 		 2914 bp  5753    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.242783  hitchhiker  0.00573728 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0015  23S ribosomal RNA  99.9 
 
 		 2914 bp  5753    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.631469  normal  0.115726 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0020  23S ribosomal RNA  99.97 
 
 		 2914 bp  5769    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.879348  normal  0.651924 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0025  23S ribosomal RNA  99.97 
 
 		 2914 bp  5769    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.278632  unclonable  0.0000171921 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0053  23S ribosomal RNA  99.97 
 
 		 2914 bp  5769    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0111  23S ribosomal RNA  100 
 
 		 2914 bp  5777    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.210814  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0131  23S ribosomal RNA  99.97 
 
 		 2914 bp  5769    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.313678  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0033  23S ribosomal RNA  87.47 
 
 		 2892 bp  2785    Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0009  23S ribosomal RNA  86.75 
 
 		 2900 bp  2434    Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.517564  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0019  23S ribosomal RNA  86.79 
 
 		 2900 bp  2442    Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  hitchhiker  0.00407691  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0056  23S ribosomal RNA  86.75 
 
 		 2900 bp  2434    Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.239322  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0002  23S ribosomal RNA  94.43 
 
 		 2903 bp  4442    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.198027  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0005  23S ribosomal RNA  94.43 
 
 		 2903 bp  4442    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0011  23S ribosomal RNA  94.39 
 
 		 2903 bp  4435    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.471392  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0023  23S ribosomal RNA  94.43 
 
 		 2903 bp  4442    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0070  23S ribosomal RNA  94.43 
 
 		 2903 bp  4442    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>