299 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_23SE on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
CP001509  ECD_r00015  23S ribosomal RNA  87.29 
 
 		 2904 bp  2379    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.373454  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0006  23S ribosomal RNA  87.05 
 
 		 2902 bp  2331    Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0075  23S ribosomal RNA  87.21 
 
 		 2902 bp  2363    Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.704928  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0100  23S ribosomal RNA  87.09 
 
 		 2903 bp  2333    Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0111  23S ribosomal RNA  87.05 
 
 		 2902 bp  2331    Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_23SA  23S ribosomal RNA  99.9 
 
 		 2902 bp  5729    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.145616  hitchhiker  0.000134511 
 
 
-
 
NC_002947  PP_23SB  23S ribosomal RNA  99.93 
 
 		 2902 bp  5737    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.201882  hitchhiker  0.000114916 
 
 
-
 
NC_002947  PP_23SC  23S ribosomal RNA  99.86 
 
 		 2902 bp  5721    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.15738  normal  0.0640928 
 
 
-
 
NC_002947  PP_23SD  23S ribosomal RNA  99.97 
 
 		 2902 bp  5745    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.507419  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_23SE  23S ribosomal RNA  100 
 
 		 2902 bp  5753    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.564865  normal  0.184682 
 
 
-
 
NC_002947  PP_23SF  23S ribosomal RNA  99.97 
 
 		 2902 bp  5745    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.201882  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_23SG  23S ribosomal RNA  100 
 
 		 2902 bp  5753    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.0194263 
 
 
-
 
NC_002977  MCA_Mc23SA  23S ribosomal RNA  92.24 
 
 		 2904 bp  1568    Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.10158  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA_Mc23SB  23S ribosomal RNA  92.24 
 
 		 2904 bp  1568    Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0352152  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_r002  23S ribosomal RNA  85.99 
 
 		 2893 bp  2389    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_r005  23S ribosomal RNA  86.1 
 
 		 2893 bp  2413    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_r008  23S ribosomal RNA  86.52 
 
 		 2894 bp  2526    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_r011  23S ribosomal RNA  86.1 
 
 		 2893 bp  2413    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_r014  23S ribosomal RNA  85.99 
 
 		 2893 bp  2389    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_r017  23S ribosomal RNA  86.24 
 
 		 2893 bp  2430    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_r020  23S ribosomal RNA  86.1 
 
 		 2893 bp  2413    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_r023  23S ribosomal RNA  86.06 
 
 		 2893 bp  2405    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_r026  23S ribosomal RNA  85.99 
 
 		 2893 bp  2389    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_r02  23S ribosomal RNA  97.28 
 
 		 2903 bp  5120    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_r05  23S ribosomal RNA  97.31 
 
 		 2903 bp  5128    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.644961  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_r08  23S ribosomal RNA  97.31 
 
 		 2903 bp  5128    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_r11  23S ribosomal RNA  97.28 
 
 		 2903 bp  5120    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_r14  23S ribosomal RNA  97.28 
 
 		 2903 bp  5120    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.701415  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA16  23S ribosomal RNA  97.38 
 
 		 2903 bp  5144    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.048152 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA49  23S ribosomal RNA  97.35 
 
 		 2903 bp  5136    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.832187  normal  0.473588 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA7  23S ribosomal RNA  97.35 
 
 		 2903 bp  5136    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.685402  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA71  23S ribosomal RNA  97.35 
 
 		 2903 bp  5136    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0658993  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA80  23S ribosomal RNA  97.38 
 
 		 2903 bp  5144    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0495778  normal  0.0181156 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_R0021  23S ribosomal RNA  88.34 
 
 		 2764 bp  2458    Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.886726  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_R0047  23S ribosomal RNA  88.34 
 
 		 2764 bp  2458    Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00134813 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_R0055  23S ribosomal RNA  88.34 
 
 		 2764 bp  2458    Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_R0060  23S ribosomal RNA  88.34 
 
 		 2764 bp  2458    Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_R0012  23S ribosomal RNA  85.44 
 
 		 2882 bp  1842    Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_R0038  23S ribosomal RNA  85.42 
 
 		 2899 bp  1838    Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  hitchhiker  0.00487126  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R15  23S ribosomal RNA  97.62 
 
 		 2892 bp  5160    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.28387  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R4  23S ribosomal RNA  97.62 
 
 		 2892 bp  5160    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.657154  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R44  23S ribosomal RNA  97.62 
 
 		 2892 bp  5160    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.100661  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R57  23S ribosomal RNA  97.62 
 
 		 2892 bp  5160    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.344499  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R78  23S ribosomal RNA  97.62 
 
 		 2892 bp  5160    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0420771  normal  0.0126919 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R91  23S ribosomal RNA  97.62 
 
 		 2892 bp  5160    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000653016  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_R0035  23S ribosomal RNA  86.58 
 
 		 2861 bp  2250    Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.249297  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_R0042  23S ribosomal RNA  86.58 
 
 		 2861 bp  2250    Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_R0050  23S ribosomal RNA  86.58 
 
 		 2861 bp  2250    Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_R0014  23S ribosomal RNA  88.24 
 
 		 2872 bp  2938    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0368239  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_R0042  23S ribosomal RNA  88.24 
 
 		 2872 bp  2938    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.121457 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0002  23S ribosomal RNA  85.7 
 
 		 2905 bp  2383    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.905525  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0010  23S ribosomal RNA  85.67 
 
 		 2905 bp  2375    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0016  23S ribosomal RNA  86.24 
 
 		 2905 bp  2379    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.427778  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0047  23S ribosomal RNA  86.2 
 
 		 2905 bp  2361    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0106  23S ribosomal RNA  85.67 
 
 		 2905 bp  2365    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.492781  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0116  23S ribosomal RNA  86.24 
 
 		 2905 bp  2379    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0121  23S ribosomal RNA  85.94 
 
 		 2905 bp  2438    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0126  23S ribosomal RNA  85.7 
 
 		 2905 bp  2383    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0004  23S ribosomal RNA  87.4 
 
 		 2897 bp  2793    Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0014  23S ribosomal RNA  87.36 
 
 		 2897 bp  2785    Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.20297  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0058  23S ribosomal RNA  87.33 
 
 		 2897 bp  2777    Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0076  23S ribosomal RNA  87.26 
 
 		 2898 bp  2755    Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.430532  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0084  23S ribosomal RNA  87.36 
 
 		 2897 bp  2785    Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_R0022  23S ribosomal RNA  88.43 
 
 		 2765 bp  2468    Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.421806 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_R0049  23S ribosomal RNA  88.43 
 
 		 2765 bp  2468    Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.0348744 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_R0057  23S ribosomal RNA  88.43 
 
 		 2765 bp  2468    Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_R0062  23S ribosomal RNA  88.43 
 
 		 2765 bp  2468    Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.623766  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0002  23S ribosomal RNA  86.52 
 
 		 2893 bp  2504    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.492003  hitchhiker  0.00473622 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0010  23S ribosomal RNA  86.53 
 
 		 2893 bp  2476    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00150973  normal  0.511936 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0017  23S ribosomal RNA  86.53 
 
 		 2893 bp  2476    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000288824 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0074  23S ribosomal RNA  86.49 
 
 		 2893 bp  2468    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0122  23S ribosomal RNA  86.49 
 
 		 2893 bp  2468    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.750631 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0131  23S ribosomal RNA  86.53 
 
 		 2893 bp  2476    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.595604 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0135  23S ribosomal RNA  86.53 
 
 		 2893 bp  2476    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00185494  hitchhiker  0.00197416 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0139  23S ribosomal RNA  86.53 
 
 		 2893 bp  2476    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.746885 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0142  23S ribosomal RNA  86.53 
 
 		 2893 bp  2476    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.080759 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0002  23S ribosomal RNA  86.49 
 
 		 2893 bp  2496    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00475711 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0010  23S ribosomal RNA  86.52 
 
 		 2893 bp  2504    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.0173103 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0017  23S ribosomal RNA  86.45 
 
 		 2893 bp  2488    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.553114 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0023  23S ribosomal RNA  86.56 
 
 		 2893 bp  2512    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.00167736  normal  0.0882974 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0027  23S ribosomal RNA  86.56 
 
 		 2893 bp  2512    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.206108 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0074  23S ribosomal RNA  86.56 
 
 		 2893 bp  2512    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.186245 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0122  23S ribosomal RNA  86.49 
 
 		 2893 bp  2496    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.969635 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0140  23S ribosomal RNA  86.42 
 
 		 2893 bp  2480    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0143  23S ribosomal RNA  86.53 
 
 		 2894 bp  2498    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0007  23S ribosomal RNA  87.4 
 
 		 2898 bp  1616    Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.237096  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0012  23S ribosomal RNA  87.4 
 
 		 2898 bp  1616    Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.31433 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0002  23S ribosomal RNA  86.14 
 
 		 2916 bp  2333    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0007  23S ribosomal RNA  86.14 
 
 		 2916 bp  2333    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0014  23S ribosomal RNA  86.11 
 
 		 2916 bp  2325    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0028  23S ribosomal RNA  86.11 
 
 		 2915 bp  2317    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.116759  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0031  23S ribosomal RNA  86.11 
 
 		 2916 bp  2325    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.153165  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0064  23S ribosomal RNA  86.14 
 
 		 2916 bp  2333    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0120  23S ribosomal RNA  86.14 
 
 		 2916 bp  2333    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0125  23S ribosomal RNA  86.14 
 
 		 2916 bp  2333    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.362586  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0132  23S ribosomal RNA  86.14 
 
 		 2916 bp  2333    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_08600  23S ribosomal RNA  95.99 
 
 		 2891 bp  4785    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000197684 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_55631  23S ribosomal RNA  95.68 
 
 		 2884 bp  4690    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.363025 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_62060  23S ribosomal RNA  96.03 
 
 		 2891 bp  4793    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.0546487 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_70880  23S ribosomal RNA  95.99 
 
 		 2891 bp  4785    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.560692 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>