299 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene VC0395_A2546 on replicon NC_009457
Organism: Vibrio cholerae O395



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
CP001637  EcDH1_R0096  23S ribosomal RNA  91.27 
 
 
2902 bp  1721    Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0565  23S ribosomal RNA  88.53 
 
 
2894 bp  2662    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_r002  23S ribosomal RNA  91.65 
 
 
2893 bp  1772    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_r005  23S ribosomal RNA  91.65 
 
 
2893 bp  1772    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_r008  23S ribosomal RNA  91.65 
 
 
2894 bp  1772    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_r011  23S ribosomal RNA  91.65 
 
 
2893 bp  1772    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_r014  23S ribosomal RNA  91.65 
 
 
2893 bp  1772    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_r017  23S ribosomal RNA  91.58 
 
 
2893 bp  1764    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_r020  23S ribosomal RNA  91.65 
 
 
2893 bp  1772    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_r023  23S ribosomal RNA  91.65 
 
 
2893 bp  1772    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_r026  23S ribosomal RNA  91.65 
 
 
2893 bp  1772    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_R0014  23S ribosomal RNA  86.41 
 
 
2872 bp  2155    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0368239  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_R0042  23S ribosomal RNA  86.41 
 
 
2872 bp  2155    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal  0.121457 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0002  23S ribosomal RNA  92.26 
 
 
2905 bp  1794    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.905525  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0010  23S ribosomal RNA  92.26 
 
 
2905 bp  1794    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0016  23S ribosomal RNA  92.26 
 
 
2905 bp  1794    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.427778  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0047  23S ribosomal RNA  92.26 
 
 
2905 bp  1794    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0106  23S ribosomal RNA  92.26 
 
 
2905 bp  1794    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.492781  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0116  23S ribosomal RNA  92.26 
 
 
2905 bp  1794    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0121  23S ribosomal RNA  92.56 
 
 
2905 bp  1826    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0126  23S ribosomal RNA  92.26 
 
 
2905 bp  1794    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0004  23S ribosomal RNA  86.6 
 
 
2897 bp  2284    Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0076  23S ribosomal RNA  86.53 
 
 
2898 bp  2268    Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.430532  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0004  23S ribosomal RNA  90.41 
 
 
2885 bp  3021    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0961253  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0011  23S ribosomal RNA  90.41 
 
 
2885 bp  3021    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0019  23S ribosomal RNA  90.41 
 
 
2885 bp  3021    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0026  23S ribosomal RNA  90.41 
 
 
2885 bp  3021    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0080  23S ribosomal RNA  90.41 
 
 
2885 bp  3021    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.357348  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0002  23S ribosomal RNA  91.5 
 
 
2893 bp  1770    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.492003  hitchhiker  0.00473622 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0010  23S ribosomal RNA  91.5 
 
 
2893 bp  1770    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00150973  normal  0.511936 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0017  23S ribosomal RNA  91.57 
 
 
2893 bp  1778    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000000288824 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0074  23S ribosomal RNA  91.57 
 
 
2893 bp  1778    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0122  23S ribosomal RNA  91.57 
 
 
2893 bp  1778    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal  0.750631 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0131  23S ribosomal RNA  91.57 
 
 
2893 bp  1778    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal  0.595604 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0135  23S ribosomal RNA  91.5 
 
 
2893 bp  1770    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00185494  hitchhiker  0.00197416 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0139  23S ribosomal RNA  91.57 
 
 
2893 bp  1778    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal  0.746885 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0142  23S ribosomal RNA  91.5 
 
 
2893 bp  1770    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal  0.080759 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0002  23S ribosomal RNA  91.43 
 
 
2893 bp  1762    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00475711 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0010  23S ribosomal RNA  91.43 
 
 
2893 bp  1762    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal  0.0173103 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0017  23S ribosomal RNA  91.5 
 
 
2893 bp  1770    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal  0.553114 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0023  23S ribosomal RNA  91.43 
 
 
2893 bp  1762    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.00167736  normal  0.0882974 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0027  23S ribosomal RNA  91.5 
 
 
2893 bp  1770    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal  0.206108 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0074  23S ribosomal RNA  91.5 
 
 
2893 bp  1770    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal  0.186245 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0122  23S ribosomal RNA  91.5 
 
 
2893 bp  1770    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal  0.969635 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0140  23S ribosomal RNA  91.43 
 
 
2893 bp  1762    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0143  23S ribosomal RNA  91.43 
 
 
2894 bp  1762    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0002  23S ribosomal RNA  92.04 
 
 
2916 bp  1770    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0007  23S ribosomal RNA  92.04 
 
 
2916 bp  1770    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0014  23S ribosomal RNA  91.96 
 
 
2916 bp  1776    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0028  23S ribosomal RNA  92.04 
 
 
2915 bp  1770    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.116759  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0031  23S ribosomal RNA  91.96 
 
 
2916 bp  1776    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.153165  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0064  23S ribosomal RNA  92.04 
 
 
2916 bp  1770    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0120  23S ribosomal RNA  92.04 
 
 
2916 bp  1770    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0125  23S ribosomal RNA  92.04 
 
 
2916 bp  1770    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.362586  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0132  23S ribosomal RNA  92.04 
 
 
2916 bp  1770    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0002  23S ribosomal RNA  91.43 
 
 
2895 bp  1762    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000281941 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0010  23S ribosomal RNA  91.5 
 
 
2895 bp  1770    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.439393  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0017  23S ribosomal RNA  91.5 
 
 
2895 bp  1770    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000000617374 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0072  23S ribosomal RNA  91.5 
 
 
2895 bp  1770    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.130821  normal  0.224079 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0119  23S ribosomal RNA  91.42 
 
 
2895 bp  1760    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0129  23S ribosomal RNA  91.42 
 
 
2895 bp  1760    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal  0.332932 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0133  23S ribosomal RNA  91.35 
 
 
2895 bp  1752    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00116115  normal  0.0335816 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0139  23S ribosomal RNA  91.49 
 
 
2895 bp  1768    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0142  23S ribosomal RNA  91.49 
 
 
2896 bp  1768    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0002  23S ribosomal RNA  91.21 
 
 
2914 bp  1733    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0007  23S ribosomal RNA  91.21 
 
 
2914 bp  1733    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.242783  hitchhiker  0.00573728 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0015  23S ribosomal RNA  91.21 
 
 
2914 bp  1733    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.631469  normal  0.115726 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0020  23S ribosomal RNA  91.21 
 
 
2914 bp  1733    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.879348  normal  0.651924 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0025  23S ribosomal RNA  91.21 
 
 
2914 bp  1733    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.278632  unclonable  0.0000171921 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0053  23S ribosomal RNA  91.21 
 
 
2914 bp  1733    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0111  23S ribosomal RNA  91.21 
 
 
2914 bp  1733    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.210814  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0131  23S ribosomal RNA  91.21 
 
 
2914 bp  1733    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.313678  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0004  23S ribosomal RNA  88.92 
 
 
2892 bp  2918    Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.09917 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0008  23S ribosomal RNA  88.92 
 
 
2892 bp  2928    Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0016  23S ribosomal RNA  88.88 
 
 
2892 bp  2920    Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0033  23S ribosomal RNA  88.96 
 
 
2892 bp  2890    Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0044  23S ribosomal RNA  88.88 
 
 
2892 bp  2910    Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.0756824 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0060  23S ribosomal RNA  88.92 
 
 
2892 bp  2928    Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.799594 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0090  23S ribosomal RNA  88.88 
 
 
2892 bp  2920    Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0102  23S ribosomal RNA  88.95 
 
 
2892 bp  2926    Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0105  23S ribosomal RNA  88.99 
 
 
2892 bp  2934    Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.0168688 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0109  23S ribosomal RNA  88.99 
 
 
2892 bp  2934    Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.147654 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0009  23S ribosomal RNA  88.71 
 
 
2900 bp  2498    Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.517564  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0019  23S ribosomal RNA  88.66 
 
 
2900 bp  2490    Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  hitchhiker  0.00407691  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0056  23S ribosomal RNA  88.66 
 
 
2900 bp  2490    Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.239322  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0002  23S ribosomal RNA  92.17 
 
 
2903 bp  1828    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.198027  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0005  23S ribosomal RNA  92.17 
 
 
2903 bp  1828    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0011  23S ribosomal RNA  92.1 
 
 
2903 bp  1820    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.471392  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0023  23S ribosomal RNA  92.17 
 
 
2903 bp  1828    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0070  23S ribosomal RNA  92.17 
 
 
2903 bp  1828    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0116  23S ribosomal RNA  92.17 
 
 
2903 bp  1828    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0120  23S ribosomal RNA  92.17 
 
 
2903 bp  1828    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.569814  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0128  23S ribosomal RNA  92.17 
 
 
2903 bp  1828    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0135  23S ribosomal RNA  92.1 
 
 
2903 bp  1820    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.224247  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0141  23S ribosomal RNA  92.17 
 
 
2903 bp  1828    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.665611  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0004  23S ribosomal RNA  92.41 
 
 
2893 bp  1818    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal  0.194037 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0010  23S ribosomal RNA  92.41 
 
 
2893 bp  1818    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal  0.0636989 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0082  23S ribosomal RNA  92.41 
 
 
2893 bp  1818    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0103  23S ribosomal RNA  92.41 
 
 
2893 bp  1818    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal  0.0608054 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0110  23S ribosomal RNA  92.41 
 
 
2893 bp  1818    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00834498 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>