More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shewmr7_R0143 on replicon NC_008322
Organism: Shewanella sp. MR-7



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
CP001509  ECD_r00015  23S ribosomal RNA  88.2 
 
 		 2904 bp  2640    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.373454  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_23SB  23S ribosomal RNA  86.49 
 
 		 2902 bp  2490    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.201882  hitchhiker  0.000114916 
 
 
-
 
NC_002947  PP_23SC  23S ribosomal RNA  86.49 
 
 		 2902 bp  2490    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.15738  normal  0.0640928 
 
 
-
 
NC_002947  PP_23SD  23S ribosomal RNA  86.53 
 
 		 2902 bp  2498    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.507419  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_23SE  23S ribosomal RNA  86.53 
 
 		 2902 bp  2498    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.564865  normal  0.184682 
 
 
-
 
NC_002947  PP_23SF  23S ribosomal RNA  86.49 
 
 		 2902 bp  2490    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.201882  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_23SG  23S ribosomal RNA  86.53 
 
 		 2902 bp  2498    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.0194263 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0037  23S ribosomal RNA  88.25 
 
 		 2894 bp  2942    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0046  23S ribosomal RNA  88.32 
 
 		 2894 bp  2944    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0052  23S ribosomal RNA  88.32 
 
 		 2894 bp  2944    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0342  23S ribosomal RNA  88.29 
 
 		 2894 bp  2932    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0348  23S ribosomal RNA  88.29 
 
 		 2894 bp  2932    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0559  23S ribosomal RNA  88.32 
 
 		 2894 bp  2944    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.683091  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0565  23S ribosomal RNA  88.15 
 
 		 2894 bp  2904    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1611  23S ribosomal RNA  88.39 
 
 		 2894 bp  2960    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3904  23S ribosomal RNA  88.18 
 
 		 2894 bp  2912    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_r002  23S ribosomal RNA  98.38 
 
 		 2893 bp  5356    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_r005  23S ribosomal RNA  98.51 
 
 		 2893 bp  5388    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_r008  23S ribosomal RNA  97.79 
 
 		 2894 bp  5216    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_r011  23S ribosomal RNA  98.51 
 
 		 2893 bp  5388    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_r014  23S ribosomal RNA  98.38 
 
 		 2893 bp  5356    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_r017  23S ribosomal RNA  98.48 
 
 		 2893 bp  5380    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_r020  23S ribosomal RNA  98.51 
 
 		 2893 bp  5388    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_r023  23S ribosomal RNA  98.55 
 
 		 2893 bp  5396    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_r026  23S ribosomal RNA  98.38 
 
 		 2893 bp  5356    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0002  23S ribosomal RNA  95.7 
 
 		 2905 bp  4766    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.905525  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0010  23S ribosomal RNA  95.66 
 
 		 2905 bp  4758    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0016  23S ribosomal RNA  95.66 
 
 		 2905 bp  4758    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.427778  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0047  23S ribosomal RNA  95.63 
 
 		 2905 bp  4750    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0106  23S ribosomal RNA  95.66 
 
 		 2905 bp  4758    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.492781  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0116  23S ribosomal RNA  95.66 
 
 		 2905 bp  4758    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0121  23S ribosomal RNA  95.84 
 
 		 2905 bp  4797    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0126  23S ribosomal RNA  95.7 
 
 		 2905 bp  4766    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0002  23S ribosomal RNA  99.72 
 
 		 2893 bp  5666    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.492003  hitchhiker  0.00473622 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0010  23S ribosomal RNA  99.55 
 
 		 2893 bp  5612    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00150973  normal  0.511936 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0017  23S ribosomal RNA  99.41 
 
 		 2893 bp  5580    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000288824 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0074  23S ribosomal RNA  99.45 
 
 		 2893 bp  5588    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0122  23S ribosomal RNA  99.45 
 
 		 2893 bp  5588    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.750631 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0131  23S ribosomal RNA  99.41 
 
 		 2893 bp  5580    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.595604 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0135  23S ribosomal RNA  99.55 
 
 		 2893 bp  5612    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00185494  hitchhiker  0.00197416 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0139  23S ribosomal RNA  99.41 
 
 		 2893 bp  5580    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.746885 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0142  23S ribosomal RNA  99.55 
 
 		 2893 bp  5612    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.080759 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0002  23S ribosomal RNA  99.86 
 
 		 2893 bp  5697    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00475711 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0010  23S ribosomal RNA  99.93 
 
 		 2893 bp  5713    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.0173103 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0017  23S ribosomal RNA  99.69 
 
 		 2893 bp  5658    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.553114 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0023  23S ribosomal RNA  99.9 
 
 		 2893 bp  5705    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.00167736  normal  0.0882974 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0027  23S ribosomal RNA  99.9 
 
 		 2893 bp  5705    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.206108 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0074  23S ribosomal RNA  99.76 
 
 		 2893 bp  5673    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.186245 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0122  23S ribosomal RNA  99.45 
 
 		 2893 bp  5602    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.969635 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0140  23S ribosomal RNA  99.65 
 
 		 2893 bp  5650    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0143  23S ribosomal RNA  100 
 
 		 2894 bp  5737    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0002  23S ribosomal RNA  95.25 
 
 		 2916 bp  4662    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0007  23S ribosomal RNA  95.25 
 
 		 2916 bp  4662    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0014  23S ribosomal RNA  95.29 
 
 		 2916 bp  4670    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0028  23S ribosomal RNA  95.22 
 
 		 2915 bp  4647    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.116759  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0031  23S ribosomal RNA  95.29 
 
 		 2916 bp  4670    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.153165  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0064  23S ribosomal RNA  95.25 
 
 		 2916 bp  4662    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0120  23S ribosomal RNA  95.25 
 
 		 2916 bp  4662    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0125  23S ribosomal RNA  95.25 
 
 		 2916 bp  4662    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.362586  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0132  23S ribosomal RNA  95.25 
 
 		 2916 bp  4662    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0002  23S ribosomal RNA  99.62 
 
 		 2895 bp  5642    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000281941 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0010  23S ribosomal RNA  99.65 
 
 		 2895 bp  5650    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.439393  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0017  23S ribosomal RNA  99.45 
 
 		 2895 bp  5602    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000617374 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0072  23S ribosomal RNA  99.69 
 
 		 2895 bp  5658    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.130821  normal  0.224079 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0119  23S ribosomal RNA  99.45 
 
 		 2895 bp  5600    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0129  23S ribosomal RNA  99.48 
 
 		 2895 bp  5608    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.332932 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0133  23S ribosomal RNA  99.48 
 
 		 2895 bp  5608    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00116115  normal  0.0335816 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0139  23S ribosomal RNA  99.48 
 
 		 2895 bp  5608    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0142  23S ribosomal RNA  99.45 
 
 		 2896 bp  5594    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0002  23S ribosomal RNA  95.72 
 
 		 2914 bp  4712    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0007  23S ribosomal RNA  95.72 
 
 		 2914 bp  4712    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.242783  hitchhiker  0.00573728 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0015  23S ribosomal RNA  95.79 
 
 		 2914 bp  4728    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.631469  normal  0.115726 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0020  23S ribosomal RNA  95.72 
 
 		 2914 bp  4712    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.879348  normal  0.651924 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0025  23S ribosomal RNA  95.72 
 
 		 2914 bp  4712    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.278632  unclonable  0.0000171921 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0053  23S ribosomal RNA  95.72 
 
 		 2914 bp  4712    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0111  23S ribosomal RNA  95.69 
 
 		 2914 bp  4704    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.210814  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0131  23S ribosomal RNA  95.72 
 
 		 2914 bp  4712    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.313678  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0004  23S ribosomal RNA  88.95 
 
 		 2892 bp  2880    Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.09917 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0008  23S ribosomal RNA  88.69 
 
 		 2892 bp  2890    Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0016  23S ribosomal RNA  88.73 
 
 		 2892 bp  2898    Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0033  23S ribosomal RNA  88.88 
 
 		 2892 bp  2894    Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0044  23S ribosomal RNA  88.73 
 
 		 2892 bp  2888    Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.0756824 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0060  23S ribosomal RNA  88.69 
 
 		 2892 bp  2890    Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.799594 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0090  23S ribosomal RNA  88.65 
 
 		 2892 bp  2882    Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0102  23S ribosomal RNA  88.8 
 
 		 2892 bp  2904    Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0105  23S ribosomal RNA  88.76 
 
 		 2892 bp  2896    Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.0168688 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0109  23S ribosomal RNA  88.76 
 
 		 2892 bp  2896    Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.147654 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0002  23S ribosomal RNA  95.8 
 
 		 2903 bp  4770    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.198027  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0005  23S ribosomal RNA  95.8 
 
 		 2903 bp  4770    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0011  23S ribosomal RNA  95.77 
 
 		 2903 bp  4762    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.471392  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0023  23S ribosomal RNA  95.8 
 
 		 2903 bp  4770    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0070  23S ribosomal RNA  95.94 
 
 		 2903 bp  4801    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0116  23S ribosomal RNA  95.84 
 
 		 2903 bp  4777    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0120  23S ribosomal RNA  95.84 
 
 		 2903 bp  4777    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.569814  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0128  23S ribosomal RNA  95.8 
 
 		 2903 bp  4770    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0135  23S ribosomal RNA  95.73 
 
 		 2903 bp  4754    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.224247  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0141  23S ribosomal RNA  95.8 
 
 		 2903 bp  4770    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.665611  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0004  23S ribosomal RNA  95.37 
 
 		 2893 bp  4639    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.194037 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0010  23S ribosomal RNA  95.41 
 
 		 2893 bp  4633    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0636989 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0082  23S ribosomal RNA  95.41 
 
 		 2893 bp  4647    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>