299 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SO_r008 on replicon NC_004347
Organism: Shewanella oneidensis MR-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
CP001509  ECD_r00002  23S ribosomal RNA  87.74 
 
 		 2906 bp  2524    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0715857  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_r00005  23S ribosomal RNA  87.95 
 
 		 2906 bp  2551    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_r00009  23S ribosomal RNA  87.7 
 
 		 2908 bp  2516    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.578122  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_r00012  23S ribosomal RNA  87.95 
 
 		 2906 bp  2551    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.593882  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_r00015  23S ribosomal RNA  88.21 
 
 		 2904 bp  2623    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.373454  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_r00018  23S ribosomal RNA  87.74 
 
 		 2908 bp  2524    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.949857  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_r00021  23S ribosomal RNA  87.95 
 
 		 2906 bp  2551    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.274337  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0006  23S ribosomal RNA  87.39 
 
 		 2902 bp  2609    Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0029  23S ribosomal RNA  87.9 
 
 		 2902 bp  2573    Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0205529  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0075  23S ribosomal RNA  88.16 
 
 		 2902 bp  2629    Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.704928  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0088  23S ribosomal RNA  87.9 
 
 		 2902 bp  2573    Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0096  23S ribosomal RNA  87.24 
 
 		 2902 bp  2577    Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0100  23S ribosomal RNA  88.06 
 
 		 2903 bp  2581    Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0111  23S ribosomal RNA  88.05 
 
 		 2902 bp  2591    Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_23SA  23S ribosomal RNA  86.45 
 
 		 2902 bp  2510    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.145616  hitchhiker  0.000134511 
 
 
-
 
NC_002947  PP_23SB  23S ribosomal RNA  86.48 
 
 		 2902 bp  2518    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.201882  hitchhiker  0.000114916 
 
 
-
 
NC_002947  PP_23SD  23S ribosomal RNA  86.52 
 
 		 2902 bp  2526    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.507419  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_23SE  23S ribosomal RNA  86.52 
 
 		 2902 bp  2526    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.564865  normal  0.184682 
 
 
-
 
NC_002947  PP_23SF  23S ribosomal RNA  86.48 
 
 		 2902 bp  2518    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.201882  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_23SG  23S ribosomal RNA  86.52 
 
 		 2902 bp  2526    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.0194263 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0037  23S ribosomal RNA  87.7 
 
 		 2894 bp  2831    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0046  23S ribosomal RNA  87.78 
 
 		 2894 bp  2833    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0052  23S ribosomal RNA  87.78 
 
 		 2894 bp  2833    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0342  23S ribosomal RNA  87.84 
 
 		 2894 bp  2849    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0348  23S ribosomal RNA  87.84 
 
 		 2894 bp  2849    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0559  23S ribosomal RNA  87.78 
 
 		 2894 bp  2833    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.683091  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0565  23S ribosomal RNA  87.6 
 
 		 2894 bp  2793    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1611  23S ribosomal RNA  87.84 
 
 		 2894 bp  2849    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3904  23S ribosomal RNA  87.64 
 
 		 2894 bp  2801    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_r002  23S ribosomal RNA  98.83 
 
 		 2893 bp  5459    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_r005  23S ribosomal RNA  99 
 
 		 2893 bp  5499    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_r008  23S ribosomal RNA  100 
 
 		 2894 bp  5737    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_r011  23S ribosomal RNA  99 
 
 		 2893 bp  5499    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_r014  23S ribosomal RNA  98.83 
 
 		 2893 bp  5459    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_r017  23S ribosomal RNA  99.1 
 
 		 2893 bp  5523    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_r020  23S ribosomal RNA  99 
 
 		 2893 bp  5499    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_r023  23S ribosomal RNA  99.03 
 
 		 2893 bp  5507    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_r026  23S ribosomal RNA  98.83 
 
 		 2893 bp  5459    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0002  23S ribosomal RNA  96.32 
 
 		 2905 bp  4922    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.905525  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0010  23S ribosomal RNA  96.28 
 
 		 2905 bp  4914    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0016  23S ribosomal RNA  96.28 
 
 		 2905 bp  4914    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.427778  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0047  23S ribosomal RNA  96.18 
 
 		 2905 bp  4890    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0106  23S ribosomal RNA  96.21 
 
 		 2905 bp  4898    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.492781  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0116  23S ribosomal RNA  96.28 
 
 		 2905 bp  4914    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0121  23S ribosomal RNA  96.42 
 
 		 2905 bp  4946    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0126  23S ribosomal RNA  96.32 
 
 		 2905 bp  4922    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0002  23S ribosomal RNA  98 
 
 		 2893 bp  5269    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.492003  hitchhiker  0.00473622 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0010  23S ribosomal RNA  97.65 
 
 		 2893 bp  5190    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00150973  normal  0.511936 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0017  23S ribosomal RNA  97.79 
 
 		 2893 bp  5222    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000288824 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0074  23S ribosomal RNA  97.82 
 
 		 2893 bp  5229    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0122  23S ribosomal RNA  97.82 
 
 		 2893 bp  5229    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.750631 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0131  23S ribosomal RNA  97.79 
 
 		 2893 bp  5222    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.595604 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0135  23S ribosomal RNA  97.65 
 
 		 2893 bp  5190    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00185494  hitchhiker  0.00197416 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0139  23S ribosomal RNA  97.79 
 
 		 2893 bp  5222    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.746885 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0142  23S ribosomal RNA  97.65 
 
 		 2893 bp  5190    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.080759 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0002  23S ribosomal RNA  97.79 
 
 		 2893 bp  5222    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00475711 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0010  23S ribosomal RNA  97.86 
 
 		 2893 bp  5237    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.0173103 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0017  23S ribosomal RNA  97.96 
 
 		 2893 bp  5261    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.553114 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0023  23S ribosomal RNA  97.82 
 
 		 2893 bp  5229    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.00167736  normal  0.0882974 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0027  23S ribosomal RNA  97.86 
 
 		 2893 bp  5237    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.206108 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0074  23S ribosomal RNA  98.03 
 
 		 2893 bp  5277    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.186245 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0122  23S ribosomal RNA  98 
 
 		 2893 bp  5269    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.969635 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0140  23S ribosomal RNA  97.93 
 
 		 2893 bp  5253    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0143  23S ribosomal RNA  97.79 
 
 		 2894 bp  5216    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0002  23S ribosomal RNA  95.77 
 
 		 2916 bp  4768    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0007  23S ribosomal RNA  95.77 
 
 		 2916 bp  4768    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0014  23S ribosomal RNA  95.73 
 
 		 2916 bp  4760    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0028  23S ribosomal RNA  95.73 
 
 		 2915 bp  4752    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.116759  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0031  23S ribosomal RNA  95.73 
 
 		 2916 bp  4760    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.153165  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0064  23S ribosomal RNA  95.77 
 
 		 2916 bp  4768    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0120  23S ribosomal RNA  95.77 
 
 		 2916 bp  4768    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0125  23S ribosomal RNA  95.77 
 
 		 2916 bp  4768    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.362586  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0132  23S ribosomal RNA  95.77 
 
 		 2916 bp  4768    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0002  23S ribosomal RNA  97.96 
 
 		 2895 bp  5261    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000281941 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0010  23S ribosomal RNA  98 
 
 		 2895 bp  5269    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.439393  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0017  23S ribosomal RNA  97.62 
 
 		 2895 bp  5182    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000617374 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0072  23S ribosomal RNA  98.03 
 
 		 2895 bp  5277    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.130821  normal  0.224079 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0119  23S ribosomal RNA  97.75 
 
 		 2895 bp  5212    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0129  23S ribosomal RNA  97.61 
 
 		 2895 bp  5180    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.332932 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0133  23S ribosomal RNA  97.61 
 
 		 2895 bp  5180    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00116115  normal  0.0335816 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0139  23S ribosomal RNA  97.79 
 
 		 2895 bp  5220    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0142  23S ribosomal RNA  97.75 
 
 		 2896 bp  5206    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0002  23S ribosomal RNA  94.82 
 
 		 2914 bp  4534    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0007  23S ribosomal RNA  94.82 
 
 		 2914 bp  4534    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.242783  hitchhiker  0.00573728 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0015  23S ribosomal RNA  94.89 
 
 		 2914 bp  4550    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.631469  normal  0.115726 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0020  23S ribosomal RNA  94.82 
 
 		 2914 bp  4534    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.879348  normal  0.651924 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0025  23S ribosomal RNA  94.82 
 
 		 2914 bp  4534    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.278632  unclonable  0.0000171921 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0053  23S ribosomal RNA  94.82 
 
 		 2914 bp  4534    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0111  23S ribosomal RNA  94.78 
 
 		 2914 bp  4526    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.210814  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0131  23S ribosomal RNA  94.82 
 
 		 2914 bp  4534    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.313678  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0004  23S ribosomal RNA  88.74 
 
 		 2892 bp  2797    Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.09917 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0008  23S ribosomal RNA  88.48 
 
 		 2892 bp  2807    Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0016  23S ribosomal RNA  88.51 
 
 		 2892 bp  2815    Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0033  23S ribosomal RNA  88.59 
 
 		 2892 bp  2821    Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0044  23S ribosomal RNA  88.51 
 
 		 2892 bp  2805    Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.0756824 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0060  23S ribosomal RNA  88.48 
 
 		 2892 bp  2807    Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.799594 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0090  23S ribosomal RNA  88.44 
 
 		 2892 bp  2799    Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0102  23S ribosomal RNA  88.59 
 
 		 2892 bp  2821    Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0105  23S ribosomal RNA  88.55 
 
 		 2892 bp  2813    Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.0168688 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0109  23S ribosomal RNA  88.55 
 
 		 2892 bp  2813    Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.147654 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>