299 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene ECD_r00005 on replicon CP001509
Organism: Escherichia coli BL21(DE3)



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
CP001509  ECD_r00002  23S ribosomal RNA  99.52 
 
 		 2906 bp  5634    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0715857  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_r00005  23S ribosomal RNA  100 
 
 		 2906 bp  5761    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_r00009  23S ribosomal RNA  99.42 
 
 		 2908 bp  5614    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.578122  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_r00012  23S ribosomal RNA  100 
 
 		 2906 bp  5761    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.593882  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_r00015  23S ribosomal RNA  99.24 
 
 		 2904 bp  5580    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.373454  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_r00018  23S ribosomal RNA  99.52 
 
 		 2908 bp  5638    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.949857  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_r00021  23S ribosomal RNA  100 
 
 		 2906 bp  5761    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.274337  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0006  23S ribosomal RNA  98.9 
 
 		 2902 bp  5483    Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0029  23S ribosomal RNA  99.28 
 
 		 2902 bp  5570    Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0205529  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0075  23S ribosomal RNA  98.97 
 
 		 2902 bp  5513    Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.704928  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0088  23S ribosomal RNA  99.28 
 
 		 2902 bp  5570    Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0096  23S ribosomal RNA  99.14 
 
 		 2902 bp  5539    Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0100  23S ribosomal RNA  98.97 
 
 		 2903 bp  5497    Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0111  23S ribosomal RNA  99 
 
 		 2902 bp  5507    Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_r008  23S ribosomal RNA  87.95 
 
 		 2894 bp  2551    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0002  23S ribosomal RNA  88.09 
 
 		 2905 bp  1425    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.905525  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0010  23S ribosomal RNA  88.09 
 
 		 2905 bp  1425    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0016  23S ribosomal RNA  88.09 
 
 		 2905 bp  1425    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.427778  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0047  23S ribosomal RNA  88.09 
 
 		 2905 bp  1425    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0106  23S ribosomal RNA  88.09 
 
 		 2905 bp  1425    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.492781  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0116  23S ribosomal RNA  88.09 
 
 		 2905 bp  1425    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0121  23S ribosomal RNA  86.79 
 
 		 2905 bp  2535    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0126  23S ribosomal RNA  88.09 
 
 		 2905 bp  1425    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0004  23S ribosomal RNA  86.23 
 
 		 2897 bp  2040    Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0014  23S ribosomal RNA  86.23 
 
 		 2897 bp  2040    Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.20297  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0058  23S ribosomal RNA  86.23 
 
 		 2897 bp  2040    Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0076  23S ribosomal RNA  86.23 
 
 		 2898 bp  2040    Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.430532  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0084  23S ribosomal RNA  86.23 
 
 		 2897 bp  2040    Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0156  23S ribosomal RNA  86.76 
 
 		 2902 bp  2660    Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0507  23S ribosomal RNA  86.76 
 
 		 2902 bp  2660    Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  0.157689  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_r23S01  23S ribosomal RNA  91.06 
 
 		 3001 bp  1481    Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_r23S02  23S ribosomal RNA  91.06 
 
 		 3001 bp  1481    Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_r23S03  23S ribosomal RNA  91.06 
 
 		 3001 bp  1481    Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_r23S04  23S ribosomal RNA  91.06 
 
 		 3001 bp  1481    Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_r23S05  23S ribosomal RNA  91.06 
 
 		 3001 bp  1481    Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0002  23S ribosomal RNA  90.09 
 
 		 2893 bp  1421    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.492003  hitchhiker  0.00473622 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0010  23S ribosomal RNA  90.09 
 
 		 2893 bp  1421    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00150973  normal  0.511936 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0017  23S ribosomal RNA  90.26 
 
 		 2893 bp  1423    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000288824 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0074  23S ribosomal RNA  90.26 
 
 		 2893 bp  1423    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0122  23S ribosomal RNA  90.26 
 
 		 2893 bp  1423    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.750631 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0131  23S ribosomal RNA  90.26 
 
 		 2893 bp  1423    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.595604 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0135  23S ribosomal RNA  90.09 
 
 		 2893 bp  1421    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00185494  hitchhiker  0.00197416 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0139  23S ribosomal RNA  90.26 
 
 		 2893 bp  1423    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.746885 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0142  23S ribosomal RNA  90.09 
 
 		 2893 bp  1421    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.080759 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0002  23S ribosomal RNA  90.09 
 
 		 2893 bp  1421    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00475711 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0010  23S ribosomal RNA  90.09 
 
 		 2893 bp  1421    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.0173103 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0017  23S ribosomal RNA  90.09 
 
 		 2893 bp  1421    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.553114 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0023  23S ribosomal RNA  90.09 
 
 		 2893 bp  1421    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.00167736  normal  0.0882974 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0027  23S ribosomal RNA  90.09 
 
 		 2893 bp  1421    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.206108 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0074  23S ribosomal RNA  90.26 
 
 		 2893 bp  1423    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.186245 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0122  23S ribosomal RNA  90.26 
 
 		 2893 bp  1437    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.969635 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0140  23S ribosomal RNA  90.09 
 
 		 2893 bp  1421    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0143  23S ribosomal RNA  90.09 
 
 		 2894 bp  1421    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0007  23S ribosomal RNA  85.45 
 
 		 2898 bp  1998    Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.237096  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0012  23S ribosomal RNA  85.34 
 
 		 2898 bp  1990    Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.31433 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0002  23S ribosomal RNA  87.14 
 
 		 2916 bp  2434    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0007  23S ribosomal RNA  87.14 
 
 		 2916 bp  2434    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0014  23S ribosomal RNA  87.14 
 
 		 2916 bp  2434    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0028  23S ribosomal RNA  87.1 
 
 		 2915 bp  2418    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.116759  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0031  23S ribosomal RNA  87.14 
 
 		 2916 bp  2434    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.153165  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0064  23S ribosomal RNA  87.14 
 
 		 2916 bp  2434    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0120  23S ribosomal RNA  87.14 
 
 		 2916 bp  2434    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0125  23S ribosomal RNA  87.14 
 
 		 2916 bp  2434    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.362586  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0132  23S ribosomal RNA  87.14 
 
 		 2916 bp  2434    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0002  23S ribosomal RNA  90.09 
 
 		 2895 bp  1421    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000281941 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0010  23S ribosomal RNA  90.09 
 
 		 2895 bp  1421    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.439393  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0017  23S ribosomal RNA  90.09 
 
 		 2895 bp  1421    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000617374 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0072  23S ribosomal RNA  90.09 
 
 		 2895 bp  1421    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.130821  normal  0.224079 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0119  23S ribosomal RNA  90.01 
 
 		 2895 bp  1413    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0129  23S ribosomal RNA  90.09 
 
 		 2895 bp  1421    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.332932 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0133  23S ribosomal RNA  90.01 
 
 		 2895 bp  1413    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00116115  normal  0.0335816 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0139  23S ribosomal RNA  90.09 
 
 		 2895 bp  1421    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0142  23S ribosomal RNA  90.09 
 
 		 2896 bp  1421    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0007  23S ribosomal RNA  88 
 
 		 2914 bp  2522    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.242783  hitchhiker  0.00573728 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0009  23S ribosomal RNA  88.91 
 
 		 2900 bp  1463    Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.517564  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0019  23S ribosomal RNA  88.98 
 
 		 2900 bp  1471    Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  hitchhiker  0.00407691  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0056  23S ribosomal RNA  88.91 
 
 		 2900 bp  1463    Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.239322  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0008  23S ribosomal RNA  83.33 
 
 		 2904 bp  1727    Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  hitchhiker  0.0096662  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0030  23S ribosomal RNA  83.29 
 
 		 2904 bp  1719    Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  hitchhiker  0.000445054  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0002  23S ribosomal RNA  89.83 
 
 		 2903 bp  1411    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.198027  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0011  23S ribosomal RNA  89.83 
 
 		 2903 bp  1411    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.471392  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0070  23S ribosomal RNA  89.83 
 
 		 2903 bp  1411    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0120  23S ribosomal RNA  89.83 
 
 		 2903 bp  1411    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.569814  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0135  23S ribosomal RNA  89.83 
 
 		 2903 bp  1411    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.224247  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0004  23S ribosomal RNA  87.12 
 
 		 2893 bp  2545    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.194037 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0010  23S ribosomal RNA  87.16 
 
 		 2893 bp  2549    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0636989 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0082  23S ribosomal RNA  87.16 
 
 		 2893 bp  2549    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0103  23S ribosomal RNA  87.16 
 
 		 2893 bp  2549    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0608054 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0110  23S ribosomal RNA  87.12 
 
 		 2893 bp  2545    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00834498 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0115  23S ribosomal RNA  87.12 
 
 		 2893 bp  2545    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.18423  hitchhiker  0.000445098 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0121  23S ribosomal RNA  87.16 
 
 		 2893 bp  2549    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0442747 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0124  23S ribosomal RNA  87.16 
 
 		 2893 bp  2549    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.303043 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0009  23S ribosomal RNA  95.81 
 
 		 2913 bp  4779    Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.0580735 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0022  23S ribosomal RNA  95.77 
 
 		 2912 bp  4768    Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.572813  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0066  23S ribosomal RNA  95.84 
 
 		 2912 bp  4783    Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.668568  normal  0.018596 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0086  23S ribosomal RNA  95.88 
 
 		 2912 bp  4791    Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.306837  normal  0.172652 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0090  23S ribosomal RNA  95.88 
 
 		 2912 bp  4791    Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00318413 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0101  23S ribosomal RNA  95.81 
 
 		 2913 bp  4779    Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.683549  decreased coverage  0.00714849 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0106  23S ribosomal RNA  95.84 
 
 		 2912 bp  4783    Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.643349  normal  0.253398 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0002  23S ribosomal RNA  89.83 
 
 		 2893 bp  1411    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.959463  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>