299 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pfl01_R4 on replicon NC_007492
Organism: Pseudomonas fluorescens Pf0-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_002947  PP_23SA  23S ribosomal RNA  97.58 
 
 
2902 bp  5152    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.145616  hitchhiker  0.000134511 
 
 
-
 
NC_002947  PP_23SB  23S ribosomal RNA  97.62 
 
 
2902 bp  5160    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.201882  hitchhiker  0.000114916 
 
 
-
 
NC_002947  PP_23SC  23S ribosomal RNA  97.58 
 
 
2902 bp  5152    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.15738  normal  0.0640928 
 
 
-
 
NC_002947  PP_23SD  23S ribosomal RNA  97.65 
 
 
2902 bp  5168    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.507419  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_23SE  23S ribosomal RNA  97.62 
 
 
2902 bp  5160    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.564865  normal  0.184682 
 
 
-
 
NC_002947  PP_23SF  23S ribosomal RNA  97.58 
 
 
2902 bp  5152    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.201882  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_23SG  23S ribosomal RNA  97.62 
 
 
2902 bp  5160    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.0194263 
 
 
-
 
NC_002977  MCA_Mc23SA  23S ribosomal RNA  92.1 
 
 
2904 bp  1544    Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.10158  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA_Mc23SB  23S ribosomal RNA  92.1 
 
 
2904 bp  1544    Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0352152  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_r002  23S ribosomal RNA  86.92 
 
 
2893 bp  2264    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_r005  23S ribosomal RNA  86.92 
 
 
2893 bp  2264    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_r008  23S ribosomal RNA  86.21 
 
 
2894 bp  2444    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_r011  23S ribosomal RNA  86.92 
 
 
2893 bp  2264    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_r014  23S ribosomal RNA  86.92 
 
 
2893 bp  2264    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_r017  23S ribosomal RNA  86.92 
 
 
2893 bp  2264    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_r020  23S ribosomal RNA  86.92 
 
 
2893 bp  2264    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_r023  23S ribosomal RNA  86.88 
 
 
2893 bp  2256    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_r026  23S ribosomal RNA  86.92 
 
 
2893 bp  2264    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_r02  23S ribosomal RNA  98 
 
 
2903 bp  5255    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_r05  23S ribosomal RNA  98.03 
 
 
2903 bp  5263    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.644961  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_r08  23S ribosomal RNA  98.03 
 
 
2903 bp  5263    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_r11  23S ribosomal RNA  98 
 
 
2903 bp  5255    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_r14  23S ribosomal RNA  98 
 
 
2903 bp  5255    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.701415  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA16  23S ribosomal RNA  97.96 
 
 
2903 bp  5257    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.048152 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA49  23S ribosomal RNA  98 
 
 
2903 bp  5265    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.832187  normal  0.473588 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA7  23S ribosomal RNA  98 
 
 
2903 bp  5265    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.685402  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA71  23S ribosomal RNA  97.93 
 
 
2903 bp  5239    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0658993  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA80  23S ribosomal RNA  98.03 
 
 
2903 bp  5263    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0495778  normal  0.0181156 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_R0021  23S ribosomal RNA  87.45 
 
 
2764 bp  2286    Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.886726  normal 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_R0047  23S ribosomal RNA  87.45 
 
 
2764 bp  2286    Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00134813 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_R0055  23S ribosomal RNA  87.45 
 
 
2764 bp  2286    Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_R0060  23S ribosomal RNA  87.45 
 
 
2764 bp  2286    Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_R0012  23S ribosomal RNA  85.42 
 
 
2882 bp  1828    Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_R0038  23S ribosomal RNA  85.41 
 
 
2899 bp  1824    Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  hitchhiker  0.00487126  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R15  23S ribosomal RNA  100 
 
 
2892 bp  5733    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.28387  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R4  23S ribosomal RNA  100 
 
 
2892 bp  5733    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.657154  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R44  23S ribosomal RNA  100 
 
 
2892 bp  5733    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.100661  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R57  23S ribosomal RNA  100 
 
 
2892 bp  5733    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.344499  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R78  23S ribosomal RNA  100 
 
 
2892 bp  5733    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0420771  normal  0.0126919 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R91  23S ribosomal RNA  100 
 
 
2892 bp  5733    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000653016  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_R0035  23S ribosomal RNA  86.49 
 
 
2861 bp  2250    Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.249297  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_R0042  23S ribosomal RNA  86.49 
 
 
2861 bp  2250    Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_R0050  23S ribosomal RNA  86.49 
 
 
2861 bp  2250    Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_R0014  23S ribosomal RNA  88.3 
 
 
2872 bp  2916    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0368239  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_R0042  23S ribosomal RNA  88.3 
 
 
2872 bp  2916    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal  0.121457 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0002  23S ribosomal RNA  85.81 
 
 
2905 bp  2403    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.905525  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0010  23S ribosomal RNA  85.78 
 
 
2905 bp  2395    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0016  23S ribosomal RNA  85.85 
 
 
2905 bp  2397    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.427778  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0047  23S ribosomal RNA  85.74 
 
 
2905 bp  2377    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0106  23S ribosomal RNA  85.78 
 
 
2905 bp  2385    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.492781  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0116  23S ribosomal RNA  85.78 
 
 
2905 bp  2395    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0121  23S ribosomal RNA  85.92 
 
 
2905 bp  2426    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0126  23S ribosomal RNA  85.81 
 
 
2905 bp  2403    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0004  23S ribosomal RNA  89.42 
 
 
2897 bp  1538    Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0014  23S ribosomal RNA  89.42 
 
 
2897 bp  1538    Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.20297  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0058  23S ribosomal RNA  89.42 
 
 
2897 bp  1538    Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0076  23S ribosomal RNA  89.42 
 
 
2898 bp  1538    Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.430532  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0084  23S ribosomal RNA  89.42 
 
 
2897 bp  1538    Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_R0022  23S ribosomal RNA  87.37 
 
 
2765 bp  2264    Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal  0.421806 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_R0049  23S ribosomal RNA  87.37 
 
 
2765 bp  2264    Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal  0.0348744 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_R0057  23S ribosomal RNA  87.37 
 
 
2765 bp  2264    Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_R0062  23S ribosomal RNA  87.37 
 
 
2765 bp  2264    Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.623766  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0002  23S ribosomal RNA  87.45 
 
 
2893 bp  2363    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.492003  hitchhiker  0.00473622 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0010  23S ribosomal RNA  87.45 
 
 
2893 bp  2363    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00150973  normal  0.511936 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0017  23S ribosomal RNA  87.29 
 
 
2893 bp  2331    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000000288824 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0074  23S ribosomal RNA  87.25 
 
 
2893 bp  2323    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0122  23S ribosomal RNA  87.25 
 
 
2893 bp  2323    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal  0.750631 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0131  23S ribosomal RNA  87.29 
 
 
2893 bp  2331    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal  0.595604 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0135  23S ribosomal RNA  87.45 
 
 
2893 bp  2363    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00185494  hitchhiker  0.00197416 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0139  23S ribosomal RNA  87.29 
 
 
2893 bp  2331    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal  0.746885 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0142  23S ribosomal RNA  87.45 
 
 
2893 bp  2363    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal  0.080759 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0002  23S ribosomal RNA  87.41 
 
 
2893 bp  2355    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00475711 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0010  23S ribosomal RNA  87.37 
 
 
2893 bp  2347    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal  0.0173103 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0017  23S ribosomal RNA  87.45 
 
 
2893 bp  2363    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal  0.553114 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0023  23S ribosomal RNA  87.41 
 
 
2893 bp  2355    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.00167736  normal  0.0882974 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0027  23S ribosomal RNA  87.45 
 
 
2893 bp  2363    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal  0.206108 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0074  23S ribosomal RNA  87.21 
 
 
2893 bp  2315    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal  0.186245 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0122  23S ribosomal RNA  87.29 
 
 
2893 bp  2331    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal  0.969635 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0140  23S ribosomal RNA  87.37 
 
 
2893 bp  2347    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0143  23S ribosomal RNA  87.37 
 
 
2894 bp  2341    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0007  23S ribosomal RNA  87.3 
 
 
2898 bp  1598    Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.237096  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0012  23S ribosomal RNA  87.3 
 
 
2898 bp  1598    Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.31433 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0002  23S ribosomal RNA  86.82 
 
 
2916 bp  2284    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0007  23S ribosomal RNA  86.82 
 
 
2916 bp  2284    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0014  23S ribosomal RNA  86.86 
 
 
2916 bp  2292    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0028  23S ribosomal RNA  86.78 
 
 
2915 bp  2268    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.116759  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0031  23S ribosomal RNA  86.86 
 
 
2916 bp  2292    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.153165  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0064  23S ribosomal RNA  86.82 
 
 
2916 bp  2284    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0120  23S ribosomal RNA  86.82 
 
 
2916 bp  2284    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0125  23S ribosomal RNA  86.82 
 
 
2916 bp  2284    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.362586  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0132  23S ribosomal RNA  86.82 
 
 
2916 bp  2284    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_08600  23S ribosomal RNA  96.61 
 
 
2891 bp  4940    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000197684 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_55631  23S ribosomal RNA  96.27 
 
 
2884 bp  4827    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.363025 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_62060  23S ribosomal RNA  96.65 
 
 
2891 bp  4948    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.0546487 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_70880  23S ribosomal RNA  96.61 
 
 
2891 bp  4940    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.560692 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0002  23S ribosomal RNA  87.28 
 
 
2895 bp  2349    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000281941 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0010  23S ribosomal RNA  87.24 
 
 
2895 bp  2341    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.439393  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0017  23S ribosomal RNA  87.32 
 
 
2895 bp  2357    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000000617374 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0072  23S ribosomal RNA  87.28 
 
 
2895 bp  2349    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.130821  normal  0.224079 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0119  23S ribosomal RNA  87.33 
 
 
2895 bp  2339    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>