More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene MCA_Mc23SA on replicon NC_002977
Organism: Methylococcus capsulatus str. Bath



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_23SA  23S ribosomal RNA  92.24 
 
 		 2902 bp  1568    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.145616  hitchhiker  0.000134511 
 
 
-
 
NC_002947  PP_23SB  23S ribosomal RNA  92.24 
 
 		 2902 bp  1568    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.201882  hitchhiker  0.000114916 
 
 
-
 
NC_002947  PP_23SC  23S ribosomal RNA  92.24 
 
 		 2902 bp  1568    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.15738  normal  0.0640928 
 
 
-
 
NC_002947  PP_23SD  23S ribosomal RNA  92.24 
 
 		 2902 bp  1568    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.507419  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_23SE  23S ribosomal RNA  92.24 
 
 		 2902 bp  1568    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.564865  normal  0.184682 
 
 
-
 
NC_002947  PP_23SF  23S ribosomal RNA  92.24 
 
 		 2902 bp  1568    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.201882  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_23SG  23S ribosomal RNA  92.24 
 
 		 2902 bp  1568    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.0194263 
 
 
-
 
NC_002977  MCA_Mc23SA  23S ribosomal RNA  100 
 
 		 2904 bp  5757    Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.10158  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA_Mc23SB  23S ribosomal RNA  100 
 
 		 2904 bp  5757    Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0352152  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_r02  23S ribosomal RNA  92.41 
 
 		 2903 bp  1584    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_r05  23S ribosomal RNA  92.41 
 
 		 2903 bp  1584    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.644961  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_r08  23S ribosomal RNA  92.41 
 
 		 2903 bp  1584    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_r11  23S ribosomal RNA  92.41 
 
 		 2903 bp  1584    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_r14  23S ribosomal RNA  92.33 
 
 		 2903 bp  1576    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.701415  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA_23s_rrlB  23S ribosomal RNA  87.54 
 
 		 2882 bp  1275    Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0157965  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA_Bm23SC  23S ribosomal RNA  87.54 
 
 		 2882 bp  1275    Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  decreased coverage  0.000573887  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA_Bm23SD  23S ribosomal RNA  87.54 
 
 		 2882 bp  1275    Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  unclonable  0.0000295775  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lppr02  23S ribosomal RNA  89.92 
 
 		 2783 bp  1322    Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lppr05  23S ribosomal RNA  89.92 
 
 		 2783 bp  1322    Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lppr08  23S ribosomal RNA  89.92 
 
 		 2861 bp  1322    Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lplr02  23S ribosomal RNA  89.8 
 
 		 2861 bp  1326    Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lplr05  23S ribosomal RNA  89.8 
 
 		 2861 bp  1326    Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lplr08  23S ribosomal RNA  89.8 
 
 		 2861 bp  1326    Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA16  23S ribosomal RNA  92.33 
 
 		 2903 bp  1576    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.048152 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA49  23S ribosomal RNA  92.41 
 
 		 2903 bp  1584    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.832187  normal  0.473588 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA7  23S ribosomal RNA  92.41 
 
 		 2903 bp  1584    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.685402  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA71  23S ribosomal RNA  92.24 
 
 		 2903 bp  1568    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0658993  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA80  23S ribosomal RNA  92.41 
 
 		 2903 bp  1584    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0495778  normal  0.0181156 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0005  23S ribosomal RNA  85.46 
 
 		 2883 bp  2022    Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.00123677  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0021  23S ribosomal RNA  85.46 
 
 		 2883 bp  2022    Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.0000170466  normal  0.809374 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0030  23S ribosomal RNA  85.46 
 
 		 2883 bp  2022    Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.00125735  unclonable  0.000000161154 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0042  23S ribosomal RNA  85.46 
 
 		 2883 bp  2022    Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.00870096  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_R0012  23S ribosomal RNA  84.49 
 
 		 2882 bp  1699    Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_R0038  23S ribosomal RNA  84.48 
 
 		 2899 bp  1695    Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  hitchhiker  0.00487126  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0002  23S ribosomal RNA  87.62 
 
 		 2882 bp  1283    Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  unclonable  0.0000000280391  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1476  23S ribosomal RNA  87.62 
 
 		 2882 bp  1283    Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.0000361386  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3559  23S ribosomal RNA  87.62 
 
 		 2882 bp  1283    Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.0000413254  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1911  23S ribosomal RNA  87.62 
 
 		 2882 bp  1283    Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.000130607  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0013  23S ribosomal RNA  89.08 
 
 		 2913 bp  1501    Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0027  23S ribosomal RNA  89.08 
 
 		 2913 bp  1501    Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R15  23S ribosomal RNA  92.1 
 
 		 2892 bp  1544    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.28387  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R4  23S ribosomal RNA  92.1 
 
 		 2892 bp  1544    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.657154  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R44  23S ribosomal RNA  92.1 
 
 		 2892 bp  1544    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.100661  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R57  23S ribosomal RNA  92.1 
 
 		 2892 bp  1544    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.344499  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R78  23S ribosomal RNA  92.1 
 
 		 2892 bp  1544    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0420771  normal  0.0126919 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R91  23S ribosomal RNA  92.1 
 
 		 2892 bp  1544    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000653016  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_CR0087  23S ribosomal RNA  87.6 
 
 		 2882 bp  1281    Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0564636  normal  0.192988 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_AR0010  23S ribosomal RNA  87.6 
 
 		 2882 bp  1281    Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0501541  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_AR0018  23S ribosomal RNA  87.67 
 
 		 2882 bp  1289    Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.000431257  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_AR0028  23S ribosomal RNA  87.6 
 
 		 2882 bp  1281    Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0640603  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_AR0072  23S ribosomal RNA  87.6 
 
 		 2882 bp  1281    Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.560975  normal  0.612563 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_BR0004  23S ribosomal RNA  87.6 
 
 		 2882 bp  1281    Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0923304  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_R0035  23S ribosomal RNA  87.32 
 
 		 2861 bp  1287    Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.249297  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_R0042  23S ribosomal RNA  88.24 
 
 		 2861 bp  1279    Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_R0050  23S ribosomal RNA  88.24 
 
 		 2861 bp  1279    Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2044  23S ribosomal RNA  87.77 
 
 		 2881 bp  1298    Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0408175  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1099  23S ribosomal RNA  87.77 
 
 		 2881 bp  1298    Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.000727484  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2895  23S ribosomal RNA  87.77 
 
 		 2881 bp  1298    Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0262305  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3092  23S ribosomal RNA  87.77 
 
 		 2882 bp  1298    Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.0000732021  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_R0014  23S ribosomal RNA  89.45 
 
 		 2872 bp  1520    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0368239  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_R0042  23S ribosomal RNA  89.45 
 
 		 2872 bp  1520    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.121457 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_R0005  23S ribosomal RNA  84.62 
 
 		 2884 bp  2107    Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.133084  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_R0054  23S ribosomal RNA  84.62 
 
 		 2884 bp  2107    Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.879203  normal  0.943233 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_AR0028  23S ribosomal RNA  87.69 
 
 		 2882 bp  1291    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00010656  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_AR0071  23S ribosomal RNA  87.69 
 
 		 2882 bp  1291    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.211942  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_AR0081  23S ribosomal RNA  87.69 
 
 		 2882 bp  1291    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.0000431618  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_BR0004  23S ribosomal RNA  87.69 
 
 		 2882 bp  1291    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0248312  normal  0.602742 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_BR0010  23S ribosomal RNA  87.69 
 
 		 2882 bp  1291    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0412285  normal  0.41273 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_BR0015  23S ribosomal RNA  87.69 
 
 		 2882 bp  1291    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.0000144049  normal  0.0465606 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0004  23S ribosomal RNA  89.57 
 
 		 2897 bp  1330    Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0014  23S ribosomal RNA  89.49 
 
 		 2897 bp  1322    Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.20297  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0058  23S ribosomal RNA  89.57 
 
 		 2897 bp  1330    Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0076  23S ribosomal RNA  89.49 
 
 		 2898 bp  1322    Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.430532  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0084  23S ribosomal RNA  89.49 
 
 		 2897 bp  1322    Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_R0003  23S ribosomal RNA  88 
 
 		 2881 bp  1322    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_R0037  23S ribosomal RNA  88 
 
 		 2881 bp  1322    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0169917  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_R0052  23S ribosomal RNA  88 
 
 		 2882 bp  1322    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_R0063  23S ribosomal RNA  88 
 
 		 2881 bp  1322    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0822866  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_R0074  23S ribosomal RNA  87.93 
 
 		 2881 bp  1314    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.407345  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_R0086  23S ribosomal RNA  87.93 
 
 		 2881 bp  1314    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0004  23S ribosomal RNA  89.21 
 
 		 2885 bp  1298    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0961253  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0011  23S ribosomal RNA  89.21 
 
 		 2885 bp  1298    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0019  23S ribosomal RNA  89.21 
 
 		 2885 bp  1298    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0026  23S ribosomal RNA  89.21 
 
 		 2885 bp  1298    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0080  23S ribosomal RNA  89.21 
 
 		 2885 bp  1298    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.357348  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0007  23S ribosomal RNA  88.37 
 
 		 2898 bp  2591    Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.237096  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0012  23S ribosomal RNA  88.29 
 
 		 2898 bp  2575    Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.31433 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_R0002  23S ribosomal RNA  87.69 
 
 		 2882 bp  1291    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0458298  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_R0010  23S ribosomal RNA  87.69 
 
 		 2882 bp  1291    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0131744  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_R0020  23S ribosomal RNA  87.69 
 
 		 2882 bp  1291    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.00244053  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_R0064  23S ribosomal RNA  87.69 
 
 		 2882 bp  1291    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.00222746  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_R0081  23S ribosomal RNA  87.69 
 
 		 2882 bp  1291    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0232071  normal  0.0354875 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_R0087  23S ribosomal RNA  87.77 
 
 		 2882 bp  1298    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.00689972  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_08600  23S ribosomal RNA  91.56 
 
 		 2891 bp  1495    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000197684 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_55631  23S ribosomal RNA  90.86 
 
 		 2884 bp  1398    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.363025 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_62060  23S ribosomal RNA  91.56 
 
 		 2891 bp  1495    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.0546487 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_70880  23S ribosomal RNA  91.56 
 
 		 2891 bp  1495    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.560692 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_R0002  23S ribosomal RNA  88 
 
 		 2882 bp  1322    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.522132  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_R0010  23S ribosomal RNA  88 
 
 		 2882 bp  1322    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0290682  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_R0019  23S ribosomal RNA  88 
 
 		 2882 bp  1322    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0801725  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>