More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bamb_R0064 on replicon NC_008390
Organism: Burkholderia ambifaria AMMD



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_23SA  23S ribosomal RNA  88.98 
 
 		 2902 bp  1255    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.145616  hitchhiker  0.000134511 
 
 
-
 
NC_002947  PP_23SB  23S ribosomal RNA  88.98 
 
 		 2902 bp  1255    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.201882  hitchhiker  0.000114916 
 
 
-
 
NC_002947  PP_23SC  23S ribosomal RNA  88.98 
 
 		 2902 bp  1255    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.15738  normal  0.0640928 
 
 
-
 
NC_002947  PP_23SD  23S ribosomal RNA  88.98 
 
 		 2902 bp  1255    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.507419  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_23SE  23S ribosomal RNA  88.98 
 
 		 2902 bp  1255    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.564865  normal  0.184682 
 
 
-
 
NC_002947  PP_23SF  23S ribosomal RNA  88.98 
 
 		 2902 bp  1255    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.201882  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_23SG  23S ribosomal RNA  88.98 
 
 		 2902 bp  1255    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.0194263 
 
 
-
 
NC_002977  MCA_Mc23SA  23S ribosomal RNA  87.69 
 
 		 2904 bp  1291    Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.10158  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA_Mc23SB  23S ribosomal RNA  87.69 
 
 		 2904 bp  1291    Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0352152  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RS00482  23S ribosomal RNA  94.89 
 
 		 2818 bp  4387    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0128279  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RS05581  23S ribosomal RNA  94.7 
 
 		 2879 bp  4444    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0577053  normal  0.256398 
 
 
-
 
NC_003295  RS05738  23S ribosomal RNA  94.86 
 
 		 2818 bp  4379    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.00792768  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS05423  ribosomal RNA-23S  94.63 
 
 		 2880 bp  4423    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.191828 
 
 
-
 
NC_004347  SO_r002  23S ribosomal RNA  86.23 
 
 		 2893 bp  1110    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_r005  23S ribosomal RNA  86.23 
 
 		 2893 bp  1110    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_r008  23S ribosomal RNA  86.23 
 
 		 2894 bp  1110    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_r011  23S ribosomal RNA  86.23 
 
 		 2893 bp  1110    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_r014  23S ribosomal RNA  86.23 
 
 		 2893 bp  1110    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_r017  23S ribosomal RNA  86.23 
 
 		 2893 bp  1110    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_r020  23S ribosomal RNA  86.23 
 
 		 2893 bp  1110    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_r023  23S ribosomal RNA  86.23 
 
 		 2893 bp  1110    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_r026  23S ribosomal RNA  86.23 
 
 		 2893 bp  1110    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_r02  23S ribosomal RNA  88.8 
 
 		 2903 bp  1239    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_r05  23S ribosomal RNA  88.8 
 
 		 2903 bp  1239    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.644961  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_r08  23S ribosomal RNA  88.8 
 
 		 2903 bp  1239    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_r11  23S ribosomal RNA  88.8 
 
 		 2903 bp  1239    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_r14  23S ribosomal RNA  88.8 
 
 		 2903 bp  1239    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.701415  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA_23s_rrlB  23S ribosomal RNA  98.13 
 
 		 2882 bp  5263    Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0157965  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA_Bm23SC  23S ribosomal RNA  98.13 
 
 		 2882 bp  5263    Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  decreased coverage  0.000573887  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA_Bm23SD  23S ribosomal RNA  98.13 
 
 		 2882 bp  5263    Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  unclonable  0.0000295775  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA16  23S ribosomal RNA  88.71 
 
 		 2903 bp  1231    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.048152 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA49  23S ribosomal RNA  88.8 
 
 		 2903 bp  1239    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.832187  normal  0.473588 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA7  23S ribosomal RNA  88.8 
 
 		 2903 bp  1239    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.685402  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA71  23S ribosomal RNA  88.71 
 
 		 2903 bp  1231    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0658993  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA80  23S ribosomal RNA  88.8 
 
 		 2903 bp  1239    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0495778  normal  0.0181156 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0005  23S ribosomal RNA  92.88 
 
 		 2883 bp  1867    Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.00123677  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0021  23S ribosomal RNA  92.88 
 
 		 2883 bp  1867    Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.0000170466  normal  0.809374 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0030  23S ribosomal RNA  92.88 
 
 		 2883 bp  1867    Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.00125735  unclonable  0.000000161154 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0042  23S ribosomal RNA  92.88 
 
 		 2883 bp  1867    Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.00870096  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_AR0019  23S ribosomal RNA  94.61 
 
 		 2820 bp  4325    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.931319  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_AR0050  23S ribosomal RNA  94.68 
 
 		 2820 bp  4341    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_AR0060  23S ribosomal RNA  94.61 
 
 		 2820 bp  4325    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.996715  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_BR0073  23S ribosomal RNA  94.75 
 
 		 2820 bp  4357    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_BR0081  23S ribosomal RNA  94.61 
 
 		 2820 bp  4325    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_BR0084  23S ribosomal RNA  94.75 
 
 		 2820 bp  4357    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_R0012  23S ribosomal RNA  90.17 
 
 		 2882 bp  1596    Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_R0038  23S ribosomal RNA  90.13 
 
 		 2899 bp  1584    Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  hitchhiker  0.00487126  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0002  23S ribosomal RNA  98.23 
 
 		 2882 bp  5287    Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  unclonable  0.0000000280391  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1476  23S ribosomal RNA  98.23 
 
 		 2882 bp  5287    Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.0000361386  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3559  23S ribosomal RNA  98.23 
 
 		 2882 bp  5287    Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.0000413254  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1911  23S ribosomal RNA  98.16 
 
 		 2882 bp  5271    Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.000130607  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0013  23S ribosomal RNA  87.08 
 
 		 2913 bp  1174    Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0027  23S ribosomal RNA  87.08 
 
 		 2913 bp  1174    Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R15  23S ribosomal RNA  88.8 
 
 		 2892 bp  1239    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.28387  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R4  23S ribosomal RNA  88.8 
 
 		 2892 bp  1239    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.657154  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R44  23S ribosomal RNA  88.8 
 
 		 2892 bp  1239    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.100661  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R57  23S ribosomal RNA  88.8 
 
 		 2892 bp  1239    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.344499  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R78  23S ribosomal RNA  88.8 
 
 		 2892 bp  1239    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0420771  normal  0.0126919 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R91  23S ribosomal RNA  88.8 
 
 		 2892 bp  1239    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000653016  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_CR0087  23S ribosomal RNA  99.2 
 
 		 2882 bp  5531    Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0564636  normal  0.192988 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_AR0010  23S ribosomal RNA  99.1 
 
 		 2882 bp  5507    Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0501541  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_AR0018  23S ribosomal RNA  99.27 
 
 		 2882 bp  5547    Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.000431257  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_AR0028  23S ribosomal RNA  99.06 
 
 		 2882 bp  5499    Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0640603  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_AR0072  23S ribosomal RNA  99.1 
 
 		 2882 bp  5507    Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.560975  normal  0.612563 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_BR0004  23S ribosomal RNA  99.27 
 
 		 2882 bp  5547    Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0923304  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_AR0015  23S ribosomal RNA  90.7 
 
 		 2889 bp  1629    Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2044  23S ribosomal RNA  98.4 
 
 		 2881 bp  5333    Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0408175  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1099  23S ribosomal RNA  98.4 
 
 		 2881 bp  5333    Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.000727484  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2895  23S ribosomal RNA  98.4 
 
 		 2881 bp  5333    Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0262305  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3092  23S ribosomal RNA  98.37 
 
 		 2882 bp  5319    Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.0000732021  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_R0050  23S ribosomal RNA  92.17 
 
 		 2880 bp  1786    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.6901  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_R0055  23S ribosomal RNA  92.17 
 
 		 2880 bp  1786    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.51964  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_R0014  23S ribosomal RNA  88.59 
 
 		 2872 bp  1193    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0368239  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_R0042  23S ribosomal RNA  88.59 
 
 		 2872 bp  1193    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.121457 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_R0005  23S ribosomal RNA  91.3 
 
 		 2884 bp  1701    Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.133084  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_R0054  23S ribosomal RNA  91.3 
 
 		 2884 bp  1701    Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.879203  normal  0.943233 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_R0041  23S ribosomal RNA  93.98 
 
 		 2883 bp  1691    Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.181114  normal  0.204616 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_AR0028  23S ribosomal RNA  95.15 
 
 		 2882 bp  4548    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00010656  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_AR0071  23S ribosomal RNA  95.15 
 
 		 2882 bp  4548    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.211942  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_AR0081  23S ribosomal RNA  95.15 
 
 		 2882 bp  4548    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.0000431618  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_BR0004  23S ribosomal RNA  95.15 
 
 		 2882 bp  4548    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0248312  normal  0.602742 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_BR0010  23S ribosomal RNA  95.15 
 
 		 2882 bp  4548    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0412285  normal  0.41273 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_BR0015  23S ribosomal RNA  95.15 
 
 		 2882 bp  4548    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.0000144049  normal  0.0465606 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0002  23S ribosomal RNA  88.63 
 
 		 2905 bp  1110    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.905525  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0010  23S ribosomal RNA  88.63 
 
 		 2905 bp  1110    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0016  23S ribosomal RNA  88.63 
 
 		 2905 bp  1110    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.427778  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0047  23S ribosomal RNA  88.63 
 
 		 2905 bp  1110    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0106  23S ribosomal RNA  88.63 
 
 		 2905 bp  1110    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.492781  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0116  23S ribosomal RNA  88.63 
 
 		 2905 bp  1110    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0121  23S ribosomal RNA  88.82 
 
 		 2905 bp  1116    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0126  23S ribosomal RNA  88.63 
 
 		 2905 bp  1110    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_R0051  23S ribosomal RNA  94.4 
 
 		 2818 bp  4300    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.2852  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_R0061  23S ribosomal RNA  94.4 
 
 		 2818 bp  4300    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_R0073  23S ribosomal RNA  94.36 
 
 		 2818 bp  4292    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_R0078  23S ribosomal RNA  94.4 
 
 		 2818 bp  4300    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.255899  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_R0003  23S ribosomal RNA  99.27 
 
 		 2881 bp  5539    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_R0037  23S ribosomal RNA  99.24 
 
 		 2881 bp  5531    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0169917  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_R0052  23S ribosomal RNA  99.2 
 
 		 2882 bp  5517    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_R0063  23S ribosomal RNA  99.24 
 
 		 2881 bp  5531    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0822866  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_R0074  23S ribosomal RNA  99.27 
 
 		 2881 bp  5539    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.407345  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>